共工見此，也有些不知所措，想說什麼來安慰祝融。就在這時一名共工部落的巫人，急匆匆的跑來。手里還抱著一具女尸身上，尸體上插著一把腥紅色巨刃。那巫人稟報道「屬下得人來報，在祝融祖巫家里發現冰靈小姐的尸體。」共工看到自己的女兒身死，身上還插著祝融的兵器。心中的那點愧疚蕩然無存，只是死死的瞪著祝融。取出自己的兵器斷玉鉤，祝融也放下手中的妻子。拔出插在冰靈身上的猩紅血刃，什麼也不多說，唯有一戰來了結。
兩人打的昏天黑地、日月無光、酐腸淋灕的發泄各自心里的悲傷。越打越凶狠，最後就連分散在各地的其他祖巫也感應到了，起先都還只是以為彼此切磋。畢竟兩人的關系差，動手也是常有的事。可到最後感應到彼此凶狠的氣息，也知道出事了。趕緊向著二人打斗的地方而來，兩人打著打著最後來到了不周山。共工祝融兩人在天地間交戰，爭斗之中，共工一頭撞在了不周山上，天柱瞬間折斷。
不周山，乃是盤古的脊梁所化，支撐天地的天柱。天道五十，天衍四九，天道缺一，由鴻鈞補之。因為天道不周全，所以此山名為不周山。現下已由鴻鈞補全天道，不周山之名便是犯了天道的忌諱。所以借此機會毀之，不然以不周山的堅固，豈會那麼容易就會斷開。
‘轟’隨著這天之柱一倒，天崩地塌的聲音傳來。不周山撐天空的地方出現一個大窟窿，窟窿的四周滿是裂紋。無盡的天河之水，從九天而落。淹死無數生靈，共工祝融一下子愣住了。二人的交戰導致天柱折，地維絕，四極廢，九州裂，天傾西北，地陷東南，洪水泛濫，大火蔓延，人民流離失所。
隨著天柱的折斷，各方聖人大驚失色，紛紛現身。只見老子用太極圖堵住天空中的大窟窿，同時用天地玄黃塔護住人族。元始天尊則將盤古幡拋出極速變大，代替不周山撐住了不段傾斜的洪荒大陸。通天教主則用誅仙四劍定住天地四極。最後由接引準提收起掉落在洪荒中的天河水。女媧上了紫霄宮，向道祖求問解決之法。道祖告訴了女媧方法後，他連忙出了混沌。周游四海，遍涉群山，最後終于找到了，東海之外的海上仙山天台山。這天台山是東海上五座仙山之一，五座仙山分別由神鰲用背駝著，以防沉入海底。女媧用這天台山上出產的五色土煉補天石。
于是，女媧在天台山頂，向著蓬萊島的方向一拜「弟子女媧，求借乾坤鼎一用。」說完後，簡雲喚來童兒青靈子，讓其拿乾坤鼎交予女媧。又讓孔宣兄弟持玉淨瓶、青葫蘆往洪荒收集掉落在大地上的天河水。女媧以乾坤鼎為爐，取五色土為料，又施展出造化之道，返本歸元。歷時九天九夜，煉就了五色巨石36501塊。然後又歷時九天九夜，用36500塊五彩石將天補好。剩下的一塊遺留在天台山的山頂上。
天是補好了，可是卻找不到支撐四極的柱子。要是沒有柱子支撐，天就會塌下來。情急之下，女媧只好將背負天台山之神鰲的四只足砍下來支撐四極。可天台山要是沒有神鰲的負載，就會沉入海底，于是女媧將天台山移到東海之濱的瑯琊。最後成為了日後聞名一方的花果山。
天地定位，洪水歸道，烈火熄滅，四海寧靜。天降功德于補天有功的諸位聖人，元始收回撐天用的盤古幡，順便也將那截落在一旁的不周山峰收了去。煉成了一件威力驚人的後天極品靈寶番天印，後又傳給門下首徒廣成子。
待一切落定後，諸聖開始商討，如何處罰共工祝融。隨著兩人的這一鬧，後土輪回時以功德延續的龐大氣運，再次跌落谷底。氣機的牽引之下，妖族同樣也失了一部份氣運。再加上金烏鬧洪荒的事件，兩族的氣運已失，以成氣數將盡之相。
此時離萬年之期，還只剩下最後的三百年，兩族的人都開始積極的備戰。大日神宮，白澤急急忙忙的跑到帝俊面前稟報道「陛下，屬下發現了一件，可以讓我妖族反敗為勝的事情。」帝俊、太一皆都一驚，二人合力連忙各自催動河洛圖書、混沌鐘，遮掩天機。又在宮中下了禁止，才急忙道「到底是何事？」白澤道「底下的一名小妖來報，女媧娘娘所造人族。食之可大漲修為，而其魂魄中，所蘊含的怨氣可傷巫族。屬下已經試驗過了，確實如此」帝俊听後眼中精光閃過「好，真是天助我也。」太一听了也是十分高興道「大哥，小弟這就去抓捕人族。煉就一件可傷祖巫之體的法寶。」說著便要起身下界前去抓捕人族，帝俊像是想到了什麼，喊住了太一道「不妥，人族為女媧娘娘所造，人教之主老子也是在人族中立教傳道。我們擅自捕殺，若是惹惱了二位聖人，豈不是得不償失。還是去問過女媧娘娘才好。」
媧皇宮，女媧立即有所感應，喚來靈珠子，讓其關閉宮門。帝俊二人再次來到媧皇宮，門前的小童靈珠子對二人道「娘娘正在閉關，不見客。」帝俊听了一驚又問靈珠子「娘娘可說了什麼？」靈珠子想了想又道「娘娘說了，希望兩位陛下三思而後行。」帝俊皺了皺眉，卻不明其意。
二人出了混沌，又去了首陽山，面見老子。玄都將二人迎進八景宮，老子手持芭蕉扇，時不時的對著面前的八卦爐扇上一扇，帝俊太一二人不敢怠慢。各自行了一禮，一禮過後老子睜開了眼道「人族為吾人教傳道之根本，不可使其滅族。」帝俊听了心中一震，果然拒絕了，面色黯然顯得有些失落。而另一邊的太一則是滿臉興奮，像是明白了什麼。老子見太一的樣子，暗自點了點頭，便讓兩人退下。
出了首陽山，帝俊對著太一道「既然兩位聖人不同意，我們還是先回天庭吧。」太一則是一臉笑意，裝作高深莫測的說道「非也非也，大哥你沒明白兩位聖人話中之意。」太一看著帝俊一臉的疑惑，心中暗爽，太一早就對帝俊的智慧欽佩不已。現在自己明白了聖人的話中之意，而自己敬佩的大哥卻不明白，那感覺別提多爽了。像是一個自己十分敬佩的天才，卻來問你，他不知道的題目一樣。有些自豪的說道「老子聖人最後不是說了一句‘不可使其滅族’嗎？我們不將其滅族，留下一部份給聖人傳道，不就好了。置于女媧娘娘，想來是不好意思對我們說。畢竟人族為娘娘所造，所以才對我等避而不見。」帝俊一听，覺得也不無道理。可想著聖人模稜兩可的話，總覺得有些不妥。太一又接著說道「聖人神通廣大，若是不予，自會否決。想來是為了面皮，才會這般默認。」帝俊想來也是，若是不同意。早就明說了，又豈會在這里說出這些模稜兩可的話。
女媧觀照大千世界，見兩人做出了決定。不禁面帶憂愁的嘆道「當真天意不可違。」能做的她都做了，卻終究改變不了兩人的決定。這也將是天道借妖族之手，對人族成為洪荒主角前的最大考驗。若過的了，則人族崛起，若過不了，則氣運消散。
帝俊二人在得了兩位聖人的‘默許’後，開始派出萬千妖眾。滅殺人族，無數人族被殺。到處都是猩紅色尸山血海，無數陰魂鬼哭狼嚎的滿空亂飛，殺氣從天起，怨氣驚九州。肉身成為妖族的口糧，助他們增長修為；魂魄則被拘禁與魂幡中，上交給天庭，用來煉就一件可殺祖巫的至寶。
這些年，人族依靠驚人的繁衍能力，遍布洪荒。人口更是多達幾十億，隨著妖族的滅殺，人口開始銳減。又最初的幾十億到最後的幾百萬，人族紛紛開始尋求庇護，向著首陽山、萬壽山、巫族等地方奔逃，但獲救的也只是少數。
蓬萊島，桌案前的一盞金燈。自人族遭劫以來，便開始金光大放，無數人族的祈禱聲、求救聲從燈芯火焰中，傳遍整座逍遙宮。宮中的簡雲，一臉忍耐。當金燈中的那代表著人族氣運的火焰暗淡到一定的程度，同時感應到人族只剩下最後的幾百萬時。發現妖族依舊不停手，繼續在殺戮人族時，不禁怒不可遏，讓童兒青靈子喚孔宣孔羽出島阻止。
同樣一直在擠壓怒氣的兩兄弟，見終于可以出島。連忙化出原身，兩只巨大禽鳥，雙翅一展，瞬間不見蹤影。孔宣兄弟兩人被人族供奉為人族護法，自然也都感應到了人族的求救。但有簡雲的禁令管束，加上人族必須要歷經此劫，方可成就主角。所以兩人皆未出手庇護。現在禁令一消，自然是馬不停蹄的前去救助。