繼續旅行的小智三人，在合認識了開船旅行的小美，並且受到小美的邀請，來到船上，繼續旅行，朝下一個小島前進
「今天天氣真好艾大家都出來吧」，上到船上後，小霞照樣把神奇寶貝們放出來，大家都到水里去玩了，當然我們的旱鴨子可達鴨還是只能在船上看著hxm
「你們也出來吧」，小建也放出了瑪力露毛球和螳螂，小智也讓乘龍到水里一起玩，大家一起享受著這個美好的午後
「皮丘~」，不過好景不長，突然前方出現了大片的黑雲，而皮丘的兩個臉頰也開始出現電火花
「大家趕快回來」，合開始出現風浪，船也因此劇烈的搖晃，小智小霞和小建立刻收回神奇寶貝，小智抱緊皮丘，小霞也抱緊波克基古，大家只能抱著欄桿，不知道船會飄往何處，不過小智心里已經大概知道怎麼回事了，而與此同時，世界各地也出現了各種不同尋常的天氣情況，也引起了各類人士的關注
「居然來到了這里」，雖然合還是有風浪，不過稍微平穩了一點，小美在船的上方，看著遠方說道，「亞細亞島，橘子群島海域的盡頭」
‘果然是亞細亞島，沒想到會是現在發生洛奇亞的爆彈，不知道我會改變多少’，听到小美的話，小智心里想到，然後在水流的帶領下，大家上了亞細亞島
「終于得救了，也許是我們運氣好吧」，從船上下來後，小霞就稍微平復了心情的說
「真的得救了嗎？」不過這時小建發現了他們遠方出現了許多的帶著奇怪面具的人，嚇了一跳
「這不是小美嗎？」這時其中一個人一邊說著一邊把面具摘了下來，是一個女人，而且認識小美
「哎呀，是小優啊」，而小美也認識那個女人，原來是叫做小優，「從曼陀林分校分別後，算起來有五年沒見了呢，不過，那種打扮是什麼啊」，隨後小美又問小優說
「祭典啦，從今天起，島上會有祭典舉行」，小優回答說
「還是當祭典上吹笛子的女巫嗎？」小美一听小優的話，就知道了還是以前的祭典，而且小優是充當吹笛子的女巫
「引退了，我也不是小孩子了，祭典女孩由我妹妹擔任了」，不過小優則是說她不再是祭典女孩了
「什麼妹妹，誰是祭典女孩了，我當姐姐的妹妹真是不幸」，然後就看到遠方出現了一個女孩子，不過穿著很現代，而且還帶著一幅墨鏡，和四周的人群看起來格格不入
「那是什麼打扮，祭典用的衣服呢」，而姐姐小優也看著妹妹的衣服不太認同，看來這姐妹倆有點分歧
「我才不要穿那麼老土的衣服呢，而且祭典是從傍晚才開始的」，而妹妹則是回答說
「真是沒辦法，那，這是我的妹妹芙蘿拉，這樣也能當巫女，是祭典的主角，時代真是變了」，小優向大家解釋了妹妹後，又吐槽了一下，「這幾位是？」隨後小優看到了小智三人，于是問道
「哦，他們是神奇寶貝訓練家」，小美介紹說
「神奇寶貝訓練家，喔——喔——」，听了小美的話，大家都激動的歡呼起來，弄的小霞和小建一頭霧水，而小智則是知道事情的緣由
「傳說中，跟著世界的毀滅，海之神出現，並與優秀的指揮者一起平息諸神的憤怒，指揮者，也就是訓練家，你就是那個訓練家，這是慣例」，而後從人群中走出來一位老爺爺，並且一邊說著，最後指著小智說他是那個訓練家，也就是指揮者
「你是神奇寶貝訓練家？」這時，芙蘿拉也走了過來，打量著小智
「你好，我叫做小智」，小智自我介紹說
「哎呀，不管了，按照慣例，親一個」，而芙蘿拉听了小智的話後就要親過來
「哎哎哎，等一下」，而小智看著馬上要親過來的芙蘿拉，立刻就慌了起來，雖然美人之吻非常不錯，可是……
「你好，我是小智的女朋友，小霞，我不管你們的慣例是什麼，不過你不覺得在我面前親我男朋友非常不好嗎」，小霞這時反應過來了，迅速走上前去，擋在小智面前，對芙蘿拉說道，盡顯女王範，小霞要捍衛自己的所有，這個時候必須強大起來
「這個……」，芙蘿拉听到小霞的話，有點不確定的看著小智
「是的，我有女朋友了」，小智肯定的回答，畢竟我們的小智是非敞一的，而且是非常的寵小霞，不過也可以說是妻管嚴啦
「那，算了」，芙蘿拉看著面前表示著‘小智是我的’的小霞，只好作罷，而小霞也因此松了一口氣，並且決定以後一定要看緊小智，像小智這樣的男生以後的桃花應該還是不會少的
「來，祭典開始了」，老爺爺這時宣布祭典活動開始了，而小智他們也隨著人群加入了祭典當中
「這邊的祭典真的不錯啊」，跟著祭典活動了一會兒後，小智他們坐在一旁吃東西休息，小智看著四周熱鬧的場景說道
「是啊」，小霞也表示同意
「是那個女孩，我看出來了」，突然傳出一陣悅耳的笛聲，而後前方的平台上出現了一位女孩，頭戴白紗，一邊跳著舞一邊吹著笛子，很是夢幻，而小建則是說道
「芙蘿拉」，小霞也反應過來
「天地憤怒，世界即將毀滅之際，海之神出現，與優秀的指揮者一同平息諸神的憤怒，小智大人，如果你真是那個優秀的指揮者的話，就請給我們看證據吧，到近海的三個島上拿到三個寶物，然後放到島上的祭壇上，然後由我來向眾神吹奏奉獻之笛，這樣就結束了」，芙蘿拉跳完舞後就走到小智他們面前並且對小智說
「那寶物在哪里？」小霞這時在一旁好奇的問
「在各個島上的神社中」，芙蘿拉一邊吃著一個水果一邊回答說，「而且到島上去有船，而且到神社上還有樓梯，很簡單的」，芙蘿拉又解釋了一番，看來歷年來的祭典都很簡單，不過小智想說今年可是不一樣的
「那我們現在就出發吧」，小智想到這件事情越早處理越好，于是想要現在就出發
「不用著急，祭典要持續到明天，明天早上再去也來的及，放輕松」，而芙蘿拉則是覺得事情很簡單，不需急著去
「還是現在去吧，早點結束比較好」，而小智則是堅持自己的想法，「小霞」，隨後又叫了小霞一聲
「好，知道了，我們一起去吧」，小霞當然知道小智的意思，是問自己去不去，所以小霞給了肯定的回答，要和小智一起去
「那我就在這里等著你們吧」，而小建則是覺得在這里等著就好了
「船我來開吧，先去火之島」，小美這時也走了過來，說要載小智他們過去
「出發吧」，隨後小智小霞和小美就出發向火之島前進了
「又起風浪了」，船剛到一半，合就起了風浪，小霞抱怨的說
而就在此同時，大木博士研究所，「橘子群島？小智他們現在旅行的地方？」听了新聞說是橘子群島的海底洋流發生了變化後，小智的媽媽的的說，而後大木博士也接到了內木博士的電話，說橘子群島的神奇寶貝們也發生了異動
「終于到岸了」，經過了一路的顛簸後，終于可以說是「平安」的抵達了火之島
「好，我們走」，而小智也和小霞快速的下了船，分別抱著皮丘和波克基古向著樓梯跑去
「這個天氣，還是不要亂動的比較好」，小美這時則是勸說小智他們，畢竟現在是暴風雨的天氣，誰知道會發生什麼事情呢
「船長在這里等我們吧」，不過小智說了一聲後，就拉著小霞向上跑去
「這個就是寶物？」到神社的路上可以說是比較的安全，沒有發生什麼事情，而後就看到前面一個建築物里有一個紅色的發光的珠子，小霞則是問道
「應該就是這個」，小智則是走上前去，奮力的把珠子拿了下來，而後就看到紅色珠子里好像有一股火焰的燃燒，而且還有溫溫的感覺，「我們去下一個島吧」，隨後小智就想要去下一個島拿其他的寶物
「你在這里艾皮丘喵」，就在小智和小霞要離開的時候，傳來了這樣的聲音
「火箭隊？」小霞一听就知道是火箭隊來了
「…………（火箭隊經典台詞）」
「火箭隊，我今天很忙，沒時間和你們耗」，小智知道今天事態緊急，沒有時間浪費在火箭隊身上，畢竟一分鐘之後的事情都是無法預料
「是艾今天天氣很不好，不過趁著現在趕緊把皮丘交出來」，武藏則還是想要抓皮丘
‘呲呲呲呲啦~~’，不過就在這時突然有了這樣的聲音，而且大量的閃電襲來，皮丘則是因為避雷針的特性而不斷的吸收著電流，不過閃電還是太多了，無法全部吸收，閃電到處的肆虐
「那是？」對于隨後出現的冒著閃電的黃色大鳥，小霞非常的好奇
「閃電鳥，電系和飛行系的神奇寶貝，同樣的，也是傳說中的神奇寶貝」，小智只好解釋說，而與此同時，閃電鳥也停在了神社上，身體四周發出大量的電流，而本來的火山口也全部被電流而改變了
「怎麼回事？」小霞感到自己好像有點飄起來的感覺，很是擔憂
「是電流的作用，電流可以產生磁，四周都已經被磁化了，而地磁場也因此受到了影響，所以產生了這種情況，不用的」，小智為小霞解釋說，好讓她放心
「原來如此啊喵」，喵喵在旁邊也隨後說道
「皮丘~，皮丘~」，這時皮丘突然向閃電鳥發出了電流
「干什麼呢，這種攻擊根本就無效的」，武藏看到後則是很不解
「不是在攻擊，是嘗試交流啊喵，它說這里明明是火焰鳥的島，為什麼要到這里來」，喵喵翻譯說
「皮丘~~~~」，皮丘看到沒有反應于是加大了電流的輸出，終于使電流纏繞上了閃電鳥，而閃電鳥也隨後給了回應
「它說這個島的主人已經不見了，既然不在了，就由我來支配這個島喵」，喵喵在旁為大家翻譯，閃電鳥也隨後放出更多的電流，好像是要徹底的改變這個地方，來適應自己，不過突然所有的電流都開始向上傳去，仿佛受到了什麼吸引一般
「那個是什麼？」而後就在大家的眼前出現了一個龐大的飛行物，小次郎吃驚的喊道
「小智」，小霞也不知道接下來會發生什麼事情，有點擔憂
「沒事，有我在」，小智握緊小霞的手，給予支持，不過這時突然從飛行物中飛出四個方形的金屬物，向著這邊飛了過來
「皮丘波克基古，趕緊過來」，看到飛過來的東西，小智立刻讓皮丘和波克基古靠近自己和小霞
「啊——」，兩個方形金屬物突然把小智小霞和火箭隊圈了起來，火箭隊尖叫了起來，而後另外兩個金屬物也把閃電鳥給關了起來，隨後帶著大家向飛行物飛去
「是火焰鳥」，進了飛行物後，小智就看到了旁邊被關著的火焰鳥
「原來火焰鳥也被抓來了」，小霞听了小智的話後有點吃驚
「你們是第一批沒有收到邀請信來到這里的人，覺得如何，火之神火焰鳥雷之神閃電鳥，我的新收藏品」，這時從上方傳下來一個人，並且對小智他們說道
「等一下，大叔，收服神奇寶貝為什麼不放在神奇寶貝球里，這樣不就是侮辱他們嗎」，小霞听了大叔的話很生氣，對著大叔喊道
「我不是神奇寶貝訓練家，是收藏家，能用我的眼楮看到的東西，才是收藏品，看吧，我的收藏品，不過不要用手，這樣才是禮貌」，大叔說完後，就把小智他們從關著的地方放了出來
「急凍鳥，開始行動了」，這時大叔前面出現了一段影像，是急凍鳥，「要出來了，冰之神」，隨後大叔就又傳了上去，完全沒有管小智他們，看來是認為小智他們翻不出什麼大浪
而此時，全世界的神奇寶貝們都開始向亞細亞島前進，大木博士和小智的媽媽也乘上了前往橘子群島的飛行船
「現在我們怎麼辦？」看著被關著的火焰鳥和閃電鳥，小霞總是覺得應該干點什麼，可是卻不知道怎麼辦，于是問小智說
「我們得趕緊把火焰鳥和閃電鳥救出來，不然世界就會發生大災難，你們看這塊石碑上寫的，火之神雷之神和冰之神不可以擅自觸及，否則天地的憤怒將令世界走向滅亡」，小智當然知道事態緊急，可是還是要解釋一番，為大家翻譯石碑上的文字
「怎麼會這麼嚴重」，火箭隊明顯是不相信
「不要不相信，閃電鳥的電流可以產生蛋白質等生命所需的有機物，而急凍鳥和火焰鳥則是會使海底產生寒流和暖流，寒流和暖流相互混合，會加速生物的生長，帶出更多的養料，有利于生物的大量的繁殖，這也產生了一種平衡，而現在閃電鳥和火焰鳥被抓，使這種平衡打破，世界會逐漸的走向滅亡的」，小智聯系自己了解和學到的東西對小霞和火箭隊說道
「如果世界滅亡了，就沒有神奇寶貝可抓了，我們會失業的喵」，喵喵這時卻想到自己會失業，小智真是無力吐槽艾不過這也是火箭隊樂天派的作風
「小霞，派蚊香蛙出來幫忙」，小智隨後讓小霞派出蚊香蛙
「哦，蚊香蛙，出來吧，听小智的」
「蚊香蛙，水槍；皮丘，十萬伏特」，小智讓蚊香蛙和皮丘同時對關著火焰鳥的籠子攻擊，「皮丘的電流會把蚊香蛙的水電解，產生氧氣和氫氣，而電流同樣也會產生電火花，引燃氫氣，產生爆炸，所以大家要注意安全」，小智把小霞護在身後，同樣對火箭隊說道，而火箭隊听了小智的話，立刻跑開了
‘砰——’，隨著一聲巨響，產生了爆炸，而火焰鳥也成功的月兌逃了
「成功了」，看到火焰鳥逃了出來，小霞高興的喊道
「是啊」，小智也很高興，而後火焰鳥就使用了噴射火焰，把閃電鳥也給救了出來，隨後它們就撞破牆壁飛了出去，開始破壞飛行物
「怎麼辦，要撞上了」，由于飛行物被火焰鳥和閃電鳥破壞，所以失控了，開始向下墜去，看著向下墜去的飛行物，火箭隊擔憂的喊了起來
「比比鳥，決定是你了」，小智則是立刻派出了大比比鳥，「小霞，來」，小智爬上去後，把小霞也拉了上來，皮丘跳上了小智的肩膀，波克基古則是飛在小霞身旁，「比比鳥，飛到前方的島上」，隨後比比鳥就向前飛去，而火箭隊就只能祈禱他們安全了，小智實在是無暇顧及了，不過以他們的「壞人主角光環」，肯定不會有問題的
「小智，你看」，成功著陸後，小霞指著前方對小智說道
「看來這里是雷之島了，我們走」，看到前方的神社和黃色的寶珠，小智就知道是到了雷之島，而後就上前把寶物拿到了手，黃色的透明寶珠里面有電流在亂動，而且有麻麻的感覺傳來，小智趕緊把它放到口袋里，而後就拉著小霞跑開了，因為壞掉的飛行物掉了下來
「他們完全的憤怒了」，隨後傳來了火箭隊的聲音，看來他們也安全著陸了，不過火焰鳥閃電鳥和不知什麼時候出來的急凍鳥憤怒了，開始亂放技能
「我們現在怎麼辦？」不過對于現在所處的地方，小霞還是不知所措
「超夢，把我們送到那邊的島上」，小智知道現在是要超夢幫忙的時候了
「要我解決上面嗎」，超夢一直知道發生的事情，出來後看著上方問小智說
「先不用，它們也是無辜的，而且世界還需要他們的能力，先送我們過去吧」，小智知道以超夢的實力肯定能解決上面，不過那不是解決事情的根本，還是以比較好的方法解決為妙，確定祭台的所在島嶼後，小智讓超夢把他們送到那邊的島上去，超夢也不愧為超夢，使用瞬間移動迅速的就將小智他們送過去了
「小智，你們沒事吧」，到了島上後，就發現芙蘿拉原來也在，看來她也知道必須在這里才能平息事情
「沒事」，小智回答芙蘿拉說
「把寶物放到那里」，而芙蘿拉旁邊是一只河馬王，河馬王隨後對著小智說道
「嗯」，小智听後立刻向那邊跑去，把火之寶物和雷之寶物放到了祭台對應的位置上
「他們過來了」，超夢這時看著向這邊一邊飛一邊放著技能的火焰鳥閃電鳥和急凍鳥，對小智說道
「海之神，洛奇亞」，不過就在他們到的時候，從海里傳來一股漩渦激流，把他們阻礙在了外面，而後出現了一只神奇寶貝，河馬王看到神奇寶貝的真容後說道
「海之神？」小霞听了河馬王的話重復說
「是的，洛奇亞，超能系和飛行系的潛水神奇寶貝，傳說中的神奇寶貝，被稱為海之神，它的心情會影響到天氣」，小智對小霞和芙蘿拉解釋著，同樣也為旁邊看到洛奇亞後感到威脅的超夢解釋
「超夢，不要沖動」，小智知道超夢很好強，不服輸，看到超夢蠢蠢欲動的樣子，小智安慰說
「我知道」，超夢知道現在切磋不是時候，壓下了自己的好勝心，「我先回去了，我怕待會兒會忍不賺危險的時候，我會出現的」，超夢不想一直看著洛奇亞，所以決定回去了
「好」，小智無奈的看著超夢自己回去休息了
「海之神只有在拯救世界的時候才會出現，不過也無法阻礙世界的滅亡」，芙蘿拉看著天空中和火焰鳥閃電鳥急凍鳥纏斗的洛奇亞說道，看來她知道一直流傳的傳說
「洛奇亞——」，洛奇亞好像知道這次的時間不能怪火焰鳥閃電鳥和急凍鳥，所以一直在躲避火焰鳥閃電鳥和急凍鳥的技能而沒有反擊，不過這時為了擋住火焰鳥閃電鳥和急凍鳥向祭壇釋放的絕招，洛奇亞自己中了所有的技能，而沉入了大海，小智有點的，「芙蘿拉，麻煩你吹笛子，給洛奇亞力量」，隨後小智想到笛子的聲音可以使洛奇亞再次復活，所以拜托芙蘿拉吹笛子
「對艾如果傳說正確的話，笛子就可以了」，芙蘿拉听了小智的話，也想起了一直流傳下來的傳說，于是拿出笛子，開始吹奏起來，‘嗚~嗚~嗚~~嗚~嗚嗚嗚——’，隨著芙蘿拉的吹奏，悠揚的笛聲開始向四周擴散，讓人感受了寧靜
「是洛奇亞」，不一會兒之後，海里再次出現了漩渦水流，而且還閃著彩虹版的光澤，是洛奇亞出來了，小霞看到後，高興的說道
「我要感謝一下，感謝撫慰我的笛聲，但是憑此笛無法撫慰三只神奇寶貝，只有當火之神雷之神和冰之神擁有的寶物與海之笛調和的時候，才能消除他們的憤怒，能完成這件事的只有優秀的指揮者——人類」，而後洛奇亞通過心電感應向小智小霞和芙蘿拉表達了解決這次事情的方法
「這件事交給我吧」，小智這時站了出來
「小智」，不過小霞這時看著在前方肆虐的火焰鳥閃電鳥和急凍鳥，有點的，雖然有超夢幫忙的話，可以很快的解決這件事情，可是超夢剛才說是有危險的時候會出來，也就是說不會現在出來幫忙，所以有點難
「我已經拿到兩個寶物了，只剩下冰之寶物了，我現在站在拯救世界最近的位置，雖然這一路也許會很艱難，可是我想要拯救這個世界，如果世界毀滅了，就沒有神奇寶貝了，沒有大家了，我不能讓世界毀滅，而且傳說中也只有優秀的人類指揮者才能拯救這個世界，我現在是最符合的了」，小智也看著前方的冰之島和火焰鳥閃電鳥急凍鳥，不過則是表明自己要去，而且小智的心里還想到，‘雖然來到這個世界的時間不是很長，可是我已經有了新的朋友家人，更有了生命中重要的伙伴——神奇寶貝，我要守護它們，我要拯救這個我存在的世界’
「好，我知道了，小智，你去吧，我會支持你的」，認真看了小智十多秒後，小霞最後嘆了口氣並且說道，她現在只能支持了，而且也必須要支持，小霞也決定就這樣陪伴小智一輩子，支持他一輩子
「小霞」，听了小霞的話，小智走上前去輕輕的抱著小霞，「我一定會安全回來的，你要相信我，我可舍不得離開你哦」，隨後小智在小霞的耳邊輕聲的對小霞說，給予小霞安慰，而小霞听了小智最後一句話，耳根開始發紅，「呵呵呵」，小智看著小霞害羞的樣子，心里一陣的開心
「去拯救世界吧，皮丘，我們走」，放開小霞後，小智走到前面，「皮丘~」，皮丘也跳上小智的肩膀
「等一下，接下來是我們的表現時間」，就在小智想要拍出比比鳥的時候，傳來火箭隊的聲音
「火箭隊？」看到坐著皮艇出現的火箭隊，小霞一陣的好奇，而且他們的皮艇後方有一個螺旋加速器，其實是大木博士和小智的媽媽他們做的飛行器降落在了這個島上，而且壞了，所以火箭隊就加以利用了，不得不說火箭隊的技術水平還真不賴
「世界的危機，就是大家的危機，在世界毀滅之際，邪惡和正義都沒有了，目標只有一個，世界和平，能夠快樂的偷盜神奇寶貝」，武藏小次郎和喵喵則是很正派的說道
「洛奇亞，拜托你為我們護航，好，我們向冰之島進發」，小智和洛奇亞說完後，就和火箭隊向冰之島進發了
皮艇攀上冰面，在螺旋加速器的推動下，快速的向前方奔去，而上方的火焰鳥不斷的釋放噴射火焰，閃電鳥釋放十萬伏特，急凍鳥釋放急凍光線，不過洛奇亞都用技能和防護罩給擋住了，小智他們一路狂奔的到達了冰之島，隨後是冰之森林，皮艇沿著陡坡，向上攀進，迎接的是冰之洞穴，小智他們在經過了長長的冰之洞穴後成功的平安到達了冰之島的神社
「最後的冰之寶物」，小智看到神社後，就立刻跑上前去把寶物拿了下來，藍色的寶珠中有藍色的冰凍射線在跳動，還有涼涼的感覺，「我們趕緊回去吧」
「對，趕緊撤啊喵」，喵喵也反應過來，然後大家就向皮艇跑去
「啾啾啾~」，不過就在這時急凍鳥出現了，一道急凍光線打來就把來的路給封死了，隨後閃電鳥一發十萬伏特也逼迫小智他們離開了皮艇，最後火焰鳥的噴射火焰使皮艇報廢了
「這邊」，沒辦法，只能跑路了，小智說了一聲後就向一邊跑去，而火箭隊也緊跟其後，不過後方這時卻出現了混戰，急凍鳥的技能不小心打中了閃電鳥，而閃電鳥技能也命中了急凍鳥，急凍鳥掉到了地上，火焰鳥還隨後補了一發噴射火焰，急凍鳥躺在地上奄奄一息
「寶物呢」，沿著冰山向下跑去，洛奇亞出現了，並問小智
「當然拿到了」，小智拿出寶物給洛奇亞看
「上來吧」，隨後洛奇亞就把小智馱上了背，而火箭隊也抱上了洛奇亞的大腿，不過火焰鳥和閃電鳥還是緊追不舍
「啊~，難道我們在拖後腿」，洛奇亞不過的躲著火焰鳥和閃電鳥的技能，不過還是很險，這時武藏說道
「正如字面意思」，小次郎也覺得自己是拖後腿
「我們還是不要拖後腿了，為了守護世界的和平，再見了宇宙」，隨後火箭隊三人就松開了手，向下落去
「火箭隊——」，「皮丘~」，看著向下落去的火箭隊，小智覺得在世界危機面前，火箭隊也是可敬的人，他們為了世界寧願舍棄自己，這是多麼無私的精神，也許他們沒有考慮到這麼多，可是他們的行為卻是感人的，小智心里為火箭隊打上了好人的標簽，不管以前和以後會如何，這一刻他們是無私奉獻的好人
「洛奇亞，很高興和你認識」，暫時擺月兌了火焰鳥和閃電鳥的糾纏，小智對洛奇亞說道
「我也很高興，你可以和我一起來保護我們所居住的地方，每個人心中也許會有自己各自的世界，可是這個世界確實我們大家共有的」，而後洛奇亞也對小智表達了心中的想法，不過此時，由于三神鳥長時間的失控，天氣也開始反復無常起來，烏雲遮蔽了天空，不斷的劈著閃電，飄著雪花，還有龍卷風從水中卷出
「洛奇亞，小心後面」，就在馬上就要到達祭壇的時候，突然從後方飛來四個三角形的金屬環，小智一看就知道是那個收藏者的機器，于是立刻提醒洛奇亞，而後洛奇亞也反應過來，使用了它的專屬技能空中爆破，金色的能量呈射線超遠距離的射向墜落于雷之島的飛行物，直接把它破壞掉了，而沒了飛行物的控制，金屬環無力的掉了下去，砸破冰面，墜于大海
「小智」，沒了阻礙，終于平安的到達了祭壇所在的位置，小霞看到小智後，立刻跑上前去，看到小智沒事才徹底放下心來
「我沒事，第三個寶物我也拿到了」，和小霞說完後，小智就立刻跑上祭壇，把最後的寶物放到了所處的位置，「芙蘿拉」，看到三個寶物就位後開始發出紅色黃色和藍色的光芒，最後綜合為綠色充填于祭壇，並從中流出綠色的泉水，綠色的泉水把周圍的銘文充填後，攀上四周的七根石柱，把石柱轉變為了翡翠，鮮綠欲滴後，小智對芙蘿拉喊道
「嗯」，隨後芙蘿拉走上祭壇，吹奏起了笛子，隨著‘嗚~嗚~嗚~~嗚~嗚嗚嗚——’的笛聲的不斷傳播，七根翡翠般的石柱也隨著韻律和音符而發光，綠色的泉水不斷的涌出，從祭壇向下流去，泉水向大海遠處擴散，綠色的開始暈染，大宏全染成了發光的綠色
「啾啾啾~~」，而就在這時，火焰鳥閃電鳥和急凍鳥也隨之復原了，圍繞在四周飛舞，，烏雲散去，天空開始慢慢放晴，明媚的陽光照耀著大地，覆蓋的冰雪慢慢消融，綠光散盡後大海終于又呈現了藍色，展現了它的廣博
「太好了」，看到一切都恢復了，小霞非常高興的說道，小智也一臉微笑的看著這個世界，這個自己親手拯救的世界
「上來吧」，洛奇亞看到世界復原後，俯對小智說道
「好」，而小智則是非常高興的攀上洛奇亞的背，皮丘也跳上了小智的肩膀，而後洛奇亞就帶著小智飛上了大合空，小智俯瞰著下方的大海非常的興奮，雖然剛才也經歷過，不過那是畢竟是要帶回冰之寶物，沒有時間欣賞，而且這時洛奇亞的身後從海里帶出一股瑚，在空中前進，非吵觀，火焰鳥閃電鳥和急凍鳥也飛在一旁，之前來橘子群島的神奇寶貝們也要各自回自己的故鄉了，現在是真正的天海交融了
飛行了一段時間後，瑚回落于大海中了，火焰鳥閃電鳥和急凍鳥也各自飛回了自己的島嶼，洛奇亞則是把小智送到了祭壇所在的島上，芙蘿拉這時也停止了吹奏，祭壇也恢復了原樣
「就把我當成傳說中的存在吧，對于這個世界來說也是一種幸福」，事情都圓滿的結束了，時間也到了傍晚，紅色的夕陽映照著大家，大海也被染成了紅色，洛奇亞此時也要離開了，他通過心靈感應對大家說道
「嗯，不過期待與你的再次相見」，小智也知道該結束的遲早也結束的，所以就回答說，隨後洛奇亞就潛入了水中，離開了
「它走了」，小霞走過來，靠著小智說道
「是啊」，小智也有點頗為懷念的說，不過說不定會再見呢
「小智，小智——」，這時一旁有人在呼喊小智
「媽媽」，原來是小智的媽媽他們終于從祭壇後的山上爬了下來，小智看著急切的跑過來的媽媽，非常的尷尬，雖然知道是自己在這個世界的媽媽，可是在自己來到這里的第一天，就出來旅行了，關東大賽開始之前和結束之後有一段時間在家里，可是自己忙著訓練也沒有和媽媽真正的呆在一起過，小智是真的不知道要怎麼面對
「小智，我看到了，為什麼做這麼危險的事」，小智的媽媽氣喘吁吁的跑過來就非鋤氣的問小智說
「可是，小智拯救了這個世界」，小霞則是在一旁替小智說話，消緩解一下氣氛
「那又怎麼樣，你還是小孩子，不能亂來盎拯救世界，賭上性命去做？小智不在的話，就沒有小智的世界了，就沒有我的兒子了，因為有你，所以才有世界」，小智的媽媽花子說著說著語氣就弱了下來，眼中開始出現淚水
「媽媽」，听了媽媽的話，小智的眼眶也濕潤了，不得不說小智是一個感性的人，那句‘因為有你，所以才有世界’成功的戳中了小智的淚點，「媽媽」，小智撲進了媽媽的懷里哭了起來，哭的非乘心，誰說男兒有淚不輕彈，只是未到傷心處，獨自來到這個世界，旅行中認識了小霞小剛小建還有其他的朋友，收獲了許多重要的伙伴，不過還是在夜深的時候會有孤獨的感覺，仿佛自己是處于這個世界之外的一樣，小智現在好像是把這麼長時間的壓抑苦悶孤獨寂寞全都發泄了出來，因為他又有了血肉至親——他的媽媽，這一刻，小智終于完全的融入了這個世界，花子是他永遠的媽媽
「好了，別哭了」，抱著小智一會兒之後，大木博士和內木博士終于干了過來，小智的媽媽對小智說道
「嗯」，小智離開媽媽的懷抱，擦干淚水，露出了幸福的笑容
「好，快點來研究這件事吧，返回真新鎮了」，大木博士剛到這里後就急著要回去研究了，而後就跑開了，小智的媽媽因為是同一班機，所以也只好跟著走了，小智本來還想要和媽媽多聊一會兒呢，不過現在沒有機會了
讓我們再來看一下其他人的情況吧，收藏家的飛行物徹底的毀壞了，只好離開了，不知道是建造新的飛行物去了，還是有了新的目標，反正是不知所蹤了，也許在未來的某個地方會再次相遇；而火箭隊在放開洛奇亞的時候，本來以為會摔落于冰面上而死亡，不過迎接他們的卻是被神奇寶貝們破開冰層的大海，因此得救了，在事情終于圓滿結束的時候，他們也爬上了祭壇所在的島嶼，不過已經找不到小智他們了，不過相信很快就會相見的，呵呵
又解決了一件事，不過小智他們也再次踏上了旅行，最後一個徽章正在等待著他
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