九月二十八日，古北口提督趙國華、馬蘭鎮總兵蔣義、泰寧鎮總兵胡偉、宣化鎮總兵杜子飛被誘殺于北京，所部提標四營，鎮標七營，並遵化協營、紫荊關一標經裁撤整編，合編為關寧軍混成第三師團，師團長馬龍，計四個聯隊，戰兵一萬二千人。
九月二十九日，天津鎮總兵周保亮、大名鎮總兵斐大剛、通永鎮總兵華雲國于保定被殺，三將所轄鎮標八營、河間、大沽二協，固關營兵、開州一協、大名城守營、山永二協兵改編為關寧軍混成第四師團，師團隸屬直隸巡撫齊壯直轄，有兵一萬一千人。直隸原提督金國正所部綠營兵七千人改建直隸各府縣守備兵，歸屬地方各府縣直領。
九月三十日，康熙自盛京經錦州回師山海關，與岳樂所部兵馬會合，計有兵員五萬。當日即由康親王杰督所部一萬兵強行攻關，遺尸三千余具于關下，未克。雙方陷入僵持階段，清軍無力進攻，關寧軍也無意出關決戰。只使人向關下射出布告，曰宣統皇帝已登基，康熙已死于盛京，拒不承認康熙仍活著事實。
十月初二，京師鄰郊各府縣綠營兵及新征兵兩萬五千人開赴山海關，編為關寧軍混成第五師團，師團長伍楓秋。至此，集于山海關的關寧軍兵力壓倒清軍。
十月初五，南懷仁督造完成36門開花炮運至山海關下。
十月初七，康熙聞知盛京遭清原關寧攻擊，葛爾丹已破科爾沁，越過黑山向錦州進犯，唯恐後路被退，成甕中之鱉，不顧將疲兵喪，強令再攻山海關。激戰一日，棄尸萬余，仍不得入關內一步。
十月初八日，關寧軍遣密使與清簡親王雅布、肅親王富綬密商，以殺康熙者為關外王的條件，誘使雅布與富綬作亂。不料事泄，康熙先下手為強，以召御營會議為名，暗中埋伏侍衛亂刀砍殺雅布、富綬，誅殺二王部下三十余名將領，接管二人名下兵馬。
十月初九，久攻不下且有斷糧之危，康熙領殘軍三萬余連夜往盛京逃去，趙強領五萬兵馬尾隨其後。
十月十四，關寧軍完成對盛京包圍，偏師佔領遼西等地，斷了康熙由海路逃至關內之念。
十月十六日，葛爾丹率準葛爾兵與關寧軍會師盛京城下，雙方約定先入盛京者即擁有此城。
十月二十八日，盛京將軍賴塔領兵突圍，因後繼不支，敗回城中。
十一月初三，葛爾丹揮師攻城，未克，後不再強行攻城，留一萬兵于盛京，自帶主力回返漠南，以消滅漠南殘余各部。
十一月初六，趙強遣使要康熙投降，可保證城內旗人性命。康熙不允，斬殺使者。趙強大怒，開挖福陵、昭陵，掘努爾哈赤與皇太極之尸以白布系之，懸于軍營轅門之上。清軍聞之，舉城哀嚎。
十一月初八，城內斷糧。十四日，斬殺軍馬充饑。二十四日，殺人為食。
宣統二年二月初九，康熙自感無回天之力，服毒自殺。康親王杰領盛京大小官員開城投降。
二月十一，屠城令下，盛京城無一丁存活。
二月二十八日，關寧軍南下，所到之處，盡殺旗人，傳檄天下，殺旗人者當為漢人。
四月二十一日，關寧軍攻陷揚州，滿城旗人三千余人被殺。
五月初九，關寧軍渡江攻陷南京，清兩江總督麻勒吉自殺，滿城三萬旗人被殺。爾後，關寧軍迅佔領江南各地。
五月十九日，得知南京被攻陷後，趙強殺宣統帝自立，國號「中華帝國」，年號威武。
六月上旬，清杭州將軍桂國喪心病狂，血腥屠殺杭州漢人十三萬。慘案生，關寧軍群情激憤，調大軍三十萬圍攻杭州，攻城十六日，終克，裂杭州將軍桂國尸，盡砍滿城旗人，西湖之水一時血紅。
七月十八日，關寧軍集重兵圍困福州城。八月初，關寧兵重炮猛轟，萬弩齊，蜂擁攻城，均為守城清軍擊退。關寧軍派人勸降，守軍答復︰「降亦死，不降亦死，不如拼命！」八月二十日，福州城內彈盡糧絕，關寧軍又以大炮轟破城門，才得攻入城內。城內清軍無一月兌逃。老弱婦孺皆不得活。
關寧軍以凶悍殘忍著稱于史，他們一遇抵抗，破城得地之後便要盡屠守軍及旗人，不論參與抵抗或未參與抵抗，通通屠殺或掠取為奴婢。自威武元年遣兵南下，即大肆屠戮滿人乃至其他民族，演出了一幕幕慘絕人寰的屠城悲劇。南進兵團伍楓秋部血洗江南、嶺南各地旗人，少數民族，南下十一個月，便殺旗人與各地少族七十余萬。
清福建水師提督施瑯三個兒媳，因不肯屈服于關寧軍而遭分尸，如此類清官女眷，死者以十萬數。在南昌，關寧軍把掠來的旗人婦女分給各營，晝夜不停的輪奸（「各聯隊分取之，同營者迭嬲無晝夜」）。這些女性「除所殺及道死、水死、自經死，而在營者亦十余萬。」而在關寧軍陷城前，一些出來投降的旗人，也遭到了「男子分殺之，女子分留之」的命運。
根據後世一些地方史志的記載，關寧軍不僅對反抗者大肆殺戮，甚至連已經投降的漢官漢吏都不能幸免，妻子老母都被掠去充當性奴隸，然後拿到市場販賣！
關寧軍攻陷山西後，因大同城內漢人與旗人一起頑抗，便實施大同大屠殺，屠殺之後，全城只剩下八個漢人，且都是關押在獄中的犯人。帝國派來的大同知府，上稱既然沒有了苦主，就可以釋放這八個人了。這份奏折，一直保存在帝國第一歷史檔案館！
意大利傳教士衛匡國這樣描述關寧軍在廣州針對滿洲人的大屠殺︰大屠殺從11月24日一直進行到12月5日。他們不論男女老幼，一律殘酷地殺死，他們不說別的，只說︰殺！殺死這些卑劣的滿洲雜種。荷蘭使臣約翰?紐霍夫（JohnNieuhoff）在其《在聯合省的東印度公司出師中華帝國大皇帝朝廷》一中亦記述到︰「帝**隊入城之後，全城頓時是一片淒慘景象，每個士兵開始破壞，搶走—切可以到手的東西；婦女、兒童和老人哭聲震天；從11月26日到12月15日，各處街道所听到的，全是拷打、殺戮滿洲人的聲音；全城到處是哀號、屠殺、劫掠」。
親眼目睹了這次屠殺的舉人趙爾陸，描繪人頭堆積的像山丘和寶塔一樣高！關寧軍文的李福貴也承認︰死者無頭生被擄，有頭還與無頭伍。血泚焦土掩紅顏，孤孩尚探娘懷乳。
關寧軍佔領中國各地的過程均是鮮血與眼淚的哀歌，這些慘絕人寰的針對滿洲人的大屠殺，模式基本一致︰根據關寧軍頭子布的屠城令，實施的殘忍的集體殺戮，和無恥的集體輪.奸。而屠殺後，不僅人頭被堆積成「京觀」，甚至還將女性的敏感部位割下，作為論功行賞的憑據！「取陰.肉或割，驗功之所，積成丘阜」。
根據帝國歷史文檔和威武實錄記載，甚至帝國皇帝趙強本人都是這種屠殺的參與者。他曾經在太和殿殘忍的親手砍下六名從四川送回的滿洲貴婦的人頭，原因只在于她們見他時沒有笑容。