鳳翔節度使鄭畋詐降，以緩巢軍；河中節度使王重榮先降後反，擊敗黃鄴、朱溫軍，進兵渭北。河東、荊南、忠武、河中、安南先後軍亂。忠武牙將秦宗權兵取蔡州，旋被任為刺史。
沙陀兵趁亂先逼晉陽，後陷太谷，為唐軍所敗，李國昌、李克用父子兵敗逃入韃靼。唐乾符五年（公元878年），雲州沙陀將士康君立、李有殺雲州防御使段文楚，擁立李克用入主雲州。朝廷遂命李國昌從振武軍移鎮大同軍，李氏父子欲兼並兩鎮，不受命，合兵攻掠，遭到朝廷打壓，一蹶不振。
唐中和元年（公元881年），唐僖宗在成都以鄭畋為京城四面諸軍行營都統，進軍長安。尚讓等攻鳳翔不下，為鄭畋所敗。唐因李國昌死，赦免李克用，命率部入援。
四月，鄭畋攜程宗楚、唐弘夫攻長安。黃巢命離城東撤，駐軍霸上，放唐軍入城。而後，反攻長安，一舉殲滅程宗楚、唐弘夫，復得長安。
但是，黃巢復得長安後，惱民協助唐軍，竟縱兵屠殺，血流成河，謂之「洗城」。令黃巢始料不及的是，就在他退出長安城之時，他手下的將領們聞知長安失守，同、華、商三州守將竟然棄城而逃。
李克用兵至晉陽，需索錢糧不遂，大掠北去。
唐京西南面行營都監楊復光率神策軍使王建、韓建等打敗朱溫，陷鄧州，追至藍橋。黃巢復取華州。因田令孜不賞蜀軍，西川黃頭軍使郭琪受迫害，率部反抗，失敗遁逃。鳳翔行軍司馬李昌言逼走鄭畋，被任為鳳翔節度行營招討使。宰相王鐸毅然自請為帥，征討黃巢。感化軍將時溥逐節度使支祥，自稱留後；笀州屠夫王緒起兵陷光州，附于秦宗權；杭州董昌自任都押牙、知州事，臨海杜雄據台州；永嘉朱褒據溫州；遂昌盧約據處州。另外還有朗州雷滿、衡州周岳、灃州向環、道州蔡結、永州唐行旻等亦各據州城。
唐中和二年（公元882年），唐以王鐸為中書令、兼諸道行營都統，罷免高駢都統之職；以崔安潛為副。又以王處存、李孝昌、拓跋思恭分任京城東、北、西三面都統，楊復光為南面行營都監使。旋因朱溫攻取同州，以李昌言為京城西面都統，朱玫為河南都統。唐諸軍進逼長安，京西、渭北、興平、渭橋、武功均有兵營，四面圍攻長安。黃巢之將令不出同、華，長安糧盡。
九月，朱溫在同州與唐將王重榮展開血戰，後繼不續，向長安求救。不料，孟楷以朱溫擁兵自重，貽誤戰機為由，強辭拒絕。謀士謝瞳、敬翔進言︰「黃王起事，本為復仇，機緣巧合，得享尊崇。然究是草莽，非天子之象。今唐天子在蜀，號令天下，勤王之師雲集，將軍又值主疑兵危之時，此時附唐，當可保命安身。」朱溫向來疑忌，聞言沉吟不語。未幾，以同州降唐。唐僖宗甚喜，以朱溫為右金吾大將軍、河中行營招討副使，賜名朱全忠。接著，華州黃鄴被降兵所逐，華州亦降唐。
因楊復光倡議，復召用沙陀部李克用，以李克用為雁門節度使。李克用軍至河中，渡黃河，進屯同州，所部穿黑衣，號「軍」。撫州刺史鐘傳取洪州，為江西觀察使；南城危全諷據撫州、信州；魏博節度使韓簡攻鄆州，殺天平節度使曹存實；天平將朱瑄拒韓簡，遂為天平節度使；昭義將孟方立據邢、洺、磁等州，自為昭義留後；和州刺史秦彥據宣州；浙東觀察使劉漢宏謀並浙西，為錢所敗。
唐中和三年（公元883年），李克用破黃揆于沙苑。朝廷遂以李克用為東北面行營都統，楊復光、陳景思分任東面與北面都統監軍使；罷免王鐸、崔安潛正副都統；加田令孜為十軍兼十二衛觀軍容使。二月，李克用與諸軍在梁田坡大破尚讓軍，巢軍襲取華州，李克用兵圍華州，分兵救渭北。三月，尚讓救華州，戰敗，唐軍破華州。李克用率諸軍進迫長安。
四月初八，黃巢退出長安，由藍田入商山。唐軍入長安，大肆焚掠，府寺民居燒毀者十之六七。
巢軍先鋒孟楷攻蔡州，秦宗權降。孟楷進至項城，被陳州刺史趙犨襲敗，戰死。黃巢怒，攜秦宗權兵圍陳州。唐以朱溫為宣武節度使，李克用為河東節度使。李克用取昭義之潞州；成德節度使王景崇死，子王鎔為帥；
唐中和三年（公元883年），韓簡升坐帥府，部將樂行達上前道︰「大帥！何以將士的錢糧遲遲未到？」「怎麼還未到嗎？韓冬總管不是去取了嗎？」韓簡有些疑惑地道。「大帥昨日食用的是什麼？」樂行達逼視著韓簡道。
韓簡一時語塞，因為他昨日與一些富豪聚宴，極盡奢華。
「大帥！天已見寒，將士衣不蔽體，食不果月復，而你卻肉山酒海，奢侈無度。據末將所知，昨日從帥府倒掉的酒肉殘羹，竟裝了整整一馬車。」樂行達憤憤地道。「大膽！你區區一名副將，居然敢跟本帥如此說話。來人哪！給我舀下！」韓簡惱羞成怒地吼道。樂行達驀然抽出佩劍，喊道︰「兄弟們！還等什麼！此時不反，更待何時？」眾將「呼啦」一下，紛紛舉起兵刃，向韓簡逼近。
韓簡隨手模向椅後，心內一驚，自己賴以成名的霸王刀，竟然不在那里。他急忙起身，欲轉入後堂，不料腳下一個踉蹌，頭腦昏漲，好似宿醉未醒一般。說時遲，那時快。樂行達的劍已刺向心窩，韓簡向後一躲，滾倒在地，他見機飛快，就勢滾向後門，進了這道門，就是他的牙兵住所。
忽然，虛掩的門後，伸出一腳，將他踢回到帥案之前。眾將血紅了雙眼，刀劍相加，韓簡頓時渾身鮮血。韓簡臨死之時，猛然瞥見門後一雙滿含怨毒的眼光，那是素來和藹可親的、侍候了韓氏兩代的帥府總管韓冬。不！他的真實姓名叫做封寒冬。韓簡臨死之際終于明白自己是死在何人之手，亦算是死得瞑目了。
是年，京師聞報，魏博軍亂，韓簡為部下所殺，眾將擁樂行達為帥。朝廷遂令樂行達為魏博節度使，樂行達更名樂彥禎，擁有魏博。始作俑者封寒冬，在一個大雪飄飛的夜里，悄然離去。
唐中和四年（公元884年），唐周岌、時溥、朱溫等于上年因救陳州，被黃巢困于城中，此時已是兵疲糧盡，遂求救于李克用。李克用兵至陳州，破尚讓，取太康；又破黃鄴，取西華。黃巢軍圍城三百日，亦是困乏無力，乃解圍北走。五月，黃巢不顧眾將反對，逼汴州尋朱溫復仇，朱溫大駭，再次向李克用求救。
李克用于中牟北王滿渡，追破黃巢軍，朱溫、時溥乘勢出兵，黃巢大敗。朱溫招降巢軍大部分別將，尚讓亦降于時溥。黃巢知大勢已去，逃往冤句老巢。李克用緊追不舍，東至冤句，人馬俱疲，兼之林言等誓死相拼，結果無功而返，回到汴州。
朱溫盛情款待了李克用，並安排其寢于上源驛。是夜，火光四起，館驛外殺聲震天。李克用推窗觀瞧，汴軍重重圍定了上源驛，正自火燒館驛。李克用獨目圓翻，厲聲喝道︰「爾等意欲何為？」
這時，汴將楊能勒馬上前，道︰「奉我家大帥之令，擒舀河東節度使李克用。」
「本帥屢次相救朱溫，他竟如此待我？‘士可殺，不可辱！’」李克用話猶未了，倏然彎弓搭箭，當真是「將軍神箭，例不虛發。」狼牙箭呼嘯著撲向楊能，楊能不備，登時栽落馬下。
汴軍發一聲喊，「呼啦」向後退卻。汴將葛從周大喝一聲，道︰「退者死！給本將殺了李克用。」汴軍復又上前，一時刀槍並舉。李克用絲毫不懼，躲在窗後，箭無虛發，又射殺了十余位汴軍。葛從周冷笑道︰「給我沖，看他能射殺幾人？」
龐師古提馬上前道︰「李克用神箭無敵，王滿渡之戰，以‘黃王’之箭術，尚遜一籌，這豈不是白白送死嗎？」葛從周陰笑道︰「這是館驛，不是軍營！難道你忘了衛乘風是怎麼死的了嗎？李克用武功雖遠勝你我，可比得上明教衛乘風？」龐師古不由激靈打個冷戰，心有余悸。
眼見館驛在焚燒下，即將分崩離析。忽然天降暴雨，霎時將熊熊烈火熄滅。
李克用大喜︰「天不絕我！」不由氣勢為之一振。驀然，李克用面色大變。他身側的護衛駭道︰「大帥怎麼了？」「我命休也！」李克用舉起空空如也的箭囊，一臉的悲憤。
葛從周疾聲呼道︰「沖啊！李克用沒有箭了。」汴軍像發現了寶物一般，揮舞著閃閃發光的刀槍，「嗷嗷」地嚎叫著撲向館驛。
正在這時，汴軍身後一陣大亂，一行黑衣軍士如狼似虎地殺到。當先一將，血染征袍，掌中一桿虎頭槍，擋者立斃，正是李克用的義子，「十三太保」排行十三的河東悍將李存孝。李克用大喜過望，低吼一聲，率先跳出窗來，揮刀殺入汴軍。
原來，李克用留宿汴州城中，大軍卻駐扎在城外。監軍使張承業始終放心不下，遂私下約齊「十三太保」及軍中驍勇軍士，偷偷潛入城中，以防不測，果然因此救得李克用一命。李克用殺出城來，暗道僥幸，由此格外恩重張承業。
六月，武寧節度使時溥在降將尚讓的引領下，大破冤句「天補幫」總壇，黃巢敗走泰山「狼虎谷」，林言斷其首，往投時溥，中途卻被唐軍所截，亂刃分尸。
唐中和四年，七月。
唐僖宗在太玄樓受俘，武寧節度使時溥獻上黃巢首級及黃巢姬妾三十余人。唐僖宗眼望這些如花似玉的女子，問道︰「汝曹皆勛貴子女，世受國恩，何以從賊？」眾姬妾之首，黃巢妻子崔金鈴昂然不懼，抬頭道︰「狂賊凶逆，國家以百萬之眾，失守宗祧，播遷巴蜀。今陛下以不能據賊而責一女子，置公卿將帥于何地乎？」唐僖宗語塞，文武百官汗顏，不復再問，令皆戮于市。
臨刑之時，劊子手憐眾女子無辜亦無助，使其飲酒至醉而受死。眾女大哭而醉，獨崔金鈴不哭亦不醉，從容就死，市井皆撫掌稱道︰真奇女子也！
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