「這里是什麼地方艾好大啊」，繼續前進的三人，來到了一處岩石遍布的峽谷，峽谷的盡頭是一座看起來像博物館的地方，小霞看著眼前的一切說道
「這里應該是阿露福遺跡，據說這里有一個慎密的洞口，只要解開洞口的謎題，就可以進入神秘的房間，那里會有很多的未知圖騰」，小智解釋說zxsm
「好夢幻啊」，每一個少女心中都有一個探尋秘密的夢想，小霞幻想著可以打開神秘的洞口，探尋未知圖騰的秘密
「這里就是阿露福遺妓艾這里的水可是非常有名的哦，可以用來泡茶沖咖啡，非常的不錯呢」，小剛則是對這里的水非常的了解
「這里有好多古代神奇寶貝的化石啊」，走在路上，就發現兩側的岩壁上有好多的化石，「不知道我的化石翼龍鐮刀盔和多刺菊石獸怎麼樣了」，小智這時看到了化石翼龍鐮刀盔和多刺菊石獸的化石，有點思念自己的神奇寶貝了
「哦，你的神奇寶貝們都很好，每天訓練玩耍，過的很好的」，這時從小智三人背後傳來聲音
「大木博士？」轉過頭就發現原來是大木博士，小智有點高興，可以了解自己的神奇寶貝們了
「化石翼龍，之前都是和噴火龍一起訓練對戰的，自從化石翼龍去噴火龍山谷後，它就開始和智慧比較高的耿鬼河馬王學習，偶爾去和你的巨大大岩蛇對撞，它們兩個都是石頭腦袋特性，沒錯都撞得很凶，哦，對了，它最近還在和卡咪龜對戰，消稍微克服一下怕水的缺點；至于鐮刀盔和多刺菊石獸則是因為還瀕著凶性，所以每次對戰都很拼命，它們就如同最利之矛和最堅之盾，訓練之外的時間就把自己埋進河底休息」，大木博士看出小智非常的想知道自己的神奇寶貝的近況，所以就對小智說道
「對了，博士，你到這里有什麼事情嗎？」小剛這時問道
「是我的學生邀請我來的，說是有很大的發現，你們和我一起去看一下吧」，大木博士解釋完後還邀請小智他們一起去，因為小智還有很多事情想要問，當然同意了，一起去的路上，小智也從博士那里知道了其他神奇寶貝的情況之前的神奇寶貝們都是按照小智留下的訓練方法訓練，突出自己的特點發揮自己的長處，盡可能的改善自己的不足，比如靠速度的神奇寶貝們速度更加的快速，唯快不破，不斷的玩弄對手；消耗流的神奇寶貝們也熟練的掌握了自己的消耗技能，慢慢的把對手體力耗淨而爆發型的神奇寶貝絕招威力更加強勁，盡量做到一擊致命，不給對手翻盤機會；當然新去的神奇寶貝們也開始跟隨著前輩們進入了訓練的正途，小智一直的的菊草葉居然是訓練最刻苦的，因為剛去的時候一直鬧別扭，想小智了，不過妙蛙草直接用藤鞭把它綁走了，幾天之後，就看到它正跟隨著妙蛙草訓練，而這幾天之中則是和小智的神奇寶貝們對戰，完全被虐了，每次輸了，幸福蛋就給它恢復體力，接著再戰，它也終于認識到了自己的不足，開始努力的加油，對于小智的愛開始轉化為熊熊的斗志
「大木博士，太好了，你終于來了」，走進峽谷盡頭的屋子內，就有一位叔叔非常高興的迎接大木博士
「好久不見了，佐竹同學，給你們介紹一下，這是在彩虹大學選修我課的佐竹同學，這時從真新鎮出發的神奇寶貝訓練家小智，還有他的同伴小霞和小剛，你說有重大發現，我剛好在路上踫到他們，就帶他們來了」，大木博士為大家彼此做介紹
「大木博士，過來一下」，而佐竹叔叔則是把大木博士拉倒一邊說悄悄話去了，看來這種大發現還不是什麼人都可以知道了，「這件事如果發表出去的話，會引起顛覆學術界的大風暴，所以我才找博士秘密商量的」
「沒事的，雖然小智是神奇寶貝訓練家，不過他的神奇寶貝知識可是不比我差的，而且他們一路上也有很多的發現，我因此獲益匪淺呢」，大木博士則是表示小智他們不是外人，也許還能幫什麼忙呢
「好吧，這次就破例」，佐竹也看出了博士非常認真，不是開玩笑，雖然對于小智的知識不比博士差有點懷疑，不過還是讓小智他們參與了行動
「那是在干什麼翱」這時小霞發現旁邊有一位工作人員正在拿著一個噴水的裝置沖洗骨頭
「他正在用水沖洗化石上的泥土和不純物質，那些是用刷子刷不掉的」，佐竹叔叔解釋說，「哎，最近水一直不穩」，突然發現那邊的儀器有幾秒的間斷不出水，佐竹苦惱的說
「水源是哪里？」大木博士問道
「就是後面森林深處，那里有豐富的地下水」
「佐竹研究的是神奇寶貝古代史」，大家一邊觀看著這個如同博物館一樣的研究所，大木博士一邊解釋說
「是的，怎麼樣，這里有很多的古代神奇寶貝化石」，佐竹為小智他們展示不同的神奇寶貝化石
「根據研究表明，大家都認為生命是從兩百萬年前產生的，根據是發現鐮刀盔的那個地層，不過我則是認為應該是更早的」，佐竹帶大家來到了一處鐮刀盔的化石處
「我記得你畢業論文就是這方面的」，大木博士也回憶說
「是的，我一直認為的後神奇寶貝起源學說一直沒有變」，佐竹也表示同意
「後神奇寶貝起源」，小霞這時激動了起來，「我是最喜歡水系神奇寶貝的，神秘感，原來所有的神奇寶貝都是從後起源的，這麼說神奇寶貝們都和水系申請表有關了」
「很早之前，水中會有較多的營養物質，隨著演化，會產生很多的生命所必須的物質，而細胞膜的出現是很重要的一步，細胞膜提供了一個良好的生命環境，單細胞的生物就因此出現了，後來逐步出現多細胞生物植物和動物人類，當然這中間會有許多不為人知的事情發生，也是很多研究家所探討的問題，神奇寶貝也是生命體，所以應該和人類的產生過程差不多，後神奇寶貝起源的確是一個很實際的假說」，小智也隨後說道
「真沒想到你真的知道這麼多的東西」，佐竹听完小智的話愣了一下，隨後說道，而大木博士也為小智感到自豪，小智可是從他那里出發的，是真新鎮的驕傲
「接下來，帶大家到兩百萬年前的世界」，隨後佐竹帶著大家來到了一處房間，打開門後，就看了生機勃勃的世界，「這里是依照古代神奇寶貝的知識，采用先進的電子技術仿制的兩百萬年前的世界，那只化石翼龍也是這樣制作的，我們把這里做成古代神奇寶貝公園，重建古代神奇寶貝生活的環境，因為還要調整，所以還沒有對外開放」
「那個石頭在發光」，繼續前進，來到了水邊，小霞看著發光的石頭非常的驚奇
「那是發光青苔，太古時代的海邊有很多這種東西，這是根據化石分析了解的」，佐竹解釋說
「是菊石獸和多刺菊石獸，這應該就是大發現了吧」，就在這時從水里出來兩只菊石獸和多刺菊石獸，小霞看到後非常高興的說道
「你們居然認識這些神奇寶貝，而且還看的出來是真的神奇寶貝」，佐竹看到小智他們只是表現的高興而沒有吃驚非常的不可思議
「哦，那是因為這些孩子之前有踫到過這些神奇寶貝，小智收服過化石翼龍鐮刀盔和多刺菊石獸，小霞也收服過菊石獸，好像前一段時間也進化為多刺菊石獸了，小剛收服的是化石盔」，大木博士解釋說
「我的化石盔前幾天剛進化成鐮刀盔了」，小剛立刻補充說
「納尼？」佐竹直接石化，在風中凌亂了
「沒想到這里也會有絕種的化石神奇寶貝」，大木博士蹲下和菊石獸多刺菊石獸打招呼，並且說道
「大木博士，之前是在哪里發現的，怎麼沒有報道呢？」佐竹這時反應過來了，急切的問道
「是在關東地區的大傻谷，不過小智怕人們驚擾那里的其他化石神奇寶貝，所以拜托我不要發表」，大木博士解釋說，「哦，對了，後來小智他們去到橘子群島的時候，也踫到過一座島完全是由化石盔化石組成的，它們在一個紅色的圓月晚上集體復活，不知去哪里了」
「原來世界上會有這麼多地方存在著絕種的化石神奇寶貝，不是大家沒發現，而是大家都知道如果發表的話會引起大轟動，給這些神奇寶貝們帶來災難，所以大家都選擇了沉默，消這些神奇寶貝一直生存下去」，佐竹這個時候終于發現了問題的所在
「我回去之後發一份我們幾個博士研究的資料給你，這樣對于你研究後神奇寶貝起源也會有很多幫助的」，大木博士隨後表示說
「真的嗎，我一定會為神奇寶貝們必這個秘密的」，佐竹也隨後說自己也會為了神奇寶貝們的生存三緘其口的
「佐竹主任，不好了，設施內的所有供水都中斷了」，這時跑進來一位研究員對佐竹說道
「去水源看看」，隨後無人就趁著越野車向後面的森林水源駛去
「火箭隊」，剛到水源，就看到原來是火箭隊不知道在坐著什麼事情，小霞立刻喊道
「你們到底是什麼人？」佐竹從車上下來後也立刻問道
「…………（火箭隊經典台詞），這里的水我們要拿出去賣掉當我們的資金，還有這里的菊石獸多刺菊石獸可是多的捉不完哦，我們是不會分給你們的」，武藏說完還不忘對小智他們做鬼臉
「綿綿，決定是你了」，小智派出了綿綿
「蚊香蛙，上吧」，小霞也派出了蚊香蛙
「阿柏怪雙彈瓦斯，去吧」，武藏和小次郎也派了阿柏怪和雙彈瓦斯
「阿柏怪，使用捆綁」，「雙彈瓦斯，泥漿攻擊」
「綿綿，棉花孢子」，「蚊香蛙，水槍」
阿柏怪迅速的沖了過來，想要把綿綿給綁起來，不過跑到半路就沖進了一堆棉花堆了，完全失去了視野，也因為重力棉花孢子而速度大減，那邊的雙彈瓦斯和蚊香蛙的絕招則是相撞相消了
「阿柏怪，鐵頭功」，「雙彈瓦斯，沖擊」；
「蚊香蛙，催眠術」，「綿綿，電磁波」；
阿柏怪在一番掙扎之後，終于從棉花堆里出來，隨後用頭撞了過來，不過迎接它的則是蚊香蛙的催眠術，直接被催眠了，那邊的綿綿使用了電磁波，黃色的電流圈也打中了直沖沖過來的雙彈瓦斯，被麻痹了，僵直在原地上
「蚊香蛙，水槍」，「綿綿，充電光束」，纏繞著電流的水槍打中了火箭隊
「好討厭的感覺啊」
「這里的下面不知道會是什麼樣的世界，就這樣讓他們保持原狀吧」，看著剛才被火箭隊抓住的菊石獸多刺菊石獸們都回去了，佐竹說道
「是艾為了這些神奇寶貝們，什麼都不做才是最好的選擇」，大木博士也隨後同意說
「博士再見了，替我向媽媽和小建問好，還有幫我向我的神奇寶貝們傳達一聲，我很想它們」，告別了大木博士，小智三人繼續向著圓朱市進發了
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