劉備進入成都，大擺酒宴，犒勞士卒，取出城中存放的金銀，分賜給將士，而糧食和絲帛則物歸原主。劉備兼任益州牧，任命軍師中郎將諸葛亮為軍師將軍，益州太守、南郡人董和為掌軍中郎將，並且代理左將軍府事，偏將軍馬超為平西將軍，軍議校尉法正為蜀郡太守、揚武將軍，裨將軍、南陽人黃忠為討虜將軍，從事中郎麋竺為安漢將軍，簡雍為昭德將軍，北海人孫乾為秉忠將軍，廣漢長黃權為偏將軍，汝南人許靖為左將軍長史，龐羲為司馬，李嚴為犍為太守，費觀為巴郡太守，山陽人伊籍為從事中郎，零陵人劉巴為西曹掾，廣漢人彭為益州治中從事。
當初，董和在益州郡的時候，清明，儉樸、公平、正直，受到漢夷百姓的愛戴和信任，大家公認他是循禮守法的官吏，所以得到劉備的提撥和任用。劉備從新野逃到江南，荊州一帶的士人投奔他的非常多，唯獨劉巴跑到魏公曹*那里。曹*任命劉巴為掾，派遣他去招降和接收長沙、零陵、桂陽三郡。正趕上劉備奪取了三郡，劉巴無法完成任務，準備由交州轉道返回京城。這時諸葛亮在臨蒸，寫信勸他投奔劉備，他不同意，劉備深感是件恨事。劉巴從交趾進入蜀地依附劉璋。當劉璋準備迎接劉備入蜀的時候，劉巴勸諫說︰「劉備是一代奸雄，進入蜀地必定害人。」劉備入蜀以後，劉巴再次勸諫說︰「要是讓劉備去征討張魯，如同放虎歸山。」劉璋不听，他便閉門稱病。劉備圍攻成都，向軍隊下令︰「誰若傷害劉巴，誅滅三族。」及至得到劉巴，劉備非常高興。當時益州各郡縣聞風都如影隨形般地投靠劉備，只有黃權緊閉城門堅守，等到劉璋跪拜投降，他才歸附。這樣，本為劉璋所任用的董和、黃權、李嚴等，劉璋的姻親吳懿、費觀等，劉璋所排斥的彭，劉備往日所忌恨的劉巴，劉備都予以重用，以盡其才能。有志之士，都爭相努力盡職，益州百姓，因此非常合睦。以前，劉璋任命許靖為蜀郡太守。成都將被攻破時，許靖曾計劃出城投降劉備，劉備因此而看不起許靖，對他不加任用。法正對劉備說︰「世上有一種有虛名而其實不副的人，許靖就是這種人。然而主公您現在剛開始創建大業，不能讓天下人議論您。對許靖還是敬重為好，以此撫慰遠近之人，不使失望。」劉備這才對許靖以禮相待，加以任用。
圍攻成都時，劉備曾與部下約定︰「若攻破成都，官府倉庫的一切財物，你們可以任意地拿，我決不干預。」破城之後，士兵們都扔掉兵器，奔向倉庫爭搶財物，造成軍費不足，劉備深感憂慮。劉巴說︰「這很容易解決，只要鑄造一種值百錢的的錢幣，平抑物價，命官吏設立官市。」劉備采納了這一建議，幾個月後，府庫的財物就充足了。
當時，有人建議把成都有名的肥田沃土和住宅分給將領們。趙雲說︰「霍去病曾認為匈奴尚未消滅，不應考慮自己的家業。現在的國賊遠非匈奴可比，我們不能貪圖安樂。等到天下都安定以後，將士們重歸故里，在自己的田地上耕作，才會各得其所。益州的百姓，剛剛遭受兵災戰禍，土地、田宅都應歸還原來的主人，使百姓平安定居，恢復生產，然後才可以向他們征發兵役，收取租稅，獲得他們的好感；不應該奪取他們財物，以私寵自己所愛的將領。」劉備接受了趙雲的意見。
劉備襲擊劉璋時，留中郎將南郡人霍峻守衛葭萌城。張魯派楊昂引誘霍峻，要求共同守城。霍峻說︰「我的頭可得，而城不可得！」楊昂只好作罷。後來劉璋的部將扶禁、向存等人，率領一萬余人溯閬水向上游進發，圍攻霍峻近一年。霍峻在城中只有數百名戰士，窺伺敵人疲憊的機會，挑選精銳出擊，大破敵軍，斬殺了向存。劉備佔據蜀地後，從廣漢郡分出梓潼郡，任命霍峻為梓潼太守。
法正在外統轄蜀郡，在內是為劉備出謀劃策的主要人物。他恩怨分明，對他有過一餐飯的恩惠，他都予以報答；對他有一瞪眼的怨恨，他也無不報復，擅自殺害了一些傷害過自己的人，有人對諸葛亮說︰「法正肆意橫行，將軍您應該稟報主公，限制他作威作福。」諸葛亮說︰「主公在公安的時候，北邊畏懼曹*的強大，東邊害怕孫權的威脅，近處則擔心孫夫人在家中搞出內亂，法正象羽翼一樣輔佐主公，使主公能夠自由翱翔，不再受制于他人。怎麼能禁止法正，而不許他稍稍隨心所欲呢！」
諸葛亮輔佐劉備治理蜀地，很強調嚴刑峻法，很多人怨恨嘆息。法正對諸葛亮說︰「以前漢高祖入函谷關，約法三章，秦地的百姓感恩戴德。如今，您借助權勢的力量，佔據一州的地方，剛剛建立國家，還沒有施加恩惠，進行安撫，況且從外來的客與本地的主這間的關系講，客人的姿態應當降低，希望您能放寬刑律和禁令，以適應當地人的意願。」諸葛亮回答說︰「您只知其一，不知其二。秦因為暴虐無道，政令苛刻，造成人民對它的怨恨，所以一介草民大呼一聲，天下就土崩瓦解。漢高祖在這種情況下，可以采用寬大的政策而獲得很大成功。劉璋糊涂軟弱，從其父劉焉那時起，劉家對蜀地的人兩世的恩惠，全靠典章和禮儀維系上下的關系，互相奉承，德政不能施行，刑罰失掉威業。蜀地的人專權而為所欲為，君臣之道，漸漸破壞。給予高官表示寵愛，官位無法再高時，反而被臣下輕視；順從臣下的要求，施加恩惠，不能的時候，臣下便會輕狂怠慢。蜀地所以到了破敗的地步，實在是由于這樣的原因引起的。我現在要樹立法令的威嚴，法令被執行，人們便會知道我們的恩德；以爵位限定官員的地位，加爵的人便會覺得很榮耀。榮耀和恩德相輔相成，上下之間有一定的規矩，治國的主要原則，由此清楚地顯示出來了。」
劉備任命零陵人蔣琬為廣都長。劉備外也游覽，突然到達廣都，見蔣琬不處理各項政務，當時又喝得爛醉。劉備大怒，要將蔣琬治以死罪。諸葛亮為蔣琬求情說︰「蔣琬是治國的棟梁之材，不是治理百里小縣的官史。他施政以安定百姓為本，不以做表面文章為先，希望主公重新考察。」劉備一向尊重諸葛亮，才沒有給蔣琬定罪，只是在倉促中免去了他的官職。
做了這一系列安排後蜀郡的局勢漸漸安定了。