而此時被關押在海運局兵營里的應桂馨，里應外合利用江湖上和局里內部人員，趁著上海大戰前的動亂之機，與其門徒內外應合，于7月中旬逃出囚牢，喬裝打扮後去了青島，蝸居在租界里深居閉門不出。後「二次革命」失敗，國民黨首腦紛紛流亡日本，應桂馨以為死對頭死的死逃的逃，他的出頭之日到了，便公開在報上發出《請平反冤獄》的通電，同時還拍電報給袁世凱，要求給他補償。
可久久不見回音，應桂馨按捺不住了，就親自趕到北京，住在同和旅館給袁世凱寫了一封信，報告自己已來到北京，要袁履行當初「授二等勛章、獎金50萬元」的諾言。信發出後，他守在旅館靜等佳音。然左等右等，時過月余，那封信卻是泥牛入海。
忽然有一天，有一個人來到同和旅館，自稱是總統府的。他找到應桂馨，惡聲惡氣地說︰「大總統傳話給你，趕快離開北京，以後不要再胡說八道了。這大洋兩萬，是大總統賜給你的。」說完丟下錢，轉身走了。
應桂馨當官發財的夢想破滅了，自然氣急敗壞。于是他不但沒有離京，反而整天招搖過市，逢人就講刺殺宋教仁的功勞和袁世凱的奸詐無常。
應桂馨的舉動當然逃不過袁世凱的耳目。袁世凱聞報後大為驚恐，命令立即除掉應桂馨。應桂馨听到風聲，于1914年1月18日深夜急匆匆登上火車準備逃離北京。火車行到天津楊村時，兩名男子走到應桂馨面前，故意踩了他一腳。應桂馨本是潑皮性格，當即破口大罵。那兩人也不說話，掏出刀子就是一頓亂扎。待列車長接到報告趕去看時，應桂馨已身中數刀，氣絕身亡。
趙秉鈞被賜吞毒
與袁世凱、洪述祖一道謀劃刺殺宋教仁的國務總理趙秉鈞，案發後被上海報刊公布了他與洪述祖同應桂馨的往來密函。輿論一致指趙秉鈞是宋案要犯，要求傳其到案。上海地方檢察廳于是發出傳票，傳趙秉鈞到上海接受審訊。
趙秉鈞大為恐懼，提出辭呈，隨後稱病躲進醫院。他對心月復說︰「我此時只求免職，方可免死，不免職非死不可。」7月間，他獲準辭去國務總理，改任步兵統領兼北京警備地域司令官，同年12月調任直隸都督。
應桂馨在火車上被暗殺于楊村地段後，由于楊村屬直隸管轄，趙秉鈞出于例行職責，下令查拿凶手。他猜測這很有可能是袁世凱所為，便打電話給袁世凱，先是報告應桂馨被殺的消息，末了說道︰「是否要徹查，請大總統指示。」
「是我派人殺了他的。」袁世凱直言不諱，「這個人太不識時務了，留著他是個禍種。」
趙秉鈞一听，頓生兔死狐悲之感，不免有幾分不平，自信自己畢竟當過國務總理，于是壯著膽子說︰「他為大總統九死一生，大總統這樣對待他，以後誰還肯替大總統做事？」
「啪！」袁世凱掛斷了電話。趙秉鈞呆若木雞，後悔說了不該說的話。
忐忑不安的趙秉鈞一連幾個晚上失眠，致使頭暈病復發，臥床不起，于是便向袁世凱告假療養。
2月27日，一名「醫生」來見趙秉鈞，說︰「奉大總統的命令專程來為都督治病。」隨即遞上一顆暗紅色藥丸，「這是專治頭暈的，請都督馬上服下，包叫藥到病除。」
趙秉鈞心生疑竇，猶豫不動︰「多謝大總統關懷，我的病已好了，這藥丸我收下了，待以後復發時再用。」
「醫生」嗖地拔出手槍︰「身體無病，心中有病，你自己有數，這藥丸非立即服下不可，這是大總統的命令。」
趙秉鈞臉色大變，知道是袁世凱要賜死自己。
「大總統的心太狠了！」趙秉鈞長嘆一聲，把藥丸送進嘴里，片刻，七竅流血而死。
趙秉鈞死後，慣耍大奸伎倆的袁世凱下令撥給治喪費一萬元，按陸軍上將禮遇下葬，並重重優恤家屬。這還不算，袁還親自書寫了一付挽聯︰弼時盛業追皋陶，匡夏殊勛懋管蕭。可笑地把趙秉鈞比作古代的良臣皋陶、管仲。
整個刺殺宋教仁的人，除了袁世凱和洪述祖兩人，以下的要犯，全都沒有落得個好的下場，算是告慰宋的英靈了。