此時的洛杉磯，聯軍為了盡早趕到西雅圖。將在戰斗中被損毀的洛杉磯機場進行了簡單的修復後。美國空軍的10多架重型運輸機c17隨後降落到了機場上，聯軍在得到了大量補給後，部隊開始向西雅圖進發了。
不過由于洛杉磯城內還有對方的少量殘兵，所以譚雅和她的海豹小隊，在熱心的westwood之星，藍波，魔鬼終結者阿諾的幫助下開始進行清理作戰。而鮑里斯大叔則自願留下來幫助美軍盡行肅清作戰，倒是贏得到了譚雅的不少好感。
此時的西雅圖，尤里部隊威脅將使用核彈摧毀這座城市，試圖向該城市的巨軟公司bing總裁勒索數百億贖金和專業技術。不過由于美軍的一支部隊已經控制了部分城區，所以計劃進行的並不是很順利。核彈一旦啟動極有可能被發現，從而遭到先發制人的打擊，所以勒索的贖金計劃暫時被擱置了。
而尤里轉而開始利用佔領巨軟工業園的優勢，強迫bing總裁和他的巨軟公司被迫為心靈控制器編寫控制軟件，以強化自身實力。此時美軍趕來的部隊並不是尤里部隊的對手，幾次交手的損失慘重。特別是步兵受到病毒狙擊手的狙殺損失慘重使得士氣大跌！雙方對峙數日，不過隨著美軍的補給線遭到對方突襲得手，情況變得對美軍十分不利。
還好此時趕路的聯軍在挫敗了幾次尤里軍隊的埋伏後，終于趕到了西雅圖。並且部隊還帶來了拆解後的大殺器天氣控制器趕來，雖然組裝工作花了一整天時間，不過物有所值，它的威力還是相當強大的。聯合部隊收攏了城外被打殘的美軍後，開始對城內進行了幾次試探性攻擊。
不過部隊很快就受到了病毒阻擊手的埋伏，雖然做了一定的防備。不過還是出現了不少傷亡。此時的尤里害怕計劃失敗，最終還是率先發動了核彈攻擊，不過由于過早的暴漏了武器位置。迅速的被盟軍間諜衛星鎖定了目標。最終在導彈即將點火的瞬間遭到了閃電風暴的突襲。雖然沒有徹底摧毀核彈發射井，不過卻成功的破壞的發射裝置和電力設備。核彈被迫停止了發射倒計時。至于是否能夠修復，恐怕看那破壞的程度，少說也要一周時間能修好吧！
此時身在南極的尤里，十分痛恨美軍的間諜衛星系統。兩次都是那東西壞了自己的好事情，可是又十分的無奈。自己現在確實沒有實力摧毀那套系統，看起來要加快計劃進度了。嘆了口氣後，又繼續指揮部隊進行作戰部署。
此時的西雅圖，聯軍調動了10多輛戰斗要塞，並且在里面搭載了許多阻擊手，而裝甲部隊和步兵部隊在緊跟其後。開始向城內的尤里基地進行推進，由于有強大的裝甲防護所以在這次的對狙戰中，聯軍明顯佔了優勢，部隊很快就推進到了巨軟工業園附近。不過此時後方基地卻被對方突襲的求救信號，于是李明不得不派出部分部隊進行回援。
而城內的戰斗也開始進入白熱化階段，對方的部隊幾乎在聯軍所經過的每棟大樓都設有防御，大量的步兵駐守在其中。部隊不得不分派人員進行爭奪，而對方的裝甲部隊也借機發動攻擊突襲，一時間戰斗陷入了僵局。
而後方的戰斗在李明的部隊趕到後，也很快擊潰了敵軍的攻擊部隊。不過李明卻感覺這完全的不合理，對方費這麼大的勁難道只不過是為了拖延時間，可是拖延的目的到底是為了什麼呢？正在李明猜測對方的真實意圖的時候。
美軍的間諜衛星給出了答案，對方正試圖將核彈的彈頭拆下來。恐怕對方在考慮其他的引爆方式。為此李明只好分出了一部分軍隊對核彈基地發動了強攻。不過讓他沒想到的是自己偷雞不成蝕把米，反倒被對方給算計了。自己的部隊剛完成包圍，對方的核彈就被遠程引爆了，結果可想而知。還好自己沒有親自去，以那種爆炸強度，在強的防護也要扛不住。
讓人沒想到的是對方居然犧牲了一千多人的防御部隊和工作人員，只為了消耗自己的作戰力量，只能說尤里部隊的那些防御人員悲哀。如此大的魚餌，誰又能不上鉤呢？
由于核彈基地的位置距離市中心比較遠，所以爆炸並沒有影響市中心雙方的激戰。不過派去的部隊基本就有去無回了。使得自己手中的力量頓時減少了三分之一。而此時城市終于完全被維拉迪摩將軍所率領的蘇軍部隊封鎖了起來，聯軍除了主力部隊在全面進攻巨軟工業園外，其它部隊迅速搶佔了城市各個重要部門，很快機場，電視塔，電廠，政府機關等設施相繼被佔領。
而對方的幾處重要基地，也在美軍卡維爾將軍所指揮的幻影和光凌坦克部隊的配合下相繼失陷。而蘇軍的包圍部隊也擊退了對方的數次突擊。李明在城外的部隊也在解決了麻煩後再次投入了戰斗，而巨軟工業園在經過了3天的反復爭奪後，終于宣告解放。
不過當聯軍沖進園內後，發現大量科技人員已經被對方屠殺殆盡，只有少數看事情不妙，提前躲起來的員工幸免遇難。至于對方是否得到了他們想要的技術，那就只有天知道了。
而企業的總裁bing卻在這次大屠殺中居然奇跡的幸存了，實在是讓人費解。後來在美軍的情報部門的調查下才得知，這位總裁為了活命居然真的將數百億打到了尤里在瑞士的指定賬號內。而當聞訊趕到的歐洲情報人員前去調查時，這些錢已經不知道被轉到了哪里。如果要進行追查的話，最快也要3天時間才能找到。恐怕到時候錢早就被提走不知道花到哪里去了。
城內的戰斗還在持續著，掃清殘敵的戰斗一直持續了數天才宣告結束。在這場巷戰中，聯軍的狙擊手和尤里的病毒狙擊手在城中貓捉耗子似的生死相斗，不過在聯軍在得到了大量重武器和空軍的支援下，很快就將對方消滅殆盡。特別是強大的戰斗要塞起到了十分重要的作用，不但為阻擊手提供了掩護，而且強大的火力完全壓制了對方。對方根本就沒有還手的機會。
而對方的裝甲部隊更是完全不是聯軍的對手，戰斗結束後。整個城市到處都是雙方戰斗時留下的痕跡，整個城市遭到了十分嚴重的破壞。在士兵們焚燒掩埋對方尸體時，終于發現了一些不尋常的地方。
而此時全國各地也有許多部隊發現異常，情報被迅速的匯總到了杜根總統所在的華盛頓。美軍的科研部門很快對全國送來的尸體進行了分析。結果發現了尤里部隊的驚人秘密！對方雖然做出了很大的掩飾，不過在dna的面前一切的掩飾都毫無作用。對方所使用的正是蘇聯被盜取的科技復制人技術，也就是俗稱的克隆技術。而這些士兵是由數萬個不同人類基因組成的。為了防止被發現，對方在制造的時候還隨機生成了面部特征。
可惜只能說對方百密一疏，偏偏有一批克隆人由于前線吃緊，所以直接制造了出來。結果在戰場上偏偏就撞了車，畢竟兩個一模一樣的可以說是意外的小概率事件，可是偏偏有10多個人的外貌和你長的一樣敵人尸體擺在你的面前，你還會淡定了嗎！
尋找尤里復制人工廠的行動也在各國展開了，不過此時愛因斯坦得知美國地區的尤里部隊已經基本被消滅干淨後，火急火燎的決定乘坐最近的民航班機返回德國繼續他的科學研究，卡維爾將軍試圖挽留，不過愛因斯坦還是乘坐飛機返回了國內。
而愛因斯坦博士還拒絕了杜根總統的好意沒有同意保鏢隨行，飛機在當天下午起飛了。
而蘇聯的援軍和李明的部隊也趕回了舊金山，準備坐船返回夏威夷的珍珠港基地。
而舊金山的那台時間機器卻不知道發生了什麼，居然在趕回來的當天就發生了一場爆炸，造成了三國數名防守人員傷亡。當然了此時的李峰已經將時間機器的資料全部搞到了手，正在對制造出來的超時空傳送儀進行改造。
至于那場爆炸當然被嫁禍到了尤里余孽的手中了，不過讓美軍百思不得其解的是，在如此嚴密的防御下。對方是如何潛入和摧毀的呢?
李峰在這次大戰之前，就已經吩咐李明特意留下那些在指揮系統帶標記的坦克，因為其內部裝備了大量的隱形蜘蛛間諜機器人{體型只有2厘米左右，而且裝備了激光切割器，和隱形消音裝置等}。
趁著夜色潛進了時間機器內，當資料被全部搞定後。為了防止留下證據，所以除了下載資料的蜘蛛返回了坦克外，其余的機器人引爆了體內自動銷毀的炸彈，而將近1000多個機械蜘蛛的破壞力是相當驚人的。而儀器內的監控設備一開始就被機械蜘蛛所破壞，所以行動進行的十分順利。
甚至美軍的譚雅在勘察現場後也沒有看出絲毫破綻，只能被歸類為尤里完美的襲擊。因為在爆炸現場發現了一具殘缺的手臂被證明是尤里克隆人的。當然沒人會想到這條手臂是戰斗機器人趁著黑天爆炸的時候撇進去的。
當李明的機械兵團和蘇軍正在登船的時候，愛因斯坦的飛機出事了。飛機被不明武裝分子劫持了，而目的地居然是埃及！看起來事情變得越來越有意思了，對方劫持愛因斯坦博士究竟是要做什麼呢？
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