樞密院，總領一切國戍軍機戰爭事，統帥所有國家軍事體系部門司局。
樞密院設參知軍事樞密使，總掌樞密院；設參知軍事數名，可列席樞密院參軍會議並議事；各部署設部署總執或僕射或令尹一員，總執各部署；設錦衣鎮撫都指揮使一員，設羽林親軍都指揮使一員。
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軍務部負責樞密院常務管理。
參謀部參章謀略軍議部，負責戰略規劃和戰事調度指揮。
軍情部負責情報的匯總和分析，提取有用信息。（但本身不負責情報的搜集）
軍法部負責軍法執行，監督軍隊士兵是否違法。
後勤部負責戰時軍隊後勤管理，主要負責兵源的調度、物資的運輸、管控和發放，以及負責從兵部那兒討要後勤物資。
軍械部負責軍方器械的管理，以及軍事裝備的采購、投資、評價。
陸軍部負責陸軍常務管理和戰事調度，執行參謀部命令。
海軍部負責海軍常務管理和戰事調度，執行參謀部命令。
空軍部負責空軍常務管理和戰事調度，執行參謀部命令。
天軍部只是掛了塊牌子，負責未來時代的宇宙軍事。
兵備部負責各省各地各個軍鎮、總督府、都護府、大都護府、巡護府、大巡護府的管理。
戍邊部負責邊境戍衛。
軍演部負責日常軍事演練、軍事訓練。
船務署負責海軍艦艇船舶的建造管理。
局務署負責軍事裝備的研發和制造。
錦衣衛樞密院的情報收集系統。
羽林衛京畿禁軍，負責拱衛中樞。