卻說西王母回到天庭後，便令百官各司其職，提拔親信，排除異己，很快便將天庭的動亂蕩平，而昊天轉世的人間界，此時卻也是一片欣欣向榮。
人族歷經天、地、人三皇的治理，生活水平有了很大的提高，不再是巫妖大戰後那般的落後，漸漸呈現出大興之兆，有了些天地主角的樣子。
軒轅統治人族五十二年，根據日月星辰的移動規律結合自己所學著成《黃帝內經》一書，此書包括《素問》八十一篇和《靈樞》八十一篇，各有九卷。
此書一成，有神農氏自火雲宮而來，告之其功德圓滿，當將人皇之位傳下，然後去火雲宮清修，黃帝聞言大喜，便召集大臣，宣布讓位之事，命眾臣推舉新皇。
有大臣推薦軒轅之孫顓頊，言顓頊少有賢德，可執掌人族，眾大臣紛紛附議。軒轅听後點頭應允，便命眾人準備傳位之事。
三天後，軒轅按前兩任人皇的規矩先是祭拜聖師、聖母、太上老君，然後便在洪荒人族的見證下，將人皇之位傳給了自己的孫子顓頊。
就在軒轅將人皇之位傳于顓頊之後，伏羲、神農兩位聖皇坐著龍輦從天而降，笑著對軒轅道︰「恭喜皇弟功德圓滿，證得人皇之位，可與我等同去火雲宮修行。」說完便讓出半片座位邀軒轅同坐。
軒轅行禮道︰「勞煩兩位皇兄前來，軒轅不勝惶恐。」說完便登上龍輦與伏羲、神農同往火雲宮飛去。
就在軒轅登上龍輦的剎那，一道功德攜帶鴻蒙紫氣從天而降，同樣將軒轅的修為提升到準聖後期。又有數十道功德落于洪荒各處，被當年相助軒轅的眾仙所得。
由于緇衣氏不欲參與人族內斗，因此所得功德卻是不及前兩位帝師，在人族三祖中修為最低，只有準聖中期修為。
至于闡教十二金仙由于誅殺普通人族太多，不但未有絲毫功德降下，反而惹下了無邊因果。
軒轅此次證道卻是奉命將崆峒印與軒轅劍一起帶走，只將九龍星辰冠傳下，自此三皇時代結束，人族步入五帝時代。
自那時起，人皇中非有大功德者，難入火雲宮修行，只可享受人間富貴。後人認為神農有火德，故尊其為炎帝；軒轅有土德，尊其為黃帝，後世之人皆以炎黃子孫自稱。
輔佐五帝雖有功德，但卻遠遠無法與教導三皇相比，何況有了十二金仙這活生生的例子，元始天尊卻是再不敢輕易派出弟子；通天教主卻是毫無顧忌，不斷派出弟子下界，漸漸在人族中留下了不小的名聲。
卻說顓頊接任人皇後，號高陽氏，鼓勵百姓養殖各種莊稼牲畜以充分利用地力，推算四時節令以順應自然，依順鬼神以制定禮義，理順四時五行之氣以教化萬民，潔淨身心以祭祀鬼神。
顓頊在位時，還進行了一次重要的宗教改革。曾被黃帝征服的眾多小部落，普遍祭拜各種各樣的小鬼小神，顓頊強令他們順從炎黃部的教化，只祭祀聖師聖母太上老君及各位人族先賢並十二生肖等幫助過人族的大神，取締了對各類鬼神的祭祀，這一改革促進了族與族之間的融合。
顓頊在位七十八年，傳位于高辛，是為帝嚳。帝嚳生來就很有靈氣，他耳聰目明，可以了解遠處的情況，可以洞察細微的事理。他順應上天的意旨，了解下民之所急。
帝嚳治民，像雨水澆灌農田一樣不偏不倚，遍及天下，凡是日月照耀的地方，風雨所到的地方，沒有人不順從歸服。
帝嚳去世以後，其子摯繼承帝位，可是帝摯卻沒什麼突出的政績。帝摯九年，摯親率官員到唐將帝位禪于放勛，放勛繼帝位，帝號堯。
堯與百姓同甘共苦，發展農業，妥善處理各類政務，把天下治理得井井有條，受到百官與普通民眾的擁戴。
堯繼位之初，天文歷法還不完善，百姓經常耽誤農時，因此堯就祖織人員總結前人的經驗，根據日月的出沒、星辰的位次，制定歷法，謹慎地教給民眾從事生產的節令；根據日月星辰運行等天象和自然物候來推定時日，測定四季；又以月亮一周期為一月，太陽一周期為一年，一年定為三百六十六天，又用置閏月的辦法來校正春夏秋冬四季。
堯到年老時，听從眾人的推薦，把舜作為繼承人來培養，並把自己的兩個女兒娥皇和女英嫁給舜，考察舜的為人，並讓舜代替自己處理政事，借以觀察他做天子是否合天意。
帝堯後期，洪荒突發大水，人民苦不堪言，帝堯詢問一眾大臣道︰「湯湯洪水滔天，浩浩懷山襄陵，下民其憂，有能使治者？」
眾臣皆曰非鯀不可治，帝堯點頭應允，讓鯀去治理洪水。
鯀知道帝堯命自己治理水患後笑道︰「若欲治好水患卻是舉手之勞，堯實是大材小用。」眾人皆笑之
鯀自到任後便領著眾人開始治理水患，那鯀卻是只知堵不知疏，東邊有水便堵東邊，西邊有水便堵西邊，如此這般東堵西決。此堵彼溢，鯀忙碌了九年也不曾將水患治理。
最後舜代行天子之責，將鯀斬殺于羽山，以懲罰他沒有治理好水患，並接受眾人的建議，派鯀的兒子大禹繼續治理水患。
大禹在得到任命後，便立即與益和後稷一起視察河道，召集天下百姓前來協助。他檢討鯀失敗的原因，決定改革治水方法，變堵截為疏導，親自翻山越嶺，淌河過川，拿著工具，從西向東，一路測度地形的高低，樹立標桿，規劃水道。
大禹帶領民工走遍各地，逢山開山，遇窪築堤，要將洪水引入大海。禹為了治水，費盡腦筋，不怕勞苦，從來不敢休息，可大禹要面對的不僅是洪水和高山，更有伴隨大水而來各種精怪。
這一日，大禹治水來到了桐柏山附近，突然只見淮水上狂風大作，電閃雷鳴，淮水好像被一股不知名的力量驅使著，風浪大作。
片刻後，便見淮水之上一陣翻騰，一頭水怪浮了上來。只見那水怪面目像一頭巨猿，高達百丈左右，一雙厲爪泛著金光，口鼻中不時有腥水流出，污穢難聞，使人不敢靠近。這水怪卻正是那太古水猿無支祁。此猿善于變化，力敵九龍，且善于控水，據說控水之術比之共工也不差多少。
紫府洲內，「水」字大殿中，正在講道的沈醉突然微微一笑，自言自語道︰「赤尻馬猴現世，卻是合該做我弟子！」言罷對身下听道的孫袁吩咐道︰「孫袁！替師叔去桐柏山將你師弟帶來！」
袁覺聞言六耳微動，卻是早已發現了桐柏山上的赤尻馬猴，當下趕忙興奮道︰「弟子遵命！」言罷一個筋斗破空而去。
「水」字大殿中，沈醉尚未重新講道，便見女嬌的身前突然出現了一根鐵棒與一桿巨斧，接著便听悠悠一聲長嘆傳來，「女嬌的情劫到了！下山應劫吧！」
女嬌聞言深施一禮，「謝師祖指點！」言罷向沈醉與眾位師弟告辭，亦是向桐柏山而去。