當時史密斯還是名特工之時他的實力以及權限就非常厲害，而現在他變成病毒就連機械帝國的boss以及設計師都無法阻止他，更何況如果劇情沒有較大的改動的話，現在史密斯也已經把先知同化了。可以說他現在的實力要比第二部要高了不止一倍，但即使這樣程毅依舊不怎麼怕他，當然說的是在現實中。
母體中，現在的史密斯和尼奧一樣兩人都可以隨意改動母體中的代碼組成，所以在母體世界這兩人簡直就是如同天神般的存在。即使是已經修煉的內力和輕功的程毅在母體中也不是二人的對手。但是如果是在現實中那程毅就有信心完爆兩人，這也是他敢在偽裝成貝恩的史密斯面前說出真相的原因。
不過目前的情況就是程毅無法把這個情況告訴眾人，關于這個地方是劇情一個非常重要的轉折點，一旦被改變可能連頭後面的劇情都會變得撲朔迷離，到時候這個空間的人以及程毅完成任務的情況都會變的極其糟糕。所以程毅索性什麼都不干坐等劇情的發展。
榔頭號在各個廢墟之間來回穿梭不停的尋找拉歌斯號和奈奧比的下落，程毅對船上的各種操控都不熟悉而且榔頭號上的人手也很充足完全沒必要要他一個新手來幫忙，于是程毅便一個人在船上溜達起來。
路過尼奧的房門時程毅看到尼奧坐在床上發呆于是便上前打招呼。
「嗨！尼奧，怎麼了？想什麼呢？」程毅走進屋里問道。
「哦！你好，毅！崔尼蒂對我說關于的你的一些事，我還要對你說聲謝謝！」尼奧笑著對程毅說道。
程毅擺了擺手，說道︰「不用，我們都是朋友，朋友之間是不用說這些的！而且能幫助救世主我很榮幸！呵呵！」
「救世主嗎？」听到程毅說出這三個字，尼奧立刻變的有些低落。
程毅在他身邊坐了下來，問道︰「尼奧？你是在猶豫或者說是迷惘嘛？」
尼奧並沒有回答程毅的話，而是反問道︰「毅，如果……我是說如果，如果你是救世主面臨著現在的狀況你應該怎麼做？」
「你就是在為這個猶豫嗎？」程毅說道，然後又想了想說道︰「如果我是救世主，我是不會想太多東西的，我只要知道我是在保護誰？值不值得？就行了！保護自己的家人、愛人，怎樣能達到這個目的我就怎麼做？至于其他的嘛？我才不想多問呢！」
「保護自己的親人、愛人？」尼奧念叨著這句話。
「是的！沒錯！」程毅堅定的說道︰「尼奧，我不知道你在彌漫或者害怕什麼，但是你只要知道你做的事只要能保護好你的家人和愛人就行了！」
程毅說這些話時情緒有些激動，他知道尼奧後來會為了人類的生存和史密斯同歸于盡，雖然他很想阻止尼奧的死亡但是他卻不能，因為現在的他還沒有實力能改變這些，尼奧如果不那樣做這個世界的人類就會全部滅亡，程毅以前為了自己的公平和真理殺了好多人，但是他並不後悔。唯一感到遺憾的是當初他自己的家人，尼奧現在面臨的很可能和當初的他一樣，所以程毅才會如此激動的尼奧說出這樣一番話。
尼奧抬起來頭臉上也漸漸有了表情，他對程毅說道︰「謝謝你！毅，你說的對！我只要能保護我家人，我的愛人，做什麼我都不會後悔！」
「恩！必須的！如果有那麼一天你需要冒著生命危險去做這些事，我一定會毫不猶豫的去幫你！」程毅也對尼奧說道。
尼奧感動的看著程毅︰「謝謝！真的很感謝你！」
就在兩人「深情」對視時，立刻突然出現在尼奧的門前打斷了兩人的對話。
「嗨！毅、尼奧，快一起出去！」林克氣喘吁吁的說道。
「怎麼了？」尼奧問道。
「榔頭號發下了拉哥斯號！」林克解釋道。
「好！我們走！」三人立刻走出去。
三人來到榔頭號的操控甲板上，墨菲斯羅蘭船長等人都來到了這里。墨菲斯看到三人趕來只是簡單的點了點頭便繼續關注著屏幕。這時屏幕上已經顯示出拉哥斯號的船體，它並沒有發動靜靜的躺在一片廢墟之中。
墨菲斯對榔頭號的接線員說道︰「熱能探測是否發現生命跡象？」
接線員對著屏幕觀察了一陣，然後說道︰「沒有長官，目前還沒發現任何生命跡象！」
「飛船本身怎麼樣？」羅蘭船長問道。
「全息圖像表明船體完好！」
羅蘭船長立刻下令︰「馬上降落，派人到炮台待命！」
「是！船長！」榔頭號穩穩的降落在地面上。
羅蘭船長又說道︰「以最快的速度全面檢查和分析那艘戰艦！」說完便和墨菲斯向出口走去，程毅等人也都拿著電磁炮跟了出去。
艙門打開後，榔頭號的幾位船員手持電磁炮在周圍警戒。程毅、墨菲斯和林克上前對拉哥斯號驚醒探索。
這時榔頭號的一位船員提醒道︰「要小心，長官！電子烏賊非常狡猾，也許這只是個陷阱！」
墨菲斯拿著探照燈走在前面，程毅和林克個拿一只電磁炮在後面小心戒備。程毅他們也發現在船體四周都這幾只已經被打壞的電子烏賊，經過一番檢查發現幾只電子烏賊已經沒有危害。
就在這時突然在廢墟深處出現幾聲異響，眾人立刻舉起手中感到電磁炮。
「什麼聲音？」
「你們可以放下槍了，伙計，他只是需要充電！」這時從廢墟里傳來一個女人的生意，下一刻便看到走出兩男一女三人。
墨菲斯看到來人也是松了一口氣︰「奈奧比！」
「墨菲斯！」來人正是榔頭號等人一直尋找的奈奧比等人。
「你還好嗎？」奈奧比看著墨菲斯問道。
墨菲斯點了點頭，回答道︰「是的，我很好！我們不知道到底發身了……對不起！」墨菲斯為了尼奧讓奈奧比等人陷入危機，對此他一直非常自責！
「沒什麼？見到你我也很高興！」奈奧比說道︰「你們帶回了一個很厲害的新人，而且救出了尼奧！」
「是的，你怎麼知道？」墨菲斯問道。
奈奧比回答道︰「先知說的！在我們遇到電子烏賊之前……」
墨菲斯又問道︰「他說了什麼？」
「和以前一樣！」奈奧比說道︰「都是我需要的消息！」
這時程毅走了過來，開口說道︰「船長，奈奧比長官很抱歉打擾兩位的對話，但是現在我們必須快點離開這！」
「好的！毅！謝謝你的提醒！」墨菲斯對著程毅說道。
奈奧比看了看程毅，問道︰「你就是墨菲斯的新船員，那個很厲害的新人？」
「呵呵！您過獎了！奈奧比船長!我們還是快點回到船上把！」程毅謙虛的說道。
于是三人回到了榔頭號上，拉哥斯號也連上了插頭準備充電。而這時拉哥斯號上也待了一名接線員準備為這艘戰艦充電做準備。
「砰！」一聲響聲之後，拉哥斯號開始充電。
「好的，已經連接，我現在開始調試網絡！」榔頭號號上的接線員說道。
「一切順利，只是……」拉哥斯號上的電腦上綠色的代碼突然變得非常不穩定︰「母體的代碼似乎變得非常不穩定！」
「不，沒什麼！我們看到的都一樣！」榔頭號的電腦也出現了同樣的狀況。
「那到底出了什麼事？」拉哥斯號接線員問道。
林克看著那些錯亂的代碼開口說道︰「不管是什麼，都不是什麼好事！」