其實不光是王守仁看到了舊港的宗教矛盾，周重也早就注意到了舊港的那些穆斯林，畢竟大明西北的回民與漢民之間的爭斗也是不斷，甚至是經過幾百年的融合，但後世之時依然不時听到回民與漢民沖突的事，更何況舊港剛開始就是一個穆斯林城市，現在忽然出現那麼多的漢民，若是不出現矛盾那才叫有鬼呢。
也正是因為如此，所以周重在接到王守仁對舊港宗教矛盾的稟報後，立刻召集焦芳和張彩商議事情，其張彩更是甘肅人，他老家那邊就有不少回民，所以對于處理這種宗教矛盾的問題，他很快就想到了應對之法。
張彩的建議首先就是劃分居住區域，也就是把舊港一分為二，其老城區依然讓那些穆斯林居住，而在老城區之外再建造一座新城，以容納新移民的到來。
當然僅僅是分開居住還是不夠的，張彩的第二條建議就是以官府為主要力量，教導新移民要懂得尊重別人的風俗習慣，特別是穆斯林的一些禁忌，也要大力宣傳，使得新移民不至于在不知不覺觸犯了對方的禁忌。與此同時，官府也要教導那些穆斯林要學會寬容，他們可以保持自己的風俗習慣，但卻不能強迫別人也遵守他們的風俗，哪怕是看到別人在自己面前觸犯了穆斯林的禁忌，他們也不能上前指責，畢竟除了官府之外，沒有任何人可以強迫他人按照自己的行為準則做事是。
張彩處理宗教矛盾的辦法算不上高明，但卻規矩，而且這也是現階段周重能做到的最好辦法，所以他很快給舊港知府李義去了道公，要求他結合舊港的實際情況。按照張彩提出的幾點辦法酌情處置，同時周重也給王守仁也下了道公，讓他們按察使司留下人監督舊港的宗教矛盾。
幫著李義處理了一下舊港的宗教矛盾後，王守仁對四海總督府治下的州府考察也終于完成了，于是他在舊港直接乘船回到雙嶼港。並將自己這一路上的見聞，以及對四海總督府未來的發展方向寫成書交給周重，然後開始真正的著手整治總督府的吏治。
王守仁一出手，就把矛頭指向了私德有虧的張彩，說起來張彩年輕時，甚至還開口向屬下討要小妾。可以說人品很有問題，現在年紀大了，沒有精力再去了，但卻開始變得貪財起來，本來大明官員的俸祿很少，全都靠各種灰色收入支撐。甚至這已經成為官場上的潛規則，所有人都知道但卻沒有人敢說破。
周重對官場上這種灰色收入十分反感，一來官員收下這些灰色收入，容易滋生貪婪之心，二來這種灰色收入並不透明，身為總督的他也很難監控，所以周重在總督府剛剛成立時。就嚴禁總督府的下級官員私自收受財物，也就是將所有灰色收入一下掐斷，不過周重也知道官員只靠俸祿是養不活全家的，所以他將那些灰色收入掐斷後，干脆由暗轉明，將各種名目的灰色收入變成總督府的補貼發下去，這樣一來官員的收入也能更加透明，也便于周重對下級官員的監管。
周重對總督府的財政做了改革，大部分官員也都對這種改革表示歡迎，畢竟他們不必像以前那樣擔心吊膽的收錢了。而且收入也並沒有減少，自己也不必承擔風險，所以大部分官員都是嚴格遵守周重立下的規矩，沒敢再收受任何名目的灰色收入。
但是張彩這個人卻是好了傷疤忘了疼，他與焦芳在總督府站穩腳根。並且取得周重的信任後，貪婪的心思再一次升起，開始收受一些別人的賄賂，不過他雖然收錢，但是卻也不會做的太過分，比如周重吩咐的一些事情，哪怕他是別人出再多的錢，他也不敢打絲毫折扣，因為他十分清楚，自己這位年輕的上司可不是好糊弄的，萬一因為一些錢財而導致周重對自己不信任的話，那他日後的前途可全都毀了。
張彩收受賄賂雖然十分小心，但可惜他遇到了王守仁，歷史上的王守仁在用兵方面就是奸詐出名，現在他把自己用兵時智慧用在官場上，同樣也是無往而不利，比如王守仁就讓人假扮商人向張彩行賄，結果張彩一時不察就收下了，這下讓王守仁抓了個人贓並獲，這應該就是後世釣魚執法的前身了。
對于張彩收受賄賂的事，周重其實也有所察覺，畢竟雙嶼港本來就是他的地盤，任何風吹草動都逃不過他的眼線，只不過張彩雖然受賄，但做事卻極有分寸，有些不該拿的錢，他是打死都不會拿，再加上周重又十分看重張彩的才能，所以對張彩受賄的事視而不見。
不過周重之前可以裝做不知道，但是現在張彩受賄的事卻被王守仁抓了個現形，這下周重就不能再裝傻了，幸好張彩受賄的數額不是很大，王守仁也沒想真的要把張彩制于死地，他只是想通過這件事向北方官員立威罷了，所以並沒有向朝廷稟報，而是私下里交給周重處置，最後周重只好將張彩收受的賄賂充公，然後又處置了張彩家直接收下賄賂的家人，雖然這樣的處罰並不重，但王守仁也並沒有追究。
借著處置張彩這件事，王守仁迅速在總督府樹立起自己的威望，老謀深算的焦芳在打听了一下王守仁的過往，以及他在台灣三地的考察經過後，十分明智的選擇了退讓，之前受到壓制的南方人也終于可以出頭了，不過王守仁也不敢過分逼迫，畢竟焦芳和張彩哪個都不是易與之輩，而在南方官員，也只有自己可以勉強與兩人相抗衡，與他同級的楊統根本就不是兩人的對手，所以王守仁也見好就收，總督府的南北官員勢力也慢慢的恢復了平衡。
另外值得一提的是，以達伽馬為首的葡萄牙使團在北京居住了近半年後，終于帶著正德簽署的通商書離開了北京，這份書的內容其實就是之前周重與達伽馬已經達成的協議，現在只不過由正德再次簽字確認，同時也更加保證了這份條約的合法性。
達伽馬在離開北京之後，還特意來到雙嶼港向周重告別，而且這次見到周重後，態度卻變得更加的恭敬，多次強調自己在回去之後，就會立刻支付剩下的百萬兩賠償，同時也希望周重遵守雙方之前簽署的合約，大力推動發展大明與葡萄牙之間的貿易。
對于達伽馬表現出來的恭敬，周重並不怎麼高興，因為他知道達伽馬之所以變得之前恭敬，是因為他在大明呆的這半年里，肯定已經看清了大明的虛實，知道整個大明只是一個虛弱的巨人，根本不像他們之前想像的那麼強大，而且大明上下都對海洋抱著一種可有可無的態度，哪怕是現在大明已經從海洋賺到無數的財富，但是大明對海洋依然不怎麼重視，這個發現對于達伽馬來說，簡直就是天賜之喜。
不過大明上下雖然對海洋不怎麼重視，但是其卻有一個例外，這個例外就是周重，達伽馬之前在雙嶼港呆過一段時間，知道周重的四海總督府在海上擁有極強的力量，甚至可以毫不夸張的說，僅僅一個四海總督府，就已經擁有打敗他們葡萄牙王國的力量，而且更加糟糕的是，那個年輕的總督似乎還十分受到大明皇帝的信任，大明朝廷也對總督府的發展提供了大量的支持，也正是因為如此，所以總督府在海上的實力幾乎是一日千里。
可以說達伽馬的這一次北京之行，不但讓他搞清楚了大明的虛實，同樣也搞清楚了周重這個年輕總督對大明的意義，甚至可以毫不夸張的說，周重就是大明的海上皇帝，所有與大明有關的海上活動，都離不開周重的支持，他們葡萄牙人日後想要與大明交易，同樣也需要與周重打理好關系，甚至若有可能的話，達伽馬還希望可以找到周重的弱點，只要能夠擊敗周重，那麼整個大明的沿海都將對他們葡萄牙王國開放。
也正是因為上面這些原因，所以達伽馬再次見到周重時，態度變得十分的恭敬，甚至可以說是謙卑，畢竟現在他們葡萄牙人在亞洲這邊的實力大損，短時間內根本無力與大明爭鋒，更何況現在周重的四海總督府實力發展飛快，天知道對方哪一天會殺進印度洋，所以現在對周重保持必要的恭敬，日後只有好處沒有壞處。
對于達伽馬的恭敬，周重卻是十分的清醒，特別是他知道眼前這個葡萄牙人已經看清了大明的虛實，日後葡萄牙人若是再次積累起能夠打敗自己的實力，那他們絕對會毫不猶豫的動手，只要自己一敗，整個大明的沿海就完了，所以他現在只能拼命的發展總督府的海上力量，甚至主動與葡萄牙展開競爭，最好能夠將葡萄牙人的勢力從印度洋那里趕出去。