黑龍號最終到達的地方，原先是一處用來培育生化獸的大型克隆工廠，臨時被瑪麗安娜清空了出來交由李墨陽作為駐扎地。
核子黑龍號將在這里進行生命樹陣圖的布設工作，瑪麗安娜在與李墨陽匆匆交談幾句之後，便回去接著指揮外面的戰斗。
埃蒙?沙利曼對李墨陽突入海上防御堡壘的行為感到不解，雖然不知道具體原因，但卻隱約察覺到一種危險的氣息彌漫。
他決定全力進攻使徒軍團，以免夜長夢多。哪怕多消耗點兵力也沒關系，只要能完全掌握這個C級晶壁，就能利用蟲族的特殊手段，將之改造成完全受深淵尸章一族控制的Vajra高級蟲領。
《EVA》世界雖然不是正常的C級晶壁，但也能讓深淵尸章一足的勢力大大增加，也許僅僅需要十幾年的發展時間，部族的人口總量就能翻上十倍。
晶壁意識指揮著使徒軍團全線防守，依仗海上防御堡壘的火力與大型A.T.力場護罩，將蟲族拒之門外。
李墨陽正按照預先制定的計劃，有條不紊地進行著生命樹陣圖的布設工作。
豐饒之樹的第四屬性被徹底激活，大片包裹著濃烈金光的根須從主控室的固定空間門接口中出伸出，快速蔓延攀爬，將整艘黑龍號纏繞成一枚巨大的藤球。
以這枚懸浮在空中的巨大藤球為核心，豐饒之樹將龐大的根系伸展過來。在數分鐘內，就將整個大型克隆工廠的空間布滿。
7架EVA機體與兩名劍之使徒也從傳送門中走出，按照預先安排的位置，被連接在龐大的根系之上。
這‘十大原質’的連接頗有講究，並非是每一個原質之間都有相連的路徑，總共只有固定的22條，成為‘二十二徑’。
第六原質位于生命樹陣圖最核心的位置，與其他九大原質都有溝通，具有生命之力匯集之處、向整個宇宙傳輸生命力的意義。
第六原質的功能與卡巴拉生命樹各部分器官中的‘樹芯’功能頗為相似，也許就是因為豐饒之樹融合了完整的卡巴拉樹芯的原因，這一處原質竟然成為了第一個被點亮的原質，讓李墨陽頗為意外。
而位于這一位置的機體則是EVA七號機，由綾波麗擔任駕駛員。
開啟第三次沖擊需要將四柄鑰匙齊聚，而莉莉絲的空白靈魂現在的身份是綾波麗……這項激活便只能交給她進行——除非剝奪了她的自主意識，也就是殺掉她，才能更換開啟者。
但這麼做毫無意義，補全計劃的控制權並不在于是誰開啟了第三次沖擊，而在于是誰立于生命樹陣圖的頂點，第一原質‘王冠’之上。
在第六原質這個生命樹陣圖的核心被點亮之後，緊接著是第十原質『凡人之路』，這是位于陣圖最下位的原質，是基礎中的基礎，是『物質的王國』。
然後是第九原質『前存的靈力』，再接著是第八原質與第七原質同時被點亮。從這一步開始，生命樹陣圖便分為『偉大之父』與『至高之母』左右兩條路徑，分別象征著‘智慧的不可控性’與‘生命本身的恩賜’兩條進化線路。
這兩條路徑各自包括三個原質，除了分支開始的第七、第八原質之外，還需要經過第五原質‘愛’與第四原質‘理性’的轉化，才能連接到第二原質『偉大之父』與第三原質『至高之母』，進而最終觸模處于至高位置的‘王冠’。
李墨陽此刻所構建的生命樹陣圖，就是按照這個順序激活的。父神當年創造生命的順序剛好相反，卻是從生命的頂點讓‘王冠’崩碎，一步步衍生出物質性的‘凡人’。
李墨陽示意綾波麗可以開始了，將被鎮壓于豐饒之樹根系中的白色七目巨人、和亞當的退化胚胎雙雙送出，同時將他從渚薰的身體中抽取的靈魂‘果凍’也送到了綾波麗所在的第六原質位置。
亞當胚胎與莉莉絲的**，和作為莉莉絲空白靈魂的綾波麗，再加上已經被抹消了個人意志的渚薰靈魂……四柄鑰匙之間立刻生出強烈的感應，金色的A.T.力場閃閃發光，然後快速向血色的光芒進行轉化。
在這一瞬間，大量的知識與記憶從冥冥中傳遞到綾波麗的腦中，這是莉莉絲與亞當的遠古意志被召喚而來。
李墨陽急忙將這龐大的遠古意志接入御阪網絡之中，同時使用英靈殿的精神防護力量，將其中的感情碎片剔除。
自從將御阪10086簽入英靈殿之後，接連不斷一個個突破了10點最低界限與李墨陽簽訂契約的御阪妹妹慢慢增加到600多人。
由于這個原因，御阪網絡似乎有融合成為英靈殿一項新屬性的趨勢。李墨陽此時能利用御阪網絡處理這些源自亞當、莉莉絲的遠古記憶，與600多名妹妹的簽約有很大關系。
這些知識十分珍貴，但亞當與莉莉絲遠古意志的降臨卻並非恩賜，而是晶壁意識布下的陷阱。
如果毫無防備的接受這些知識，雖然不會出現被奪舍之類的嚴重後果，但卻很容易被迷惑了心智，將效忠父神、努力將父神拯救出來、听從瑪麗安娜的命令、保護《EVA》晶壁的安全…等思想，作為自己的人生目標。
亞當與莉莉絲兩名始祖的遠古意志雖然強大，但16階的愛之英靈殿與20001名腦域開發者組成的御阪網絡還算給力，將其中的心智影響效果剔除，僅僅收下了兩部‘黑歷史’的知識與記憶。
其中關于第三紀元一些事情的記述對李墨陽來說很新鮮，也很有用。說不定以後他就會踫到一些這個時期的古老遺跡、寶藏、書籍之類的東西，這些知識相當有收集的價值。
‘父神’隕落事件的前因後果與李墨陽先前猜測的**不離十，確實是原始之惡?撒旦下的黑手。誘惑的莉莉絲竊取智慧果實的也確實是撒旦的七大死亡天使化身之一，名曰‘薩麥爾’的劇毒天使。
綾波麗向李墨陽提醒時機已到，李墨陽便控制著豐饒之樹，將其中23700點的A.T.力場能量全數灌注進那枚由四柄鑰匙融合，之後慢慢顯出一絲絲血紅色的光團當中。
血紅的光團本來處于即將爆炸的邊緣，但在注入了這些A.T.力場能量之後，反而再次進入了威力積蓄狀態。
瑪麗安娜在這一處使徒克隆工廠里，一直安裝有監視設備。
當黑龍號突然變作巨大藤球的時候，她就注意到事態的發展似乎並非自己想象的那麼簡單。起碼這家伙所使用的‘朗基努斯聖槍’的威力比被他從劇情中奪走的那一件，強大了5倍以上。
晶壁意識所掌管的‘朗基努斯聖槍’是當年父神的意志逃回來的時侯，所攜帶的卡巴拉生命樹靈寶殘片之一。其完整度只佔到卡巴拉生命樹根系總量的16，而李墨陽在鎖妖塔中解封獲得的一部分豐饒之樹根系，卻直接多了一倍的量有13的量。
兩者相加便湊齊了卡巴拉生命樹所有根系的50%，再加上與豐饒之樹融合之後的增幅，能達到瑪麗安娜印象中原版‘朗基努斯聖槍’威力的5倍，是很正常的一件事情。
如果說李墨陽通過什麼不知名的手法讓‘朗基努斯聖槍’的威力大增，這還只是讓瑪麗安娜覺得好奇。那麼當大量的A.T.力場能量以特殊的方式被注入血紅色能量球中，第三次沖擊重新進入威力蓄積狀態，則讓瑪麗安娜心口一陣發涼。
原來不僅能自己在算計著他（等著亞當與莉莉的遠古意志降臨，影響對方的心智），這頭可惡的破界天魔，竟然也一直在算計著將自己和蟲族一網打盡！
瑪麗安娜雖然不知道對方到底是如何布置出完整版的生命樹陣圖，並增幅反A.T.力場沖擊的威力，但從正處于蓄積狀態的光球上她卻能準確估計出這枚光球爆發之後的威力……
除了位于十大原質位置的EVA機體，整個戰場上，估計也只有力天使?賽魯爾、葬歌天使?伊拉斯菲兒、超級王巢母艦以及23艘進階王巢母艦（被黑龍號突入的時候干掉一艘）可以能幸免于難。
位于第三次沖擊核心位置的海上防御堡壘，其A.T.力場強度雖然比天使級使徒還要強大，但由于反A.T.力場沖擊源自體內的原因，估計要悲劇。
這座巨型生體防御堡壘的A.T.力場總量雖然巨大，但卻沒有進階12階天使級境界。
瑪麗安娜此刻殺了李墨陽的心都有了，不過一時間卻也沒有辦法干掉這頭該死的破界天魔也是事實。
十幾秒的醞釀之後，紅色的光球轟然爆開，一座超巨大的血紅色光質十字架聳立而起，其頂端已經突破了高層大氣。
龐大的反A.T.力場沖擊以此為中心，如同核爆的沖擊波一般，洶涌地向全球各個方向沖擊而去，幾個呼吸間就覆蓋了小半個地球，並且繼續高速向遠方傳播。