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3月9日，蔣介石在蔣經國、俞濟時的陪同下，離開台北舉行「復行視事」後的第一次出巡，至高雄左營海軍基地檢閱海軍部隊。海軍總司令桂永清進行了精心安排，巡視的蔣介石被「總統萬歲」和「誓滅共匪」的口號包圍著。下午3時，蔣介石又到海軍全代會致詞。首先由代表會主席團全體代表向蔣宣誓效忠︰
余等謹代表海軍全體官兵，竭盡赤誠，誓死效忠總統蔣公，並在桂總司令領導下，集中意志，團結力量，達成**抗俄，救國救民之使命。如違誓言，人人得而誅之。
通篇誓詞，特別是後幾句，不禁使人想起昔日的封建會道門，可此類表現對蔣個人「效忠」的誓詞，卻常常出現在20世紀50年代台灣的軍隊里。蔣听完這誓詞後非常感動地對士兵們說︰「我接受你們的宣誓，我接受你們的決議，我要領導你們走到成功的路上去。」《中央日報》，1950年3月10日。↘↘
接著，桂永清代表海軍將寫有「民族救星」的旗幟獻給蔣介石。隨後蔣向參加大會的代表致訓詞︰「海軍要能確保**抗俄的基地，成為陸空軍反攻大陸光復祖國的先鋒，則必須本同舟共濟的精神，先求本軍各單位間精誠團結，協同一致。」在訓詞的最後，蔣介石表示︰「我一定引導大家在一個主義、一個目標、一個歷史、一個生命的前提之下，和我海軍全體官兵同生死，共患難，堅強奮斗來完成我們**抗俄、復興我們中華民族的歷史使命。」《中央日報》，1950年3月10日。
結束左營之行後，蔣介石正式開始了軍事改組工作。根據蔣介石的指令，「東南軍政長官公署」被撤銷，其業務歸並「國防部」及其他相關單位，台灣防衛司令部和陸軍訓練司令部歸並于陸軍總司令部，東南區海軍司令部、空軍司令部和補給司令部歸並于各該司令部。此前，潰不成軍的陸軍裝甲兵司令部已經被縮減成裝甲兵旅，由蔣介石的次子蔣緯國任少將旅長。《中央日報》，1950年3月4日。這對于簡化指揮機構，提高行政效率是頗有益處的。
國民黨軍慘敗的一個重要原因就是各單位之間職責不明，政出多門，互相扯皮，互相推諉，不能很好地配合協作，共同作戰。特別是軍令和軍政兩系統的權責不明，給部隊造成了很大混亂。所以，對國民黨軍組織系統加以調整，是蔣介石整頓軍事的中心之一。3月15日，蔣介石發布命令︰
一、茲擬定國防機構組織系統表及國防職務互相關系對照表，著自39年7月16日起實施。