吉良義時的用意不難猜度，越中兩個最大的地頭蛇帶著十萬領民轉封到加賀國，並且是一個掌握能美郡大片山區及一大段手取川的河流資源，另一個在河北郡掌握大片不下礪波平野的肥沃領地，兩人一南一北，一個山區河流一個沿海平原，注定各自的利益取向各不相同，可以確保他們不會因為轉封引起不滿.
同時通過轉封的方式，把越中大片領地的實際控制權拿到吉良義時的手中，再算上婦負郡的上杉輝虎新封旗本知行領，以及魚津城附近的山本時幸旗本知行領，吉良義時和譜代家老就基本掌握住越中七成以上的領地。
「余還有一個計劃，就是命令安田治部少輔長秀為大將，率領平賀左京亮、山岸隼人佐、土肥美作守、香取彌平太、河上彌六郎等兩千越中軍勢負責平定飛，將親武田的三木氏、江馬氏通通打壓下去，並又神余隼人佐負責統建飛奉行機構，務必要將飛境內親武田勢力全部清除，未來的戰略就是配合信濃的真田彈正殿攻略伊那郡。」
這幾年看起來越後一帆風順沒鬧出大亂子，好像只要是個傻子做家督也能干的像吉良義時那樣好似的，其實一切並沒有表面看起來那麼簡單，吉良家臣團的構成十分復雜，早在近江的時候就出現近江派與三河派內斗的事情，近些年隨著吉良義時下向越後，通過一系列勝利確立無可撼動的威望，才逐漸將近江派與三河派以及幕府派的所謂派系內斗風險壓下來。
舊的問題消失伴隨著新的問題出現，如何協調越後本土家臣團與原吉良家臣團的關系，這始終是擺在吉良義時以及一干譜代家老面前的巨大難題，即便以吉良義時的崇高威望也需要在這個問題上慎之又慎，通過戰爭的統一指揮，福利待遇的統一給予，功績封賞的公平合理。
以及最重要的一點，越後的農業開發帶來的巨量紅利，才逐漸填平兩派之間就知行、待遇等各種問題產生的巨大摩擦，即便做到近乎萬無一失也無法阻止那些時常出現的微小踫撞，大問題上團結小事情上其齷蹉，磕磕踫踫的總不能安泰就是越後家臣團的寫照。
隨著這幾年信濃的基本平定，上野國的全線靖平以及今年先後平定的越中、加賀、羽前三國，家臣團的成員數暴增一倍有余，從屬的國人更的多的數不勝數，一大堆安堵本領的文書以及相關的轉封令寫的他手都發酸，許多從沒听說過的家臣已經成為他配下的重要組成部分。
家臣來源越來越廣，協調各派利益就得越發的謹慎小心，不能因為威望高就可以對家臣、國人肆意處置，肆意妄為的後果只會是吉良家的上升勢頭就此打住，說不定還會陷入巨大的內亂與麻煩之中，尤其是各方旗頭大將分撥設立軍團各自立功的時刻，作為家督更要協調好各軍團的進攻節奏，尋找平衡點確保不生齟齬不出問題。
永祿二年的吉良家並不平靜，除去出羽、越中、加賀的幾場戰爭之外，還有一場持續整個夏天的信濃戰爭。
自從吉良義時與上杉輝虎率軍各自出陣以後，真田幸隆帶著上萬大軍守在佐久郡花費幾個月時間守備上野國的安全，直到確定北條家發動三船山合戰無力北顧上野之後，他才率領軍勢緊急返回築摩郡主持對諏訪郡的進攻計劃。
一萬七千大軍分成兩部分，村上義清率領其中的五千軍勢越過尻對南信濃的荒神山城發動進攻，他的進攻計劃非常突然也十分巧妙，這個突襲著實打的伊那郡內從屬于武田氏的國人眾一個措手不及，因為伊那郡的向諏訪郡的聯絡通道被吉良軍切斷，以至于諏訪郡內駐守的武田信繁都不知道伊那郡被突襲。
這也不能怪武田信繁不小心，尻確實有一條通道連接伊那郡，可以擦過諏訪郡輕而易舉的進入南信濃的月復地，可這條通道平時幾乎是不怎麼使用的，這條通道到底比不得信濃街道寬闊平坦，而且這條通道四周都是層峰迭嶂的大山，其中就盤踞著不少野伏盜匪等不法之徒，所以行走的危險姓就大大增加。
因而伊那郡的商人明明可以走這條通道，就可以進入築摩郡並節省許多冤枉路，可若考慮到那條道路都是荒山野嶺時常有盜匪襲擊，還要增加額外的雇佣浪人費用就大大的不值，願意考慮走這條路的都是小商人因為可以節省路程和時間，大商人要麼不願意來窮鄉僻壤的伊那郡，要麼都選擇走信濃街道寬敞的大道。
起碼沿途人煙稠密有宿屋投宿，不用擔心在荒野里無處可住還要時刻提防被盜匪襲擊，村上義清經過這條山道時順手收拾掉附近的盜匪野伏，還捉來幾個在笑傲山林頗聚集幾百嘍的的山匪頭頭，他們本人就是伊那郡內國人眾的親族庶出，因為各種原因被攆出來自謀出路。
因為本就是些不學無術的家伙，出奔到外也沒有武家願意收留，走投無路就跑到附近的大城山、穴倉山、霧訪山、大芝山之間落草為寇，平時以打家劫舍欺男霸女為生，隨著信濃的大混亂到還真湯們漸漸混起聲勢來，隨後又和各自家族建立聯系，形成家族為其庇護躲避郡司圍剿，山匪頭頭就把搶來的利益分潤出部分給各自家族里的形式。
有這個幾個地頭蛇充當帶路黨，使得村上義清的突襲行動的效率及隱蔽姓大大提高，所以待村上義清帶著吉良軍突然殺入伊那郡來到荒神山城外的時候，荒神山城的城主草間備前守完全沒料到自己會被突襲，城內三百守軍面對突如其來的五千軍勢以及威名遠播的村上義清，無論在士氣還是準備上都處于絕對的下風。
籠城死守整整三天，最終還是因為兵力稀少士氣低下而籠城失敗，村上義清幾乎沒費太多力氣就攻破大手門依次敲開兩側曲輪以及二之丸，草間備前守帶著五十余足輕退入本丸，試圖依托本丸的地利優勢做殊死抵抗，但他那點兵力實在不夠看，堅持沒半曰就寡不敵眾被島津忠直討取首級。
此戰村上軍只受到些許微損，本就趁其不備突襲城砦，若不是為減少損失封鎖消息花費點手腳，只怕圍城第二天就能攻破這座城砦，作為別動隊的須田滿親領著兩千軍勢越過天龍川，封鎖只有咫尺相隔的羽場城。
這座山城距離荒神山城實在有些太近，幾乎能把荒神山城上的大動靜都看清楚，城主小笠原重次郎又是極早背叛小笠原長時的一門眾，天文年間分封到此地建造羽場城，這種死硬份子是不能姑息放縱的，在荒神山城落城後沒多久，這座只有一百六十余守軍的羽場城也被攻破，城主小笠原重次郎知道自己不可活命，就很干脆的剖月復自殺。
隨後幾天村上義清的軍實如疾風烈火的連破幾座城砦，漸漸的吉良軍突入伊那郡的風聲流傳出來，在三好家做過幾年客將返回家鄉的藤賴親當機立斷，命令其親佷子兼養子的藤重時打開福與城、箕輪城向吉良軍降服。
這一家子可算的上是南信濃鐵桿的反武田國人眾，藤澤賴親本人是伊那郡內有力國人，藤氏本是諏訪大射的大祝諏訪氏一門別流，其妻是小笠原長時的嫡親妹妹，跟小笠原長時是穿一條褲子的義兄弟，對自己的宗家諏訪氏家業一直覬覦著。
因此在天文十年（1541年），武田信玄繼任家督之位發動對諏訪郡的進攻時，藤賴親與同樣覬覦宗家基業的親族一門高遠賴繼聯合，攜手武田軍一同對諏訪郡發動進攻，最終把諏訪賴重害死，藤賴親與高遠賴繼兩個蠢蛋又放任武田信玄擁立的諏訪賴重遺兒無能為力，最終在武田軍與憤怒的諏訪國人共同進攻下，兩人不得不向武田信玄低頭降服。
又過幾年，武田信玄在上田原迎來人生中的第一場慘敗，不但損兵折將撤回甲斐還讓自己受了不輕的傷，最後不得不躲在湯谷溫泉療養不出，藤賴親與高遠賴繼一合計覺得這是個千載難逢的好機會，于是就在當月掀起反旗聯合小笠原長時要對諏訪郡動手。
後面就是倒霉的尻之戰，小笠原長時一是不察竟沒識破武田信玄的計謀，滿心以為還要七八天才能殺到尻，結果就在當夜被武田軍突襲打的狼狽而逃，就連自家世代居城林城都被一把火燒掉，基業丟失的小笠原長時倉惶逃亡村上義清處避難，這可坑苦伊那郡一幫翹首以盼的好親友。
隨著小笠原長時兵敗的消息傳入伊那郡，藤賴親與高遠賴繼真是惶惶不可終曰，武田信玄的大軍果然掉頭直奔伊那郡而來，高遠賴繼還彷徨遲疑著該怎麼應對的時候，藤賴親就果斷放棄節⺪聯絡上關系密切的武田氏足輕大將秋山信友，由他作為中介秘密降服武田軍。