招妖幡被斬成兩截，上半截飄入外太空，在月球與大陸之間飄蕩。另一半被李凡人斬成了碎片，跟在他後面的穿越者一邊心疼的問候起李凡人的女性親屬，一邊追向招妖幡和百靈斬仙劍的碎片。
在地面等候的漩渦水靈不會讓他們輕易離開，要是等這群人恢復實力，想要除掉這群人，就不是這麼容易的事情了。
所謂趁他病要他命，漩渦水靈早就布置好了一切，眾多忍者駕駛神甲冑突然襲擊分散逃竄的穿越者，在付出沉痛代價後，被盯上的穿越者全滅。
漩渦水靈在原地等了三天，明白伍晟無法在短時內回來了，她帶著秋道和剩余的忍者返回了水之國。
火之國一役，主神議會徹底瓦解，凡是在上面簽了姓名的輪回者全部死亡，穿越者在與因陀羅的戰斗中，幾乎全滅，他們留下的各種戰斗武器被清掃一空，怪異的文明毀之一旦，土著和忍者終于迎來了他們的春天。
沒有了穿越者和輪回者，火影忍者的世界格局發生了改變，土著們意識到力量的重要性，他們聯系上崛起的忍者，建立了忍者村，開始大規模訓練忍者。
火之國被滅，偌大的國土空無一人，除了水之國外，其他三的大國開始了漫長的戰爭。本就不多的人口再次降低，軍隊的編制一改再改，到了後來，忍者成了主要的戰斗力量，地位大幅度提升。
在戰火中，皇權在無形中被消弱了，掌權者悲哀的發現，他們只有靠忍者才能在世界上立足，在殘酷的現實面前，他們的權力日益降低。最終，皇帝成了大名，他們受忍者保護，卻沒有足夠的力量，不得不把一部分權力交給忍者村，換取忍者村的幫助。
忍者村內都是修行的忍者，他們無暇管理國家，只知道不停的修煉再修煉。
在這種怪異的氣氛下，國家與忍者村成了相互依存，不可分割的一個整體，火影忍者的世界在不知不覺中，回到了原本的軌跡。
沒了穿越者和輪回者的世界，忍者成了主角，忍者家族如雨後春筍般冒了出來，他們為了各種理由加入了國家之間的戰爭。其中實力最強的一方勢力是千手柱間和宇智波斑，他們聯手，無任何當。
千手柱間見火之國是戰爭的根源，他帶領眾忍者，以絕對力量佔領了火之國，並使用各系忍術恢復了火之國的地貌和植被。
強橫的實力，獨特的魅力，配合九條尾獸的恐怖戰力，千手柱間在眾多伙伴的協助下，平息了火影忍者世界的戰爭，並把九條尾獸分給了五個大國。
有獸形核彈在手，五個大國之間暫時安靜下來了，為了讓火之國強大到足以威震其他國家，千手柱間收容了不少難民，並借助漩渦水戶的關系，從渦之國弄來大量的人口。
織田慎吾和沈萬里等人戰死，渦之**力耗盡，渦巢村只剩下一千人族士兵，當權者又無足夠的實力，他們無法阻止千手柱間的暴行。
伍晟培養的幾個心月復去了水之國，詢問了漩渦水靈的意思，數日後，不少人去了火之國，從新組建了一個朝廷。
隱藏許久的ld叔帶領渦巢村的居民乘機融入了新生的火之國，為這個國家帶來了大量可以存在的技術，充實了火之國的國力。
當火之國進入正軌後，對政治不怎麼感興趣的千手柱間和宇智波斑一起組建了木葉村，成了整個火影忍者世界實力最強的忍者村。
有人的地方就有爭斗，忍者村成立不久後，不少忍者因各種關系，成了叛忍。
叛忍的實力普遍偏高，奈何人數太少，又終日受到忍者村追殺，有不少人躲入五大國之間的小國。
數年後，忍者成了這個世界的主旋律，穿越者和輪回者已逐步淡出人們的記憶。
渦之國幾乎被千手柱間搬空，國力降調最低點，當一群叛忍進入渦之國肆虐一番後，漩渦水戶向千手柱間提出了辭行，帶著一部分忍者返回了渦之國。
對此，千手柱間無力阻止，只能任其離開。
不久，角都襲擊千手柱間失敗，無臉返回水之國，去了一個小國的忍者村，又受不了和諧的環境，成了一個叛忍，開始為金錢而奮斗。
沒了輪回者和穿越者的干擾，火影忍者世界的故事按照原有的劇情進行著，宇智波斑與千手柱間產生了矛盾，兩人在終結谷大戰一場，最終千手柱間贏了，不久死在病榻之上，宇智波斑炸死，消失無蹤。
千手柱間一死，漩渦水戶在一瞬間老了許多，她把九尾傳給了漩渦玖辛奈後就離開了人世。
沒了千手柱間，各大國蠢蠢欲動，數年後第二次忍者大戰爆發，千手扉間與眾多忍者戰死，讓其他幾個大國驚訝的是，火之國沒了千手柱間，一樣凶猛，它以深厚的底蘊在戰斗中屹立不倒，最終贏得了來之不易的勝利，但渦之國就沒這麼幸運了，它與窩巢村一起成了歷史。
漩渦玖辛奈到了木葉村，結識了黃頭發的小帥哥風波水門，兩人演繹了一場可歌可泣的愛情故事。
當風波水門春風得意，事業和愛情雙雙達到巔峰時，第三次忍者大戰在有心的人挑撥下爆發了。
同時，新一代的輪回者和穿越者悄悄的來到了火影忍者的世界，他們加入了不同的陣營，書寫新的傳說。與他們的前輩相比，如今的穿越者和輪回者已無法掌控火影忍者的世界了，各種大威力的忍術日益成熟，影級強者不計其數，上忍多如牛毛。查克拉已成為火影忍者世界內的主力量，凡是兌換的力量在查克拉面前會不同程度受到壓制，天賦神通優勢不再像以前那麼明顯，忍者的地位不可動搖。
ld叔沒有閑著，他與漩渦水靈早已經退居幕後，兩個以伍晟留下的底子，創建了邪神教。
這個教派在暗地里活動，成員大部分都是性格陰暗，對禁術有一定造詣的狂人，如若不然，他們早就老死了。
在發展教員的過程中，ld叔找到了段飛，並把它改造成不死之身，雖然這廝對邪神無比虔誠，但性格不怎麼好。他殺了幾個加入邪神教的新人，與角都走到了一起，踏上命運的旅程。
在忍者為主旋律的世界里，穿越者和輪回者淪為配角，他們想改變世界，卻沒有這個實力。最終，第三次忍者大戰充充結束，火之國誕生了無數強大的忍者，大蛇丸，千手綱手，自來也，卡卡西白牙是中翹楚，風波水門更是威震四方，好不瀟灑。
在火影忍者的世界里，有名有姓的忍者注定不得善終，宇智波斑乘風波水門他老婆臨產之際，控制九尾妖狐，襲擊木葉村。死神終于能名正言順的登場了，他帶走了風波水門和上千輪回者與穿越者的靈魂，漩渦玖辛奈在產下鳴人後也一命歸西。
當時一起都塵埃落定時，一個輪回小隊降臨的火影忍者的世界。其中一人喃喃自語道︰「怎麼還有一個任務？剿滅邪神教？是創造段飛的那個教派嗎？應該會得到不少好東西吧。」
三日後，遠在外太空的伍晟終于將招妖幡與自己的精神世界融為一體。