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此時，在另外一個地方，正發生著更為重要的事情。
這里還是錫安虛擬世界，但這里卻不是被尼奧所控制的錫安，而是被機器們佔領的更廣闊的土地中。
機器大帝就在這里，它在進化過程中不可打斷，它最重要的核心意識「母體之父」，此時還在設計著計謀，想辦法把所有史密斯一網打盡，全部引到火車站。
這不容易，但是母體之父還是相當有自信的，畢竟他創造了母體，母體中的一切都或多或少的要受其控制。
為了抑制住史密斯的發展，一個又一個更為可怕的黑衣特工被開發了出來。
哪怕史密斯自以為了得，可是母體之父為了對付這家伙，開發出來的都是遠遠超越常規的程序，其殺毒軟件特性發揮到極致。
雖然史密斯的數量在不斷擴大，但是殺毒軟件們殺傷力驚人，有些時候甚至不再顧忌被「人類」發現，全力掃蕩著這些「史密斯」，終于使得史密斯都不敢隨便行動了。
因為，史密斯發現自己完全無法對抗這全新一代的殺毒軟件「黑衣特工」，畢竟這可是母體之父為首的三人全力開發出來的專殺軟件。
電影原著中，母體之母利用了尼奧，結果就一石二鳥，一下子解決了兩個麻煩。
但是，這並不代表母體之父和母體之母，他們真的就沒有一定的對抗史密斯的辦法。
現在，他們之中還要再加上一個梅羅紋奇這個家伙。
梅羅紋奇，這個人雖然因為在母體中已經不再重要，所以沒有了權限，使得他一直不甘心。
可是，梅羅紋奇的力量是不會被母體之父和母體之母小看的。
三個母體中的至高力量合力，再加上機器大帝的進化，使得某些數碼寶貝的特性被賜予了黑衣特工，因此史密斯才會弄得那麼狼狽。
是的，現在的史密斯已經很狼狽了，到處都有神出鬼沒，不知道會突然從哪里冒出來的黑衣特工，到處都在追殺著任何一個被發現的「史密斯」。
最讓史密斯咬牙的是，這些黑衣特工居然還會進化，一次比一次遇到的要強，而且不知為何這些特殊的程序無法入侵，因為它們壓根就是在見勢不妙時會自爆，這簡直是豈有此理。
這樣一來，不但史密斯的行動受到了嚴重妨礙，而且他污染成的病毒「史密斯」，還沒有被黑衣特工殺掉的多，這如何讓他甘心？
史密斯或許因為自己最近太過給力了，居然小看了母體真正的力量，這會弄成如此也是理所當然的事情。
史密斯眼下如此強力，是因為尼奧的變化超過原劇情。
可是，機器大帝作為母體的化身，現在也已經被轉化成為了數碼寶貝形式，哪怕不算是完整的數碼寶貝，而且進化等級還很低，可是這些也讓母體中的掌控者「母體之父」、「母體之母」都變得更加強力了。
梅羅紋奇，因為恢復了地位，被分到了一點權限，也得到了進化。
這是一種妥協。若沒有梅羅紋奇的幫助，在對付史密斯上面，或許未必會如現在那麼有效了。
現在只剩下了等待，只需要把史密斯殺干淨只剩下一個時，將那只無法被刪除的史密斯原形，流放封印在已經被改造成牢籠的火車站，那麼一切的事情就都會結束。
其實，在機器大帝轉變數碼寶貝，成功得到進化的時候，他們這些機器全部都得到了相應的好處，甚至他們覺得自己最終會在機器大帝身體完全形成時，全部都可能成為數碼寶貝，那種特殊的生命狀態。
自然的，人類對于這些人工智能重要性大大降低了，尼奧如果不與他們做對，他們估計現在也懶得再理會了吧。
機器就是如此實際，他們行事全部都是陽謀，並且給你選擇。他們覺得不需要時，他們自己也會做出選擇，應該放棄的會完全沒有猶豫的放棄。
可是……
所有的機器，這些母體內外可以做主的人工智能，他們都想得太美好了，一個巨大的危機即將到來，他們還沒有任何察覺的樣子。
啟示錄獸的誕生，進入到了倒計時狀態……
另外，這個時候的浦飯幽助、藏馬、飛影已經潛入到了母體之中，這三人的突然潛入，讓只關注著史密斯的所有人工智能，都完全沒有注意到。
這下子樂子就大了……
尋找史密斯的浦飯等人，尋找史密斯的黑衣特工，他們終將遇上，與史密斯之間產生的交集又會如何收場呢。
好吧，他們遇上的事實比想象中還要快。
浦飯幽助、藏馬、飛影，最先發現的就是黑衣特工。
現在史密斯肆虐的時期，這些黑衣特工簡直是到處都是，任何異常都有可能讓他們出現。
附近也的確正好有一個史密斯的病毒分身存在，這完全是一個巧合。
黑衣特工完全沒有管是否有人跟著，而是直接鎖定自己確定的目標，前往進行殺毒作業。
黑衣特工這種做法，也是因為如今的黑衣特工似乎為了保持數量，為了節省母體資源，所以在提升了殺毒能力的情況下，降低了相應的智商。
這些黑衣特工也就是相當低下的人工智能，與史密斯那一代黑衣特工，又或是被史密斯終結掉的第二代黑衣特工，其中的差距可謂是相當的大了。
但是，這是專殺程序，只為了針對史密斯一個病毒，自然不需要過于復雜。
因為針對性，黑衣特工很快就找到了自己的目標。
史密斯的一個分身就站在那里，他本來隱藏在這里，沒有想到還是被發現了。
史密斯看到黑衣特工時，就知道今天又要死一個分身了。
只是，他突然發現這個黑衣特工身後跟上來的三個人類，史密斯就是心中一動，突然就有了某些算計了。
史密斯的算計很簡單，一點都不復雜，他就是圖一個亂中取勝，局面混亂了他才有機會。
在眼下這種關鍵時期，少死一個分身就是一份勝利。
所以，他直接故意沖上去，做出一副要跟黑衣特工拼命的架勢，只是沖到一半就突然轉向，直接繞過黑衣特工向著浦飯三人沖了過去。
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