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機器大帝，因為尼奧在錫安虛擬世界引發的變數，而不得不活躍起來。
它的意志與作為母體管理員和代表的母體之父「設計師」、母體之母「祭師」緊密相連，因此它所做的一切，也可以看作是這兩位大拿間接做的。
故而，最近一些時間母體之父的注意力基本上就存在機器大帝那一邊的。
可是，現在意外的警報，讓母體之父又再一次注意到了尼奧，那個失控的不穩定因素。
最近，這個尼奧似乎使用了不知名手段直接越過了防火牆，對母體進行入侵並直接從里面撈人。
這讓母體之父已經多次升級了防火牆，這也使得尼奧入侵難度越來越大，或許也因此讓尼奧意識到這樣下去不行，這才回醒過來應該救墨菲斯了。
至于錫安虛擬世界？那個已經被尼奧控制了核心的虛擬世界，連機器大帝現在也只能被動了，更別提單單只是母體之父了。
說實話，尼奧的存在是必須的，但現在卻成了一個難以處理的家伙。
若是能夠銷毀的話，母體之父早就自己動手了。
可惜不能，從電影原著中就可以得出這個結論來。
現在，尼奧要來救走人質墨菲斯了，母體之父也不知道應不應該全力派出人手去，畢竟他可是清楚這個救世主程序是如何覺醒的。
一旦打擊過頭了，把尼奧真的干掉了，反倒是會讓尼奧覺醒成為真正的救世主程序的。
最後，母體之父決定不作為，先按照原本的計劃來做算了，就當尼奧沒有變異。
現在，母體之父因為把注意力放在機器大帝的新玩具上，對尼奧的在意程度下降了，否則這一次他或許當真會親自出手了。
若是母體之父真的出手，哪怕殺不掉尼奧，把他關起來應該還做得到的。
尼奧現在還在攻擊再攻擊，他還不清楚母體之父對他的態度變化了，只是還以為自己是特殊的，所以他認真再認真，反而激發了潛力，在戰斗中表現得越來越強。
這一次哪怕母體之父不出手，但是因為之前尼奧的作為，使得現在這邊的防御力量遠遠超過了電影原著，真的打起來還是很吃力的。
崔妮蒂面對似乎源源不斷跑出來的警察、保安和黑衣特工，她雖說也因為代碼種子有所提升，可是還是打得相當的累。
三個地球人在此，就完全只是打醬油了。
指望三個新訓練出來的家伙，能夠發揮多少作用，尼奧也不會那麼天真。
不過，尼奧之所以帶他們來此，也是源于自己的直覺，總覺得這幾個特殊的人類會幫助到他。
另一邊，雖然被關了時間更為長久，比電影原著中要長得太多太多了，墨菲斯卻也因為代碼種子的原因，使得一般的手段無法使用到他身上，被保護得好好的。
現在一旦得到了機會，他自然就跟電影原著中一般趁亂掙斷了手銬，成功逃了出來。
墨菲斯是真正的精英，黑衣特工根本不應該小看他。
所有的主力都派去對付尼奧了，看守墨菲斯的人甚至比電影原著中還來得少。
讓墨菲斯得到逃跑機會的，自然還是像電影原者中一樣的直升機。
當時忽然一聲巨響，大樓的玻璃窗被打的粉碎，緊接著子彈如同瀑布般從窗外傾瀉進來，這一駕警用直升機完全把黑衣特工們一時打懵了。
不過，尼奧現在正在防御大廈大廳與那些不斷從各處趕來的母體方人手戰斗，那麼開警用直升機自然不會再是尼奧了。
崔妮蒂帶著主動要求的高亮過來了，高亮扔下繩子及時把墨菲斯拉了上來。
可惜，墨菲斯還是受傷了。
救出了人後，直升機快速帶著墨菲斯飛離大廈窗口。
「糟糕！」黑衣特工頭目史密斯說道，「攔住他們！」
其他的黑衣特工們一齊奔向窗口，快得如同電光火石，直升機的油箱位置立刻被黑衣特工們射了個大洞，汽油傾瀉而出。
「這飛機開不成了，我們必須馬上迫降！」崔妮蒂說。
墨菲斯指指下面，說道︰「停到地鐵入口，馬上聯絡坦克安排出口。」
直升機損毀嚴重，幾乎是墜落在了馬路邊的地鐵入口，城市已經禁嚴，沒有一個行人。
「尼奧呢？」墨菲斯完全沒有在意新面孔高亮，直接就對崔妮蒂問出了正題。
「他說，他有預感，必須要那里解決一個問題，所以我們不必等他。」崔妮蒂若有所覺的說道。
是的，尼奧似乎在母體中不斷變化著，現在甚至能夠從遠處傳遞消息給崔妮蒂了。
此時，遠處邊戰邊退的尼奧，面對了命運中的宿敵，黑衣特工頭目史密斯。
李雅和趙悠然，此時表情很不好看，因為她們之前打得太快樂了，居然一時忘記了劇情。
尼奧必須在這里死去，這中間可是有一段時間的空白，她們臉色慘白的開始逃跑。
尼奧看了一眼，沒有多說什麼。
或許是被尼奧吸引了所有的注意力，兩個少女的逃跑只吸引了其他的黑衣特工的追擊，並沒有將史密斯吸引過去。
「安德森先生。」史密斯在尼奧面前站住，「想和我一對一麼？」他聲音充滿了嘲諷。「不過有個壞消息要告訴你，我們的機械八爪魚已經鎖定了你們的飛船，正準備展開攻擊呢。」
尼奧卻笑道︰「看來這段時間你並沒有得到更多消息，我們現在完全不再怕機械八爪魚了。」
不過，這並不影響他要與史密斯一對一的決心。
史密斯待他撲到跟前，忽然用肉眼無法看清的動作閃電般的將尼奧貫倒在地。他的動作根本沒有任何邏輯可循，尼奧無論功夫再好都不可能抵御的了。
「人類想跟我斗，真是自不量力！」
可是還沒等他念頭轉完，尼奧忽然就好像沒事似的從地上彈了起來，緊接著閃電般的使出和史密斯剛才一樣的動作，同樣閃電般的將史密斯貫倒在地。
史密斯又驚又怒，立刻從地上彈了起來，使出了更凌厲的殺人方法，但尼奧似乎已經從剛才的攻擊中嗅到了一絲破綻，雖然每次都被擊中，但總能避開要害，而且立刻就能模仿史密斯的動作還之彼身。
[主世界，地球，天河大廈]
地球的神秘側一直沒有得到調查小隊傳來的消息，終于察覺到調查小隊的失蹤。
他們雖然沒有直接做出新的行動，可是隱約在天河大廈周圍設了觀察點，對這里進行監視。
基于本能，凶靈劉結草一時停止了人類獵殺行動，甚至連吸引附近其他弱小生物進入天河大傻，並進行照例的獵殺行動也同時停下來了……