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戰爭打成這樣，哎……還真是失敗呀。桓玄還真是沒辦法，可派的將領，基本上都派出去了，而且基本上都掛了。現在唯一能做的只能是逃了，可是光明正大的逃畢竟不太好，趕緊把打了敗仗的姐夫殷仲文叫過來，吩咐他趕緊到石頭城秘密準備船只，走陸路太危險——劉裕正在陸路。等到前方傳來桓謙失敗的消息，不等他們歸城，立馬叫上自己的親信幾千人，對外則說要去前線督戰。不過，大家都是明白人，你去督個戰還要帶著自己的皇子後妃們，你騙誰呢。
所以，在出南掖門的時候，被相國參軍胡藩看到，胡藩攔住桓玄的馬，勸阻說︰「現在，我們京城里還有神sh 手八百人，他們全都是你曾有恩的老部隊，西部還有那麼多你們桓家曾有過恩的軍隊，不讓他們試一試，你就舍棄首都，再說，陛下你要去哪里？」桓玄被問得啞口無言，只能舉起馬鞭指了指天上，然後策馬狂奔，向西奔往石頭城，與姐夫殷仲文會合後，逆江南下。
雖然成功的到達了船上，也算是安全了，可是桓玄心里還真不是滋味，當皇帝才沒多久。桓玄四0三年十二月初三登基，四0四年三月初二就開始逃跑，皇帝的凳子都沒有坐熱，又得走，心情自然不太舒服，而且現在當了皇帝，如果逃跑失敗只有死路一條，現在這個局面，又無將領可以調派，實在不知有何勝算。
心情沉重，桓玄在船上也吃不下飯，更何況因為走的過于匆忙，飯菜自然比不得以前那麼好，所以桓玄更是吃不下。他的兒子桓升就抱著他，撫模著的胸脯安慰他，讓他別再擔心。雖然如此，桓玄心里依然難過！
好，讓桓玄慢慢擔憂吧。一個領導都沒有的首都很快就淪陷了。劉裕進入建康後，王仲德抱著王元德的幼子王方回站在路邊等著劉裕的到來。劉裕過來時，在馬上抱著王方回，心里很不是滋味，就和王仲德相對而哭。人都死了，就封個官吧，追封王元德為給事中，挺大的一官了。當然，對于他的弟弟王仲德也一樣升官，畢竟現在都打到首都來了。所以，就給了他一個中兵參軍的職務。
三月初三，劉裕把軍隊移到石頭城，就如劉邦一樣，為了顯示自己並沒有佔領之意，把軍隊移走。當初劉裕起兵，以及在檄文中都是講把反賊桓玄趕走的。所以，如果老佔著首都，別人會懷疑的。
把軍隊駐扎在石頭城後，在石頭城設立臨時zh ngf ，把桓玄的設立的官職一概給廢了，恢復之前的百官職位，順便把當初楚國的皇家廟里的牌位，就在宣陽門外一把火給燒了。當初，桓大爺沒有做那麼多祖宗的牌位，倒也是省了不小材料的。燒完桓家的牌位，就重新刻好司馬家的牌位，重新放到晉朝的皇家祭廟里。
做完這些事情之的，劉裕一邊命各個將領去追擊桓玄（領導範），同時命令尚書王嘏率領文武百官，去尋陽把正在流放途中的司馬德宗接回來。另一邊呢，把還在首都的桓氏家庭集體屠殺，也夠厲害的，不過一將功成萬骨枯，這也是很正常的。
做完之些事情之的，劉裕命令把皇宮里的東西全部登記造冊，這其中還有一個挺有意思的故事。
事情是這樣了的︰劉裕命藏熹到皇宮中收集圖書以及各種珍貴的寶物，查封皇宮的還有zh ngf 的（當然指的是桓玄zh ngf 的）倉庫。當然這其中不凡名貴之物，當有一天次搜出很多黃金白銀時，劉裕恰好也在場，就問︰「藏熹你想不想要呀？」藏熹一看劉裕如此嬉皮笑臉的，就嚴肅地說︰「皇上（當然是司馬德宗）被迫害，流亡到不屬于他的地方，我們心里也很是不安。你首先站出來，倡導大義，我雖然不能像你一樣，但也不會貪戀此物，安然享受。」劉裕一看他如此嚴肅，就笑笑地說︰「我跟你開玩笑而矣，別放在心上。」看來，劉裕這個人還是挺可愛的。
勝利了，當然要所表示的，zh ngf 的這些官員也很懂事，就在兩天後，三月初五，司徒王謐（好人）和文武百官們，一致推舉劉裕領揚州，也就是京城的安全也是他負責了。是一個很大的官位的。劉裕一想，現在接受就如同桓玄一樣，萬萬使不得，就堅決辭讓！反而任命王謐擔任侍中兼領司徒（宰相），並且把自己死得不願意當的讓給王謐再兼一職。如此一來，這個王謐可謂無人能敵了，這麼多重要官職集于一身，果真了不得。
在此，可有細心的讀者可能發現了，劉裕現在只不過是義軍首領（這個大一些，他自己現在任的官職在他們面前不值一提）是可以任命一些官職，前提是你不擁戴現在的zh ngf 才行，或是你自己組建自己的zh ngf 也可以。不過，很可惜的是，劉裕當初打的旗號是擁護晉國的，何有權力任命這麼高的職位？在朝堂上那麼多比你高的職位的人，你有什麼資格任命別人擔任何職務？你只不過是一個小小的外官，這些人全都是京官！
當然合理的解釋是有的，那就是，澤東同志說的好！「槍桿子里出政權」誰有實力誰說話，劉裕手握北府軍團，剛剛又打敗了桓玄，自然有資格！
百官們一看，這個職位你不想當，那就讓當其他的吧，就讓劉裕都督楊、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍史，要知道東晉在淝水之戰前，包括僑州一共才十五個州，即便之後劉裕收復許多失地，也才二十五個州。你一人現在就擁有八個州的軍事權，真可謂是心里有算呀。除了這個還兼徐州刺史，並擁有使持節，這個東西了不得！一級權力，見此節如同見皇上呀。雖然有時候皇帝本人來也未盡管用，但最起碼是一個榮譽呀。
當然，自己享福，兄弟受苦這樣子的事情，劉裕也做不來。在劉裕的示意下，王謐任命（他有這個權力）劉毅為青州刺史，何無忌任瑯邪郡內史，孟昶為丹陽尹（首都），劉道規當義昌內史。看看這些任職，我們會一種感覺，劉裕果然很會安排，無論軍事重地，還是首都重要之地，無一例外全都有自己的人。而自己都督八州軍務，現在朝中有誰是他的對手？可謂是一番良苦用心呀。
成功了，但是結下來怎麼弄？桓玄還在外，司馬德宗也沒有接回來，現在建康一片混亂要如何收場？且看劉裕的手段！