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在總團部之下，還建立了各級相應的組織，如台灣省設有分團，縣市有總隊，縣以下地區有大隊，大中學校也視人數多少而成立總隊或大隊，甚至在部分國外華僑青年中也成立了分支機構。由此，「救國團」把其觸角伸入了台灣社會各個角落，強化了對青年人的控管工作。1952年底，蔣介石將青年**救國團的建立當成是國民黨黨務方面取得的一大成績︰「**救國團之組織，全省青年學生，皆可由黨統一組訓矣。」《蔣介石日記》（手稿本），1952年，「四十一年總反省錄」。
隨著救國團組織的逐漸健全，其活動也按有關規定陸續展開︰在干部培養方面，總團部為加強基層干部的組織，舉辦了8個青年先鋒營，以在寒暑假期間集訓各學校大隊的區分隊長，訓練內容主要是軍事基本技能；在政治教育方面，「救國團」在各校設立訓導處，負責考核、管理工作，監視學生乃至老師的思想動態，組織各種學習班、演講會和座談會，向學生灌輸「**反俄」的思想意識，培養其忠于三民主義，忠于蔣介石的情結；在宣傳方面，成立青年寫作協會、幼獅月刊社、幼獅通訊社、幼獅廣播電台、幼獅出版公司，通過各種渠道進行「仇共仇俄」宣傳；在軍事訓練方面，規定學校高中以上學生必須參加軍訓，各軍種奉令組建若干戰訓隊，以在暑假中接納軍訓學生，這些學生被分到駕駛、無線電通訊、救護等不同的分隊中，進行初步的軍事技能訓練。
「救國團」在蔣經國的掌控之下，實際上成了國民黨的外圍組織，成了國民黨控制台灣青年的工具。每當國民黨有新政策出台，它總是最積極的執行者。然而，該團的成立憑的僅是蔣介石本人的意願和國民黨中央改造委員會的決議，並未通過任何行政或立法部門，這顯然與國民黨宣揚的「憲政體制」是相矛盾的。「救國團」利用特殊的政治背景，插手軍隊、教育、行政、文化、社會各個方面的事務，自承一統。「救國團員」則為了政治上的晉升，拋棄學業，出風頭，爭權利，求享受，鬧得學校烏煙瘴氣。所以，隨著時間的推移，對「救國團」的批評越來越嚴厲。「吳國楨案」發生後，作為團務指導委員的吳國楨于1954年2月27日致台北「國民大會」的政見書中說︰
所謂**救國青年團之成立，實系模仿希特勒……青年團之成立，此機構究由國民黨或政府負責，楨至今不明，其經費曾向省政府索要，經楨拒絕。此後經費究由何出，實可查究。自青年團成立後，動輒要求學校更換教員，壓迫學生，以此誘得青年，造成不良風氣，實將貽害無窮。《聯合報》，1954年3月11日。