命玄合道稱祖後，在方丈島又待了一千年。在他的細心教導下，孔宣卻是終于證道大羅，成為不滅不隕的道君。
而命玄其他的親傳弟子亦是均成為半步道君，如此玄門整體實力躍居成為洪荒第一大門派，幾位聖人教派也要低上一籌。
不過好在玄門確實是傳而不教，不插手洪荒人族運轉，就是收徒亦是千挑萬選，相比其他教派少之又少。是故這般，與幾位聖人的教派倒未發生什麼沖突。
這一千年里，在洪荒影響力最大的還屬闡教。闡教借封神之際，大肆的將自己教中弟子安排到天庭任職，算是讓玉帝昊天竹籃打水一場空。
又在人族新生的周朝之中擴大影響。幸存下來的金仙弟子，劫後竟是紛紛突破修為瓶頸，行斬尸法，卻也成就道君之境。
不知是否得到了元始的授意，這些闡教的道君在洪荒四大洲廣收徒，傳闡教之道，一時之間道教大興，凡人皆尊三清教主供奉。
而西方教因劫奪截教三千弟子，特別是兩教的金仙弟子投入佛門後，竟是紛紛成功斬尸，成就道君之境。這期間也還發生幾件轟動一時的大事。
首先是闡教的副教主燃燈道人在闡教大興之時毫無征兆地叛教投入西方教，這事最開始讓元始暴跳如雷。
在他看來，這西方教之前就使了詭計誘惑其門下四位金仙叛教，如今這件事還未消除影響，闡教堂堂的副教主又叛教投入西方教，定是西方二聖使得壞。
如是他憤怒之下打上西方佛國，在虛空之外，三位聖人大大出手。這元始哪是接引與準提二聖合力的對手，關鍵時刻如若不是老子前來相助，估計元始少不得又要丟了面皮。
也不知這四聖是如何商量的，反正是元始吃了一記暗虧，燃燈在西方教兩位教主門下安然潛修。可沒過多久，老子卻是鬧出大動靜，算是報復了接引與準提。
不知使得何法，竟是讓先前被老子用太極圖鎮壓的截教多寶道人悟了西方教佛法，立地成佛，並成就道君之境。
這多寶道人化為佛後，自稱多寶如來佛。他硬生生在西方二聖所創的佛教之下分出小乘佛教，也是有大毅力和大智慧之人。
這小乘佛教畢竟也是佛教，同出西方二聖所創佛教一脈，是故分了其氣運，這當然惹得兩位聖人教主不爽。但後來發現這多寶如來所創小乘佛教更容易吸引凡人信仰，隨即便默認了其存在。
最後將同樣成就道君境界的燃燈、彌勒，再加上多寶敕封為佛教三世佛，分別是過去佛燃燈古佛，現在佛如來佛以及未來佛彌勒佛，當然這是後話，暫且不提。
這多寶如演小乘佛教，讓佛教教義傳入洪荒，這必然就和以闡教為主的道教發生了沖突，只是目前這沖突還不算顯眼，這些高高在上的大能自是不會在意，卻是不知這已經是下一個劫數的萌芽。
命玄在方丈島的一千年時間里，只公開講過一次道，但凡是洪荒金仙及以上境界的修士卻是紛紛前來听道，其中不凡少數有大氣運大機緣的道神境界的修士。
老子、元始、接引、準提以及女媧這五位聖人卻是多次私下前來向命玄問道。這些听到問道之人，離開之時皆是滿意至極，對命玄道祖感恩不已，玄門之名在洪荒修士中大盛。
洪荒凡人沒有不知道道教的，而洪荒修士同樣都知道玄門的存在。命玄見此知道自己為玄門基礎已經打好，剩下的就看門下弟子自己的傳承發揚了，畢竟玄門如他而言實在不是什麼要緊之事。
一千年後的一天，方丈島上，命玄端坐于虛空之上，下面一眾弟子及紅雲恭敬地站著。只听命玄道︰「千年已過，為師卻是要會會老友，爾等自可行事
說完也不待眾弟子回應，就那麼突然間消失，好似從未出現過一般。眾人也是見怪不怪，這等神通道君雖然使不出來，對道祖而言並非難事。
須臾間，從方丈島消失的命玄卻是出現在混沌之中，他雙手附後，身形一頓，卻是跨過層層虛空來到另一處，如此這般不斷跨越，卻不像是閑庭信步。
過了一會兒，命玄突然停了下來，看著眼前這湮滅與重生互換的空間，心中卻是冷笑一聲。他對著空間喊道︰「鴻鈞道友，本道祖已然尋來，何不大大方方讓我進去，省得我動手費一番功夫
這片湮滅與重生交疊的空間听到命玄所說，寂靜無聲，但竟有慢慢平靜的跡象。命玄見此微怒道︰「鴻鈞你既然有此想法，那就別怪我不客氣
說完手指掐動間，一道白光打入這片虛空之中，隨後轟的一聲炸響，那處空間露出漆黑的空間裂縫，命玄身形一閃就鑽進去。
待進入後，卻是發現這看似湮滅的空間另有洞天，雖然大部分地方都是漆黑一片，但中間那只散發著紅光的異獸卻是惹眼異常，正是天道法則之獸。
命玄看著這法則之獸微微笑道︰「鴻鈞道友，還不肯顯出真身一見嗎法則之獸聞言，眼珠子亂轉，像是在思考什麼，半響，紅光淡去卻是化為鴻鈞模樣的道人。
鴻鈞一臉陰晴不定，看著命玄既有驚訝又有驚喜，還要絲絲忌憚。命玄卻是饒有興趣的打量著這番狀態的鴻鈞，口中嘖嘖道︰「道友大才，竟是想到此種合道之法
鴻鈞聞言面色一緊，顯然沒想到命玄看穿了他的合道法門，心中此時竟是惴惴不安起來。
並暗暗想到︰命玄他想干嘛，打算擊殺了自己這潛在敵人，或者永遠的封印，畢竟自己已是天道，打殺自己就是毀滅天道。
毀滅了天道，洪荒也將不存，想來他命玄會顧忌這一點。這也是自己當年艱難抉擇之下唯一值得稱道之處，為得就是防備今天這番萬一事件。
鴻鈞在那胡思亂想時，命玄卻是突然說道︰「既是見到鴻鈞你了，本道祖就不打擾道友為合道做準備了說完，在鴻鈞驚詫的目光中，身影淡淡消失不見，留下滿心疑惑與不解的鴻鈞。
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