()司馬德宗雖然被人控制，完全沒有自主權，不過，司馬道子人老但也算是一個明白人，他很是知曉其中的道理，一邊暗示皇帝把軍權交于己手，一邊早已經備好戰爭人選。也許是東晉偏好授人以黃鉞，皇帝在給他兵權時，不忘給他這麼一個東東，而這個東西的作用不亞于大家熟知的尚方寶劍和金牌了，而且在某些時候的作用會更大。一切得到之後，司馬道子讓自己的兒子司馬元顯兼任中軍將軍。下令徐州刺史謝琰兼任吳興義興軍事，正式討劃孫恩。而北府軍團的「掌門人」劉牢之，主動請纓，奏折剛上完，立刻帶人手出發。
正規軍隊出征，戰事基本就是成一邊倒的架勢，謝琰在干掉變民首領許允之之後，因為那個地方正是義興郡，所以，就把之前逃走的郡長魏隱（還記得嗎？）接了回來，現在明白，為什麼他們敢于棄城而逃了吧，連年的戰亂，導致一座城池常常易主，而當時的政令並不會因為你放棄城池而帶來什麼後果，所以，只要能夠走的一般都會走。一切交結完後，謝琰又收復吳興郡，因為郡守是被好事之徒給殺了，也就不用再接回來。此二戰役之後，謝琰和劉牢之合兵一處。然後，打仗就如同走路一般輕松，畢竟只是烏合之眾。哪里是久經沙場的北府軍團的對手。打的差不多了，謝琰留守烏程，謝琰派司馬（職務）高素協助劉牢之進攻錢塘江（也就是現在的浙江）。在進軍的途中，劉牢之再次升官，兼任都督吳郡軍事，吳郡的內史不是桓謙嗎，當時孫恩來了之後，他首先跑路了，所以內史職務不能給劉牢之。其實劉牢之此人也不是什麼厚道人物，以後我還會再講。
好，主角上場，劉牢之命令劉裕帶領幾十人擔任斥候（這個有些像偵察兵），偵察變民軍的虛實情況。難得任務上手，劉裕自然好好干，可是想不到，劉裕帶著這幾十個人好不容易收集到一些信息。正要返回，突然遭遇到幾千人的變民軍隊，我了個去！「出門前得好好看黃歷才行」這恐怕是劉裕當時心中所想吧。但是踫上了，想走那是不可能的，這幾千號人，追你十幾個人怕是很容易吧。所以，二話沒說，變民軍以排山倒海之勢就過來了，結果沒幾分鐘就殺得只剩下劉裕一個人，而劉裕自己也跌在河岸之下。變民軍站在岸上，想下岸，劉裕用力地舉起長刀，仰面殺了幾個人後，翻身上岸，大聲吶喊著沖向這些變民們，這些變民們一看，這小子玩命，先躲躲再說，急行後撤，就這樣，一個人追著幾千個人砍，而這些變民們也確實害怕的不行，死命的逃，爾後跑在後面的就掛了，史料記載「所殺傷甚眾」。恰在這個時候，劉牢之的兒子劉敬宣因正疑惑劉裕探個情況為什麼這麼久都沒有回來，怕是有什麼事情，就來了。站在山上，看到了他這一輩子，怕是都很難忘記的一個畫面吧，一個人在追著幾千個人，這個場景……只能說劉裕其人確實有過人之處。愣了一會兒，感嘆一會兒之後，劉敬宣帶領著這些人一起上，大破變民軍，殺傷俘一千多人。
消息傳回孫恩軍營，孫恩料想著去建康怕是不可能了，就對手底下說︰「去建康當官，怕是不可能了，不過，保住錢塘江以南的地區，當個一方諸侯是沒有問題，請各位不要擔心。」但是，如果你不進取，只想呆呆地等著別人不動，成功自動找上你，怕是也太天真了。當劉牢之的大軍渡過浙江時，孫恩也意識到這小子不好惹，就說︰「我不認為逃走就是羞辱。」還真能為自己找借口。率領他的龐大陣營二十余萬人向東撤退，一路上因怕zh ngf 軍走的太快（要知道zh ngf 軍可是沒有像孫恩一樣帶著這麼多累贅，孫恩為了建立自己的王國，只要是投靠他的信徒，他一律帶著。），就把帶在身上金銀之物大部分拋棄在路上，這些zh ngf 軍一看如此多白花花，亮閃閃地東西就瘋狂搶奪，然後，孫恩就這樣從容不迫的到達了他的大本營，雖然沒能去成建康，但是帶著這麼多人上島，還有那些金銀，雖然是丟了大部分，不過，收獲還是不小的，整體還是賺了。而那些被孫恩委派管理那幾個郡的人就沒有這麼值得了，官還沒當幾天，就被高素（謝琰的人）悉數弄成了「水仙」。
孫恩走了，百姓們以為安全了，就都回來了，可是讓他們沒有想到的是，等待他們的竟然是zh ngf 軍的**燒殺，只能是又回到山區躲了起來，偌大的郡城里，一片荒涼，看不到一點兒人煙。直到一個月後，劉牢之撤走，他們才回來。這些百姓攤上一個這樣的zh ngf ，也算是倒霉！zh ngf 怕孫恩再來搗亂，就派謝琰當會稽郡內史，兼任都督周圍五郡軍事。
國家把任務交給了謝琰，本指望著他可以保一方平安。可謝琰所做的事情卻很不負責任，或是說是太自以為是。當初，謝琰可以獲得這個官職，還是因為門第世家的緣故，不過，那個時候是很正常的。雖然打仗時，他也打了那麼幾場勝利，但也是因為實力懸殊，其實他並沒有多少實力。他來到會稽後，不安撫人民（主要還是劉牢之帶來的影響更大些），又不修建城牆，只天只知道花天酒地的。
當在舟山島上的孫恩听到這個信息後，就想著再次登入，其實距離上次也才過去五個月，他就等不及了，他是有多心急呀。那是一天早上，他帶著這些人手就又再次登岸，而且仍不忘記帶上他的那些信眾們。有的人說，孫恩如此，是想反抗朝廷，不過，我看著不像，因為從頭到尾都沒有發表什麼言論來證明他的想法，而且也沒有發表什麼征戰檄文之類，只是上岸打上幾個月後又被趕到舟山島上而矣。
這一次，孫恩先是進攻浹口（浙江省寧波市東北甬江口），深入余姚，攻破上虞，上虞人民還是挺可憐，沒辦法，上虞離舟山島太近了，而且他們對孫恩又比較友好，所以，每每從這里過都能勝利。當孫恩到達邢浦時，謝琰派參軍劉宣之迎戰，結果zh ngf 軍勝。孫恩趕緊撤，沒過幾天再次進攻，然後孫恩勝。
月底，孫恩就到達會稽。會稽城里，謝琰內史府里飯剛擺好，謝琰還來得開始吃，就有人稟報孫恩就在城外，謝琰就宣布說︰「等我們把這個盜賊消滅了再吃飯。」這個本來是不錯的，有關公的遺風，可結果……如果謝琰知道接下來發生的事情，他應該會去吃好飯來的，不到于當個餓死鬼。第一場戰役失敗，他的下都督（司令官）張猛陣前叛變，就把謝琰給殺了。吳興郡內史怕郡內又有不少好事之徒會響應孫恩的起義，就用大屠殺的手段進行鎮壓，殺男女幾千人。這樣想來，那個時候的人民還真難過，跟著誰都沒點生存的權利。孫恩本來是去他這里的，一看此人如此生猛，就進攻臨海郡。
孫恩又來了，東晉又危險了……