這是一個魔法與科技交織的世界，魔法的來歷不得而知，總之源遠流長，以「羅馬正教」為代表的魔法勢力長期以來在暗中主導著世界。其他一些強大的魔法勢力還包括「英國清教」以及「俄羅斯成教」等，均擁有著強悍的實力。魔法勢力長期以來主宰著世界，把握著時代的脈絡。但是，這一切都隨著學園都市的出現而悄然發生了改變。
超能力，一種不同于魔法的特殊力量隨著學園都市而進入人們的視線，擁有著不下于魔法的威力。超能力作為一種不同于魔法的新的力量體系，逐漸登上舞台，隱隱有著與魔法相抗衡的趨勢，在沖擊著魔法的統治地位。而超能力的研究，正是學園都市的最大特色。
學園都市是由統括理事長亞雷斯塔•克勞利創建的，由「統括理事會」全權管理，擁有著世界上最最尖端的科技，據說領先外界20—30年。
學園佔據著日本東京約三分之一的面積，是一個由二十三個學區組成的巨大教育機構的集合體，除了教育機構，還有面向學生的研究設施，生產、商業設施，國際展示場，國際機場等等，總之在都市內生活所必需的各種設施都一應俱全。
學園是一所巨大的學校，致力于發掘和研究超能力，其中的學生則來自世界各地。學園都市中居住著230萬人，其中八成以上是學生，學生們學習的內容主要就是開發超能力。
按照超能力的威力可將學生們分為︰無能力者（level0）、低能力者（level1）、異能力者（level2）、強能力者（level3）、大能力者（level4）、超能力者（level5）、絕對能力者（level6）6個不同的層次。但是並非所有學生都能夠開發出超能力，學園中的學生大約六成為無能力者，並且等級越高人數越少，站在學園頂點的為僅有7個超能力者（level5）。而所謂的level6還只是理論上的概念，並沒有人真正觸及這一領域。
學園都市的7名level5分別是︰
「no.1「矢量操控」一方通行
no.2「未元物質」桓根帝督
no.3「超電磁炮」御阪美琴
no.4「原子崩壞」麥野沈利
no.5「心理掌控」食蜂操祈
no.6未知
no.「念動力炮」削板軍霸」
學園的主體是學生，其他居民主要是教師以及科研人員。學園都市並不存在警察，只有由學生組成的風紀委員（judgment）和教師自願參與的警備員（anti－skill）維護治安。暗地里還有直屬學園都市上層的暗部組織，專門處理一些不可見人的勾當，學園並不像表面那麼簡單。學園都市是一所「光明」與「黑暗」並存的城市。
學園都市內能力者能力的來源分為兩種，一種是先天的，即所謂的「原石」。極少數人的能力與生俱來，天生就擁有著特殊的能力。當然這樣的「原石」很少，據說全世界不超過50人。而另外一種則是來自後天的開發，學園都市的學生大都借由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。後天能力者依靠自身的計算來使用超能力，計算力越強超能力等級越高。值得注意的是，不論是先天還是後天，每個人所擁有的超能力都只能是一種，並沒有多重能力者的存在。
超能力的先天與後天並不意味著「原石」強于後天能力者，事實上，學園都市最強的7人中只有第7位屬于「原石」，其他都為後天能力者。當然，神秘的第6人除外，尚未有人知道第六人到底是何方神聖。但即便如此，也能發現「原石」並不優于後天能力者。
學園都市吸收了世界各地的學生，幫助他們開發超能力，匯集了無數的能力者，已然成為了一個誰都不可忽視的強大力量。正因為如此日本才不得不默認這一國中之國的存在，放任其佔據著首都東京的一大部分領土。
學院都市代表著一種新的力量體系的崛起，對魔法勢力主導的舊有世界格局產生了巨大沖擊，隱隱有著「科學側」與「魔法側」楚漢爭霸的意思。「羅馬正教」作為最強大的魔法勢力，必然對學園都市產生敵意，策劃著一系列針對學園的陰謀；但「英國清教」似乎不滿「羅馬正教」的正統地位，暗中與學園都市有著若有若無的聯系；學園都市的統括理事長亞雷斯塔•克勞利似乎也在進行著某些不可告人的計劃……
學園都市，在平靜的表面下，暗流涌動。