十多億年以前，在新生太陽的一個軌道上，無數隕石、宇宙塵埃聚合，漸漸形成以個適合生命生存的星球——地球，但是，在之後的數十億年時間，地球並未孕育出生命。
直到四十多億年以前，一顆巨大的星體降臨地球——月球，由宇宙的一個未知的始祖民族建造，可以說是一艘宇宙飛船，作為生命之源的載體，在宇宙散布生命的種。
生命之源月兌離月球，植入地球的南極，外形是一顆小型星體被稱作「白之月」。
白之月的生命之源，也可以稱之為生命之樹，本身追求終極進化，尋求可以適應各種環境的生命形態。生命之樹在適合生命生存的星球上播散生命的種，由此誕生各種各樣的生命，生命之樹會選擇一種，並引導這種生命不斷進化，當這種生命進化到頂點之後，生命之樹就會將所有生命滅絕……其實也不算滅絕，只是所有生命都會融合為一體，成為擁有永恆生命的超級生命體，可以說，這個生命就是生命之樹結出的果實，也就是使徒。
生命之樹會將這個生命果實作為進化的藍本，封印到白之月。
生命之樹在地球上誕生的第一個使徒，也就是生命之樹的自我意志的載體，包涵了生命之樹在漫長宇宙旅途獲取的所有奧秘，也是地球生命的源頭，名為——亞當（dms）。
亞當誕生之後，向荒蕪的大地散播生命的種，並引導進化，當生命進化到頂點的時候，就進行收割生命之果。等到某一天太陽燃盡的時刻，亞當會選擇其最完美的一顆生命果實，與之融合進化，再次飛上月球，踏上橫渡星河的旅途。
數十億年的時間過去，同樣的生命進化的歷程，已經經歷了十次輪回，如果不出意外，這樣的過程將繼續下去，直到太陽燃盡的那一天。
正所謂無巧不成書，意外終于還是出現，也就在6500萬年以前，恐龍主宰地球的時代，一個與生命之樹類似的生命之源來到太陽系地球，可以稱之為智慧之樹，搭載它的星體也就是「黑之月」，此時，智慧之樹也誕生它的第一個使徒——莉莉絲（llh）。
一個星球怎麼容納兩個生命之源？一山不容二虎，不可避免地，亞當與莉莉絲之間爆發沖突。
莉莉絲與亞當同時發現，如果它們兩者結合，再加上一顆完美的生命之果，必將誕生一個超越它們的生命體，但是，誰也不願意被吞噬，都想成為新生命體的主導者，沖突也就演變成你死我活的戰斗。
與亞當進化出優秀的基因、適應各種環境的進化方向不相同，莉莉絲走的是智慧進化路線，通過不斷積累知識，獲得適應環境的生存能力，乃至于改造自然。
亞當與莉莉絲是同等的存在，但是，單就力量上來說，莉莉絲比亞當弱小一些。最終，莉莉絲以受創嚴重的黑之月撞擊地球，導致了當時地球生命的大滅絕，也就是第一次沖擊。作為當時地球霸主的恐龍難逃劫數，大部分都成為地層的化石。
第一次沖擊也導致了亞當停止活動，莉莉絲本身也陷入沉睡，不過，莉莉絲也釋放出了它的生命因，它的體液lcl——生命之湯。
亞當與莉莉絲雙方都陷入沉睡，但是，它們的斗爭並未結束，演變為它們各自的生命因的競爭。地球上殘存的生命，也就是亞當散布的生命種繼續繁衍進化，當然，沒有亞當的引導，卻受到莉莉絲釋放的生命因的影響，這一次生命的進化的演化更加多樣性，彼此的競爭更加激烈。
亞當引導進化是不斷改變生命的基因，莉莉絲的智慧因則是作用于生物的腦部、神經系統，改變其構造，產生智慧生命。智慧因影響了地球上生命進程，許多生物都受到智慧因的影響，生命不斷的競爭，最終，只有一種古猿在智慧因的引導下，進化出一種真正的智慧生命，也就是今天的人類，在之後的百萬年時間，人類迅速成為地球的主宰。
莉莉絲在智慧因留下，潛藏在人類的靈魂記憶之一些信息，在人類成為真正的智慧生命之後，一些超凡的人類會記起這些信息，當然，他們自己並不明了這些信息的真實含義，只將它當做神的啟示。于是，將這些信息便以宗教典籍的形式記錄並保存下來。
莉莉絲告訴人類，在未來的某個時刻，又一次的生命大進化、大滅絕將來臨，到時候，將會誕生同時擁有生命之果與智慧之果的生命。
這一切已經注定，誰也無法阻止。
但是，主導這一次進化的生命，究竟是亞當還是莉莉絲，作為進化藍本的生命，是使徒的某一個，也或者是莉莉絲的後裔人類，成為雙方爭奪的焦點。
理所當然，莉莉絲將希望寄托在它的後裔——人類身上，人類也是莉莉絲的使徒，它遺留的信息，也記載了與人類的契約。
1947∼1956年間，一個人類考古隊，在死海西北基伯昆蘭曠野的山洞發現的古代獻，由希伯來寫成，人類將之稱為《死海書》，起初也並不重視，只是作為一般的宗教典籍看待。
但是在之後的一系列重大考古發現，人類發現許多無法解釋的奧秘，這些奧秘都被《死海書》很好的解釋，並且，許多事情也已經被《死海書》預言，人類意識到《死海書》可能就是揭開一切奧秘的關鍵，于是開始破譯《死海書》的信息，終于，人類揭開了自身來源的秘密，同時也知道了未來即將發生的事情。
因為根據《死海書》記載，第二次沖擊發生之後的20年後，第三次沖擊人類就會徹底滅亡，第三次沖擊的一個誘因就是使徒與亞當接觸，為了人類的生存與延續，人類必須進化才能生存。
于是，一部分人類按照莉莉絲遺留的訊息，開始一個巨大的計劃，讓人類走上進化的永生之路，也是毀滅之路。這也就是人類補完計劃，消除人與人之間個隔閡，洗刷世間的一切罪惡、悲傷，將人類再次融合成初始的狀態、回到莉莉斯，再得到亞當的生命之果，成為永恆的生命。
當然，真正知道這一切的，只是一小部分人，如今他們已近是人類的高層，幕後操控著一切。
從第二次沖擊至今，人類補完計劃逐步進行，破壞了白之月、封印了亞當，成立nerv並建造ev抵御使徒。如今消滅使徒只是補完計劃的一小部分，但也是相當關鍵的一部分，可是，誰也不會想到，出現了一個《死海書》絕沒有料到的變數。
nerv總部的一個漆黑而巨大的的房間，懸浮一塊塊如同墓碑一般的黑色石碑，上面暗紅色的01、02……07的數字，以及七只眼楮以倒三角形組成的標志——色ele，也就是人類補完委員會。
石碑間一道光亮籠罩著一個辦公桌，坐著nerv司令碇源渡，依舊那副陰沉臉，雙手交疊在鼻下的姿勢。
天頂之上，一段影像資料正在播放，在漆黑的房間顯得尤為醒目，影像播放完畢，房間沉寂了一會兒，一個石碑傳來一個低沉的聲音︰「超常生命體01，作為人類名為蘭斯，《死海書》沒有任何記載，原本以為只是一個無足輕重的小意外，但是，這次與第七艦隊作戰暴露了他的能力，他對人類補完計劃的威脅顯而易見。」
「至今我們無法找到任何關于他的詳細資料，如今唯一能夠想到的答案，只有外來生命再一次闖入了地球這一條，《死海書》也不可能預料地球之外的事情。」
「盜取了生命之果，並在短時間完成進化，作為一個追求進化的生命體，他一定不會放過亞當或者莉莉絲，如果讓他得手，我們人類如何自處？人類補完計劃又怎麼完成？」
「我們必須加快人類補完計劃的進程！」
「但是，人類補完計劃需要使徒的血染紅大地作為祭奠，儀式所需要的時間，並不是我們想加快就可以加快的。」
「第使徒被其以未知的方法捕捉、吞噬，那麼只有他來作為替代品，也許也會是更進一步進化的一個契機。」
「盡管還不知道他的極限，但他已經擁有生命之果，以其本身的智慧，已經接近于神的存在！實在太危險，千萬年的進化，他可能在幾天的時間完成，不能再等，必須盡快解決他。」
「將其抓獲進行研究？還是設法將其排除？」
「抓獲有多大把握？排除又需要付出多大的代價？」
「這一切都難以預料。」
接下來，七個石碑展開討論，最終意見並不統一，但是較為一致的一點是，不能放任蘭斯不管，必須采取必要的措施，最好能讓其成為人類補完計劃的一環，但是，面對一顆可能已經是神之境界的生命，其風險也是可與預見的。
「交給你了碇.源渡，盡管你只是負責ev與nerv的正常運作，但是，目前能夠對抗這種生命的，大概也只有ev了。」
「我會盡力的，但是不能保證時間，畢竟對于目標的了解太少。」
「這一點，我們清楚，一切交給你了。」
石碑上的紅光消失，陷入黑暗，一聲開關跳動的聲音，周圍恢復明亮，只有碇.源渡坐在空曠的大廳。
「出現了意料之外的變數，你有什麼打算？」冬月耕造問道。
「無論什麼，就算是神，也不能阻擋我前進的腳步。」碇.源渡面無表情，只是淡淡地道。
…………
一個小時之後，nerv指揮大廳。
nerv基地警報長鳴，衛星探測到位于北極的伯達尼基地發生爆炸，突發事件讓nerv所有工作人員緊張忙碌了一段時間。之後，很快傳回來關于這次爆炸的情報，人類從永恆凍土挖掘出來，用于解剖研究的第三使徒，終究還是逃月兌了封印，五號機與第三使徒激戰，最終與第三使徒同歸于盡，伯達尼基地也在五號機的自爆徹底抹除。
一干工作人員對于伯達尼基地的結局心驚膽戰，但是，得知第三使徒毀滅，也都放松了一些。
「如你所料，他們果然出手了，這是太平洋第七艦隊與蘭斯戰斗的影像。」赤木律面色陰沉地出現，拿了一份影像資料丟到葛城美里面前。
「看你的臉色，難道情況很糟？」葛城美里問道。
赤木律無奈地道︰「何止是糟糕，簡直是糟糕透頂，他竟然吸收了第使徒的能力、生命之果，.力場還可以算是學習，這一次在如此短的時間完成這種進化，這完全不科學！」
葛城美里在大屏幕上播放蘭斯與第七艦隊的戰斗影像，指揮大廳頓時陷入靜默，此刻的蘭斯活月兌月兌就是一個人形的第使徒，但是，顯然他比第使徒危險得多。
只見蘭斯眼部覆蓋了單目眼鏡一般的菱形藍色晶體，所有人都一眼看出，正是第使徒的軀體材質，在他的右手，是一根同樣材質的長二十多米的錐體，頂端一顆小小的生命之果，錐體周圍環繞顆菱形晶體，不斷旋轉，在他的背部出現一個五角星模樣的晶體結構，抬手就是一束能量束穿透一艘重型巡洋艦。
接下來，隨著蘭斯背部與手上的晶體的形態變換，射出不同威力的炮擊，將一艘艘戰艦轟爆。簡直如同射擊表演一般，除了單次射擊，連續射擊幾乎沒有間歇，同時可以發射數發炮擊……各種花樣。
第七艦隊全滅，戰艦通通沉入海底，水面上只剩下一些人在紅色海水掙扎。
「這家伙玩得挺高興的！」葛城美里咬牙道，如果是使徒消滅人類，還沒有什麼感覺，但是，一個與人類一般形態的生命做這種事情，同時面帶輕松愜意的表情，讓她有些難以接受。沉吟一下，葛城美里問道︰「碇司令也看過了吧？」
「是的。」赤木律也沒隱瞞。
「有什麼命令嗎？」葛城美里問道。
「他說讓你按照你的想法去辦，不過，前提是不能對迎戰使徒的計劃造成影響。」
「最開始完全不听我的建議，現在卻將這麼大的包袱扔給我！混蛋！」葛城美里先是氣呼呼地大罵，隨即露出傷腦筋的神情，低聲念叨︰「現在這家伙厲害了不知多少，並且我們對他所知不多，那可就難辦了！」
原本，葛城美里積極推行趁早消滅蘭斯，並制定了一系列計劃，但是，要對付如今的蘭斯，以前的策略已經完全行不通，必須另想辦法。
而蘭斯最難對付的一點，就是關于他的情報，可以說是一片空白，不知道他的目的，自然也找不出弱點。人類目前與使徒交戰，建立起來的優勢，一大原因就是無論使徒多強，人類對于它們的目的相當清楚，使徒全部沖著nerv本部的地下而來，蘭斯沒有表現出興趣，至少目前如此。
無論從哪個方面來講，這一次的作戰難度極高，不過，作為多次成功殲滅使徒的指揮官，葛城美里還是相當有自信的，她對于人類的能力與智慧也抱有相當的自信。只要花一些時間，一定可以找到對方的弱點，只要一個適合的機會與方案，就可以將其殲滅。
當然，與使徒一樣，機會只有一次，一旦失敗，可能遭致可怕的報復，對方不是使徒，可不會顧忌太多，必須比與使徒作戰更加謹慎。
下定了決心，葛城美里開始思索目前獲得的信息，詢問︰「目標現在在什麼地方？」
赤木律回答道︰「如果沒有改變行進方向的話，現在應該已經抵達南極。」
「南極……他去那里干什麼？」葛城美里不解，說道南極，頓時勾起她對第二次沖擊的回憶，眉頭緊蹙。
「第二次沖擊之後，那里已經成為一個非常干淨的世界。」
南極確實是一個干淨的世界，但也毫無生機，因為地軸的偏移光線也不好，一片單調乏味的暗紅之色。
與第七艦隊交戰之後，蘭斯加快了飛行速度，蘭斯抵達了南極，南極大陸已經不存在，只剩下一個紅色海水填充的巨大空洞。
沒有了起初的新鮮感之後，蘭斯對于南極也失去了興趣，如果不是書記系統記錄這里有一定的解析價值，他早就離開。
停留了三天時間，解析完成，蘭斯向著第三新東京市返回。
這一次沒有遇到什麼艦隊，在即將抵達第三新東京市的時候，倒是遇到了艦隊，不過，他們正在與一個使徒交戰。
那是一個擺鐘造型的使徒，一塊塊黑色鋼鐵鑄成的鐵蒺藜一般的結構，拼合成龍門架的軀體，間掛了一個球形鐘擺，上端小小的球形腦袋一個帶著尖尖的鼻的面具，兩邊兩條黑色棍雙足，踩高蹺一般在紅色的海面上前進，每一步都會在海面踩出一個雪白的雪花花紋，海面也瞬間冰凍。
使用常規武器的艦隊，這一次又是牽制使徒的炮灰角色，上方的腦袋一轉，一個閃光海水騰起爆炸一般的十字狀海浪，將一艘艘戰艦沖到半空撕裂。
眼看使徒即將登陸，高空傳來滾滾轟鳴，數架戰斗機護衛著一架超大型運輸機抵達，一個巨大的人形從天而降。自然是ev，一身紅色的鮮艷涂裝，手臂上有一些白色條紋，昆蟲一般的腦袋，兩對圓圓的攝像頭一樣的綠色眼楮，蘭斯記得這應該是二號機，具體有多強蘭斯不清楚，不過，二號機的駕駛員的操控技術、戰斗意識比初號機駕駛員強了不知多少。
二號機自高空落下帶著巨大的慣性，背上還安裝了推進器，使徒射出一根根黑色鞭一般的結構想要纏住二號機，二號機翻轉騰挪之間，輕松避過，還抓到一同下落的巨大槍械，一發彈將使徒的腦袋下方的小小的生命之果射爆，使徒的軀體瞬間垮塌解體，發出一陣叮當聲，不過，下一刻，使徒位于下方的球形「鐘擺」翻轉上來，同時軀體再次組合，原來上面的腦袋只是假象，它真正的核心位于下部。
二號機駕駛員隨機應變能力極強，幾乎沒有猶豫接著就射出幾發黑色短棍，釘在使徒的.力場上，二號機一個翻滾，二號機如同閃耀的紅色隕石，一腳踹在之前射出的短棍上，一個巨大的彩色多層八邊形.力場顯現，不過，二號機此時所帶的動能實在太大，加上力量完全通過短棍集在一點上，叮叮叮幾聲脆響，二號機直接穿透了使徒的球形軀體，並從將生命之果踢出踢碎。
這麼幾下就給解決了？是二號機太強，還是鐘擺使徒太弱？蘭斯感覺主要還是使徒太傻，智慧不高，只有本能，根本不會逃跑之類的。
不過，使徒終究還是珍貴的解析樣本，就在使徒無法維持形體，在半空化作無數血水的一刻，蘭斯迅速飛上前采集樣本。剛采集了一些，使徒爆炸，一道紅色十字光柱沖上數千米高空。
叮叮叮！
二號機突然射出三槍，目標就是蘭斯，蘭斯隨手就是一道光炮，將二號機射出的黑棍消融，並將其擊，當然，只是隨手一擊，二號機有.力場防護，光炮並沒有造成多大傷害，只是讓二號機的落地極為狼狽，狗吃屎一般的姿勢，幾乎倒栽。
蘭斯也沒再理會二號機，轉身飛離，為了早些離開這個世界，蘭斯可是勤快多了，成果也是明顯的。世界解析進度比以前在其他世界快不少，照這麼下去，可能兩三年就可以離開。說起來，真的要加快解析進度，直接到nerv總部地下參觀一下，會不會更快？
藍色晶體覆蓋蘭斯的雙眼，這是雷米的遠程感應能力，與蘭斯結合後，蘭斯自然也能使用，並且結合蘭斯本身的感知力更為強大，蘭斯將之稱為掃描系統。掃描系統除了有威脅的目標，結合書記系統的一些記錄標注，還能看到一些其他東西，比如有價值的解析素材。
蘭斯將目光投向第三新東京市方向，視野顯現如同一層層紅外線畫面的圖像，拉近放大，竟然穿透了一層層特殊防護裝甲，一直到nerv的地下空間，再往下就有些力不從心，不過，依然能夠感知到在nerv總部，最下層存在一個極具解析價值我物體。
要不要再次進入nerv總部？蘭斯低頭衡量其的風險和價值，一時拿不定主意，打算從另外的角度看一看，不經意間以抬頭，蘭斯突然發現一個極有解析價值的物體——剛剛從天邊升起的月亮。
月亮已經遠遠超過了蘭斯的感知距離，不過，視野確實以紫色標識，表示那是一個極具解析價值的物體。
書記系統︰……月球……建議近距離觀察……
到月球上去轉轉，果然是一個相當吸引人的主意，蘭斯還真沒去月球上玩過。不過，蘭斯也不急于一時，畢竟月球就在那里，也不會跑掉，先回家休整一下，再做一些準備，上網找點月球的資料之類的。
「啊啊啊！氣死我了，讓我這麼丟臉！都是你這家伙，作為ev駕駛員，關鍵時刻去卻不在，你到底在搞什麼？你這個權二代！」
二號機駕駛員明日香一手抓著碇.真嗣一邊大聲喊叫，本來架勢二號機輕松解決使徒，第一次演出可以說非常完美，可是偏偏在這個時候遇到一個奇怪的家伙，有著奇怪的.力場，明日香根本沒多想，憑著訓練出來的直覺與本能射擊，結果讓其一道光炮轟得人仰馬翻，心氣惱至極，只能拿一看就非常好欺負的碇.真嗣出氣。
發泄了一些，明日香問道︰「美里小姐，剛才那家伙是什麼？人類？使徒？」
「超常生命體01，超出我們認知的一個生命，這里不方便說話，其他具體的，以後會告訴你。」葛城美里說道，目光望著蘭斯消失的方向，耳機傳來指揮心的監控報告，蘭斯在第三新東京市上空停留一陣後離開。
明日香不快地看了眼跟隨碇.真嗣的同班同學，點頭表示明白，還是有些不甘心，問道︰「那麼，是敵人嗎？」
「應該算是。」葛城美里點頭。
「那好，一定要把那家伙留給我，我要狠狠地教訓他一頓！」明日香干勁十足地道。
葛城美里已經在制定對付蘭斯的計劃，不過，到目前為止制定的眾多方案，根據三賢人系統估算，成功率都低得難以想象，為了獲取更多情報，葛城美里決定進行一些小的試探，但是，也就在她的計劃準備發動的頭一天，接到監控消息，目標似乎準備再次出行，目的地未知。
監控畫面出現，蘭斯背了一個行囊，飛在半空，一些鏡面一樣的藍色晶體在他體外浮現、組合，如同一大兩小三個三角錐五面體連成「山」形，尾部是兩顆小型的生命之果，如同推進器一般噴射一圈不大的火焰，然後想著高空飛去，眾人這才看出那應該是一艘飛船。
「這家伙究竟是什麼呀！真方便的能力！」明日香有些羨慕地大叫道。
「這就是他吸收的第使徒的能力，在一個具有高等智慧的生命手上，同樣的能力，發揮出更為可怕的效用，我們必須再次調整對他的估計。」赤木律凝重地說道，語氣卻是帶了不少無奈。
「他的目的地會是哪里？」
「如果照這樣的速度和方向飛行，他很快就能進入外太空。」赤木律推測道。
「外太空！」葛城美里對于對付蘭斯心里更沒底，如果赤木律的推測成立，就意味著，目標隨時可以去外太空，即便以人類目前的科技、加上ev，與蘭斯的戰斗完全就不在一個層面上。
「向外太空而去，難道他想要離開了嗎？」葛城美里猜測，
「離開？那怎麼可以？我還沒狠狠教訓他一頓呢！」明日香握緊拳頭。
「嚴密監視吧，我倒覺得他真的能離開也不錯。」赤木律說道，為了這個家伙，她已經許久沒好好休息，各種不合理，讓一干科學家都有些崩潰。
時間一分一秒過去，半個小時後，工作人員報告︰「通過衛星監控與電腦對其飛行軌道的推算，超常生命體01的目標，應該是月球！」
「月球……月球有什麼？」葛城美里思索著。
赤木律想了想，透露了一個秘密︰「如果我看到的一些資料沒有錯的話，應該存在一個月球基地。」
「月球基地！？我完全沒听說過。」葛城美里一驚，盯緊赤木律希望她說出更多秘密。
赤木律聳聳肩，道︰「別這樣看我，我也不知道更多的，那里可不是我們能夠插手的，就讓其他人頭痛去吧，我們只能在一旁看熱鬧。」
葛城美里下令︰「讓觀測衛星繼續跟蹤，不要放過一點線索。」
「目標遭到聯合**武裝衛星的攔截！」
「攔截失敗，武裝衛星全滅！」
「預計目標將于十八小時三十分鐘之後抵達月球。」
「目標突然加速，速度提高了十倍，目標月兌離監控範圍……」
「就算科技發展到目前的地步，我們人類的生命形態依然無比脆弱，就算擁有智慧之果，面對這樣超出認知的家伙，還真是讓人無力啊！」赤木律有些泄氣。
在聖斗士世界，蘭斯可是經常穿越異次元空間，超越光速的飛行都體驗過，來到這個世界，就算小宇宙處于半解鎖狀態，依靠雷米無限能源的支撐，地球到月球四十多萬公里的距離還真不算什麼，也就是幾個小時的事情。那些武裝衛星，沒有對蘭斯造成任何阻礙，只是讓他明白有人不希望他去月球，倒是讓對月球更加感興趣。
遠遠的，月球看起來只是一顆球形石頭，隨著距離越來越近，似乎要迎面撞上來一樣，伴隨巨大的壓迫感。蘭斯減緩了速度，形態變換，晶體飛船解體，適應了一下宇宙空間的無重力、無空氣狀態，蘭斯自憑借.力場落向月球表面。
除了那些隕石坑、月之海，蘭斯看到一條清晰醒目的血紅色痕跡，在痕跡上的一處月之海，搭建了一個遠看起來有些簡陋的人類建築，近看除了周邊一些應該是用于居住的房屋，更多的是機械、支架一類的，一些太陽能板遮蔽了一片空間，周圍是一些奇形怪狀的宇宙飛船，工程飛船、身穿宇航服的人員忙碌。
蘭斯徐徐朝著人類基地落下，正要啟動掃描系統與書記系統查看，一名少年迎面飄來，沒有攜帶任何輔助生存的設備，紅色的雙瞳，淺灰發色，面容性，一身簡單的白襯衫、黑色長褲，雙手插在褲兜里，面露一絲溫和的微笑，道︰「初次見面！」