智覬先到金陵棲霞寺，後又來到江都城外禪眾寺。其後的行蹤文獻記載不詳，但可以確知，他仍不肯住進慧日道場。對于智覬的固執楊廣似乎無可奈何，于是轉而希望大師傳授佛法。六月二十一日和六月二十五日，楊廣兩次修書向智覬問禪法，楊廣自稱「仰逮還旨，猶乘謙尊，循復久之，恍如自失，切以學貴承師，事推物論，歷求法緣，厝心有在」。又說︰「況居俗而俗兼善，當今數論法師無過此地，但恨不因禪發」。楊廣執弟子禮甚恭虛心求教看來目的是想成為天台智覬傳燈的上首弟子，為此他又「復使柳顧言稽首虔拜」。「智覬頻辭不免，乃著淨名經疏」。七月，智覬以所著《淨名義疏?初卷》奉送楊廣，楊廣「跪承法寶，粗覽綱宗」，但他進一步要智覬授禪傳燈卻遭到了斷然拒絕。
開皇十六年（596年）三月二十日，智覬再次請求離開江都，他修書楊廣曰︰「天台既是寄終之地，所以恆思果遂，每囑弟子，恐命不待期，一旦常身充禽鳥，焚燒余骨送往天台，願得次生還棲山谷，修業成辦乃可利人。」不日，智覬與楊廣見面，當面告辭，「麾蓋入謁，復許東歸」。楊廣企圖利用智覬的政治圖謀再一次落空了。
開皇十七年（597年）十月楊廣又一次朝見父母後歸藩，也許是楊堅問及智覬的動向並有所指示，楊廣又「遣行參高孝信入山奉迎」，且似乎有不得違旨之命。智覬見楊廣仍不放過自己，乃「散什物用施貧」，「又畫作寺圖以為樣式，誡囑僧眾」。在預示了自己必死之後，大師啟程。行至石門，乃雲有疾，謂弟子智越等曰︰「大王欲使吾來，吾不負言而來也，吾知命在此，故不須進前也，石城是天台西門，天佛是當來靈象處所，既好宜最後用心」。即口授遺書並親寫四十六字給晉王，其書略雲︰「蓮花香爐、犀角如意，是王所施，今以仰別，願德香遠聞，長保如意」。封竟，索三衣缽，命淨掃灑，以十二月二十四日未時安祥入滅，春秋六十，僧夏四十。
關于智覬的死，中外不少學者提出質疑，認為智覬不是正常病故，而是遭「**」而亡，因為楊廣的歷史臭名，迫害智覬的禍首自然算到了他頭上，遂成為一樁千古疑案。楊廣與智覬交往前後六年，二者的關系因種種因素的攙雜而顯得十分復雜，我們有必要撥開迷霧指出二人交往的實質，並作出客觀公正的評價。
智覬臨死時給楊廣長長的遺書，對自己一生弘法作了總結，其中提到的「六恨」被認為是他遭到**的主要證據。遺書開頭即雲︰
貧道初遇勝緣，發心之始，上期無生法忍，下求六根清淨，三業殷勤，一生望獲。不謂宿罪殃深，致諸留難，內無實德，外招虛譽。學徒強集，檀越自來，既不能絕域遠避，而復依違順彼，自招惱亂，道德為虧，應得不得，憂悔何補。
智覬以沉痛的語氣述說自己出家弘法只求六根清淨，想不到無法切斷塵世的煩惱，他想遠避絕域遠離政治而不可得，而不得不「依違順彼」，他認為這是「上負三寶，下愧本心，此一恨也」。其第二恨為「再負先師百金之寄」。此外，他提到荊州法集被官司解散之事（五恨），和在江都被監視而無法傳教之狀（三恨），言辭暗含憂怨。大師又嘆曰︰「又作懸念，此處無緣，余方或有，先因荊潭之願，願報地恩，大王弘慈，霈然垂許。于湘潭功德，粗展微心，雖法緣者眾，孰堪委業？初謂緣者不來，今則往求不得，推想既謬，此四恨也」。在智覬看來，大隋一統天下似乎沒有他自由傳教弘法之地。最後一恨他說︰
既再游江都，聖心燻法，令著《淨名疏》，不揆暗識，轍述偏懷。玄義始竟，麾蓋入謁，復許東歸。而吳會之僧，咸欣听學。山間虛乏，不可聚眾。束法待出，訪求法門，暮年衰弱，許當開化，今出期既斷，法門亦絕。字里行間充滿痛切激憤之情，表達了一位殉道者對于世道不公的最後抗訴。
然而，智覬大師的申訴並非指斥弟子楊廣，楊廣只是一個藩王，上有父皇和太子楊勇，不是楊廣說了就算。而大一統的天下大勢又要求意識形態的高度統一，統一政權要求有相應統一的宗教，建立為王朝所用的最高神學。楊堅在滅陳後不久就敦促智覬要「以同朕心」，和朝廷保持一致，智覬卻非但不主動歸依新朝，反而不願「依違順彼」，要「絕域遠避」，「雖在人間，弗忘山野」，想自由地弘法傳教，顯然不容于當世，有悖于當時的政治情勢。對于楊廣來講，他坐鎮江都，受命統領舊陳之地，必然要做到江南的宗教思想與朝廷的一致，由于智智覬在江南宗教界的聲望，楊廣不僅要控制智覬，還想利用智覬的影響力，就像拉攏利用江南道教首領王遠知一樣。王遠知束手就範，但智覬卻凜然不附。智覬的孤傲不屈固然可貴，而楊廣對桀驁不馴的大師卻也自始至終沒有粗暴簡單地施之以迫害，而是頗有耐心地一次又一次地延屈，施之以惠，竭盡全力地拉攏，希望軟化智覬，使智覬感恩就範。
智覬門人灌頂編纂的《國清百錄》收錄了楊廣與智覬往來信件40多封，楊廣每封信都必稱弟子，言極謙恭，沒有絲毫王者的口氣相逼迫。智者大師對弟子楊廣也始終是十分尊重的，臨死之時，仍將其遺著《淨名義疏》三十一卷交付給楊廣，並囑請楊廣為南岳大師慧思作碑頌，又「乞廢寺田為天台基業」，並請度僧，「為作檀越主」。他說︰「此等之事，本欲面咨，未逢機會奄成遺囑，亦是為佛法為國土為眾生」，希望楊廣護持天台教團。
楊廣對智覬的拉攏雖然抱有明顯的政治圖謀，遭到智覬抵制未達目的也是事實，但從他們交往的事實來看，很難說楊廣對智者大師施行的是**，即使是遺書「六恨」也難以看作是遭受迫害的證據，而只能看著智覬對想自由傳教而不能的一種控訴。
且楊廣收到智覬遺書聞知大師圓寂時「五體投地，悲淚頂受」，十分悲痛。「遠拜靈儀，心載鳴咽」，對智覬提出的所有要求都完全給予滿足。智覬死後楊廣不改初衷仍然與天台教團保持密切關系，他遣使往天台山設千僧齋，建功德願文，表示「生生世世長為大師弟子」，並多次召見天台僧使，資助寺廟營建，而不因智覬已死而放棄利用大師的影響力來統一南方佛教界的努力。
智覬既死，楊廣轉而極力延攬江南另一高僧吉藏。吉藏是佛教另一宗派三論宗的宗師，據說是「安世高苗裔」，開皇九年（589年）南陳亡之時，40歲的吉藏與智覬一樣都離開了建康。智覬西去，吉藏則東走會稽山禹穴嘉祥寺，在此一住就是十多年，因而被稱為嘉祥大師。他和智覬一樣也多次謝絕了楊廣的致書累請，至開皇末年，終于被楊廣召到江都，主持慧日道場，所受禮敬與智覬大師不相上下。後來他又隨楊廣延居長安日嚴寺，聲振中原。楊廣即皇帝位後，吉藏即成為隋朝佛教界的首領人物。
雖然楊廣極力想拉攏的智覬最後都沒有「歸順」，但是他的弟子們卻都「歸順」認同了隋王朝。開皇二十年（600年），晉王楊廣被立為太子時，天台僧團智覬的弟子上首智越即遣使灌頂、智璪「奉啟入京稱賀」，並向皇太子楊廣呈謝天台新寺建成，請楊廣賜名。智覬弟子們又編造智覬生前曾指示︰「王家造寺，陳齊俱滅，隋方代周，此三國成一是也」。楊廣即賜名「國清寺」，應驗智者大師「三國成一」的預言。山河一統，舉國澄清，生前對隋王朝凜然不附的天台宗智覬，其弟子們這時已完全認同大隋王統。天台僧團在楊廣的大力扶植下，終于最先形成**的佛教宗派。
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