9月下旬，就當德賽即將從塔林南撤時，駐留但澤走廊的東布羅夫斯基命令勒內將軍的第四軍，由西向東進入東普魯士；而在東面，雷德斯將軍新組建的立陶宛軍團在留守柯尼斯堡城內波蘭軍隊的接應下，不費吹灰之力的佔領了這座城市。浪客中文網另外，西里西亞軍團、維瓦斯軍團、華沙軍團與薩克森王國的軍隊也在明里暗地予以配合。
僅僅五天不到，整個東普魯士與立陶宛、拉月兌維亞一樣，重新歸位波蘭版圖的一角。一周之後，普魯士趕來救援柯尼斯堡的軍隊在渡過奧得河時，突然遭遇到東布羅夫斯基指揮的第一軍與西里西亞軍團的伏擊，2萬4千名普魯士軍隊損失殆盡。隨後，柏林方面不得不再度接受城下之盟，宣布放棄柯尼斯堡，以及奧得河以東的所有領土。
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與此同時，在莫斯科，來自科西嘉島的歐洲征服者和他的士兵遇到了大麻煩。
15日晚上8點左右，中國區傳來了發生火災的報告，那里有眾多的作坊以及各種珍貴的貨物及商品，有皮毛制品、精美的衣物和來自印度及中國的絲織品等等。然而，所有的救援及滅火工作都是徒勞，火勢迅速蔓延，現在已危及了整個城市……城市已像個巨大的熔爐。
開始，拿破侖和他的軍官們並沒有把這場火災看得太嚴重，認為這場火災只是由一些喝醉了的士兵或是腳夫們引起的小騷亂。
「皇帝陛下很早就休息了……但是晚上10點半時，」科蘭古回憶道，「我的副官叫醒我並告訴我城市已著火，大火已持續了40多分鐘了。我對此一點兒也沒懷疑，因為我的房間已被蔓延的火勢燒著，我及時離開了那里，還被濃煙嗆了好幾口。隨後，我又叫醒了克里斯多夫……帝國衛隊已待命，但我們仍決定再讓皇帝陛下多休息一會兒。我迅速上馬親自去查看到底發生了什麼事？並看看我能組織什麼樣的救援工作……但是從北方吹來一股強風，正是從最初著火的兩處火源的方向而來，風助火勢，濃煙滾滾，彌漫了整個城市，並對城市造成極大的危害和破壞。」
午夜12點半又發生了另一起火災，接著又連續發生了另外幾起火災。情勢已十分危急，因此，大家決定叫醒整夜一直在沉睡中的拿破侖皇帝陛下。據發現，城內所有的水管等滅火設施都被羅斯托普金離城前給毀壞掉了。僕役和士兵們搬運成桶的水及沙土來滅火，然而火勢太大，雖然軍火庫有大量的士兵保護，但宮殿的窗子已經開始紛紛碎裂月兌落。
「剛開始，拿破侖認為這場大火是由我們不守規矩的士兵疏忽大意造成的，」科蘭古繼續道，「他無法相信……俄國人會為了阻止我們佔領這座城市而狠心放火焚燒自己的都城。」但是，被法軍抓獲的縱火犯很快就招認了是羅斯托普金下令焚燒城市的。「接著我又檢查了帝國的馬廄，那里有一些歐洲的馬匹及沙皇的御用馬車。」
科蘭古報告說，「這場火災使我們全軍總動員——我應該這麼說——這里的所有人都在全力救火。我們呼吸的不是空氣而是煙火，我們的肺里充而滿了煙塵。」
在那一晚，牆壁和天花板的斷裂聲、訇然倒塌聲、火焰的呼嘯和畢剝聲、人們的狂叫吶喊，時而動蕩不完的煙雲，時而騰空升起，夾雜著明亮的火星，雖煙滾滾閃出道道火光，此處是禾捆狀的通紅的火柱，彼處是沿著牆蔓延的魚鱗狀的金色火焰。
好在帝國衛隊的幫助下，通往克里姆林宮南面的橋梁總算保住了。熱浪席卷之處熱得讓人無法多待上一分鐘，士兵們皮帽上的毛也由于過熱而焦枯了。
當天下午4點半，拿破侖最終下令撤離莫斯科城，他們的下一個目的地是位于通往聖彼得堡公路上離莫斯科僅數英里之遙的彼得羅夫斯柯耶宮。
在彼得羅夫斯柯耶宮，拿破侖顯得很安靜，因為繆拉確定俄軍已受到重創，士氣十分低落，過不了多久沙皇就會被迫投降的。這一消息促使拿破侖決定延長在莫斯科的逗留時間。
于是，9月18日，拿破侖回到了克里姆林宮。在兩天的時間內整個城市遭到浩劫，就連在火災中撲救下來的房屋也遭到洗劫，斯洛博達宮，這座極其奢華的宮殿是拿破侖在克里姆林宮外為自己保留的住所，已在火災中被夷為平地，而整個莫斯科城近四分之三都被付之一炬，這其中包括近800多座教堂。法**隊不得不將刺刀對準自己過于放縱、趁火打劫的伙伴，並就地正法了一些人。
在回到克里姆林宮數天之後，拿破侖宣布他決定在莫斯科過冬。軍隊向城里搬進越冬需要的食物、皮毛、衣物等；防御工事有待加強……
9月20日拿破侖在給亞歷山大的信中這樣寫道，「我向貴國開戰，並無個人敵意。富庶、美麗的莫斯科城已不復存在了，因為它已被您那行為不端的莫斯科總督付之一炬了……如果您在博羅季諾戰前或戰後給我來一封和談信件的話，想必可以阻止這場戰爭……如果陛下您仍然有意與我和解的話，就應考慮發出這封信……」
當然，沙皇對此並沒有作任何答復，他直接將拿破侖的書信扔到垃圾桶里。
另外，庫圖佐夫代表亞歷山大在回復法國使節時說︰「我並沒有接到和談的指示，因為在俄國人民眼中，法國人是一幫野蠻的掠奪者、毀滅者！如同他們眼中的韃靼人的可汗一樣。」
此後，拿破侖曾兩次命令科蘭古以前任大使的身份到聖彼得堡同沙皇舉行談判，而兩次都遭到科蘭古的拒絕，後者干脆指出︰十分明顯，亞歷山大並沒有打算向法國投降。
于是在10月3日，拿破侖已悄悄開始準備撤離了。那天，他命令部隊做好準備于15日或16日離開莫斯科。不知為何這幾天以來，從巴黎到莫斯科的郵遞道路變得暢通無比，不過，內閣大臣們帶來的盡是一些糟糕透頂的壞消息。
除了西班牙戰場上，法軍接連失守之外，拿破侖清楚意識到德賽已經不服自己的管教。波蘭國王在華沙政策了一場流血不多的政變，迫使傳統貴族接受他至高無上的統治；另外，德賽還下令解放了立陶宛與拉月兌維亞的農奴，實施了法國在1793年進行的土地革-命。
更壞的消息在10月中旬傳來，德賽的海陸軍隊在愛沙尼亞方向停止了向聖彼得堡的前進步伐。不久，他又就下令驅除了麥克唐納元帥，成功接管了普魯士軍團的指揮權。緊著著，東普魯士與奧得河東岸淪為波蘭的新領土，就連但澤自由港允許波蘭軍隊自由出入。
「該死的德賽，他已經與英國人、瑞典人，甚至是俄國人達成了出賣我的協定；而你，我的繼子，是否成為他的幫凶？」憤怒的拿破侖沖著趕來的歐仁親王指責說。
歐仁搖搖頭，隨後變得沉默無語，他同樣為大膽包天的德賽的所作所為感到無比震驚。等到拿破侖發泄過後，歐仁這才說道︰「長久以來，德賽需要的是統一且強大的波蘭，此時今日，或許這個要求並不過分，因為法國需要一位盟友繼續穩定東方戰線。至于普魯士人與奧地利人都不可能真正想要對抗俄國，但德賽一定會，波蘭與俄國之間絕不會擁有和平！除非兩者中永遠倒下一個。
如果，如果陛下堅持認為我與德賽暗中進行合謀，請下令解除我的職務，而我也將願意接受軍事法庭的任何時間，在任何地點的審判！」
拿破侖當然不會頭腦發熱的撤換第4軍團的指揮官，更不會下令讓憲兵逮捕自己的繼子。皇帝依然相信歐仁對自己的無限忠誠，不過是被卑劣而狡猾的德賽所蒙蔽了。在斯摩稜斯克戰役與博羅季諾會戰中，歐仁的英勇表現充分證明了這一點，無容置疑！
此外，拿破侖也相信歐仁的判斷，在回到法國之前，還不能與德賽做公開翻臉。暫且不提在長達數千公里的漫長歸國途中，庫圖佐夫率領的20萬俄軍對自己的圍追堵截。此時大軍團的總兵力已下降到不足10萬人，其中的兩萬人還屬于傷兵患者，他們依然躺在莫斯科的醫院里痛苦申吟。真正有戰斗力的部隊僅為7萬到8萬之間。
與此同時，德賽已在波蘭、在立陶宛等地組建了5、6個軍團，兵力多達15萬人，且數量還在繼續增加。此外，德賽還擁有20到30萬的預備隊或民團，一個能迅速集結的波羅的海聯合艦隊。一旦真的同德賽徹底撕破臉皮，後者隨時可以截斷拿破侖的退路，將皇帝直接送給俄國人。
所以，盡管拿破侖非常不甘心，但頭腦恢復理智的他還是在莫斯科簽署了一道法令，公開認可了波蘭國王的種種私下行為。只要德賽繼續反對俄國，波法兩國依然是堅固的盟友。至于那筆該死的「壞賬」，要留到皇帝回到法國，再度征集30萬軍隊之後，慢慢來清算。
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