()1989年到1992年在原南斯拉夫SlavonskaPozega效力，1992年轉到CrvenaZvezdaBeograd俱樂部，1993年取得希臘國籍同時加入PAOKThessaloniki俱樂部.96年被國王選中。1997年到1998年繼續在PAOK效力，98年拿下希臘聯賽MVP，同年進入NBA至今。
2000年－2001年賽季，國王送走威廉姆森，佩賈榮升主力，能量得到釋放.在本季進步最快球員評選中位居第二，而且在全明星三分球大賽中也把阿倫和美國人驚出了一身冷汗.自此佩賈成為國王隊僅次于韋伯的二號球星.這時的佩賈已經初顯男人本s 。
2001年－2002年賽季，韋伯因傷賽季初未能上場，國王上下人心惶惶，在當時韋伯就是半支國王隊，阿德爾曼甚至悲觀地估計︰「在韋伯歸來之前我們如果能取得半數的勝率就謝天謝地了.」關鍵時刻，佩賈接過了領袖的重擔，場均轟下近24分，率領國王取得15勝5負的優異戰績，直追湖人，為國王最後能超越湖人成為常規賽冠軍打下基礎.佩賈本季還有一大收獲，就是榮膺三分大賽冠軍，他沒有讓2001年的那一幕重現.然而佩賈最為人詬病的也是他的三分球.在2001年－2002年賽賽季國王與湖人西部決賽的生死關頭，佩賈投失了一個致命的底線三分.盡管他是帶傷上陣，然而這個三分球使得佩賈的心理素質遭到眾多說客的質疑.否則這個賽季就該是佩賈成為男人的最佳時候.畢竟誰願意在眾人質疑的眼光下宣布自己是個男人呢？
2002年－2003年賽季，佩賈仍然飽受腳踝傷痛的困擾，職業生涯有走低的勢頭.不過佩賈用衛冕三分球大賽冠軍來向人們表明了他並沒有倒下，他說他要奪得三分球大賽三連冠，總有一天他會向人們證明他是個男人的。季後賽，韋伯倒下後，佩賈帶領國王與小牛大七百回合後英勇就義.在其中的一場比賽中，佩賈在防守對方的全明星前鋒德克•諾威茨基時，一把將對方推向場邊的攝象機上.這時佩賈要成為男人的想法已經十分之強烈，他希望得到人們的公認.然而人們對于佩賈關鍵時刻的表現仍然不滿意，他們對佩賈的心理素質再一次提出了質疑。革命尚未成功，佩賈仍需努力.
2003年－2004年賽季，一切和兩年前都是那麼地相似︰韋伯仍然不在，仍然是佩賈率領國王沖鋒陷陣，佩賈攻下更為耀眼的個人技術統計，國王更為強大.不同的是現在的佩賈徹底擺月兌了傷病的困擾，變得更為成熟更具威脅x ng，對手總是用兩到三個人去夾擊他，而佩賈卻總是能更好地發揮.j ng準得讓許多內線球員都慚愧的命中率，越來越具沖擊力的籃下突破，r 益凶狠的搶斷，這些都是佩賈新的武器.而最大的不同卻是佩賈不僅僅只能用得分來回擊敵人，必要時，他也可能會讓對手嘗嘗他拳頭的厲害.半個賽季過去了，國王走在整個聯盟的前列，佩賈也已經成為頂級殺手，他的能力已經得到人們的公認.缺少的只是一個儀式，于是佩賈向人們展現了他鮮為人知的另一面︰向裁判叫板。
2006年1月28r ，佩賈•斯托賈科維奇來到印第安納步行者隊報到並參加了球隊的新聞發布會。2006年7月13r ，印第安納步行者和新奧爾良黃蜂正式通過先簽後換完成了佩賈•斯托賈科維奇的轉會。
2010年11月20r ，佩賈•斯托賈科維奇與杰里•貝勒斯一起被交易到多倫多猛龍隊，黃蜂隊換來了賈瑞特•杰克、馬庫斯•班克斯以及大衛•安德森。2011年1月21r ，猛龍隊正式買斷佩賈•斯托賈科維奇。
2011年1月25r ，佩賈－斯托亞科維奇正式與小牛完成簽約。
2011年6月13r ，佩賈－斯托亞科維奇所在球隊達拉斯獲得NBA總冠軍，佩賈－斯托亞科維奇是小牛晉級之路上的關鍵一員，特別是在4－0橫掃湖人的系列賽中發揮出s 。