以最強神奇寶貝為目標旅行的皮卡丘和他的司機小智,現在來到了這個叫大傻谷的地方。這里是以大峽谷景色聞名整個神奇寶貝世界的地方。
「……而且，最近也傳出這里被發現了絕種的神奇寶貝化石，引起了一陣尋找神奇寶貝化石的熱潮來著。」小智面前大量帶著挖掘工具的人們絡繹不絕的進入大傻谷，但小智的眼神卻一直看相自己的斜後方，「但我還真沒想到你也來了。」
小智轉頭，盯住身後穿著穿著考古服裝的某富二……不，富三代；「小茂。」
「而且仔細看看，你這根本就不是考古服裝，只是背了一個包拿著一個鶴嘴鋤的牛仔而已……」
「這種細節就不要在意啦。」正如小智所說穿著牛仔打扮的小茂向小智打了一個招呼後就背著背包?提著鶴嘴鋤進入了大傻谷，「再聊下去珍貴的化石就要被別人挖走了，所以我先走了小智。」
……
大傻谷之中，到處都是熙熙攘攘的。到處都是人在揮舞著鐵鎬和鶴嘴鋤，看著架勢哪里想一個觀光景點，分明是礦山……
「？」揮舞著鶴嘴鋤的小茂好像挖到了一些什麼。
再刨了兩下，一塊化石狀的物體出現在小茂眼前。
「太好了！」小茂拿起化石，「我挖到神奇寶貝的化石了！」
「小茂小茂一級棒！小茂小茂一級棒……」然後，小茂的那群「女朋友」擔任著類似啦啦隊的任務。
「謝謝，謝謝……」就在小茂滿面春風的接受啦啦隊的贊賞時，一個老學者突然拿過小茂手中的化石用放大鏡觀察起來。
「怎麼樣？我第一次挖就挖到了化石！你能看出這是什麼神奇寶貝的化石嗎？」小茂得意的向那個老學者問道。
「這個是……」老學究仔細觀察了一下，然後很肯定的說，「……這是神奇寶貝的大便化石。」
「撲通！」小茂倒地。
「……小茂到底還是不成熟啊。」站在峽谷上方小智看著下面的鬧劇，當看到那個老學者在小茂倒地後就偷偷把那塊「神奇寶貝的大便化石」放到了自己口袋里後小智才緩緩出聲，「那哪里是什麼大便化石，是菊石獸的化石吧。」
「話說皮卡丘。」小智站了位置很高，周圍沒有別人，小智也就大大方方的和皮卡丘交流了，「話說這種行為，算不算挖人祖墳？」
「也是。」小智身後有著一個天然形成的石台。小智拿出一個精靈球，「不過我也差不多要開始布置了。」
原著中，關于大傻谷的劇情差不多是這樣的︰
小智發現火箭隊妄圖使用炸藥炸毀大傻谷底部的岩盤來獲得神奇寶貝化石，小智阻止火箭隊炸毀大傻谷失敗，又在試圖澆滅導火線時因為小次郎的「神之摔倒」而與火箭隊等人一起掉進古代神奇寶貝沉睡的洞窟，引出了菊石獸、多刺菊石獸、化石盔、鐮刀盔等從長眠中被吵醒的化石神奇寶貝。
在一陣混亂之後，一只突然出現的化石翼龍咬著小智飛出洞窟。而而原著中那個小智的那只進化後就變成國中二年紀的火恐龍為了救小智，強迫自己進化成噴火龍與化石翼龍決斗並表現出了相當優秀的戰斗智商。
當然，最後解決一切的還是胖丁的催眠曲。一曲下去，整個大傻谷內所有人和神奇寶貝無一例外的中招了。而且相當巧的是，睡著的化石翼龍好死不死的直接摔進之前炸出來的洞窟里，落地時產生的震動又好死不死的把洞給堵上了……
最後，一切都只是用夢來蒙混過關極為勉強的封住了訓練家們的口。而原著中的小智，則還見到了一顆蛋，就是日後孵化出波克比的蛋。
……
「不過我怎麼可能只要這一點？」小智看著手中的精靈球，頭也不抬的問向皮卡丘，「你先去，還是我先去？」
「也好。」小智站在整個大傻谷的最高處向下俯瞰，看到下方不遠處的一個小山峰下站立著的一只喵喵，露出了一個意味深長的微笑，將手中的精靈球叫到皮卡丘手里，「胖丁交給你了。我得先去……」
推動一下「劇情」……
……
「以他們過去的記錄，不知道可不可以依靠啊喵」，小山峰上，喵喵在自言自語的說著。
這時武藏和小次郎突然從一塊岩石後面出來，就開始對著喵喵說開場台詞︰
武藏︰「既然你誠心誠意的發問了∼」
小次郎︰「我們就大發慈悲回答你！」
武藏︰「為了防止世界被破壞∼」
小次郎︰「為了保護世界的和平∼」
武藏︰「貫徹愛與真實的邪惡∼」
小次郎︰「可愛又迷人的反派角色∼」
武藏︰「武藏！」
小次郎︰「小次郎！」
武藏︰「我們是穿梭在銀河的火箭隊∼」
小次郎︰「白洞，白色的明天在等著我們！」
喵喵︰「就是這樣……不對！你們兩突然將這廢話干什麼！？」
一通瘋狂亂抓後……
「所以炸藥埋好了嗎？」喵喵對著已經滿臉抓痕的武藏和小次郎問道。文字首發。
武藏︰「當然全部埋好了。」
「就是啊，只要炸掉這一帶的岩盤的話，隱藏的神奇寶貝化石一定就可以得到的」，小次郎也隨後興奮的說道。
「原來如此，你們想用炸藥啊。」不知何時突然坐在一旁小智突然插話。
「是啊，這樣所有的神奇寶貝化石，就都是我們的了喵∼」喵喵一邊笑呵呵的附和了小智的發言，一邊在武藏和小次郎興奮的眼神中點燃了導火線。
然後，這幾個腦子卻根筋的家伙才發現了一點點不對。
「小鬼頭，你為啥會在這里啊！？」x3
「我當然在這里。別忘了，可是你們在一路跟蹤我旅行。」
「我不是問這個，我問的是你為什麼會在這個山頭……！」武藏突然站了起來，「呵呵，我知道了小鬼頭，你一定是來阻止我們在這里用炸藥的對吧？不會讓你得逞的！去吧阿……」「不是呦。」
「誒？不是？」武藏略微有些傻眼。
「事實證明我現在已經打算逃了。」放出金屬怪，小智盤腿坐在了金屬怪那巨大的平頂腦袋上。
「我剛剛下去看了一下你們用的炸藥當量，根據我的估計，這個當量的炸藥直接爆炸，不要說岩盤，恐怕整個峽谷都會被炸飛吧？」
「誒———————？！」x3