()海軍部艦隊有著極為完善的艦隊管理體系與單艦指揮體系，下面我將依次介紹。
艦隊指揮體系。
艦隊指揮體系在四大艦隊與四大艦隊中的各個小型艦隊基本相同。四大艦隊的最高指揮官被稱之為海軍上將，權限為三s，其中有兩顆s為金質。艦隊指揮官同時出任艦隊旗艦艦長，艦隊最高負責人等職務。艦隊指揮官直接向監事會負責，這有些類似于清朝時設置的軍機處，但是每一位艦隊指揮官的治愈都不是軍機處大臣所能相比的。
艦隊指揮官向下移位自然是艦隊副指揮官，軍餃同樣為海軍上將，但是權限是有兩顆銀質的s與一顆金質的s組成。艦隊副指揮官同時出任艦隊旗艦副艦長，艦隊第二負責人等職務。艦隊副指揮官受到艦隊指揮官與監事會的雙重制約，同時副指揮官在旗艦上並不會接任艦長的職務，則與之後的單艦指揮體系有關，在下文中的「單艦指揮體系」中會做詳細解釋。艦隊副指揮官身居第二指揮中心，專門接收來自艦橋中艦隊指揮官發出的艦隊調動命令，並轉發個分支艦隊進行執行。
每個艦隊中都有參謀部，而參謀部就是艦隊中的第三指揮階級。參謀部並沒有直接的指揮權，但是他們在艦隊指揮官進行空間集團戰斗時為艦隊指揮官出謀劃策。參謀部的參謀軍餃從上校至少校不等，所以權限也分為兩個層次。大校與上校軍餃的參謀有著a級的權限，而中校與少校軍餃的參謀則有著b級的權限。在一般的戰艦上，參謀並不能參與到集團作戰的策劃中來，只有在各個艦隊的旗艦中的參謀有著參與策劃的權力，但是分支艦隊旗艦上的參謀也沒有參與策劃整體艦隊調動的權限。參謀在艦橋中，負責收集整理分析從第二指揮中心發送過來的各種戰場信息，其中絕大部分會被這里成有用的信息傳達給艦隊指揮官，有艦隊指揮官進行決斷與艦隊調動的策劃。
以上就是艦隊的指揮體系，接下來要介紹的是單艦的指揮體系。
單艦指揮體系。
「單艦」指可以獨立完成包括空間作戰，情報收集，武裝巡邏，火力打擊，空降作戰，突入星球大氣層作戰以及人員運輸，物資運輸的任務的海軍部艦隊戰艦，這樣的戰艦在艦隊指揮體系中被稱為「單艦」。
單艦的最高指揮官為艦長，軍餃為海軍上將，海軍中將，海軍少將。級別最高的艦長是將隊的總指揮官。艦長通常只對自己指揮的戰艦負責，艦長可以下發在單艦內執行的命令。
艦長之下是副艦長，軍餃為海軍少將。副艦長是艦長因各種原因離職之後的第一順位者，但這僅限于驅逐艦，護衛艦以及其他非戰斗艦船。通常情況下在艦上負責第二指揮中心，與艦隊中副指揮官有著類似的責任，但與副指揮不同的是，副艦長可以接任艦長的職務。
大副是單艦上的第三指揮階級，軍餃為大校或上校。通常情況下在戰艦上扶著駕駛。大副直接向艦長負責，並且只听從艦長的命令，與駕駛班一起負責對戰艦運行軌跡進行設定，應急改變戰艦姿態，與戰時高速行駛、躲避。
緊接著大副的是二副，軍餃為上校。二副在戰艦上負責雷達的操控，與大副一樣直接听命于艦長，于雷達班一起負責對戰場的掃描，通訊衛星的操控設定，戰場定位探針的操控與回收。
每一位艦長都會配備一名副官，副官的職責與參謀基本一致，回歸收集的戰場資料進行整理分析，但是與參謀不同的是，在巡洋艦以上級別戰艦上，副官是艦長離職之後第一順位者，軍餃一般為大校但是卻有著s級的權限。
除此之外，戰艦上會分為八個獨立的部門，它們分別是，武器控制，戰場救援，醫療衛生，艦體搶修，應急處理，後勤補給，空間作戰部隊，躍遷引擎小組。每一個部門的最高長官叫做總長，每一位總長都有著上校的軍餃，而且每一位總長並不會互相干涉，听名于艦長副艦長與艦長副官。
武器控制部，設置于「雅典娜」裝甲的保護之後，直接接受從艦橋傳出的艦內指令，隊對戰艦上的近防武器進行人工操控。
戰場救援部，通常是為了救援即將被擊沉的其他戰艦而設置的，要求在戰艦沉默後五分鐘內將所有遇險者所乘坐的逃生艙打撈完畢。
醫療衛生，對艦內的生存情況全權負責，防止艦內以為各種原因發生疫情，同時對作戰中受傷的艦員進行醫治，對死者進行收殮。
艦體搶修部，在戰艦撞擊被擊穿之後，由艦體搶修部派出艦體搶修小組對損傷進行評估，之後就定時進行修復還是暫不修復做出氣密處理。
應急處理部，對戰艦內部被入侵做出應急處理，入侵包括登艦入侵與電子戰入侵。
後勤補給部，對戰斗時所產生的武器彈藥消耗進行補給，全權負責艦內全部的彈藥升降機與彈藥運輸通道。
空間作戰部隊，在指揮階級做出登艦作戰或是奪艦作戰時，空間作戰部隊將會以班的形勢出動，每班平均有六名機動步兵，四名步槍手分其中一名擔任爆破專家一名擔任通訊兵，一名狙擊手外加上一名近戰突擊兵。
躍遷引擎小組，與中微粒子躍遷引擎設置在戰艦的後端，外面包裹著一層「雅典娜」裝甲板與十層超密度復合金屬裝甲板外加一層鈦合金戰斗裝甲板，接受來自與艦橋的指令，在躍遷引擎控制室中對躍遷引擎進行操控。