蔚藍的天空，廣闊而又平靜的海面。♀小智等人因為沒有趕上上一班船而坐在小碼頭處，感嘆著天之藍，海之廣，他們沒有趕上通信船。離下一班船的到來還有三個小時，不知道該干什麼的小智一行人，選擇了在碼頭等待。
小智躺在地上歇息，因為是夏天，小茂也懶得去管小智。小霞和小剛看著蔚藍的海面，一副舒服的表情。小茂卻沒有欣賞景色，而是看著遠處，海上施工的地方。如此建築，真的不會引發大海中，神奇寶貝們的不滿麼？上頭為何會同意呢？
就在小茂疑惑為何上層會同意在海上如此建造設施時，和伊布靠在一起看海的皮卡丘突然叫了起來，並指著海面。
小霞和小茂順著皮卡丘所指的方向看了過去，發現是一只水系神奇寶貝。而立志要成為水系神奇寶貝大師的小霞則是很快的叫出了那只小精靈的名字，墨海馬1。
而听到有小精靈出現的小智，立馬從地上爬了起來，詢問小精靈在那里。當看到露出海面半個身子的墨海馬時，小智立馬拿出了圖鑒。
小茂在看清墨海馬的樣子後，略皺了下眉。而小剛則是開口道「那只墨海馬似乎受傷了。」
小霞擔憂的說道「可是這里沒有神器寶貝中心啊。」說完，小霞拿出精靈球，打算收服墨海馬。這樣可以讓墨海馬的傷勢不會加重。
但墨海馬卻側過身，對著平靜的海面噴出黑色的墨水，墨水在海面上形成了兩個圖案。墨海馬看向他們並「嗒叩，嗒叩」的說著什麼。
小智挺在意墨海馬說了什麼，而小霞和小剛則是更擔心墨海馬的傷勢。小茂看著墨海馬的畫，陷入深思。墨海馬的話語有些急切，似乎是在通知他們什麼。而且，那幅畫中，有一個圖案很像是瑪瑙水母2……
就在這時，四周的地面突然晃動了起來，遠處還想起了‘ ’的爆炸聲。小茂他們順著聲源看過去，發現剛才的爆炸聲源于海上的一艘船。
就在小智還在問出什麼事時，小霞一邊說「現在還不是問這個的時候」一邊釋放出自己的水系神奇寶貝，讓其去救人，然後對小茂他們道「還愣著做什麼，快去找小艇啊。」
小智這才反應過來，應該先救人。小茂三人快速去找停放在碼頭處的小艇，因為怕耽誤時間，便分散開來。到最後，找到小艇的小智將小茂他們接了上來，並開著小艇去救那些落水者。
當將落水者救上小艇時，落水者一直說自己的身體很麻。小茂仔細檢查了一下他們的狀況後，不解的開口道「這是被水母蜇傷的吧？」
小霞他們都意外的看著小茂，而小茂只是看著那個受傷的落水者。落水者讓他們去找他的社長。
小茂坐在一旁，樣子有些嚴肅。而小剛見此，便開口問道「小茂，你是不是猜到了什麼？」
「墨海馬之前應該是提醒我們，這艘船會被瑪瑙水母襲擊。而襲擊的原因，我想是因為那個正在施工的海上建築。」小茂開口，語氣平靜的說道。
「為什麼啊？」小霞有些不理解，小智則是忙著用圖鑒查瑪瑙水母的信息。而小剛則是看著小茂，等待小茂的回答。
「海洋是我們人類無法涉及的區域，是完完全全屬于水系神奇寶貝的領域。那座建築，侵佔了水系神奇寶貝的家園。瑪瑙水母應該是打算，反擊人類了……」小茂語氣沉重的說著。
「我們必須阻止它們。」小霞立馬說道，如果真的反擊，瑪瑙水母的聲譽一定會變得很差。那麼人類和瑪瑙水母就無法共生下去，她無法看到那樣的景象。
「只希望還來得及……」小茂看著平靜的海面，為了利益而無視了小精靈生存環境的人，真的能听得進去他們的話嗎？
當小智他們安排好在碼頭等著他們的墨海馬，便帶著傷員來到他所謂的社長所在的地方時，看到的就是一個打扮時髦的，在藍普魯奇遇見過的金婆婆！
金婆婆對他們說感謝的話語，但小茂一臉的淡漠，而小智卻是一臉震驚的詢問，他們不是剛剛在藍普魯奇見過面的嗎？
金婆婆听到小智的話後，反而咆哮的喊道‘不要將我那個性情古怪的表姐扯在一起，婆婆。’同時還說，她要建造出超越藍普魯奇的觀光度假區。
「這麼說，海上的那個也是嘍？」小霞開口問道。而金婆婆則是自豪的說，那是她最大的招牌建築。並說出了一個小茂很在意的關鍵詞，珊瑚礁。
小茂听到後便明白過來，瑪瑙水母們攻擊的原因。此時，金婆婆正在抱怨著瑪瑙水母們的不對，而在听到小茂之前所說的事實後，小智等人對金婆婆所說的一點好感也沒有。並且在金婆婆邀請他們幫忙趕跑水母時，堅定的拒絕了。
與金婆婆不對盤的小智等人離開了金婆婆所在的產業。伊布和草騰蛇看向一直沉默的小茂，小霞、小剛還有小智則是在討論瑪瑙水母的事。
小茂拿出背包，拿出隨身攜帶的電腦，打開直接聯系了他的爺爺，大木幸成博士。當大木幸成接起電話，看到是小茂時，還有些驚訝。畢竟小茂很少主動聯系他，以為是研究上的問題，便開口問道「怎麼了，小茂？」
「爺爺，你認識掌管神奇寶貝保護法的人麼？」小茂直接開門見山的說，而正在爭吵的小智三人也停了下來，看向小茂。
「當然認識了，只是，你問這個做什麼？」大木幸成疑惑的看向小茂，莫非是出了什麼事？作為神奇寶貝研究員，他自然會認識一些相關人物。
「藍普魯奇附近的海上，有一座人工建造的建築，已經嚴重破壞到海洋中神奇寶貝的生態。爺爺你幫我向上面提議一下，拆掉那座建築。在沒有犯下不可饒恕的罪過之前，控制住局面。至于現在瑪瑙水母他們的情緒，我們會努力壓制住。」小茂快速簡潔的將事情說了出來。
「已經到了那麼嚴重的地步了嗎？」大木幸成詢問道，他正打算離開藍普魯奇呢。
「恩，瑪瑙水母已經主動攻擊人類了，雖說還沒有造成傷亡。但我不想看到那最為糟糕的一幕，拜托您了。」小茂沉聲說道。
大木幸成立馬點了下頭，這可是大事。「小茂，你們要小心一些，量力而行。」
小茂點了下頭，大木幸成這才掛斷了通信。小茂將電腦關好，放入背包里。發現小智他們都在看自己，疑惑的問道「怎麼了？」
「這就解決了？」小智呆呆的問道，這麼短的時間，小茂就想到對策了？
「怎麼會，這只是在阻止瑪瑙水母他們上岸襲擊人類之後，人類要做的事情。而我們現在要做的，便是要阻止人類和瑪瑙水母的戰爭。」小茂看著小智呆呆的模樣，心情不由好了起來。
「可要如何去做呢？」小剛和小霞開口問道。而伊布他們也瞅著小茂，難道他們要下海去跟瑪瑙水母他們談判嗎？
「我想只能等到它們上岸後，再說了……」小茂也想不出什麼好的辦法來阻止瑪瑙水母們的憤怒，只能希望，金婆婆不要在這個時候，去招惹瑪瑙水母它們。
听到小茂這麼說，所有人都嘆了一口氣，也只能這樣了。進入海里談判，只怕還沒談判就會被蜇傷吧。
皮卡丘見听不到什麼有用的，便帶著伊布先跑了。小智他們在後面慢慢的走著，在看到被他們涂好創傷藥，安置在充氣式嬰兒游泳池里的墨海馬。小霞他們急忙跑過去，看到游泳池內皮卡丘正圍著一個游泳圈和墨海馬一起呆著。而伊布則是站在外面，看著皮卡丘它們。
小霞在看到墨海馬沒事後，立馬開心的將墨海馬抱了出來。而墨海馬也很喜歡跟小霞親昵，只是在開心過後，總是顯得有些擔憂。
小茂不由蹲下來，笑著道「別擔心瑪瑙水母它們了，總是會有解決的辦法的。」
「嗒叩，嗒叩……」墨海馬听到小茂這樣說，擔憂的神色不減。因為它清楚的知道，在那片海域下，還有著怎樣強大的存在。
小霞想要開口安慰墨海馬時，突然響起了通知的聲音，隨後便听到金婆婆用錢來著急人去打敗海里的瑪瑙水母。
小霞在听到金婆婆的話後，擺了擺手道「這個時代大家都很有錢，才不會有人為錢賣命呢。她太天真了。」
小茂听到這里，卻是勾起了一抹淡淡的冷笑。那可未必，人類的貪婪是永無止境的。
不遠處，許許多多的人向著這邊沖了過來，讓小霞等人極為的震驚。而小茂對于這種結果卻很冷靜，神奇寶貝的維護如果能靠人類的自覺，那就不需要有法律法規的存在了。
呆在小霞懷里的墨海馬在看到那麼多人趕過來後，從小霞懷里跑了出去。小剛還沒反應過來就被沖過來的眾人推倒在地，小茂手快。抓著離他最近的小智和草騰蛇便沖到靠牆的地方。而伊布也如法炮制的拽著皮卡丘跟了過去。慢了一步的小霞，被小智和小茂抓了過來，避免被踩踏的命運。無人管的小剛悲催的被人踩了好幾腳……
當人群聚集後，金婆婆開著坦克來到人群前。此時火箭隊恰好來到，當小智看到火箭隊時，捂臉無力的問道「誰來趕走他們？」
小茂挑眉問道「平時，不一直都是你在做這件事嗎？」
「是嗎？」小智听到小茂的話後，抬頭問道。而小霞和小剛以及皮卡丘一致的點頭，讓小智開始反思，自己真麼做過那麼多次嗎？
此時金婆婆已經答應了火箭隊如果趕跑水母，就給他們一百萬錢當酬勞的事。火箭隊開著快艇向著金婆婆所建造的建築物駛去。
小茂見火箭隊這樣，微皺起眉來。火箭隊的行為一定會熱鬧瑪瑙水母，而這一片的海域，只怕是瑪瑙水母的地盤。這麼廣闊的海域，誰知道到底會有多少瑪瑙水母生活在這里。不想辦法和神奇寶貝和諧的生活在一起，反而造成今天的局面。人類到底要犯過多少次的罪孽才會知道悔改？
「小茂，你生氣了嗎？」小智看著一臉平靜的小茂，第一次看到小茂這麼生氣。平平淡淡的，卻給人一種壓抑的感覺。
「恩？」小茂側頭看向小智，勾了下唇，笑道「沒事。」小茂看著聚集了大量瑪瑙水母的海面，或許讓人類吃吃虧，他們也就能夠長點記性了。
就在小茂走神期間，瑪瑙水母突然閃爍出進化之光，變為了巨形的毒刺水母3。小剛震驚的說道「居然有這種事，毒刺水母再怎麼大，也沒有像這個樣子，長到兩公尺大的。」
而小智則是快速拿出隨身帶著的圖鑒，在听完圖鑒的介紹後。看著正在拆海上建築的毒刺水母，不由感嘆道「原來是流氓的頭目啊。」
看到小智居然在這個時候發起感嘆來，小茂有些哭笑不得。而小霞見毒刺水母這樣，有些擔憂的喊道「不可以這樣，毒刺水母！」
就在這種時候，金婆婆居然還主動攻擊巨大毒刺水母。瑪瑙水母漸漸開始著陸，小霞想要去阻止毒刺水母，但卻被小智他們拉住。並強行帶走，退到了安全建築里。
巨大毒刺水母卷起了海嘯，沖上的岸，在城市內大肆破壞著。小霞見毒刺水母和瑪瑙水母這樣，擔心人們會越來越討厭他們。整個人有些左立不安。小茂沒有去管小霞，因為他相信小智和小剛可以安慰好小霞。
如果再讓毒刺水母他們繼續攻擊下去，只怕他們現在所在的建築物也會危險起來。小茂看著被海水浸漫的城市，突然在一座廢墟處看到一個藍色的東西。
小茂讓小智將望眼鏡給他，小智翻出望眼鏡，在遞給小茂的同時詢問道「怎麼了？你有辦法對付毒刺水母了？」
「毒刺水母還沒有想到什麼對付方案，我只是看到了個東西。」小茂拿起望眼鏡看著窗外，在看清楚那塊離毒刺水母不遠處的地方，是什麼東西時。快速將望眼鏡還給小智，急忙跟小智說了一句「我需要出去一趟，伊布就拜托給你了。草騰蛇，跟我走。」
小智還沒來得急問小茂為何這樣匆忙離開，小茂便帶著草騰蛇消失在他們眼前。伊布本是疑惑，為何小茂不帶實力最強的自己，但看到窗外被海水浸漫的城市。抖了抖毛，它還是不要跟去了。
小茂前腳剛走，毒刺水母便攻向了小智他們所在的建築。就在這時，墨海馬攔住了毒刺水母，並勸告毒刺水母不能這樣做。
毒刺水母卻不肯就此罷手，而墨海馬勸告不成，反說實話，被惱羞成怒的毒刺水母用觸手抽出重傷。
小霞的擔憂，以及小智的看不下去，釋放出比比鳥，將墨海馬解救了出來。
小茂走出建築就看到墨海馬被比比鳥救走的一幕，看著小智他們的反攻。輕笑了一下。倒是為他做好了掩護。在皮卡丘正在嘗試和說服毒刺水母時，小茂終于靠近了那塊讓他在意的廢墟。
廢墟之中，正躺著一枚藍色的精靈蛋。小茂伸手模上去，發現因為海水長時間的浸泡，蛋已經變涼。顯然是到了危急時刻，這樣想著，小茂將衣服月兌下，將蛋放在里面。然後從背包里拿出一件衣服披上。帶著蛋往回走著，踫上瑪瑙水母時，草騰蛇自發的用藤鞭，將瑪瑙水母丟回海里。
就在小茂往回走時，便听到了小霞的聲音。小霞站在高處，一臉悲傷的看著毒刺水母。因為小霞的真誠，讓毒刺水母接受了皮卡丘和她的說辭。再度口頭警告了一次在場的人類後，毒刺水母將被他當做翻譯機的火箭隊的喵喵，丟向了左邊的金婆婆的游樂園。
小茂見到毒刺水母肯退去，眼底浮現出淡淡的笑意。隨後便快速去找小智他們，他需要小智的小火龍。
毒刺水母帶著瑪瑙水母打算離開時，金婆婆卻不依不饒的繼續向著毒刺水母開炮。毒刺水母略轉頭，邊看到了正在瞄準自己的金婆婆。正所謂，敵人見面分外眼紅。
但金婆婆的做法卻讓小茂和小智他們極為的氣惱。小茂一邊給蛋加溫摩擦，一邊與小智他們會合去金婆婆那里。
當看到毒刺水母一觸手將金婆婆打飛後，小智和小霞開心的向著金婆婆飛走的方向揮了揮手。
當事情都解決後，小智詢問小茂之前那麼著急離開是去做什麼時，小茂開口道「我發現了一個快要死掉的精靈蛋，小智你的小火龍借我用一下。」
「啊！哦。就決定是你了，小火龍！」小智听到小茂著急的口氣，立馬拿出小火龍的精靈球。
小火龍出來後，小茂開口吩咐小火龍過來一點點，然後為蛋的外面多包了兩層衣服。這才遞給小火龍。見小火龍疑似無法抱住，便綁在了小火龍的身上。並告訴小火龍，一定要保護好。並且不要特意提升自己身上的溫度，那樣會讓精靈蛋里的生命徹底死去。
小火龍知道嚴重性，點了點頭。表示自己會照顧好這枚精靈蛋，小茂擔心小火龍會失手，所以讓小智將小火龍放在他身邊半天。
小智自是沒有什麼異議，小茂轉身再度著重的拜托了小火龍。小火龍也點了頭，表示明白。
伊布和皮卡丘圍繞在綁在小火龍身上的那枚蛋上，好奇會出來什麼樣的小精靈。
「小茂，這個精靈蛋是有主人的嗎？」小剛開口問道。剛剛被砸了那麼多的建築，萬一這個精靈蛋是別人的可就不好了。
「我在那塊沒有看到裝有精靈蛋的器皿，我想應該是暫時存放在那里的野生精靈蛋。」小茂之所以回來的那麼晚，也是在尋找這枚蛋的主人信息，奈何四周全是碎片，根本就沒有看到承裝精靈蛋的器皿。
「這樣啊，那就可以放心的帶著了。」小剛听到這里，便放心下來。
「不知道能孵出什麼樣的小精靈呢。」小智一臉期待的說道。
「就算孵出來也是歸小茂所有，畢竟是小茂拼命去救回來的。」小霞開口打擊道。
「還不知道能不能救活呢，你們就不要吵了。至于小精靈之後的歸屬問題，也要等精靈蛋孵化後，由它自己選擇，這樣不是更好一點嗎？」小茂看著小智和小霞再度爭吵起來，有些無奈的開口道。
「反正我支持小茂擁有歸屬權。」雖然很好奇那個精靈蛋孵化出來會是什麼樣的。但畢竟發現者不是自己，所以小霞只能說出自己的看法。
「我也支持是小茂的，小霞說的沒錯，精靈蛋是小茂發現的，小茂理應獲得小精靈的歸屬權。」小剛也開口贊同道。
「啊啊啊，我知道了，我又沒打算搶，我只是好奇會孵化出什麼樣的小精靈而已！」小智大聲的抱怨道，他就那麼沒有信譽嗎？！
皮卡丘和小火龍沒有絲毫猶豫的點了點頭，小智的真的很沒信譽，每次見到‘新’的小精靈都會很激動的帶著他們迷路。
而伊布和草騰蛇則是很直接的無視了，被皮卡丘和小火龍給打擊了的小智。
時間匆忙走過，夕陽染紅了半邊的天空，海水從城市退卻，而小智他們所等的通信船也再度來到。上了船，小智四人與四只小精靈站在甲板上，看著被夕陽映襯的有些紅的海面。如此的平靜祥和，誰能想到之前還發生過那麼恐怖的襲擊之事？
「說不定，那個毒刺水母是海神哦你們覺得怎麼樣？」小剛笑著開玩笑道。
「說的也是。」小智聯想了一下之前見到的巨大毒刺水母，也只有這個解釋了吧。隨後想到對水系神奇寶貝偏愛的小霞，開口問道「小霞，難道這樣子，你還要說它很可愛嗎？」
小茂也略有好奇的看著小霞，那麼龐大的小精靈，真的跟可愛不搭邊啊……
而小霞的回答是那樣的理所當然「當然了。」小智和小剛被小霞徹底的打敗了，而小茂則是無奈的笑了一下，果然是偏愛水系神奇寶貝的未來大師嗎？」不過。人的反應後，「在看到所有小霞來了個轉折，拿出一個精靈球笑道」現在，最可愛的就是這個墨海馬了！」並釋放出墨海馬，抱在了懷里。還用了小智獲勝的姿勢。小剛也表示自己也要試試那個姿勢。看到爭吵起來的小智他們，小茂無奈的笑了一下。轉身，和皮卡丘它們欣賞起海上的夕陽……又是一個充實的一夭，不是嗎？l3l4
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