鰲拜黨羽已經遍布朝廷內外，行動稍有不慎，必將打草驚蛇，釀成大變。孝莊幫助玄燁制定了擒賊先擒王的策略，迅速打擊主要黨羽，震懾其他成員。
于是玄燁挑選一批身強力壯的親貴子弟，在宮內整日練習布庫為戲。鰲拜見了，以為是皇帝年少，沉迷嬉樂，不僅不以為意，心中反暗自高興。
康熙八年五月，康熙先將鰲拜的親信派往各地，離開京城，又以自己的親信掌握了京師的衛戍權。然後他召鰲拜入宮覲見。鰲拜此前常常出入宮廷，不以為奇。這次一召，他就毫無提防地來了。等到鰲拜入宮，康熙一聲令下，少年們一擁而上，鰲拜猝不及防，被摔倒在地，束手就擒。
接著，康熙命議政王大臣等審訊鰲拜。大臣們審實後，宣布鰲拜三十條罪狀，應處以革職、立斬。
鰲拜請求覲見康熙，讓康熙看他為救康熙祖父皇太極而留下的傷疤。結果，累累傷痕和對上兩代皇帝的功績，終于使他保住了性命。康熙念及鰲拜資深年久，屢立戰功，且無篡弒之跡，遂對他寬大處理，免死禁錮。其黨羽也只處死最主要的數人，其余一律寬免。康熙八年，鰲拜在禁所死去。
遏必隆亦被康親王杰書以十二項罪名彈劾，遂削去其太師之職，奪世爵，下獄論死。康熙九年，康熙帝念其為顧命大臣，而且是勛臣之子，命仍以公爵宿衛內廷。康熙十二年，遏必隆病重，康熙帝親臨府邸慰問，是年病逝。
鱉拜集團鏟除後，孝莊放手讓玄燁理政，讓他在實踐中得到鍛煉，又一再提醒他要謹慎用人，安勿忘危，勤修武備等。對于祖母的教誨玄燁非常尊重，重大事情無不先一征求意見，然後施行。
努力改善滿漢關系，祟儒重道，發揮漢族官員積極性，發展生產，恢復經濟。在他們的攜手努力下，清王朝從動亂走向穩定，經濟從蕭條走向繁榮，為平定三藩、統一台灣和邊疆用兵等大規模戰爭奠定了物質基礎。
對鰲拜集團的斗爭過程中，孝莊玄燁祖孫相互加深了解，感情更為深厚。
而玄燁表現出他那一年齡少有的膽略和杰出組織才能，使孝莊滿意而欣慰。玄燁也從祖母身上學到很多東西，縝密的思想方法，堅決果敢的作風。對他印象最深的，是祖母對人處事寬厚豁達的態度。正是在祖母的影響下，他處置鰲拜及其黨羽時，運用寬嚴相濟，打擊面小，安撫、團結絕大多數朝臣的策略，收到人心安定、朝政穩固的效果。
孝莊的言傳身教，使玄燁逐步具備了一代明君所應有的寬闊心胸與氣度，這不僅在此次斗爭中顯示出來，在他其後的漫長統治歲月里，無論是平息黨派之爭，處理二廢太子事件，或采取其它重要舉措，這種方針策略依然被保留下來。足見孝莊的智慧品德與作風，已經體現在了孫兒身上，由他繼承並發揚光大了。