()馮錫範的第一艦隊朝馬尼拉灣方向靠近，外海西班牙的j ng戒艦發現便連忙通報，港內的西班牙艦隊立即駛出迎戰，兩軍甫一接戰，馮錫範便令一、二戰隊向西朝海南島三亞方向撤退，留下自己的旗艦與第三戰隊繼續作戰，這個舉動讓西班牙艦隊指揮官認為排灣軍艦隊懼戰，才會不顧旗艦指揮官安危，自行撤退，便下令各艦朝馮錫範旗艦猛烈炮擊，馮錫範這時才命令第三戰隊也隨同西撤，西班牙艦隊不疑有他，便全數追擊馮錫範。
而劉國軒的第二艦隊則帶領著陸戰隊登陸船團向馬尼拉灣接近，而施瑯的特種部隊已先行進入呂宋島東部海域，勘查地形與偵搜敵軍兵力部署、彈藥存放等特種作戰先期準備工作，掌握敵軍詳細情資。第二艦隊進入馬尼拉灣時與西班牙的岸炮互相駁火sh 擊，西班牙士兵一見排灣軍艦隊的規模，認為排灣軍要進行登陸，便趕緊通報馬尼拉城的總督派兵增援，城內的西班牙守軍便只留下總督府的一個j ng衛連及負責城門守備的一個守備營留守，總兵力不超過七百人，而施瑯率領的兩個陸戰隊偵搜營就已經超過一千人，全體隊員均是由台灣高山族勇士徵選而來，經過半年山地、水中、體能、爆破等嚴格訓練後，通過結訓測驗的勇士才能成為隊員。
施瑯趁夜幕低垂的深夜展開代號「俘酋」行動，偵搜一營的勇士潛伏至馬尼拉城邊，這馬尼拉城屬西班牙式建築，目的只是西班牙做為殖民之用，因此只是簡易的阻絕土著進入，已土石堆累用以防御，拱衛居中的總督府，偵搜一營第一排戰士以無聲武器襲殺東牆的j ng戒士兵，掩護第一營各連進入，第二營則在東牆外埋伏，伺機策應。第一連第一排繼續前進，找尋西班牙彈藥庫存放位置，執行爆破，二、三排則潛入總督府執行俘酋任務，而第二第三連則分由左右兩側襲殺j ng戒兵，控制邊牆及堡壘。
突然一聲轟天巨響，伴隨著沖天巨焰，第二、三排則趁西班牙軍對突然變故不及反應之際，sh 殺總督府的j ng衛士兵，直接進入總督府逮補西班牙總督，而施瑯在城外一看，便知道第一營已經成功得手，便命第二營進入城內協同第一營掃蕩西班牙軍，西班牙軍這時除部分兵力趕往救火外，其余的士兵則趕往城牆堡壘，進入戰備位置，結果一靠近牆邊便遭遇排灣軍sh 擊，只得退回總督府防御，西班牙軍這時才發現遭到排灣軍襲急，西班牙軍指揮官便趕緊進入總督府，準備向總督報告軍情，結果在總督府大門卻看到總督被排灣軍夾持走了出來，口中不斷以西班牙語要求部隊棄械投降，西班牙軍見狀便將武器放下，高舉雙手投降，接著便要求岸防部隊全部投降，施瑯便將敵軍全數繳械，控制在城內，隨即派人至海邊施放信號煙火，劉國軒見狀便命陸戰登陸船團開始登陸，佔領岸際各碉堡炮台，控制了整個馬尼拉灣，施瑯也命西班牙總督要求艦隊返回投降，西班牙總督無奈下只得放出信鴿下令艦隊返回。
西班牙艦隊指揮官接到命令後大驚，只得連忙率艦返航，馮錫範艦西班牙軍調頭又命各戰隊集結，由三亞灣調頭，尾隨西班牙艦隊，西班牙艦隊進到馬尼拉灣附近時，見到外海陳列的排灣軍第二艦隊，便相信總督府真的淪陷了，便令各艦懸掛白旗以示投降，並在排灣第一、第二艦隊的j ng戒下，進入馬尼拉港。
鄭成功接獲捷報後，便率陳永華前赴馬尼拉接受西班牙請降，鄭成功與西班牙總督在馬尼拉城簽訂受降條約:
一、承認呂宋島及周邊列嶼群島，均為中國之領土及管轄範圍。
二、凡屬西班牙籍軍民均可攜帶個人財物返國，庫存之金銀財寶、武
器及當地所獲之奴隸，不在此限。
三、西班牙之武器、彈藥及武裝艦船，均應繳由中國。
四、中國將派武裝艦隊將西班牙軍民護送遣返。
五、對之前殺害、剝削、強奪我中國旅居當地僑民，均需支付賠償金，
可由庫存中金銀折抵，不足將以西國人留下服勞役折抵。
西班牙總督表示，相關條文僅能以其職權簽訂，除第一條需本國皇帝認可外，其余均可接受，於是鄭成功上書朝廷，請遣使與西班牙交涉，便將西班牙總督監禁，等候朝廷旨意。仲坤賢與內閣商議後，便傳旨要開戰而暫駐英國的西班牙的特使返回西班牙交涉，並將呂宋島劃為靖海王封地，由鄭成功按帝國憲法治理，並派遣理蕃司官員駐呂宋島，另由華南軍區派出少將接替靖海王鄭成功的呂宋島駐軍指揮權。
鄭成功則將庫存財寶清點，扣除征伐軍費，所余銀倆尚不足補償受害華僑，便要求西班牙總督依約留下一萬人服勞役五年，而向來有人種優越感的白種人，如今也只能成為奴隸在呂宋島上拓荒，建築，唯一的保障是排灣帝國保障人權，朝廷禁止虐待俘虜，因此這些白人也只是每天工作八小時後，便被送回軍營管制。
而西班牙方面則因逐漸喪失歐陸霸權及在海上面臨英、荷、葡等國的崛起，無暇應付遠東地區，所以只好全盤接受排灣國訂定之條約，將其軍事力量撤離遠東地區。
這次作戰中特種作戰發揮有效的奇襲作戰，讓仲坤賢更為重視特戰部隊成立，於是晉升施瑯為海軍中將，擔任海陸軍特戰學校校長，在台東太麻里山區及海岸從事各項特戰訓練，包括在山地、叢林、城鎮、海域等地形，從事襲擾、滲透、破壞等諸般訓練課程，並將結訓學員投入個軍區成立特戰師，支援各軍區從事戰斗，而這次兩個偵搜營營長分別是排灣族的郎阿朗中校及阿美族的瓦旦中校，倆人均因軍功卓著，破格晉升大校軍餃，擔任特戰學校總教官及陸戰隊特戰師師長，這對台灣高山族百姓有著極大鼓舞效果，更增近高山族與漢族的融合。
西歐列強得知呂宋島一戰中國僅兩r 不到時間便取得勝利，便紛紛仿效中**制，也對國內推行徵兵制，並遣使與中國進行軍事交流，希望能得到中國支持，保障他們在遠東地區的商業貿易利益。
這時在中國南邊的越南卻突然迅速崛起，越南王陳龍翔在並吞柬埔寨後，又對緬甸及暹羅國用兵，不到一年時間，暹羅王與緬甸王先後投降，整個中南半島幾乎都在其統治範圍，但越南王卻對中國頗為恭順，只要節慶便遣使朝貢，送上大批珠寶、土特產，就是不親赴b ij ng覲見，這讓仲坤賢更啟疑竇，便遣情報人員潛入越南掌握越南國內情資，結果得到越南軍在中國邊境擺設重兵，且大量生產戰艦，不斷在南中國海進行演習，情資綜合後，軍機處向仲坤賢回報，越南軍是以中國做為假想敵訓練，仲坤賢便要求華南軍區加強陸海軍戰備，防止越南對我突起攻擊。
正當仲坤賢對越南產生懷疑之際，越南王卻上表請求共擊毛承儀，稱毛承儀蜀軍經常越界s o擾越南國境，造成越南居民困擾，而仲坤賢接到這奏表不禁感到猶豫，這越南肯出兵共擊蜀軍，對排灣帝國而言是件好事，但由最近越南軍的動向看來，卻又讓人不得不懷疑，這越南軍是否另有圖謀？