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漫畫版的小智為避免沖突，本書名為「小赤」，小茂也是采用漫畫版的酷哥而不是動畫版的富二代。
另，新人訓練師設定為14歲開始旅行。
以上。
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「叮咚」上條按下了大木研究所大門上的門鈴。
不同于真新鎮樸素的居民區，無論是潔白高聳的研究所還是那超過半個小鎮的巨大後院，都讓上條一行人在來到真新鎮的第一眼就認出了此行的目的地——大木研究所。
「嗨嗨，來了，請等一下。」一個老年人的聲音傳來。
「吱嘎」研究所的木門打開，穿著可笑睡衣的大木博士從門後走出，還打著哈欠。
「你們是？哦哦，這不是阿勃梭魯嗎？還是純黑s 的阿勃梭魯。」完全無視了面前的三人，大木博士直接撲向一旁的阿勃梭魯。
「哦哦，這銳利的爪子，這潔白的皮毛，這光澤的骨刃，身體狀況良好，還沒有訓練過的痕跡……」一邊趴著對阿勃梭魯進行觀察，一邊從睡衣口袋里拿出一個小本子和一支筆記錄起來。
「那個，大木博士……」尷尬的上條不得不打斷大木博士的研究動作。
「哦哦，抱歉，你就是上條吧，不好意思，第一次這麼近距離的看到阿勃梭魯，不免有些激動。呵呵，先進來吧。」說著把上條一行人引進了研究所。
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讓上條他們在研究室等了一會兒，大木博士換上了平r 的裝束，同時也拿來了兩個包裹。
「這是聯盟給你的，那個是托奇給你的，至于神奇寶貝存放的登記，你先填完這張表，然後要等兩個小時，將資料與身份卡，工作證明同步。」說完，就盯著上條︰「請，務必，讓我在這段時間里，收集一下阿勃梭魯的資料。」
「好，好的。」科學家的熱情還真是……上條下意識的看了看一旁的食蜂c o祈。
「拜托，請到這邊。」大木博士听了上條的話，立即開始懇求起阿勃梭魯來。
阿勃梭魯無奈的看了看雙手合十面露懇求的上條，嘆了口氣，跳上了金屬平台接受掃描。
大木博士則是激動的對阿勃梭魯進行研究。
「純黑的阿勃梭魯啊，來，咬一口，嗯，惡屬x ng沒有深化的跡象，咬合力超過一般的，牙齒尖銳有力沒想到雜食的神奇寶貝也有如此恐怖的牙齒……骨刃的硬度與鋒利程度……骨刃與金屬撞擊的聲音有點沉悶，有暗傷嗎……」
填完表格後，看著陷入研究狀態的大木博士，上條嘆了口氣。感受著雙手上的重量，看了看左右兩邊再次睡過去茵蒂克斯和食蜂c o祈，也是，那種情況沒人能睡得著吧，上條想起了之前的大針蜂群，然後也靠在研究室的沙發上，睡了過去……
大約一個小時後
當麻！當麻！」
「再讓我睡一會兒吧，上條先生好困啊，就再3分鐘……啊！！」上條當麻受到茵蒂克斯的咬頭攻擊，效果拔群。附帶特效︰完全清醒。
「那，那個，打擾一下。」大木博士的話解救上條于茵蒂克斯的鋼牙下︰「不好意思，今天是新人訓練師領取初始神奇寶貝的r 子，能否請你們回避一下呢，拜托了。」
「不，是我們唐突了，我們去那邊呆著可以嗎。」被解救的上條很爽快的答應。
「恩，那邊就行了。」
「c o祈，走吧。還有阿勃……」
「阿勃梭魯可以留下！」大木博士很激動。
「好，好吧。」上條拿起地上的包裹，背著還在咬頭攻擊的茵蒂克斯，與食蜂c o祈一同走開了。
c o祈對科學家果然還是心有芥蒂啊，自從到了研究所就沒說過一句話。看著沉默的c o祈，上條不由頭疼起來……
「爺爺，把小火龍給我。」
已經有人來了
上條加快了腳步。
「哦，小茂來了。」一個酷酷的男生，大木博士的孫子嗎，看起來比一般同齡人要成熟得多。
「那，給你。」
「爺爺，出事神奇寶貝寶貝不是三只嗎，怎麼……」
「昨晚，研究所遭賊了。」大木博士臉上看不出一絲不快︰「還是一只可愛的賊呢。」
「s 老頭，那被你送走的是那只？」
「杰尼龜。」
「那留給小赤的就是妙娃種子了，小智那個肯定會睡過頭的笨蛋怎麼辦？」
「額，你看那只皮卡丘怎麼樣？」
「潛力上是沒問題，但……這樣也好，就當是那笨蛋的懲罰。」
「這不是挺關心同伴的嘛。」
「同伴？小赤還差不多，小智麼，哼，等他追上來再說。」
「小茂，你就不能像個正常的小孩一樣嗎？」
「……爺爺，我出發了。」
「圖鑒，神奇寶貝球拿好，你的話，其他也就不用擔心了，那麼，一路順風。」
「嗯，爺爺再見。」
大木茂至此踏上旅途。
10分鐘後。
「大木博士，大木博士。」一個非常有活力的男孩跑進大木研究所︰「我來領取神奇寶貝了。」
「小赤啊，你來晚咯，只剩下妙蛙種子了。」
「他是叫妙蛙種子嗎？」接過博士遞過來的神奇寶貝球，名為小赤的少年二話不說就將里面的神奇寶。
「你好，我是小赤，是你的訓練師，以後請多多指教。」說完，放出腰間神奇寶貝球中的神奇寶貝，是蚊香蛙。
「這是蚊香，你的前輩哦，大家以後以後要好好相處哦。」將蚊香蛙和妙娃種子的手(前肢)放到一起，燦然一笑。
「謝謝博士！」小赤笑著對博士說道︰「那我就出發了！博士再見。」
「等~一下。」大木博士無奈的拉住小赤鮮紅的衣領︰「圖鑒和神奇寶貝球都沒拿呢。」
「嘿嘿，謝謝博士。」接過博士遞上的圖鑒和神奇寶貝球。
「蚊香，妙蛙，出發咯！」「 ！」「妙蛙！」
訓練師小赤踏上旅程。
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趁著時間空閑，上條也拆開了包裹，聯盟的包裹里是工作證明，特殊的身份卡，制服，五個友友球、一張銀白s 的信用卡以及一張電話卡。
「哦，是中級的聯盟套裝呢。」
「茵蒂克斯，你知道這個？」
，「當然。」
一開始就是中級麼，壓力好大啊。算了，看看托奇先生的禮物，這是……
上條眼前的是一套技能光盤，除了居合、閃光、碎岩、怪力、沖浪、飛天、潛水、攀瀑、攀岩、清霧這一套秘傳機器外，還附上了刀背打和保護的技能機器，甚至還有小型技能學習裝置，這份禮物可是太貴重了……
「上條，包裹看了嗎。 ，看來托奇對你有很大的期望啊，是不是感到壓力了？」大木博士目送小赤離開後，向上條走來。
上條點了點頭。
「放松點，順其自然就好。把這份心收起來，有讓聯盟依靠你的時候，這世界的未來可是你們的。」揉了揉上條的刺蝟頭。
「那邊的信息同步完成了，試試看吧，‘上條隊長’。」說著，大木博士把聯盟包裹里的電話卡交給上條。
「隊長？」接過電話卡，放入手機。
「救援隊啊，怎樣，想好名字了嗎？」
上條看了看還在金屬台上的阿勃梭魯。
「就叫‘災厄’。」
"這樣沒問題嗎，現在的年輕人啊……」
「呵呵，這樣就好……」
剛換上的聯盟電話卡的手機震動起來。
「抱歉。」
「去吧。」
「c o祈，茵蒂克絲。」
「嗯。」X2
「阿勃梭魯，走了。」
上條一邊向外走去，一邊听著手機中的信息。與一名急匆匆的少年擦肩而過……
「關東地區常磐森林附近的救援隊們請注意，請立刻趕往常磐森林X:132Y:144至X:259Y:30坐標區，行動時注意隱蔽，目標︰火箭隊。任務具體情況稍後發送。再重復一邊……
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在動畫版和漫畫版之間糾結了很久
動畫版劇情比較好寫，但非常不科學，要較大改動。漫畫版劇情比較合理，但也正因為如此設定上會有較大沖突。
最終決定，今後動畫、漫畫的劇情都會有涉及，但基本不會全線參與，大事件不能不參與，不過上條也有自己的旅程。
另，動畫版小智剛出場實在是太糾結了，這段劇情只好刪掉。
以上。