齊泰的這番言辭最終打動了方孝孺，也打動了建文帝，之後建文帝就帶著皇後馬氏、7歲的太子朱文奎及數位近身忠誠侍衛從秘道離開。卻不知為何，當時遍尋2歲的二皇子朱文圭不著，時間緊迫，只好作罷，委托給齊泰、方孝孺二人繼續尋找。
茉莉听到這里時，暗嘆︰賓果！我就說堂堂一國之尊怎可輕易束手就擒嘛，姐連這個都猜得到，果然有神探潛質啊。不由得在心里把自己狠狠的贊美了一番。
若按建文帝的想法，是要帶著齊泰、方孝孺等一干忠臣一起逃亡的，齊泰、方孝孺二人卻立勸皇上先走，說人多目標太大，會令皇上無法月兌身，況且黃大人援兵將至，怎也可以堅持一段時間等詞。♀于是建文帝不再堅持。
誰知主帥李景隆（太祖皇帝朱元璋外甥李文忠之子）卻打開金川門迎燕王大軍入城，齊泰、方孝孺趕緊在皇宮偽造「建文帝焚宮」假象，哪有時間撤退？
朱棣的軍隊攻破南京後，齊泰、方孝孺被捕入獄。
朱棣將建文帝的親信大臣50余人列為奸臣，懸賞捉拿。一旦抓住後，不僅將其本人殺害，而且還株連九族，輕者，男人發配充軍，女人給配教坊、浣衣局及功臣家為家奴，重者一律殺戮。
最慘就是方孝孺了，成為中國歷史上唯一被「誅十族」的人。其實方孝孺完全可以月兌離險境，繼續榮華富貴的。之前朱棣從北平發兵時，朱棣最看重的智囊姚廣孝請求朱棣照顧方孝孺，說南京城被攻破以後，方孝孺一定不會投降，請不要殺了他。如果殺了方孝孺，那麼天下就不會再有讀書人了。朱棣點頭應承下來。
因此抓到方孝孺後，朱棣確是以禮相待，還特意走下座塌，親自勸方孝儒為他起草即位昭書。方孝儒寧死不從，擲筆于地說︰「死即死耳，詔書不草！」燕王大聲說︰「詔不草，滅汝九族！」方孝儒針鋒相對的說︰「莫說九族，十族何妨！」朱棣又反復勸說方孝儒︰「不要自找苦吃，我欲效法周公輔佐成王。」方孝孺依然還是不屈服，他說「好，我寫！」他從地上拾起筆來，大書四字「燕賊篡位」。
朱棣大怒，他命人拿刀來從方孝孺的嘴角直割到耳旁，並將他投入監獄。見方孝孺仍不屈服，朱棣就下令把方孝孺「誅十族」。
方孝孺的妻子鄭氏和兒子方中憲、方中愈上吊死了，兩個女兒投秦淮河而死。家人之後，他的親戚朋友也都遭了殃。每抓到一個，都帶到方孝孺的面前，讓他看看，再行千刀萬剮，一共殺了七天，八百七十三人。方孝孺鎮定自若，不為所動，還忙里偷閑，做了一首絕命詩，古色古香——「天降亂離兮，孰知其由？奸臣得計兮，謀國用猶。忠臣發憤兮，血淚交流。以此殉君兮，抑又何求？嗚呼哀哉兮，孰不我尤！」
殺完八百多人，輪到方孝孺了，朱棣傳命用腰斬，一刀下去之後，方孝孺還以肘撐地爬行，以手沾血連書「篡」字，一共寫了二十四個半才斷氣。
那時處死大臣，一般都在刑部天牢、鬧市行刑，或者推出午門外斬首，在午門內殺人是沒有先例的。由此可見朱棣對方孝儒怨恨之深。
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