帝國海軍實行的是典型的政令分開的管理體制，其行政管理和作戰指揮系統各自相對duli。
帝國海軍部是帝國海軍的最高行政領導機構，部長稱「海軍大臣」，隸屬于帝國國防部，主要負責制定海軍和海軍陸戰隊的戰略規劃、經費預算、政策法令、軍官升遷和後勤管理等事務，但是沒有作戰指揮權。
海軍大臣作為文職官員，在國防大臣領導之下，直接負責海軍的行政領導。他主要通過其文職執行助理大臣和專業技術助理大臣行使職權。
文職執行助理有︰海軍部副大臣、四位海軍助理大臣和海軍法律總顧問。海軍助理大臣分別負責帝國海軍和海軍陸戰隊的組織編制，艦船的建造與配備，以及人員的組織與訓練。專業技術助理大臣為海軍參謀大臣、海軍陸戰隊司令以及戰時的海岸jing備司令。
帝國海軍部各直屬局是海軍部長的參謀和勤務機構，有立法事務局、新聞局、軍法局、規劃鑒定局、海軍監察局、審計局等。海軍部包括海軍大臣辦公廳、海軍參謀部、海軍陸戰隊司令部、海軍部各直屬局，戰時還包括海岸jing備隊司令部。長期以來，帝國海軍一直是帝**隊中最有力的一個軍種，因受外部侵略多海上，所以帝國十分重視海軍建設，帝國海軍也是在體制編制和指揮作戰系統方面最具特se的一個軍種。
帝國海軍參謀部是帝國海軍的最高軍令軍事職能部門（在戰時與陸軍的陸軍參謀部均直屬帝國參謀本部，平時各自對本軍種負責），平時隸屬于海軍部，雖然名為海軍參謀部，但是它並不直接指揮海軍部隊作戰。海軍參謀部平時主要負責海軍部隊的行政管理、軍事訓練和制定裝備發展計劃，戰時直屬帝國參謀本部，向各聯合司令部提供海軍作戰部隊，其海軍部隊的作戰指揮由其所在的聯合作戰司令部組織實施。
海軍參謀大臣為海軍上將，是帝國國海軍最高軍事首長，非戰時對海軍大臣負責，戰時加入帝**事大本營直接對皇帝負責。他在參謀會議和海軍大臣領導下負責海軍的建設、戰備與作戰運用。海軍參謀大臣的主要助手有副參謀大臣、5名副部長以及海軍情報辦公室主任、海軍氣象局長、憲兵次長等。
海軍參謀部轄有海軍海上系統司令部、海軍補給系統司令部、海軍設施工程司令部、海軍航空系統司令部、海軍人事司令部、海軍保密大隊司令部等專業機構近30個，主官分別由海軍中將、海軍少將及相應級別的文職官員擔任。此外，海軍參謀部目前還下轄10個海軍一級司令部︰太平洋海軍司令部、北洋海軍司令部、南洋海軍司令部、印度洋海軍司令部、海軍特種作戰司令部、軍事海運司令部、作戰試驗與鑒定司令部、海軍後備隊司令部以及海軍陸戰隊司令部。
海軍陸戰隊司令部是海軍陸戰隊的最高領導機構和行政管理部門，海軍陸戰隊司令是皇帝、國防大臣和海軍大臣的軍事顧問，也是參謀會議的法定成員。在皇帝和海軍大臣的授權、指導和控制下，海軍陸戰隊司令的主要職責為︰（1）負責管理海軍陸戰隊司令部，（2）向海軍部長提交海軍陸戰隊司令部的發展規劃和建議，（3）向部隊提供咨詢和監督部隊發展計劃的實施，（4）對海軍陸戰隊人員及組織機構實施監督，（5）完成皇帝、國防大臣或者海軍大臣分配的所有軍事任務。
海軍陸戰隊司令為海軍陸戰隊上將，下設兩名副司令，五名職能副司令，同時下轄若干部、局、處、室。海軍陸戰隊下設七個職能司令部，分別是︰北洋陸戰隊司令部、南洋陸戰隊司令部、太平洋陸戰部隊司令部、印度洋陸戰隊部隊司令部、陸戰隊作戰發展司令部、陸戰隊後勤司令部、陸戰隊後備隊司令部、陸戰隊募兵司令部，以及陸戰隊教育與訓練司令部。
海岸jing備司令部是海岸jing備部隊的最高行政機構，其職能包括︰制定政策、部隊建設、戰備訓練、兵役動員、武器裝備研制與采購和後勤保障等，司令為海軍上將。平時，海岸jing備部隊在帝國國防大臣的授權、指導和控制下，負責海岸jing備部隊的領導與全面管理，戰時則歸屬大本營海軍大臣領導。海岸jing備部隊司令部下設jing備參謀部、地區和區司令部。jing備參謀部包括jing備參謀長、副參謀長、助理司令以及專業機構和直屬司令部，下轄執法與防衛作戰、人事與訓練、海上安保、采購工程等11個處、室。
帝國海軍的作戰部隊具有雙重組織體制和指揮隸屬關系，在行政上，海軍參謀部負責海軍部隊的後勤、訓練和裝備保障；戰時由帝國大本營指揮全國海軍部隊，但是在作戰原則上，海軍部隊必須遵循戰略計劃，由于不同的海軍作戰部隊在地理位置上處于不同司令部的責任區，因此海軍依據不同的作戰轄區在大本營指揮下可將各艦隊編成了若干個聯合艦隊，進行具體管理與實施行動。
帝國海軍參謀部下轄北洋海軍司令部和南洋海軍司令部、太平洋海軍司令部印度洋海軍司令部，南北兩洋海軍司令和太平洋海軍司令部司令為海軍上將，印度洋海軍司令部司令為海軍中將。南北兩洋海軍艦隊分別下轄水面艦艇部隊司令部、潛艇部隊司令部、陸戰部隊司令部。除潛艇司令部之外，其他艦種司令部對所轄部隊無作戰指揮權，主要負責所轄部隊的行政管理和物資技術保障，實施人員調動、分配、後勤保障及組織訓練。其中水面艦艇部隊司令部、潛艇部隊司令部、陸戰部隊司令部為海軍中將，其他部隊司令為海軍少將。
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