身在這亂世中，鄧季也和別人一樣，聞瘟疫之名而色變恐懼。
劉表、張濟撤軍歸去，鄧季亦隨之撤回雒陽自守，韓浩之磐石軍得此番刀盾、弓卒兵補足，河內之地已能守，蕩寇軍便連龔都校在內，俱調往弘農郡防守。
虎牙與新組的張遼等六校人馬，則留雒陽內防變。
今還只得聞荊州有瘟疫，毗鄰的弘農、河南兩郡鄧季便下死令，封鎖所有出入關口，再不許任何人進出。
奉天子令準備偷偷南下的王服，聞荊州瘟疫盛行，裹足不敢前，待受天子責，再欲往時，已被封關擋回。
如今河東每日慕名來投的百姓不少，沿途亦無關卡可阻攔，其地雖然還未听說有瘟疫起，鄧季亦不敢大意，令杜畿就河內而納之，不許河東來奔之民再過河。
荊州受前番戰亂、饑荒影響，北方各地逃往的民眾已盡多，可算是如今大漢天下人口最稠密的地方，這下瘟疫起于此地，不知又要被奪多少人性命去。
荊州陰雲密布，民眾大恐慌，又再開始紛紛外逃，各地諸侯為得戰亂中的人口，多盡收納，又加劇瘟疫的傳播速度。
鄧季自然不會知道，這場他將要面臨的疫病規模之大、持續時間之長，勝過他之前經歷的任何一次，已是一場浩劫。
東漢末年的瘟疫，時人通稱為「傷寒」。有關史料記載，這種疾病的主要癥狀為︰由動物(馬牛羊等)作為病毒宿主傳播，具有強烈的傳染性；發病急猛。死亡率很高；患者往往會高熱致喘。氣絕而死；有些患者有血斑瘀塊。面對它。人們幾乎是束手無策，只能在絕望中等待死亡。
這是一場持續十年的瘟疫，可說是東漢末年的瘟疫肆虐之最高峰。據《傷寒論》張機自序中描述︰余宗族素多，向余二百。建安紀年以來，猶未十稔，其死亡者三分有二，傷寒十居其七。
不到十年張機家族死亡三分之二的人，百分之七十死于這場傷寒。對于全國來說，或許沒有這麼高的比率，又或還要高過這個比率去，後人已不得而知，然曹植《說疫氣》︰「家家有位尸之痛，室室有號泣之哀，或闔門而殪（注），或覆族而喪」。可見其危害程度之廣，許多甚至一家、一族全勸死于此疫，死者太多。以至于全國棺材價位高漲。
非止百姓家如此，高位顯貴者亦不能得免。建安七子中徐干、陳琳、應、劉楨四人都同一年死于傷寒。
之前的瘟疫、大兵災、大饑荒數度減少人口之後，亂世中再迎來一次人口大滅絕事件。
根據不準確的官方記載，瘟疫爆發前的漢桓帝永壽三年（公元157年）時，全國人口為5650萬，而在經歷了大規模的數次瘟疫、刀兵和因前者加劇的饑荒，僅僅八十年後的晉武帝太康元年（公元280）時，全國人口僅存1600余萬。
減少全國近四分之三人口的各種大事件中，瘟疫要遠遠排在第一，超過兵禍和饑荒，而這一次自荊州起的疫病，又是八十年間死傷最慘重的一次。
當然，這些數據代表的事件只有後人才明白，鄧季頭上白頂著個傳越光環，能弄清東漢末年的亂世已很不容易，自然不會知道這一次瘟疫的可怕程度。他只是已經歷過黃巾起事前的數次瘟疫，受其害而加入的黃巾，同這時代的人一樣，聞之膽寒而已。
听到荊州有瘟疫起的時候，鄧季便令武關、汜水關封關，梁縣外則要求官府于數十里外便開始張貼榜文，禁止外來者通過，凡大膽越境者，皆射殺。
對內，鄧季下令除幾處關隘外，軍中卒兵皆休沐歸家，不逢戰不召集。各郡縣更加倍注意清掃街道、茅廁、牲畜廄，減少疫病出現的可能，亦使告誡民眾盡量少出門，喂養牲畜時盡量減少直接接觸，逢外人至勿與離得太近，客走後當立即清理潔淨。家中凡有高熱病患，家人亦當隔離，以待醫匠至。
鄧季搜腸刮肚回想出所知的一切防疫措施，都仔細明白交代下去，好在這些年下來，名聲雖不大好，但治下民眾對他盲目崇拜的已不是一兩個，這些措施便都落實得不錯。
傷寒之疫，最主要的傳播途徑是受感染的食物和水源，病從口入，並非空氣傳播那麼嚴重。然而或之前便有未知的病患已入境，或三郡內眾多的牲畜傳播，又或野生飛禽走獸帶來，任他如何防備森嚴，瘟疫還是不可避免地在治下爆發了，七月短短一個月內，便有三千余民眾染上傷寒，高熱不退，嚴重者大小便皆有血。
若算鄧季治下醫匠之多，如今本是天下各州郡之首！女醫匠們並非完全速手無策，只是治療效果不佳而已，十位患者中僅僅能得治療好兩三例，余者便只能隔離開去，生死自安天命了。
長期與病患接觸，女醫匠們是最容易染上病的人，鄧季未曾強行下令使她們去治病，然而這些令人敬佩的女子只是因她們的精神信仰，無懼而直面疫病。
女醫匠們盡念誦著大賢良師之名，讀著「我太平道教眾，只信大賢良師可以醫術仁心救民于水火，其余鬼神為虛妄，天象為自然！」「信我大賢良師者，家人六畜藥到祛病，俱能得安康！」「凡我教眾，有果毅、孝道、忠上、公心、仁意、信守之六德者，百病不侵！」等教義，走街串巷，為患者診療。
她們本自難民眾中挑選出來，都是苦孩子過來的，為人診療多只收藥費，不取診金，每到之處，不論患者最後能否治療，皆得贊聲一片。
這個時候，又有無數人記起十余年前瘟疫初起時，天下間最擅長治療傷寒的本就是大賢良師張角。
因這次大疫中女醫匠們的奉獻，太平道倒是再得在三郡中普遍傳播開來，信教者大增，俱稱女醫匠們為教中使女，果毅、孝道、忠上、公心、仁意、信守被稱為太平六善德，需謹守的。
得女醫匠們襄助，防疫又做得比別人好，還算能讓鄧季挺住。只是傷寒才剛開始肆虐沒多久，天子卻又來添堵。八月中，宮中有詔令出，拜田豐為司徒，田疇、杜畿、楊立三人得賜入列侯，為不太突出，其余賈詡、太史慈、徐晃等倒也各略有賞拔。
田豐為鄧季軍師甚久，卻並無任何品秩，此時突然得躍居朝中三公之位，居于鄧季之上，自然引得有心人注目。
旨意下後，田豐往宮中固辭不受。次日，聖旨再下，再復拜，田豐又辭。十日後，天子第三次拜官，田豐又往宮中，對天子跪泣，直言拒道︰「臣本庸碌輩，何德可居高位？且此身受鄧季大恩在前，認其為主上，已屬私臣，今生並不敢背之，不復能為陛下用也！為臣之道，不可有二主，豐有負錯愛，尚請陛下恕罪。若缺人得用，可另擇天下賢良而使之！」
鄧季聞天子授三公重臣之位給田豐，也是郁悶萬分，他自家沒信心，生怕老師被誘惑而拋棄自己，十余年功夫便白花去，還是賈詡勸道︰「主公無需心憂，此為朝中離間，元皓本忠直之輩，又知天子非真意授官，如何肯中計？朝堂已艱辛至此，官秩仰給河南，便田疇、杜畿、楊立三位，善政心明，何愚笨至為天子虛爵而動心？使君亦當傳書，使其等皆可受領之，無損于事，又顯公之大度，！」
想想也確實如此，鄧季便才安下心，令三位太守受爵，又去勸田豐接受朝中美意。
只是田豐固辭，無論如何不肯接受，他對鄧季道︰「民不可有二主！吾雖為汝師，亦當守臣下本份，得慕安國士之遇此生足矣！自當行國士之事，以為三郡表率，焉可自居高官而使吏民生疑？師徒離心？」
鄧季聞得田豐話語，因被數次督促自己迎接天子而起的一絲絲介懷已煙消雲散。
鄧季、田豐、賈詡如此態度，上下人等就更不將宮城中天子當回事。
只是瘟疫已越發猖獗，九月時，鄧季治下已有兩萬余人受感染傷寒，死者已有九千余，尸體盡草草處理掉。
這還是因為到後來，鄧季之策越發受人們重視，貫徹執行得好，平日各地民眾忙完農事便自守家中不出，方才得三郡中控制在這數字內。
就遺傳學來說，經歷得還少，這時代人體的抗性本就比後世要差許多，又缺乏有效治療，不可控制後死傷自然慘重。
劉表的荊州今感染人數已不下數十萬，亡者十萬余，听聞數字便讓人心酸。
此外，瘟疫亦以飛快的速度向著兗、豫、青、徐、揚、冀擴散，發展成為全國性的一次大災難，只是數月之間，受傷寒感染而亡者已十有二三。
這大漢天下，究竟要如何？
為泄心中憤恨，雒陽民眾中已有人編童謠道︰「改興平、起饑饉！更建安，疫相伴！」
注︰殪，音yi，去聲。死或跌倒的意思。
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