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到研究院開會，研討政工制度問題。最後辭修發言，面腔怨厭之心理暴發無遺，幾視余為之所為與言行皆為迂談，認為干涉其事，使諸事拖延，台灣召亂，皆由此而起。聞者皆相愕。余惟婉言切戒，以其心理全系病態也，故諒也。《蔣介石日記》（手稿本），1950年1月12日。
蔣籌備「復職」過程中，新的「行政院長」人選是其考慮的重要問題，他希望建立一個執行力強的「戰時行政院」。他在與王世杰討論時提出，「辭修之心理病態，絕不能擔當此重任」，希望由王世杰擔任，「而彼未允就也」。《蔣介石日記》（手稿本），1950年2月7日。環顧台灣內外，能合蔣介石意而執掌「戰時行政院」的人不多，故在2月下旬還是決定由陳誠擔任「行政院長」。當時，台灣政壇陳誠、吳國楨二雄相爭，吳國楨聞訊，以辭職來反對陳誠任「行政院長」，這讓蔣頗感為難︰「吳國楨以辭修出長行政院，其心不安，堅求辭職，此在意中事，應懇慰之。如何使之安心服務，辭修氣狹量小，動輒嚴斥苛求，令人難堪。奈何？」《蔣介石日記》（手稿本），1950年2月22日。66bk.>
而陳誠亦不負蔣介石之托，上任之初即宣示︰「政府是人民的政府，政府應以人民的意志為意志，以人民的利益為利益」，提出「人民至上」、「民生第一」的口號，宣稱︰「今日台灣所最需要的，就是政府與人民共患難同生死的精神，使台灣成為一個復興中華民族的堡壘，來擔負復興中華民族的使命」。上任之後更是采取一連串措施，如政治上籌劃實施地方自治，經濟上推動經濟恢復、實施公地放領、減租及糧食增產計劃。其中，又以以下兩點用力最多︰
第一，整頓軍事，規定所有退台的國民黨軍上岸後的第一件事就是放下武器，重新登記整編，統一編制，減少指揮機關，裁汰冗員。據陳誠統計，到1949年底，即取消20多個軍和10多個總司令部的番號；1950年內又裁撤了高級指揮機構9個，空軍指揮機構58個，聯勤機構12個，教育機構6個，總共245個單位，取得了初步效果。
第二，頒布戒嚴令，開展嚴厲的政治鎮壓活動，嚴格控制社會輿論。
上述措施，對于大敗之余的國民黨政權穩定情緒、在台灣站穩腳跟，無疑是有重要作用的。因此，在選擇接替閻錫山的人選時，蔣介石首先想到了陳誠。3月7日下午，蔣介石正式咨文「立法院」，提名陳誠為「行政院長」，咨文稱︰