給大家掃掃盲……
在游戲設定的世界里認為，星球是有自己的意識與生命的，所有的一切生命能量都是來自星球本身，死後又做為一種能源回歸星球，再由星球利用能源創造出新的生命。
而在宇宙中有一種種族，名為杰諾瓦，這個種族就像蝗蟲一樣在各個星球間旅行，每到一個星球就侵佔該星球的資源大肆吸取，直到把這個星球毀滅，然後又趕往下一個星球。
在這個星球數千年前有一個古老的種族，名為塞特拉，這個種族有著高度發達的能力與智慧，他們能合理利用星球資源，可以與星球對話,算得上是星球的朋友一類的人物。
直到某日，一個杰諾瓦來到了主角所在的星球，但是它是撞擊下來的，巨大的撞擊能量給星球造成了很大的傷口。
而塞特拉種族為了救援星球，以幾乎全族覆滅的代價封印了杰諾瓦，剩下一小部分後代逐漸發展起來，成為了所謂的「人類」而塞特拉族的固有能力（和星球對話，調動自然的力量）也悄然消失……
人類經過幾千年的發展，科技力量達到了一個驚人的高度，但是這個高度卻是以瘋狂的抽取星球內部能量為代價的（即里面所說的「魔?」），人類的生活由于這個的利用變得更加美好，但星球卻在一天天衰老下去……
那個世界里，有一家超級企業，就是「神羅」它通過抽取制造「魔?」的專利成為了超越政府的存在，一切盡在其控制之下，其中也有人反抗，但「神羅」依靠龐大的軍隊和財力一直屹立不倒，其軍隊中在四年前曾經有一個超級戰士，就是薩菲羅斯，世界上基本沒有人是他的對手，依靠他，「神羅」很是安定了一陣，但他卻因為某個事件失蹤，傳說已經死去，于是，反抗勢力又開始爭戰不斷……
克勞德以一個雇佣兵的身份參加了反抗「神羅」組織「雪崩」的炸毀「魔?」制造機器（即「魔?爐」）的任務，第一合作很成功，不過克勞德孤傲的脾氣得罪了不少人，全靠和他青梅竹馬的蒂法多方勸說才繼續留在了「雪崩」。
第二次任務，「雪崩」中了「神羅」的圈套，克勞德和大家失散，遇到了賣花姑娘艾瑞絲，而「神羅」的人卻來抓艾瑞絲，于是克勞德接受委托成為了護花使者。
和「雪崩」的人匯合後，「神羅」卻設下毒計，炸毀城市的一個支柱，造成「雪崩」成員死傷，僅留下頭目與蒂法兩個人……艾瑞絲卻在這個時候被抓走，克勞德這時才知道原來艾瑞絲是正宗的塞特拉族僅存的一個後代，她還具有那些奇特的能力，而「神羅」的目的是要用她來作生物實驗，挖掘塞特拉族特有的能力和知識，以便更好的抽取星球能量！
為了營救艾瑞絲，克勞德與頭目還有蒂法和「神羅」苦戰一番，最後卻發現薩菲羅斯竟然出現殺死「神羅」總裁！還拿走了數千年前被封印，而後被「神羅」發現拿來做生物實驗的杰諾瓦身體！
杰諾瓦的力量一旦被再次挖掘，星球將遭受滅頂之災！而克勞德以前在「神羅」部隊當特種兵兵時又與薩菲羅斯有一筆血債要算……于是眾人各懷心事一起全世界追宗薩菲羅斯，而「神羅」為了拿回杰諾瓦，也開始追蹤。
在長期的相處中，克勞德與艾瑞絲漸漸的相戀，而同樣也默默的愛上了克勞德的蒂法卻發現很多奇怪的疑問，例如克勞德當特種兵的事情，他述說出來的經歷和蒂法所知道的卻有很大的出入，蒂法開始懷疑克勞德的精神狀況，但是她什麼也沒有說，只是默默的關心著克勞德……
……
當眾人經過重重艱險，來到了薩菲羅斯的巢穴，竟然是數千年前杰諾瓦撞擊這個星球留下的隕石坑！而此過程中，他們也通過很多線索得知薩菲羅斯竟然是數十年前「神羅」以杰諾瓦細胞為主的生化實驗制造出來的！並不是純粹的人類！從某種意義上講，杰諾瓦就是他的母親！
而四年前正是由于薩菲羅斯知道了這個事，開始憎恨一切，憎恨所有的東西，包括這個星球，他殺害了克勞德的家人以及很多人後失蹤……現在回來是為了拿取杰諾瓦的身體，吸收它的能量，然後毀滅這個星球報復！
而唯一有能力阻止他的人就是僅存的塞特拉族後人，還擁有那些古代超能力的艾瑞絲，但是艾瑞絲卻被突然出現的薩菲羅斯殺害……這一切都讓克勞德徹底的憤怒了，與大家還有「神羅」一起找到了薩菲羅斯舉行合體儀式的地方。
而就在眾人認為可以阻止杰諾瓦與薩菲羅斯合體的時候，克勞德卻因為身體內某種不受自己控制的意識把一個關鍵的魔法石交給了薩菲羅斯，造成了可怕的結果，薩菲羅斯成功開始溶入杰諾瓦的力量，並招喚來外星隕石準備攻擊星球，幸好還有一段時間，薩菲羅斯要完全與杰諾瓦合體隕石才會落下，如果讓他合體完畢，那麼，星球也完了……
克勞德被薩菲羅斯合體時巨大的能量打入無意識狀態，失去了自我，蒂法也在一個機緣巧合下進入了他的意識，幫他找尋自我。
原來，克勞德從小和蒂法長大，一直很喜歡她，可是由于自卑、孤僻，一直不敢表白，後來為了吸引她的注意立志要成為薩菲羅斯那樣出名的人物（薩菲羅斯一開始可是世界知名的大英雄）。
年少的克勞德毅然去參了軍，但是沒能當上特種兵，在軍隊中跟隨薩菲羅斯執行任務，卻一直沒什麼作為，直到四年前回到了故鄉執行一項特殊任務，而當時的他害怕被人嘲笑，不敢表露自己的身份，只是默默的做一個本分的小兵，連蒂法都不敢見……而他有一個好朋友叫扎克斯是特種兵，並且與當時的薩菲羅斯關系非常好，三人一同前往山上一個出問題的「魔?爐」執行檢查，薩菲羅斯雇佣了蒂法當向導……
一切本無異常，薩菲羅斯卻發現「神羅」竟然用「魔?爐」和杰諾瓦細胞培養生化戰士，可怕的景象讓他開始懷疑自己的身世，經過大量的查閱資料，薩菲羅斯確定了自己是個實驗品！開始發狂殺了小鎮上的人，包括克勞德與蒂法的家人，並跑到「魔?爐」準備取走杰諾瓦的身體……
而這個時候，蒂法因為家人被害，沖上去找薩菲羅斯算帳被擊傷，而扎克斯想阻止薩菲羅斯也失敗了，被狠狠的打倒在地，就在薩菲羅斯得意萬分，防備松懈的時候，克勞德終于因為家人和老鄉們的慘死爆發了，一劍重傷了薩菲羅斯，並把他打下「魔?爐」底部……這時的蒂法也見到克勞德，很滿足的暈了過去，其實，她也一直喜歡著克勞德，一直等他回來……
而後的事情，克勞德已經因為也被薩菲羅斯的巨大力量重創，記不起了。不過他也找回了真正的自己，他從小就有很強的自尊，一心想通過成名，通過出人頭地來表現給自己深愛的姑娘看，可是當回到故鄉的時候卻因為一事無成，整天只能通過好朋友扎克斯的一些聊天來幻想當上特種兵的模樣……被薩菲羅斯重創後，體內意識開始混亂，他已經分不清楚到底自己是扎克斯還是克勞德，所以一直很痛苦，也不敢真正的面對別人揭露自己的內心……
直到現在，通過蒂法在他意識里的幫助，他才真正找回了自己。
以前的克勞德是活在幻想里面的，自從他和蒂法蘇醒後，才開始真正的堅強面對了現實，面隊一切，當知道他造成現在的這種局面後，毅然承擔了責任，通過尋找艾瑞絲死的時候留下的線索，想要阻止薩菲羅斯。
而眾人也因為他的勇氣和堅強受到感染，紛紛在追尋了人生目標後開始行動起來！
在這個過程中他們也得知了克勞德為什麼會有一股不受自己控制的意識，原來四年前他和扎克被薩菲羅斯重傷後，「神羅」便把他們拿來注入了杰諾瓦細胞繼續實驗，妄圖再克隆出和薩菲羅斯一樣強大的戰士，但是實驗失敗，克勞德和扎克斯逃跑了，扎克斯也戰死，只剩下昏昏噩噩，分不清自我和他人的克勞德四處流浪尋找真實的自己。
最後，眾人的努力沒有白費，利用艾瑞絲留下的線索，尋找到古代塞特拉族留下的至強力量，打敗了薩菲羅斯，消滅了將要落下的隕石，拯救了星球，而「神羅」也從此一蹶不振，每個人也從中懂得了很多……人們也開始意識到無節制的榨取星球能源是不對的，開始反思自己的生活……