周二狗在馬青翰、王紫微緊急部署防疫行動的同時，也在部署反細菌戰。他命令由端木長煙的特戰大隊將病菌的傳播源投放到鬼子群里。
端木長煙接受任務後，召集手下集思廣益制定作戰預案，對鬼子展開反擊。
端木長煙請來王紫微做技術指導，把瘟疫病號的糞便作為菌種制成傳播源，用濃度適宜的糖水培養成無異味的「藥引子」，灌裝到拳頭大小的陶瓶里，密封制成瘟疫瓶，由特戰隊員每人攜帶8個，以3個特戰營分別潛入南京、上海、杭州。
在南京、上海、杭州，有許多日本商人經營的商店，他們為鬼子高級軍官提供來自日本本土的醬油醬料、芥末、紫菜、海帶、魚干等日式食品和調料。端木長煙就把這些商店作為第一批目標。
武穆軍特戰隊士兵潛入這些日本商人的商鋪，將瘟疫瓶的「營養液」摻入供應給鬼子的食品、調料。這些食品、調料經過日本商人的渠道擺上鬼子高級軍官的餐桌。鬼子又有生吃食物的習慣，所以帶有病菌的調料、食品順利的進入鬼子高級軍官的腸胃，霍亂、鼠疫迅速在鬼子高級軍官中蔓延。
俊六突然上吐下瀉，經軍醫認定是染上霍亂，在軍醫和特效藥的搶救下，俊六經過幾天的上吐下瀉、高燒月兌水，直瘦得皮包骨頭，和天照大嬸親密接觸了一番後終于逃回人間。同時，俊六意識到武穆軍又開始了反細菌戰，馬上部署各部隊展開防疫工作，並且清查瘟疫的來源，清除武穆軍的反細菌戰人員。
對端木長煙來說這只是第一期作戰計劃，好戲才剛剛上演。
實話實說，日本人有很多優良的習慣，比如說衛生習慣。鬼子兵營內都有一個或幾個廁所，但是掏糞、清潔廁所的髒活兒自然不能讓大日本皇軍去干，而是專門由支那苦力干這活兒，給支那大地提供肥料，也算是大日本皇軍為支那人作出的一點貢獻。
特戰隊士兵輕而易舉就控制了給鬼子掏糞的大車，將「營養液」混進糞桶發酵，在預定好的同一天凌晨混入鬼子兵營。
特戰隊士兵將掏糞的大車趕進鬼子兵營，點燃車上炸藥的延時音信後翻牆而去，鬼子兵營里頓時糞便橫飛，臭不可聞。
霍亂、鼠疫在鬼子兵營里爆發性傳播開來。
不要以為武穆軍特戰隊會感染上瘟疫。做傳播源的「營養液」都由密閉的瓶罐攜帶，嚴格的消毒措施和預防藥品保障使特戰隊員安然無恙。
幾個城市的鬼子同時爆發瘟疫，使俊六猝不及防，連忙調動大批防疫部隊參與救治。
端木長煙又指揮特戰隊趁機大肆劫掠鬼子防疫部隊的藥品，甚至化妝成鬼子防疫部隊混進鬼子據點，端掉鬼子據點。
梁子盛在端木長煙的指令下，在江北也展開反細菌戰，使江北鬼子苦不堪言，給陳毅的部隊爭取了站穩腳跟的時間，新四軍不但沒被削弱，反而趁機迅速壯大起來。
武穆軍雖然家底雄厚，但是也經不起如此大的消耗，尤其是藥品儲備消耗一空。
周二狗只得拿出大批軍火和**交換藥品，可是第三戰區卻以隔離疫情為由，斷絕與武穆軍的交通往來。周二狗只好向軍委會求援，軍委會的答復與第三戰區如出一轍。
周二狗明白，這是軍委會又在玩趁火打劫的游戲，趁機削弱武穆軍，然後加以控制。可是面對上百萬軍民的生死存亡，周二狗決定召開參謀會，準備向軍委會妥協，以換取軍委會的支援。
參謀會上又是一番針鋒相對的辯論︰周二狗、趙大虎、曾琪、祖敬、周侉子、王長庚支持向軍委會妥協；向青雲、歐陽城、何來富、柳承海、王一郎等大多是少壯派軍官則主張軍委會趁火打劫要挾武穆軍，更加不可信賴，投靠軍委會只能被當炮灰，不如自力更生，咬牙度難關，抵制軍委會的要挾。
其實大家都明白，武穆軍不是撐不下去了，而是不忍太多的軍民死于瘟疫，但是雙方還是各執己見相持不下。周二狗一方位高權重，向青雲一方則人心所向人數眾多。最後，還是師記倫出來打圓場，決定再和軍委會交涉三天，視交涉情況而定。
夏天的高溫給瘟疫傳播帶來便利，也給王紫微培育綠油膏帶來便利。王紫微將產出的大量綠油膏進行口服實驗，效果還算不錯，暫時緩解了武穆軍藥品奇缺的困境。
三天的時間，給武穆軍帶來重大轉機，柳毛兒回來了。
原來，大戰結束時，王紫微已經上報司令部藥品儲備不足，司令部安排西山自救會操辦此事。師記倫除了向**簽訂了一批物資交換合同外，還向廣東海岸線活動的柳毛兒發報，求他從香港搞一批稀缺藥品。
柳毛兒本來就按戴笠的指示從事通過香港走私藥品的任務，手里有大批藥品，接到師記倫電報，馬上安排起運，卻被戴笠派來的特派員制止。
正當柳毛兒疑惑時，師記倫再次給柳毛兒發報，告知武穆軍的現狀。柳毛兒立刻明白了事情的原委，雖然他現在是歸軍統戴笠管轄，但是從來沒忘記武穆軍的老弟兄們。于是柳毛兒孤注一擲，帶領一批武穆軍親信，趁白崇禧視察張發奎部的機會，劫持了白崇禧的座機，將十幾噸藥品運回西山。
柳毛兒將藥品空降在西山後，將飛機飛往上饒第三戰區的機場降落，和十幾名官兵被顧祝同部繳械。
周二狗馬上調牛道嘉的裝甲兵大隊到宣城，武震的騎兵大隊到廣德，同時大批步兵也向宣城、廣德集結，擺開對第三戰區攻擊態勢，同時要求第三戰區釋放柳毛兒等人。
顧祝同本來就不願和武穆軍鬧僵，只是軍令難違，所以馬上將情況添枝加葉的上報軍委會，軍委會大吃一驚，一旦武穆軍反水，對第三戰區將會是滅頂之災，只好同意顧顧祝同釋放柳毛兒等人的請求。
柳毛兒的事令軍委會丟了面子，惱羞成怒的給出對武穆軍的處罰決定︰周二狗擅自發動大規模作戰，致使第三戰區蘇南警備司令部所屬部隊傷亡慘重，給予記大過處分；趙大虎前線指揮不力，降一級軍餃；柳毛兒不服從命令，擅自調動部隊物資，開除軍籍處分。
周二狗對軍委會徹底寒了心，對軍委會的決定不予理睬，發布如下命令︰第三戰區蘇南警備司令部因軍餃與軍職雙重等級造成指揮混亂，故取消軍餃在作戰中的實際等級，只作為榮餃及與友軍交流比照，作戰部隊以實際職務為準。
接下來，周二狗認為還不足以令軍委會難受，又召開參謀會，決定江北部隊與新四軍部之合作部隊可以視情況接受新四軍改編，以利于對日軍作戰的統一指揮。
因為軍委會的擠壓，讓陳毅的新四軍平白無故的獲得了武穆軍連同傷員在內的2萬多人，同時還有大批精良的裝備。當然，陳毅也投桃報李，為武穆軍提供了大批糧食、棉花、食油、中藥材及其他物資。
軍委會見弄巧成拙，只好再次派何應欽、陳誠、顧祝同、薛岳等人輪番造訪武穆軍，輸送原料物資換取武器彈藥，以示修好之意，免得武穆軍和新四軍完全站在一條船上。
蘇南地區被投放了大批細菌彈，造成了大面積的瘟疫，所以俊六眼看著武穆軍與支那軍產生罅隙卻不敢派出部隊清剿，其實，俊六也在忙于撲滅瘟疫，兵力捉襟見肘無力再戰，所以很怕自己有限的部隊染上瘟疫。
周二狗趁此機會抓緊恢復根據地的各項建設。
各工廠加班加點的生產，大批武器、彈藥、裝備迅速裝備給部隊，而且舒金堂組織人員研制出一批實用的新裝備︰
多功能攜行車︰在原船型鋼鍋的基礎上加裝了可裝卸的木輪和把手，既可以做行軍鍋，也可以作為小型車輛配給步兵班攜帶班級配屬彈藥給養，進攻時可以作為活動掩體，還可以作為容納2人的小型舟船，木輪不怕槍彈，加上軸承還算輕便。
鋼盾︰弧形鋼板制成，分大小兩種，有特制把手和支撐，小號的可做單兵盾牌，大號的在手推車上做掩體，還可以在構築工事時作為防炮洞的加固材料。
敢死衣︰鋼制馬甲，加護腿、護臂，與鋼盔配套使用，用于攻堅戰的尖兵、爆破手使用。
攻堅車︰帶4個鋼輪的一段鐵軌，用標槍飛雷或流星飛雷發射部驅動，用來蹚開敵人的雷區、鹿砦、鐵絲網等障礙，也可以用手推車加長臂桿推動。
槍榴彈︰分為榴彈型和爆破型，與長、短獵槍、步槍配套使用，比擲彈筒射程遠，容易瞄準，可以直射、曲射，可槍、炮兩用，長短獵槍也相應的配反後坐力緩沖支架，直射射程120米，最遠210米。
舒金堂又調回太湖湖防大隊的李光大，將繳獲的鬼子飛機發動機、金屬材料利用起來，改造出3艘50余噸的快船，裝備了速射炮，重機槍、鯨魚飛雷。
當局面穩定後，武穆軍因為損失了大量兵員、裝備，實力大打折扣，周二狗再次召開參謀會，調整發展策略︰蘇南根據地轉入戰略防御，部隊根據戰略需要調整編制、人員、裝備。
一、編制調整為第三戰區蘇南警備司令部，司令周二狗，副司令
兼總指揮趙大虎，參謀長向青雲，副參謀長歐陽城，總顧問曾琪，內部仍稱「武穆軍」。下設參謀部、直屬總隊、守備總隊、游擊總隊︰
1、參謀部︰參謀長向青雲，副參謀長歐陽城；戰略研究處處長
曾琪，編制訓練處處長李海陽；作戰計劃處處長柳承海；通訊聯絡處處長祖敬，副處長戴衡；氣象預報處處長百藝道長；情報檔案處處長王一郎；後勤保障處處長齊元凱；財務稽查處處長盧玉喜；軍備生產處處長舒金堂，副處長鄭奇光、武正堂；軍資經理處，處長佟海；衛生醫療處處長馬青翰，副處長王紫微；武穆軍指揮中心，中心主任向青雲；防空指揮中心，中心主任歐陽城；武穆軍校，校長周二狗，教務長曾琪；
2、直屬總隊︰總隊長趙大虎，下轄︰憲兵大隊；教導大隊；聯勤支隊；工兵支隊；總醫院；直屬隊總計6000余人。
3、守備總隊︰總隊長向青雲，下設︰守備支隊支隊長景玉坤、
機動支隊支隊長柯華。
守備支隊︰下轄︰寶華山江防大隊兼鎮江守備大隊大隊長金滿樓、太湖湖防大隊大隊長吳玉文、常州守備大隊大隊長李虎，吳興守備大隊大隊長吳子順，西山、長興、宜興、丹陽、金壇、溧陽、溧水、廣德、郎溪、高淳10個守備營；共計12000余人，全部配備美造德制口徑的勃朗寧自動步槍、輕機槍，各守備營配屬炮兵連3門90mm迫擊炮，重機槍連9挺九二式重機槍，連級單位配屬流星飛雷，班級單位配屬標槍飛雷；以德制彈藥的武器為主。
機動支隊，下轄︰重炮大隊大隊長王煥凱；裝甲大隊大隊長牛道嘉，；騎兵大隊大隊長武震；反戰車防空大隊大隊長梁茹香；水兵大隊大隊長李光大；特戰大隊大隊長端木長煙；3個步兵大隊，大隊長分別由韓金奎、許繼光、段金石擔任；裝備以日制彈藥武器為主。步兵大隊被加強的超乎想象︰每個步兵班相當于鬼子一個小隊的戰斗力，一個步兵排相當于鬼子一個中隊，一個步兵連相當于鬼子一個大隊，一個步兵營相當于鬼子一個聯隊，一個步兵大隊相當于鬼子一個獨立混成旅團，整個兒機動支隊不足2萬人，抵得上鬼子2、3個甲等師團4、5萬人。
游擊總隊︰總隊長何來富，參謀長柳承海，副參謀長王一郎，下轄6個游擊支隊，蘇皖游擊支隊支隊長劉振江；蘇滬游擊支隊支隊長黎甲魁；江皖游擊支隊支隊長趙大個兒；吳杭游擊縱隊支隊支隊長魏文揚；東進游擊支隊支隊長王君山；北上游擊支隊支隊長風九鐘。為了加強各游擊支隊的攻擊力量，武穆軍司令部給各游擊支隊又配備了大批便于攜帶的標槍飛雷、短獵槍、槍榴彈，何來富又要求把柳毛兒調來，組建游擊總隊的特戰支隊，任游擊總隊副總隊長兼游擊特戰支隊支隊長。
二、人員調配︰野戰軍將輕傷員調配給民兵、守備部隊，補入守備
部隊老兵，改編為守備總隊機動支隊；各守備營補入野戰軍輕傷員及民兵，完善建制，其他各部隊人員相應整補。
三、各部職責、分工︰以守備支隊為框架，以機動支隊為策應，完
善、鞏固蘇南根據地防御體系；以游擊總隊建立對日軍的緩沖區，阻擊日軍進攻並向日佔區擴張；直屬總隊為根據地及各部隊提供全面的保障支持。
四、加強蘇南根據地守備，由工兵部隊為主在根據地各戰略要地修
築永備工事，守備支隊負責將根據地內16－－－－40歲男人全部編成民兵進行訓練，提高戰爭潛力。
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