在所有的部署都進入正軌之後，孔馳對用電報向所有的部隊發了明碼電報，正式編練新軍，改編軍隊。
在原先的五個團的基礎上，又增加了十個團的編制，並且合並為五個師，每個師所轄三個團和一個炮兵營，一個整編的騎兵連，並且將參謀制度正式的建立起來，並且將政教員改稱政治委員，成立專門的政訓處，處長有孔馳親自擔任。
所有的政治委員都是由孔馳在軍中親自挑選，親自培訓，全是忠誠，家業和家人與孔馳的命運息息相關的人物，包括一部分「孔大少爺」的親屬，親兵，長工，佃戶，以及投降過來的一部分清朝官吏。
政訓處組織建立在連上，設立政治委員制度，每個排有政治小組，班有基本的政訓員；營、團以上有政治委員會，全軍連級以上的政治委員全部由由孔馳直接領導，在整個軍隊確立了「政訓處指揮每個士兵」的原則。
在基層連隊建立士兵委員會的制度，由班長作為最基本的政訓員，隨即，部隊開始整編。
這基本上就是孔馳軍隊的組織開端。隨後，由孔馳所確立的建軍原則，在整合佟國威、吳良才等人的投降清軍武裝、原先五個團的正規軍隊，在花桓縣新招的新軍部隊總共近四萬人組成了孔馳的手中的新部隊。
正式成立了五個師的直屬正規軍，和一個師的宿衛力量，負責守衛大城市。
大帥（軍長）孔馳參謀長︰胡林副參謀長︰佟國威後勤裝備處長︰孫旺
五個正規師的編制如下︰
第一團，取消原本的番號和旗號，合並一部分清軍精銳降卒，再加上一部分原先的民兵組成。
師長︰孔全副師長︰李海參謀長︰李東海師政委︰孔東來（孔馳的堂弟）
下轄一團團長︰張義副團長︰郝順政委︰張萬龍（孔馳親兵出身，張大錘的小兒子）
二團團長︰王賀副團長︰江波政委︰高迎路（親兵）
三團團長︰趙棟副團長︰錢海政委︰萬異才（親兵）
第二團，取消原本的番號和旗號，合並一部分清軍精銳降卒，再加上一部分原先的軍警組成。
師長︰張仇副師長︰周校參謀長︰佟玉秀師政委︰孔義（孔馳的堂弟）
下轄一團團長︰郝東樓副團長︰李義全政委︰包理會（孔馳親兵出身）
二團團長︰盧明遠副團長︰羅達政委︰羅玉江（親兵）
三團團長︰錢萬順副團長︰林羅威政委︰鄭開印（親兵）
第三團，取消原本的番號和旗號，合並一部分清軍精銳降卒，再加上三千新兵組成。
師長︰耿石副師長︰劉喜奎參謀長︰朱顯華師政委︰孫運志
一團長︰田大榜二團長︰龍大海三團長︰萬喜（原軍醫隊隊長）
第四團，取消原本的番號和旗號，合並一部分清軍精銳降卒，加上三千新兵組成。
師長︰孫喜副師長︰王東（原炮兵一營營長）參謀長︰謝澤昊師政委︰魏昌齊（孔馳的親兵）
一團長︰朱萬能二團長︰崔茂友三團長︰凌世友
獨立團，取消原本的番號和旗號，合並一部分清軍精銳降卒，加上三千新兵組成。
師長︰李東光副師長︰徐晉參謀長︰王喜奎師政委︰李順波（孔馳的親兵）
一團長︰周金水二團長︰凌濤三團長︰莫懷義
軍警衛宿師︰師長︰錢華副師長︰李立高參謀長︰朱寶義（只是個名號，代表和天地會合作）
最後，孔馳還成立了一個情報部門，叫藍衣情報處，處長由徐媛媛擔任，當然也執行一部分暗殺和刺殺的活動。
孔家軍正式改編後，連以上的部隊都設立了政治委員會。
政治委員會的任務主要有四項︰一是參加軍隊管理；二是維持軍隊紀律；三是監督軍隊經濟；四是作士兵政治教育工作（主要是忠誠對象的教育）。
在軍隊中建立政治委員會，讓孔馳對于軍隊的管理更加的高效，以防止很多將領掌權久了做大。
在軍隊中實行政治委員的制度，實質上就是為了加強政訓處對軍隊的整合，有效實現孔馳對軍隊絕對領導。同時，特別注意了在班長、士兵中發展政訓員，這樣就和士兵的聯系便更加緊密了，大大加強了政治教育工作。
等一眾軍官結束培訓出來以後就會發現，整個軍隊大變樣，但是他們的作戰效率更高，一些在軍中上下其手的軍官此時也沒有辦法了。
這次軍隊的改編雖然很匆忙，但是卻是孔馳對後來發展的一個重要的步驟，幸好此時部隊的規模還算不上是很大，孔馳所佔的地盤也不多，人力物力資源基本上能夠自足，部隊也沒有出現軍心不齊，士兵嘩變的現象，但是孔馳認為自己做的一切都是應該的，如果不未雨綢繆，等到軍隊突變了以後，他能不能在這個時空立足還很難說。
整編後的軍隊無論是政治上，還是士兵的思想上面都有了很大的改變。
但是政訓處的作用遠遠不及于此，在軍事整編的同時，孔馳取消了錢華作為區長的職務，將他調入了衛宿部隊，就是為了在政權的組織上也要牢牢掌控。
當軍隊改編結束以後，在這個即將到達的新年前幾夜，政治改編也開始了，其實孔馳手中的政治委員大約有五百多名，軍隊只是佔了一半，還有近兩百人沒有立即分配。
這些人確實孔馳作為鞏固佔領區的政權組織力量，他決定有條件的開放一些職位讓仕紳和以前的官吏加入，但是完全要按照他的意願來行事。
現在只佔了三個府，十來個縣，但是此時新佔領的地方極其不穩，需要大量的保甲來鞏固鄉村的統治，但是對于數百個鄉村來說，保甲制度現在已經不怎麼實用，是該整合鄉村力量的時候了。
他可以在城市中將管理權讓給一部分仕紳官吏，這也是為了避免直接激化矛盾，但是在鄉村，必須要按孔馳的意願行事，孔馳不介意再次大開殺戒。
反正這麼多新兵的土地還沒有著落，這也是孔馳兌現的承諾之一，他現在就等著一些人跳出來了。
接著孔馳利用新年前的時間，叫孫旺組織了大約三千左右的新民兵加上軍警部隊，配合著選出來的基層政訓員浩浩蕩蕩的開進了各個鄉村，在準備在鄉村建立基層的政權組織，同時要發展鄉村政訓員，采用半軍事化的管理，強行取得鄉村的統治權，以後的事情再慢慢來吧。
做完這些事情，又花去了好幾天的時間，效果要等一段時間才能看到，孔馳準備回現代了，畢竟要過年了，自己離家近一年，沒有好好看過父母了，而且他也要在年後規劃一下自己在現時空的發展方向，順便帶李婷這個準兒媳回家看看，解決父母的擔心。
另外，花桓縣的家也要回去一趟了，那畢竟是自己在這個時空的歸宿，想必兩個美人對自己已經非常想念了吧，要不要把徐媛媛帶回去一起呢？孔馳此時腦子混亂了！