()這時，外面發生 這時，外面發生了很大的震動，大古抱著女孩與崛井走出隧道，一眼看到了復活的生化電子恐龍。
崛井驚訝道:「這個生化電子恐龍怎麼復活的?」
「這個我也不知道。」大古答道。
與此同時，留在基地的居間慧與其他隊員也從屏幕里看到了這只復活的生化電子恐龍。
主屏幕突然出現了澤井總監的身影，澤井總監說道:「勝利隊眾人馬上趕去現場，一定要解決那加人的事，這件事已經引起了其他參議會員的重點關注了。」
「明白了。對這樣的事我們很抱歉，不過我們會盡快解決。」居間慧說道，居間慧也知道事情的嚴重。居間慧說道:「麗娜你駕駛一號機前去，帶上野瑞一起去。新城駕駛二號機和宗方副隊長立即趕到現場。」
「明白。」四人答道。
由于女孩兒身手不凡，看樣子不屬于人類。大古說道:「我們把這個女孩送到古代生物研究所吧！」
崛井點點頭表示附議。
于是大古與崛井決定把女孩兒送到了古代生物研究所進行研究。
麗娜等人也趕到現場對生化電子恐龍發起進攻。
然而就在這時，生化電子恐龍突然不動了。接著，總部指揮室主屏幕上又出現了那加人。那加人說道:「我們那加人曾統治過這個星球，丸泊奈扎就是最好的證明。我決定再給你們一次機會，如果再不投降，一個小時後丸泊奈扎將再次接連不斷地發起攻擊，直到把地球上的所有的人類消滅為止。」
新城將二號機降落到地面上，並在地面上支起了帳篷。
宗方用望遠鏡觀察著丸泊奈扎的一舉一動。
這時，留在總部的居間慧建議趁這個時候先把丸泊奈扎的身體構造用機器掃描下來。
此時，正在古代生物研究所的大古、崛井與真由美對那個神秘女孩兒進行研究。崛井讓真由美給她做全身檢查，然後崛井就和大古轉向一邊。
真由美在檢查中發現了那個女孩兒長著一雙可怕的利爪，三人驚愕不已。
崛井把這事跟總部的居間慧匯報了。
居間慧問道:「崛井，對于這次事有什麼看法。」
崛井推測道:「據說在六千五百萬年前，一種名為布魯母的在地球中呈粘稠液狀的岩石噴到地球表面後引起地球上的生態環境起了很大變化，從而導致恐龍的絕跡，說不定那時侯有一部分恐龍躲過了那場浩劫活了下來，比方說有一部分被UFO帶走，在宇宙的某個地方被進化。」
現場，勝利隊眾人采取了居間慧的做法，麗娜用掃描光線把丸泊奈扎的身體構造掃描了出來，並把掃描圖傳到了電腦里，大家從掃描圖里看到丸泊奈扎已經完全被改造成了一只生化電子恐龍，更值得注意的是在它的胸前有一個奇怪的東西。」
崛井看著丸泊奈扎胸前的東西驚呼道:「這個竟是中子彈，這麼大一顆中子彈，如果爆炸的話，地球上至少一半的生物將會遭到毀滅。」
正當兩人把注意力集中在丸泊奈扎時，那個女孩兒悄悄醒了，突然之間抓住了真由美，並對他們說道:「那加人是宇宙之神，是那加人創造了我們，那加人絕不會這樣的。」原來她竟是一個恐龍人，大古說道:「你被那加人騙了，那加人如果真的對他們好又為何還要在恐龍的體內放中子彈呢？」
大古的一句話把那個女孩兒給問住了，兩人趁她犯楞時把真由美救了出來。那個女孩兒跑了出去，大古追著她跑出去，繼續說服她。
這時，那個研究員跑來了，叫那個女孩兒伊舞。而伊舞叫他阿達姆，這個阿達姆也是個恐龍人，阿達姆說道:「伊舞，不要相信人類，人類都是些花言巧語的家伙。」
伊舞卻已因大古的話所動搖，阿達姆氣憤至及，跑出來想控制丸泊奈扎，可這只丸泊奈扎卻是由伊舞所控制的，阿達姆根本控制不了它。
這時，他想起了另一只丸泊奈扎，原來這只丸泊奈扎只是丸泊奈扎1號，還有一只丸泊奈扎2號，它才是由阿達姆所控制的，阿達姆讓它也復活了。
當新城與宗方看到又出現了一只生化電子恐龍後，立刻再次駕駛二號進行戰斗。
在戰斗中，大家發現這只丸泊奈扎2號與丸泊奈扎1號一樣，胸前也有一顆中子彈。
崛井立刻說道:「千萬不要讓這兩只怪獸踫到一起，如果讓兩只怪獸體內的兩種物質踫到一起發正生用之後，中子就會飛出來，到時候地球上所有的生物都會被毀滅的。」
于是，宗方立刻說道「不要刺激怪獸胸前的中子彈，用二號機上的德克薩斯光術對準怪獸的腳部發射。」
與此同時，被大古感動的伊舞跑到平台上拼命地阻止阿達姆，兩人爭執起來，阿達姆憤怒之下用利爪襲擊大古。
伊舞為了救大古摔下平台，情急之下，大古也跟著跳下去，大古拿出神光棒變成迪迦。然後接住伊舞把她帶回平台。
阿達姆被大古的這一舉動所感動，說道:「丸泊奈扎2號現在已被那加人所控制，希望你能夠解決掉他」
迪迦向阿達姆點點頭。然後飛到現場與丸泊奈扎2號進行搏斗，並阻止它與丸泊奈扎1號踫到一起。
迪迦變成太陽型，一腳踢飛丸泊奈扎2號。然後跑到丸泊奈扎1號旁邊，直接將中子彈取了出來。
而丸泊奈扎2號也再次站起來了，沖向迪迦手中的中子彈。
但是迪迦已經不是原著的迪迦，丸泊奈扎2號根本不能對迪迦產生威脅。很快丸泊奈扎2號身上的中子彈也被迪迦取了出來。
沒了中子彈的支持，丸泊奈扎2後也變成了廢鐵。
迪迦一手拿著一個中子彈，飛到太空中。並把兩顆中子彈扔向了那加人的星球，把那加人的星球給炸毀了，徹底消滅了那加人，消除了威脅。
大古變回人回到平台上後，阿達姆扶著伊舞說道:「謝謝你迪迦奧特曼，我們已經想通了。我們會在宇宙中重新尋找能夠讓我們恐龍人生活的地方。」
大古說道:「我們可以在地球找一個地方讓你們繼續生活，與人類一起生存。」
阿達姆搖搖頭說道:「我們曾想毀掉地球上的生物，不配再生活在這個星球上。」說完兩人坐著太空船走了。
大古高興地向他們招手告別，阿達姆與伊舞走了，他們使人們明白了一個道理，地球是大家的，它不僅屬于我們人類，也屬于地球上的所有動?