引證《黃庭經》本文︰
「上有魂靈下關元，左為少陽右太陰，後有密戶前生門，出日入月呼吸存。」(《內景經》第二章)
「上有黃庭下關元，後有幽闕前命門。」(《外景經》)
「黃庭真[中]人衣朱衣，關門牡龠闔兩扉，幽闕使[俠]之高巍巍，丹田之中精氣微。」(《外景經》)
魂靈即心神。關元在臍下三寸，左陽右陰，言其理耳，若必求藏府經絡部位以實之，恐近于穿鑿。密戶在身後腰部。生門即臍。涵虛子雲︰「合上下前後左右，暗藏一個中字，此中乃虛無竅也。外日月一往一來，內日月一顛一倒，綿綿呼吸，均在此虛無竅中。」今按呼為出，吸為入，出為闢，入為闔，闢為陽，闔為陰，陽為日，陰為月，故曰「出日入月呼吸存」。黃庭之下即是關元，關元之上即是黃庭，故曰︰「上有黃庭下關元」。《內景經》雲「上有魂靈下關元」，則謂黃庭之上有心神，黃庭之下有關元耳，辭雖異而義同。幽闕即生門，生門即臍，針灸家名為神闕，又名氣舍。命門即密戶，在背脊骨第十四椎下，即第二腰椎骨之部，修煉家以心神注守黃庭，名曰黃庭真人。心色本赤，故曰衣朱衣。神入氣中，氣包神外，如牝牡之相餃，故曰牡龠。闔兩扉者，喻陰陽相紐。高巍巍者，即《參同契》所雲「先天地生，巍巍尊高」之意。丹田者，乃結丹之所，如播種子于田中，自然生苗結實，成熟可期，故名曰田。精氣微之微字，最宜領會，如易教之潔淨精微，老氏之微妙玄通，方盡其用。蓋丹道雖不外乎積精累氣而成，然徒知執著精氣之粗跡，將何以臻神化哉。
附注︰後世丹書所言黃庭之部位，與本經微有不同，然大體無妨，可不具論。
第二章泥丸
泥丸即上丹田，在頭頂中，針灸家名百會穴，乃腦也，為修持最重要之關鍵。當行功時，運周天火候，必後升前降，升到泥丸終，降自泥丸始，所謂還精補腦也。
夫腦髓之體極精，腦髓之用至靈，其成也，乃間接由元氣化生。其虧也，非物質直接所能補足。人當中年以後，每患腦力薄弱，常欲求助于助于藥，然藥無補腦之效。惟有修持功夫借陰陽升降之機，化生靈質，日積月累，方可使腦髓漸充，回復原狀，或更覺超勝，于是性有所寄而命有所歸。
引證《黃庭經》本文︰
「至道不煩訣存真，泥丸百節皆有神。」「一部[面]之神宗泥丸，泥丸九真皆有房，方園一寸處此中。」「但思一部壽無窮，非各別住居腦中。」(《內景經》第七章)
「瓊室之中八素集，泥丸夫人當中立。」(《內景經》第二十一章)
「保我泥丸三奇靈，怡淡閉觀內自明。」(《內景經》第二十一章)
「問誰家子在我身，此人何去入泥丸。」(《內景經》第十九章)
道法以簡要為貴。口訣雖多，重在存真。存即存想，真即真人，言存想吾身真人之所在也。真人即神。雖周身百節皆有神，惟泥丸之神為諸神之宗。泥丸一部，有四方四隅。並中央，共九位，皆神之所寄，而當中央方園一寸處乃百神總會。修煉家不必他求，但存思一部之神已可享無窮之壽。因此一部之神非散居別處，而居腦中。腦為人身之宰，得其之宰，則易為功也。瓊室即腦室。八素即四方四隅之神。泥丸夫人即腦室中央之神。名為夫人者，謂腦屬陰性，宜靜不宜動。靜則安，動則傷，本于老子守雌之義也。三奇即三元。三元即元精、元氣、元神。恬淡謂節嗜欲，少謀慮。閉視為閉目返觀。此言保養腦中精、氣、神之法，惟在返觀內照也。誰家子乃內丹之喻名。內丹既結于下田，是不可不遷。遷將何去?即上入泥丸。蓋返觀內照，乃靜以養性之功，丹成上遷，乃動以凝命之術，作用雖異，道理則同。
第三章魂魄
自來言魂魄者，理論至賾，不可畢陳，挈其大綱，約有十說︰
一、以陰陽論魂魄者。《禮祀》陳氏注曰︰「魂者陽之靈而氣之英，魄者陰之靈而體之精。《淮南子》高誘注曰︰「魂者陽之神，魄者陰之神。」
二、以五行論魂魄者。《朱子全書》曰︰「魂屬木，魄屬金，所以說三魂七魄是金木之數也。」
三、以五藏論魂魄者。《內經》雲︰「心藏神，肝藏魂，腎藏精，肺藏魄。」「隨神往來者謂之魂，並精出入者謂之魄。」此言魂與神為一家，魄與精的一家，正合丹道東三南二，木火為侶，西四北一，金水同宮之說。
四、以鬼神論魂魄者。《禮．祭義》曰︰「氣也者，神之盛也。魄也者，鬼之盛也。」氣即魂意。魂與氣古人常合為一談，如「延陵季子骨肉歸于土，魂氣無不之」之語，可見。
五、以動靜論魂魄者。《性理大金》引宋儒說，雲︰「動者魂也，靜者魄也。」動靜兩字括盡魂魄。凡能運用作為皆魂使之爾，魄則不能也。
六、以升降論魂魄者。《朱子全書》曰︰「人將死時熱氣上出，所謂魂升也，漸冷，所謂魄降也。」
七、以志氣論魂魄者。《朱子全書》引蘇氏《易解》曰︰「眾人氣勝志而為魄，志勝氣而為魂。」
八、以思量與記憶論魂魄者。宋儒黃勉齋曰︰「人只有個魂與魄，人記事自然記得底是魄，如會恁地搜索思量底便是魂。魂主經營，魄主受納。」
九、以知覺與形體論魂魄者。《禮．祭義》陳氏注曰︰「人之知覺屬魂，形體屬魄，如口鼻呼吸是氣，那靈處便屬魂，視听是體，那聰明處便屬魄。」
十、以生成之先後論魂魄者。《春秋左氏傳》雲︰「人生始化曰魄，既生魄，陽曰魂。」後儒為之解曰︰始化是胎中略成形時，人初間才受得氣，便結成個胚胎模樣是魄，既成魄，便漸漸為動，屬陽曰魂。
以上諸說，各有不同，合而觀之，或可于中取得一較為明確之印象，至其相互之關系則猶有說焉。《內經》曰︰「魂魄畢具，乃成為人。」薛生白注曰︰「氣形盛則魂魄盛，氣形衰則魂魄衰。魂是魄之光焰，魄是魂之根柢。魄陰主藏受，故魄能記憶在內。魂陽主運用，故魂能動作發揮。二物本不相離，精聚則魄聚，氣聚則魂聚，是為人物之體，至于精竭魄降，則氣散魂游，而無所知矣。」又，朱子曰︰「無魂則魄不能以自存，今人多思慮役役，魂多與魄相離，老氏便只要守得相合。老子雲，載營魄，是以魂守魄。蓋魂熱而魄冷，魂動而魄靜，能以魂守魄，則魂以所守而益靜，魄以魂而有生意。魂之熱而生涼，魄之冷而生煖，惟二者不相離，故其陽不燥，其陰不滯，而得其和矣。不然則魂愈動而魄愈靜，魂愈熱而魄愈冷，二者相離，則不得其和而死矣。水，一也。火，二也。以魂守魄，以二守一，則水火因濟而不相離，所以永年也。」朱說頗合于丹家魂魄相拘之旨。
引證《黃庭經》本文︰
「百谷之實土地精，五味外美邪魔腥，臭亂神明胎氣零，那從返老得還嬰，三魂勿勿魄糜傾，何不食氣太和清，故能不死入黃寧。」(《內景經》第三十章)
「玄元上一魂魄煉，一之為物最罕見[叵卒見]，須得至真乃顧盼，至忌死氣諸穢賤。」(《內景經》第二十七章)
「魂欲上天魄入淵，還魂返魄道自然。」(《外景經》)
「垂絕念神死復生，攝魂還魄永無傾。」(《內景經》第十一章)
「和制魂魄津液平。」(《內景經》第十一章)
「高拱無為魂魄安。」(《內景經》第二十三章)
人賴百谷以養身，調五味以悅口，而大患即由此而生。葷腥臭氣足以穢亂吾人之神明，致使胎中所受之先天元氣雕零殆盡，如何能得返老還童之效？魂飄魄喪，後悔何追。若能漸絕谷食，專心食氣，保養太和，則可長生。然修持之道至為玄妙，陰陽不可偏勝，魂魄必宜合煉。魂魄合煉者，即是由後天之陰陽復歸于先天之一氣。但此氣最不易得，有真有偽。真者純是清靈生氣。偽者中含穢質死氣，乃大忌也。道家所以貴乎魂魄相拘者，因魂之性每戀魄，魄之性每戀魂，不忍分離。不幸以人事之逼迫，使魂不能不升，魄不能不降，魂魄分離則人死矣。返還之道亦是順其魂魄自然相戀之性而已，夫人當生命垂絕之時，苟一念至誠，存想吾人身中元神，尚可多延殘喘，況知魂魄相拘之道者，豈有傾危之患乎。夫攝魂還魄，雖有作用，惟貴在和平，而不可偏激。偏則不和，激則不平。苟魂魄能和，則氣可化津，津亦化氣，周身津氣潤澤流通，自無不平之患矣。修煉之術先有為而後無為，和平之極，歸于靜定，魂魄自然安寧。
第四章呼吸
前三節雖略具理論，尚未言明學者致功之方。丹訣數十家，深淺各別，而其下手之訣皆不外乎呼吸作用。氣存則人生，氣竭則人死，呼吸所關，顧不重歟。普通之人徒知以口食谷，不知以鼻食氣。雖終日呼吸不斷，然此等呼吸大部出多入少，粗而短，不能細而長，急而淺，不能緩和深，乃修持之大忌也。修持之道貴在以神取氣，使神入氣中，氣包神外，打成一片，結成一團，紐成一條，氣成一點，則呼吸歸根，不至于散漫亂動，而漸有軌轍可循，如是者久之，即可成胎息。何謂胎息?即呼吸之息氤氳布滿于身中，一開一闔，遍身毛竅與之相應，而鼻中反不覺氣之出入，直到呼吸全止，開闔俱停，則入定出神之期不遠矣，今日《黃庭經》所論之呼吸乃胎息以前之初步，學者習之既久，可以卻病延年。
引證《黃庭經》本文︰
「仙人道士非有神，積精累氣以成真，人皆食谷與五味，獨食太和陰陽氣。」(《外景經》)
「呼吸廬間以自償，保守完堅身受慶，方寸之中謹蓋藏，精神還歸老復壯。」(《外景經》)
「肺部之宮似華蓋，下有童子坐玉闕，七元之子主調氣，外應中岳鼻齊位，素錦衣裳黃雲帶，喘息呼吸體不快，急存白元和六氣，神仙久視無災害，用之不已形不滯。」(《內景經》)第九章)
「呼吸虛無[廬間]入丹田，玉池清水灌靈根。」(《外景經》)
修持之道非有別種神奇手段，不過積精累氣而已。常人皆食五谷和五味，道人獨食陰陽之氣。《黃帝內經》雲︰「食谷者智慧而夭，食氣者神明而壽。」亦此意也。夫人在世俗，無論如何安閑，總不免有勞心勞力之事。一有所勞，其精神即不免損失，是必用方法以補償其損失。其法如何?即呼吸也。但呼吸往來必有定所，其扼要乃在廬間。廬間亦名規中，即黃庭也。如能常用調呼吸之功，而又能保守身內精神，不使外漏，則身有余慶矣。日積月累，回環于方寸之中，以立命根。借身內之元氣，以招攝太空之精神，則自有生以來歷年損失之精神，皆可還歸于我身，何患老乎。人身髒腑，肺部最高，形如華蓋。肺屬金，其色白，故曰玉闕。肺之下有心，心屬火，其數七，故曰七元之子。肺藏氣，氣藏神，道家貴在以神馭氣，故曰「七元之子主調氣」。肺開竅于鼻，人面分五岳，鼻為中岳，故曰「外應中岳鼻齊位」，素者純潔之義，黃者中和之義，心要純潔，氣要中和，故曰「素錦衣裳黃雲帶」。身體偶有小恙，則呼吸不能調勻而喘息，此時宜存神以調和病氣。六氣者，風、寒、暑、濕、燥、火之氣，偶有偏勝，則足以致病，苟能和之，則病愈矣。道書凡一身頭面、髒腑、骨節皆有神名。白元者，肺神也。存白元者，即是凝神以合于氣也。道家工夫視不用目，听不用耳。久視者，非謂眼向外看，乃神向內視。內視又名返觀。人尚能用返觀內照之功，自然災害不侵。用此工夫永久不已，則形可常存矣。但調呼吸之最要口訣，即不可滯于有象，又不可泛泛無根。能合虛無，則不著相，能入丹田，則非無根，不色不空，勿忘勿助，是真口訣。學者當呼吸調和之候，口中必有甘涼之津液發生，順而吞之，以意直送下降，復以神火煉之，使津化氣，潤澤周身，而後歸于下田。以培植命蒂，故曰「玉池清水灌靈根」。
第五章漱津
人口中之津液譬如山中之泉水。水性本就下，而泉能至山頂者，何也?地下水氣循土脈透石隙而上蒸也。水氣何以上蒸，則以地中含蓄之熱力使然。吾人靜坐工夫已久，口中自然發生一種甘津，清涼爽淡，異乎時常。此亦因身中團聚之熱力，蒸動下焦之水氣，循經絡之路而上升，至口中遂化為津，此津由煉氣而生、與常津不同，吞入月復中，大有補益。果能勤加修煉，勿稍間斷，則第一次吞入月復中之津，又為熱力蒸動，化氣上升，仍至口中，復還為津。此為第二次所化，比第一次更加甘美，其補力亦更大。如是循環不休，直至百千萬次，功同乳轉醍醐，而古人所謂玉液還丹不外是矣。
引證《黃庭經》本文︰
「口為玉池太和宮。嗽咽靈液災不干，體生光華氣香蘭，卻滅百邪玉煉顏。」(《內景經》第三章)
「舌下玄膺生死岸，出清入玄二氣煥。」(《內景經》第六章)
「存嗽五芽[牙]不饑竭。」(《內景經》第二十二章)
「閉口屈舌食胎津。」(《內景經)第二十七章)
「取津玄膺入明堂，下溉嚨喉神明通。」(《內景經》第三十三章)
「三十六咽玉池里。」(《內景經》第三十四章)
「玉池清水上生肥，靈根堅固老不衰。」(《外景經》)
常人口中儲滿濁氣，皆由不知升降吐納之法，以致上下失其輕重之機，故下焦之清氣不能升，而上焦之濁氣不能降。所謂口為玉池，言其清潔；官為太和，言其調適。果能時刻用功，吐濁納清，降濁升清，往復循環，釀造靈液，則百病不侵，而肌骨光澤，氣如蘭香，顏如玉潤矣。舌下有生津之竅，名曰玄膺，所關于人者至要。試觀病人，若舌卷，齒槁、津涸、液干者，必死，可知其故也。且津液從氣化，氣有出入，其上出于口鼻無不清，其下入于丹田無不清。玄即深意。存者存神。嗽者嗽津。五芽者，東、西、南、北、中五方之生氣。雖曰存漱。實兼吐納工夫。《道藏》另有食五芽氣之法。煩瑣無當，今不具論。又凡呵濁時必開口，吞津時必閉口。屈舌者，舌抵上齶。胎津者，言自生丹田中胎息薰蒸所化生之津液，上溢于口，取而咽之，下喉嚨，過明堂，復化為氣，氣足則神靈，故曰神明通也。三十六咽之數乃舊習，今可不拘。靈根乃人身臍下之命根也。常人此根不固，易為**疾病所搖動，日衰一日，而人死矣。修持之道在于運用升降吐納之功，使口中津液源源而來，汨汨而吞，如草木得肥料之培養，則根自固矣。
第六章存神
神者乃最不可思議之物，變幻無方，出入無時，誰得而拘之。所謂存神者，豈非徒論空言乎?然苟知其法，亦不難為。存神之義即神自存耳，非依他力而後存也。存神與存想不同。存想者，如《大洞經》存想百神之衣裳、冠帶、形容、動作。又如《龍虎九仙經》存想黃雲撞頂，《中黃經》存想五方五色之氣出于身中等法皆是。若夫存神則無所想，不過將神光凝聚于一點，不使散漏之謂也。存神不限于身中一處，亦不限在身內，有時亦存神于身外。丹道步步以存神為用，《黃庭經》所雲尚未盡其量，惟示學者以梗概而已。
引證《黃庭經》本文︰
「六府五藏神態精，皆在心內運天經，晝夜存之自長生。」(《內景經》第八章)
「心部之宮蓮含花。」「調血理命身不枯，外應口舌吐五華，臨絕呼之亦登蘇，久久行之飛太霞。」(《內景經》第十章)
「腎部之宮玄闕圓。」「主諸六府九液源。」「百病千災當急存，兩部水王對生門，使人長生升九天。」(《內景經》第十二章)
「竅[高]研恬淡道之園，內視密眄盡睹真，真人在己莫問鄰，何處遠索求因緣。」(《內景經》第二十三章)
「三光煥照入子室，能存玄冥萬事畢，一身精神不可失。」(《內景經》第二十五章)
人身藏府所以能有功者，皆神為之宰也。心與神共為一物，其靜謂之心，其動為之神。五藏六府自具天然運動之能力，而無絲毫差忒，故曰「心內運天經」。常人藏府之運動，晝夜不休，終有疲勞之日虧損之時。修持者先守靜以制動，復存神以安心，再虛心以煉神。互相作用，則藏府氣血之循環可以緩和而得養，免致外強中干，急促失調，浮躁不寧之弊，自可長生。吾人腔內肺藏之下有心藏。其形如開之蓮花，其功用之調血，血調則命理，而身體光潤，無枯槁之容。口中有舌，為心之苗，心動則氣泄于舌。若人老病危垂，魂欲離體，一意存神于心，不驚不恐，不亂不搖，則必延命于俄傾，況當少壯之時，習此定心存神之法，久久行之，當可延年。腎屬水，故為六府九竅津液之源，腎氣衰則百病叢生。修持者常以心火下交腎水，使火不上炎，水不下漏，水火既濟而結丹，腎有兩枚，故曰兩部。腎為水之主，故曰「水王對」。生門者，前對臍也。人能常以不動之神藏于臍、腎兩者之間，以立命基，則長生不難致矣。玄門功法雖雲奇妙，若盡力研究，仍歸于恬淡無為之域，大道本如是也。內視密眄，自見其真，方知真人近在身中，何必他求遠索者。三光在天為日、月、星，在人乃耳、目、口。《參同契》雲︰「耳目口三寶，閉塞勿發通。」又雲︰「三光陸沉，溫養子珠。」蓋謂耳不外听，目不外視，口不開言，則此三竅之神光閉而不用，潛入混沌之淵，返照黃庭之室。玄冥屬水，象坎。神光屬火，象離。存神于玄冥，則坎離，水火既濟，自然一身之精神凝結不散。
第七章致虛
前言呼吸、漱津、存神諸作用，法良意美，效驗計日可期。然學者不察，執著太過，非徒無益，且有損害。故繼之以致虛。致虛者非枯坐頑空也，乃動中之靜也。非一切不依也，乃心依于息，息依于心，渾然而定，寂然而照也，醫家用參術補氣，而懼其滯，必佐陳皮以疏之。用地黃補血，而嫌其膩，必佐當歸以行之。修持者以風火之力煆出飲食之精華，以培補吾身之虧損，必順乎自然之理，合乎虛無之妙，以調和其太過，而制限其有余，方可歸于純和之域，是猶醫家陳皮、當歸之作用也。否則執著成法不知變通，刻意猛進，返使陰陽有偏勝之疾。
引證《黃庭經》本文︰
「物有自然事[道]不煩，垂拱無為體自[身體]安，體虛無物身自閑[虛無之居在幃間]，寂寞曠然口不言。」(《外景經》)
「眉號華蓋復明珠，九幽日月洞虛[空]無。」(《內景經》第六章)
「呼吸虛無[廬間]入丹田。」(《外景經》)
「虛中恬淡自致神。」(《內景經》第二十九章)
「正室之中神所居，洗心自治無敢污，歷觀五藏視節度，六府修持潔如素，虛無自然道之故。」(《外景經》)
「作道優游身獨居，扶養性命守虛無。」(《外景經》)
天下事物皆有自然之理，順自然之理而行，則事不煩，若逆之則生荊棘矣。身無為而身自安，心無物而心自閑。寂寞者靜，曠然者虛。《參同契》雲︰「內以養已，安靜虛無。」又雲；「象時順節令，閉口不用談。」又雲；「兌合不以談，希言順鴻蒙。」正是口不言之意。眉如華蓋，下覆明珠，明珠者目也。目之光最易外耀，如日月然。日月淪于九幽者，即二目神光下藏于氣海之中，于是呼吸亦隨之而入丹田。呼吸者氣也，氣既歸根，神亦恬淡，皆不離乎虛無作用，然亦非枯坐頑空也。李涵虛曰︰正室者中央神室，不偏不倚，洗心退藏，自勤修治，無敢垢污。由是而內觀五藏，歷歷如燭照，一身節度皆可審視。由是而內觀六府，一一修治，潔然如素，並無濁穢。虛無自然之道本如是也。修道之士或在人間，或入山林，須優游自適，守吾身而獨居。先修玉煉以明性，後修金煉以立命，其秘要只是內守虛無耳。
第八章斷欲
修持初步功夫貴在返老還童。若身中精氣虧損，肌髓不充，必漸用功修煉培補，使其回復原狀。培補之道有三︰一、飲食滋養從口入；二、空氣呼吸從鼻入；三、元氣開闔從毛孔入。三者會萃積蓄，蘊釀于一身，漸采漸煉，漸燥漸結，內實骨髓，外華肌膚，靈府神清，丹田氣滿，至此方證長生之果，遠離老病之鄉。然欲得如是功效者，不僅禁男女之合，而且用法閉精竅之門，待其永無漏泄而已。
引證《黃庭經》本文︰
「長生至慎房中急，何為死作令神泣，忽之禍鄉三靈滅[歿]，但當吸氣煉子精，寸田尺宅可治生，若為海決百瀆傾，葉落[去]樹枯失青青，氣亡液漏非已行，專閉御景乃長寧，保我泥丸三奇靈。」(《內景經》第二十一章)
「急守精室勿妄泄，閉而寶之可長活。」(《內景經》第二十二章)
修持之道最宜戒慎者房中之事也。奈何世人冒生而作，致令精枯氣竭，神無所依，能勿泣乎。精、氣、神乃人身三靈物，彼此有連帶之關系。試以油燈為喻，人身所藏之精，譬如盞中所貯之油，油量充足則火焰熾盛，火焰熾盛則光亮倍明，反之則油乾火息而光滅矣。火譬如人之氣，光譬如人之神，精滿則氣旺，氣旺則神全。今因貪欲之故，使精枯竭，精枯則氣散，氣散則神亡，而禍不旋踵矣，苟能斷絕婬欲，加以、吸氣煉精之術，則事尚可為。若夫房中之事氣亡液漏，其趨勢如海決瀆傾，其現象如樹枯葉落，大非吾輩所宜行也。必使專閉交接之路，乃可享康寧之福。泥丸得養，則腦髓盈，精氣常凝，則神魂定。閉精勿泄，則生命可長存矣。