60年声名显赫的亚西福特家族（ashford)第六代继承人爱德华·亚西福特（edwardashford)和年轻贵族奥斯威尔·e·斯宾塞(oswellspenser)在进行古生物研究时从女王蚁的基因中发现一种古代病毒，病毒的特征立刻引起他们的震惊，这是一种能使生物体基因变异，丧失思想意识的病毒，同时他们也发现，被感染者会拥有极强的抵抗力和生命力，两人马上意识到将这种病毒用于军事上的巨大用途，于是将这种古代病毒命名为始祖病毒，始祖病毒母体样本诞生。79阅.
1963年由于研究病毒的需要，斯宾塞以未来公司的主管需要度假为借口，聘请当时著名的建筑师乔治.特利博尔（ybour)在美国西部浣熊市的阿克雷山区建造了内部构造复杂，机关重重的洋馆，四年之后即公元1967年秋，洋馆完工。为了独掌洋馆的构造和秘密，斯宾塞以答谢特利博尔花费5年的时间设计建造，特地邀请其全家来度假为借口，于1967年11月10日将特利博尔的妻子杰西卡(jessica)女儿丽沙(lisa)骗入洋馆，并被立即分别植入始祖病毒变异体type－a型与type－b型，成为第一例**实验对象。11月13日，特利博尔被胁持至洋馆，遭到软禁。11月16日，杰西卡因与病毒type－a型融合失败而遭受废弃处理，而丽沙成功与病毒type－b型融合，但却失去理智，并且袭击供应饮食的女研究员，剥下她的脸皮，套在自己的脸上。11月27日，特利博尔从被囚禁的密室里逃出，开始寻找妻女的下落与逃离洋馆的方法，当他发现洋馆的实际构造与他原本设计的不完全一样而无法逃出去时，于11月31日在绝望中死去。
1968年为了掩盖其研究目的，爱德华.亚西福特，奥斯威尔.e.斯宾塞，并同詹姆斯.马库斯（jamesmarcus）三人成立跨国企业安布雷拉公司（umbrella)，公司表面上为制药公司，财力雄厚而又等级森严，在不为人知的背后则秘密的进行病毒的研究和开发，其中马库斯也参与了病毒的一系列研究。而斯宾塞和马库斯却各有各自的想法。
由于找不到稳定病毒的办法，爱德华.亚西福特逐渐忽略打理公司的事物，这给了野心家斯宾塞以可乘之机，安布雷拉的大权逐渐落入斯宾塞手中。1971年，被研究员所敬仰的也是“t”病毒奠基者之一的爱德华.亚西福特去世。他的早以取得博士学位的儿子亚力山大.亚西福特为了复兴家族，在1970年建造了南极研究所，转而进行遗传基因方面的研究，因为其研究转向遗传基因，亚力山大顺利地使斯宾塞放松了对他的防备。在连续失败后他意识到自己智慧有限，为了重振家业，他提取了家族创始人维罗尼卡.亚西福特的基因，通过人工受精的方式制造出阿尔弗雷得.亚西福特和阿莱西亚.亚西福特兄妹，寄希望于培养出智力超常的后代。
此后几年，安布雷拉在世界各地陆续开始建造秘密研究所，进行基于始祖病毒和“t病毒”的各种b.o.w.（生化兵器）的开发。公司董事马库斯于1976年出任浣熊地区阿克雷研究所以及新建干部养成所的负责人。此前他一直秘密的独自开发新病毒，受到斯宾塞邀请担任阿克雷研究所兼干部养成所的所长，这正好给了他一个不受干扰的环境来进行病毒的研究。此后，斯宾塞表面上只允许病毒做赚钱的工具，而暗地里却关注着马库斯研究进程。1977年9月19日，在干部养成所，新病毒的研究终于有了成果，在将病毒与水蛭dna结合中，达到了马库斯所期望的突破，病毒被取名为“t病毒”（取自tyrant暴君的第一个字母）。为了能更完善病毒，马库斯决定放弃啮齿动物类作为研究体，改用象人类这样的哺乳类动物，必要时就以人作为实验体。11月15日，马库斯发现有人暗中调查他的研究，并想到是斯宾塞所为。1月31日，实验室的装置遭到破坏。1978年2月11日，实验室入口在遭到破坏。为了对抗斯宾塞，马库斯决定求助于他最信任的人也是他的得意弟子威廉.帕肯(willianbirkin)和阿尔伯特·威斯克，他要在下次的公司董事会上公布“t病毒”以取得主动权，却不想这加快了他死亡的进程。“t”病毒一公布，斯宾塞即想好了对付马库斯的办法，他指使威廉.帕肯和威斯克除掉马库斯。终于在1978年6月3日，马库斯在病毒研究中被闯进来的士兵开枪打死。临死前在微睁的双眼中看清了威廉.帕肯和威斯克正站在他的面前。马库斯的尸体没有被处理掉，而是就地放入水池中并冲入下水道，另人意想不到的是水蛭女王的病毒救了他，马库斯在不为人知的情况以十年的时间死而复生，成为一个与水蛭结合的生物体。
1978年7月31号，两个对事件产生重要影响的人物来到阿克雷研究所，18岁的全才阿尔贝特.威斯克和16岁的天才威廉.帕肯从关闭的干部培训所转来担任主研究员。在除掉马库斯后，威廉.帕肯和威斯克即开始接管“t”病毒的研究。当时帕肯一直致力于研究令人闻风丧胆的“伊波拉”（ebora)病毒，反而对始祖病毒到显得兴趣不大。“伊波拉”病毒的厉害之处人所共知，被感染者一星期之内就会死亡，而且死亡率90%，但是缺点也很明显。主要表现为三点，其一，在生物体外仅能生存数日，紫外线可以轻易杀死它。其二，是它杀死它宿主的速度。这种病毒杀死它的宿主如此之快以至于没有时间来感染其他人。其三是这种病毒是怎样传播的。这种病毒必须和人进行物理的接触才能传染，这样它就很容易被隔离。但是，如果被感染体在死去的情况下仍有行动的能力，那么它就可以不需外力的借助来传染其他生物体。死去，又能主动攻击传染。作为rna病毒的始祖病毒因其容易突发变异，正有此类特性。因此，就必须开发始祖病毒的变异株。这就是“t病毒”。威廉.帕肯对两种病毒的结合非常感兴趣。那个11年前的女性实验体，一直沉睡在阿克雷研究所，而威廉.帕肯和威斯克就将在“它”的体内进行各种“t”病毒的实验。
1981年夏天，年仅10岁的天才少女阿莱西亚大学毕业。7月27日，她以主任研究员的身份被安布雷拉分配到南极研究所。对于以16岁即成为主任研究员身份的威廉.帕肯来说，他的自豪和骄傲已变得所剩无几，阿莱西亚逐渐成为人们谈论的话题，这种强大的落差几乎使他发疯。在过去的3年中，“t”病毒研制已经完成，它能使大部分人感染成为丧尸，但也有10%的人可以免疫。当所有人觉得很满足时，斯宾塞却告诉他们他想要的武器能毁灭所有的人，即使不计预算也要开发一种**的生物武器，几乎每人知道斯宾塞的真实想法。威廉.帕肯考虑制造带病毒的有主动攻击意识的生物武器。但是阿莱西亚给威廉.帕肯刺激并没有消除，威廉.帕肯开始在实验体上疯狂的进行实验，这些实验体都是浣熊市的市民，不断有实验体死掉，又不断有新的实验体送来，只有那个女性实验体继续活着。
1983年2月17日，阿莱西亚的哥哥阿尔弗雷得在南极研究所的秘室中得知自己和妹妹的身世，开始憎恨父亲。
1983年3月，阿莱西亚的父亲亚力山大的南极秘密运输基地完工。
1983年3月3日，阿莱西亚将始祖病毒与蚁后基因相结合制造出“veronica－virus”病毒在阿尔弗雷得帮助下以自己的父亲为实验体植入体内。
1983年4月22日“veronicavirus”人体实验宣告失败，亚历山大·亚西福特化为危险的怪物－诺斯拉图，监禁于南极运输基地的地下单人牢房中。
为了掌握“veronicavirus”的惊人潜力，阿莱西亚.亚西福特决定将“veronicavirus”植入体内，并利用冷冻方式延缓病毒变异造成的智力退化。由此阿莱西亚进入长达十多年的沉睡。阿尔弗雷得回到rockfort岛出任rockfort军事训练所司令。不久他开始出现恋妹情结，并时时呈现人格分裂的状况。有关veronica的研究也终止。
1983年12月31日，从南极研究所传来感染事故致使阿莱西亚死亡的消息。随着阿莱西亚的死去，威廉.帕肯恢复了正常。这时，威斯克开始思考研究以外的问题。他对于斯宾塞的想法，并不比研究病毒容易多少。“t病毒”可以感染任何生物，还有植物，而研究所设在密林里，好像有着醉翁之意不在酒的意味。探究斯宾塞的真正目的，成了比研究病毒更为严重的事情。这就必须掌握足够的情报。从这时开始，威斯克想好了计划，并寻找机会，他要月兑离安布雷拉。
5年时间过去了，这难得的5年，什么事也没发生，大家似乎都在等待着什么。1988年1月，michaelesis”消失了，这是他们万万没想到的。威廉.帕肯认为在她体内一定有什么东西没发现，他要把它找出来。
1991年，威廉.帕肯向公司提出“g病毒”计划，，得到斯宾塞的同意。可以说，威廉.帕肯个人已经决定暂缓“t病毒”的研究，把主要精力转向“g病毒”，因为，“g病毒”是他自己找出来的并开发的，他是“g病毒”之父，“g病毒”一但研制成功，他可以要他想要的东西，而只要是更厉害的新病毒，斯宾塞就批准开发。“t病毒”的研究还在继续，“g病毒”才开始起步，但威廉.帕肯对它充满了信心。“g病毒”是在那个女性实验体内分离出来的，从一开始她被注射始祖病毒，以至后来在她体内进行实验的各种病毒都在不断的变化着，令人惊奇的是，这些病毒全部融合，宿主因此也一直活着，这么多年来的存留，在别人5分钟就承受不了的“nemesis”病毒，在她体内便轻易的吸收了。“g病毒”是好是坏，意见并不统一。“g病毒”的特性是能自发变异，基因的变异，宿主身体结构组织的变异，也就是宿主从里到外不需要外在条件就能改变原先的形态结构和细胞组织，至于会变成什么样，则是无法估计，这也是让人担心的一点。威斯克早已经不在关心病毒，这些早就超出了他的能力范围，他更想做一个象斯宾塞那样的背后首脑，并且掌控着一切，可是他连斯宾塞的想法都不知道。他意识到，在斯宾塞的手底下，永远不会知道事情的真相。这一年，他终于等到了机会，他争取到安布雷拉要派人在警局卧底的人选，进入浣熊市警局。
1992年，保护伞公司正式进驻浣熊市。在保护伞公司的经济援助之下，浣熊市开始大幅重建和更新，发展迅速，保护伞公司遂成为浣熊市的经济支柱。威廉.帕肯也在浣熊市的巨大底下研究所开发“g病毒”。
1993年开始，浣熊市警察署长布来恩.艾隆斯（brianirons）陆续收受安布雷拉大量贿赂，帮助其掩盖不道德行为，城市开始时常出现人口失踪。失踪人口皆为安布雷拉所绑架并用于**研究。
1995年7月31日，威斯克和威廉.帕肯再次来到伴随他们成长的阿克雷研究所。这里曾是病毒研究的最高级场所，有过大家汇聚一堂的工作在一起的热闹景象，也记载着无数病毒的成果，“t病毒”就是从这里被研制成功的。这里多多少少显的有些冷清。这个研究所给了他们很多的回忆，无论如何，他们对研究所是有点感情的，至少威斯克是这样的。斯宾塞已经很少出现在这里了，威斯克猜想斯宾塞好像预测到这里要发生什么事。新来一位研究主任，叫约翰（john）,从芝加哥的研究所来，是个老实正直的人，好像和安布雷拉的用人标准不太一样。他一来就不断想改善这里的残酷的研究方式，而且还向上级提出意见。威斯克怀疑他在泄露研究资料。那个“她”（lisa）在吸收“nemesis”后，又开始撕其他女性的脸皮了。为不使机密泄露，威斯克和威廉.帕肯决定要销毁那个女性实验体——“她”(lisa)已经没有在利用的价值了。经过3天的生命停止反映的确定后，她被运到森林里的一个小屋中，那里也存放着“她”母亲的棺材。g病毒
1996年，一度陷入危机，面临解散的特殊战术及救援特勤部队s.t.a.r.s（specialtacticsandrescueservice）在浣熊市开始招募队员，由威斯克领导。
1997年夏天，浣熊市警察署搬迁至一所空艺术馆内，其间艾隆斯收受保护伞公司供的大量艺术品。
至此，浣熊市实际上已成为保护伞制药公司的附庸，城市的大部分属于保护伞公司的研究设施，经济完全依赖保护伞公司，地下更有规模宏大的保护伞公司秘密研究设施和处理工厂。
1998年5月，1978年死于安布雷拉内部斗争的马库斯博士的尸体在水蛭女王和“t病毒”的影响下，在漫长的岁月里逐渐获得重生，1998年5月，以雌雄同体的水蛭人的身份恢复意识，随即开始利用体内的病毒和召唤水蛭的特殊能力实行他报复保护伞公司的计划。
1998年5月11日，在他的破坏下，阿克雷研究所，干部养成所，浣熊市地下处理场，等地相继发生病毒泄露事故。不久，这些设施内的工作人员和实验生物相继被病毒感染，事态渐至无法控制。阿克雷研究所主任约翰被感染死亡。
1998年5月14日浣熊市废弃物处理场处理系统完成。该系统使用特殊瓦斯、化学溶剂与焚化炉，将各研究设施中所产生的废弃物与b.o.w.实验体细胞进行分解销毁的废弃处理。
1998年5月20日，阿克雷山区出现第一例生化怪物攻击人类事件
1998年5月21日安布雷拉企业的研究员于‘娱乐科学’杂志上发表医学论文。该论文提及于拉昆市郊亚克雷山区中所发现，属于同一种的三类新型药草。由于尚未对其学名与正式名称进行命名，故依其标本颜色分别叫做‘绿色药草’‘红色药草’与‘蓝色药草’
1998年5月27日浣熊市时报对于年轻女性被猛兽攻击致死之事件以头条加以报导。
1998年5月中旬浣熊市郊的阿克雷山区附近，连续发生离奇的杀人事件，不少民众在山区附近受到不知名生物的袭击，因而丧失性命。期间相继传出目击犬型怪物的事件。
1998年6月初，位于浣熊市公园内的秘密实验体销毁场因为研究所运来的尸体数急剧增长，而无法以正常方式处理尸体。6月16日大规模生化怪物出没于山区。
1998年6月30日，瑞贝卡·查姆博斯（rebeccachambers）以实地医护人员的身份加入－s.t.a.r.s－布拉瓦小组。
1998年7月9日警方封锁部分森林，并考虑派遣特别对策部队s.t.a.r.s进入山区。至7月中旬，实验体销毁工厂已无法处理数量巨大的尸体，工人们因此被迫暴露在病毒之下工作，部分员工开始呈现被感染症状。同时，安布雷拉公共卫生部常务理事接到总部特别委员会的灾害传真，委员会认为浣熊市病毒泄露事故可能已经无法控制，该委员会决定严守秘密实验，并防止s.t.a.r.s布拉瓦小组和州警介入。
1998年7月22日，合众国海军特种部队少尉比利.科恩（billycoen）因被指控在1997年非洲执行任务过程中枪杀23人，而被军事法庭判处死刑，经由阿克雷山区押送至lexson基地执行。数小时后，押送车辆在阿克雷山区遭受不明怪物攻击，押送人员死亡，比利下落不明。
1998年7月22日为了避免机密外泄，因此安布雷拉隐藏了情报，企图私下解决此一事件。同时为了进行b.o.w的实战能力测验，便透过安布雷拉干部威斯克的安排，引诱s.t.a.r.s.部队进入灾害地区。
1998年7月23日，马库斯博士的复仇计划开始。当天20:00，他指挥水蛭袭击了保护伞公司途经阿克雷山区的列车，成千上万的水蛭落在列车的玻璃上，瞬时冲碎玻璃，车内惨不忍睹。
2小时后，为了解决阿克雷山区的连续杀人事件，浣熊市警局特殊部队s.t.a.r.s的布拉瓦小队，乘坐直升机出动前往阿克雷山区进行调查。但是出发后没多久，布拉瓦小队乘坐的飞机遭受不明武器的袭击坠落，并和浣熊市警局总部失去了联络。布拉瓦小队成员:爱得华·杜威(ed队员把列车开走并装毁它，列车一头撞向封闭的隧道。瑞贝卡和比利从列车里逃了出来，却发现这里是干部培训所。这时，马库斯通过监视器告诉威斯克和威廉.帕肯说要进行报复，威斯克和威廉.帕肯意识到安布雷拉将大势已去，月兑离安布雷拉的时机已经成熟。两人商量着对策，威廉.帕肯说“t病毒”接近完成，剩下的就是“g病毒”的强化工作，而威斯克则要按原计划把s.t.a.r.s引到洋馆，于是两人离开了干部培训所。
瑞贝卡和比利在干部培训所里遇到重重困难，但在两人齐心协力下一一排除，其间比利还救过瑞贝卡，瑞贝卡发现比利并不象报告上所说的那样凶残，便问起比利是否真的杀了23个人。比利说那是在一次执行非洲内战的任务，他们在行进途中死伤惨重，由于情报的错误，到达目的地时，发现并没有敌人，付出了这么大的代价，为了有所交代，队长命令他向平民开枪，至于他有没有开枪，他却不愿说起。两人继续分头行动，瑞贝卡消灭掉一个暴君试作型，并和比利来到一个步满了水蛭的大房间。原来马库斯正在等着他们，马库斯说要把世界变得充满仇恨，两人经过默契的配合，最终彻底消灭了马库斯。在把干部培训所炸掉后，他们来到山崖边。在山涯下看到恩里克队长所说的汇合点，原来是个洋馆。瑞贝卡说不会在报告中提起比利，比利心理非常感激，两人在山涯上互相敬礼道别，瑞贝卡径向洋馆而去。布拉瓦小队除瑞贝卡和恩里克队长外，爱得华.杜威确认死亡，其余3人也转移到洋馆。s.t.a.r.s
s.t.a.r.s－布拉瓦小队失去联络已达24小时，间谍威斯克以支援布拉瓦小队为由，率领阿尔法小队进入阿克雷山区计划通过阿尔法小队的实战收集各种b.o.w数据。阿尔法小队成员：阿尔伯特·威斯克（albertwesker）38岁，s.t.a.r.s直接领导者，队长。巴瑞.博顿（barryburton）38岁，武器专家。约瑟夫.佛特斯（josephfrost）负责对中的整备工作。克里斯.雷德菲尔德（chrisredfield）25岁，原美国空军所属的王牌飞行员。吉尔.瓦伦蒂安（jillvalentine），炸弹专家。布拉德.威克斯（bradvickersvalentine），35岁，负责队中的技术保障，兼直升机机师。
当阿尔法小队降落到地面展开调查之际，突然遭到两个感染病毒的实验用狗的攻击，约瑟夫.佛特斯不幸殉职，幸存队员进入arkray洋馆躲避，发现这是一个到处充满变异生物体的场所。之后，威斯克射杀了了解真相的布拉瓦小队队长恩里克，并以巴瑞的妻女为要挟听令于他。克里斯在研究所内找到深受中重伤布拉瓦小队成员理查德.艾肯，理查德为救克里斯被大蛇吃掉，克里斯中毒，被瑞贝卡所救。吉尔来到森林的小屋中，遇上了女性实验体，正巧巴瑞也在一口棺材旁，巴瑞鬼鬼祟祟的举动引起吉尔的怀疑，巴瑞要吉尔相信他，吉尔犹豫不决，这时女性实验体lisa苏醒向他们攻击，吉尔最终还是相信了巴瑞，两人共同对付女性实验体lisa，当那口棺材被打开后，女性实验体悲鸣着跳入山崖，结束了她凄凄又惨惨的一生。吉尔和巴瑞经过深入调查，来到实验室，看见威斯克正在操作电脑，巴瑞突然用枪指着吉尔，威斯克告诉吉尔巴瑞的妻女都在他的手上，巴瑞只能听他的。吉尔这才知道威斯克是安布雷拉的人，威斯克拿起枪要解决掉吉尔，关键时刻还是巴瑞的正义感救了吉尔。威斯克马上操作电脑，一个巨大容器内的液体满满退去，一点一点的显出一个3米高的人型怪物。这是“tyrant（暴君）”完成体。皮肤灰白，肌肉强健，身型巨大，有锋利的巨爪，最显著的特征是它的心脏在外边。一切都在威斯克的预想中进行，他已经服用了威廉.帕肯给他的药物，只要让“tyrant”杀掉他，就可以给保护伞公司他已经死亡的假象，而他活过来时，就可以效忠保护伞公司的敌对公司h.c.f了。当tyrant从容器里出来时，威斯克所要做的就是被杀，没有比这更容易的了，成功前竟是这么的轻而易举，使他几乎兴奋着面对“死亡”。“tyrant”一爪子捅进了威斯克的体内，威斯克觉得真的很痛，不过没关系，他只要在地上睡一会就好了。而s.t.a.r.s成功毁灭“tyrant”，甚至炸毁研究所，却是威斯克万万没有想到的，这两样都是他献给新主人的礼物。因此他恨透了克里斯等人。“tyrant”干掉了威斯克，转而向巴瑞，巴瑞躲闪不及，被打晕，剩下吉尔了，她全力以赴与“tyrant”战斗，“tyrant”被打倒。临走时，发现一份“g病毒”记录。事不遗迟，吉尔等人迅速撤离研究所。“tyrant”二次来袭，吉尔用火箭筒将其打碎。4人乘坐布拉德.威克斯的飞机逃离。s.t.a.r.s部队幸存人员名单：克里斯.雷德菲尔德，吉尔.瓦伦蒂安，巴瑞.博顿，瑞贝卡.查姆博斯，布拉德.威克斯。死亡名单：爱得华.杜威，恩里克.马里尼，福特斯.斯拜尔,肯尼恩.j.苏利文,理查德.艾肯,约瑟夫.佛特斯.
话外音；保护伞公司研究员费雷德里克。道恩生化危机：恶化反派角色在浣熊市生化危机前从保护伞公司地下实验室偸走t病毒和g病毒，并成功消除自己在保护伞公司工作的记录，成为威尔制药的首席研究员。
1998年9月29日，保护伞公司研究员威廉.帕肯为了保护自己的杰作g病毒与保护伞公司的特种部队在保护伞公司地下研究所发生混战，混战中威廉.帕肯身受重伤，g病毒被保护伞公司的特种部队抢走。威廉.帕肯在临死前给自己注射了g病毒，复活后的威廉.帕肯消灭了保护伞公司的特种部队，混战中t病毒和g病毒泄漏液体被老鼠吞食，保护伞公司的特种部队只有死神汉克幸存。被携带t病毒的老鼠迅速感染了几乎所有的浣熊市的市民，造成‘浣熊市生化危机事件"。(这里编者出现了错误。在生化危机3中，浣熊市已经全城感染病毒，官方记载是9月28日。而以t病毒的传播速度及相关的逻辑发展来看，从泄露到爆发至少需要两个星期的时间，因此汉克抢病毒的时间不会早于9月15日)
1998年9月29日以优异成绩毕业的警官里昂·斯科特·肯尼迪（leonskennedy）来到浣熊市，然而他遇到的是无数的丧尸；此时克里斯的妹妹克莱尔·瑞德菲尔德(claireredfield)，也为了寻找哥哥的下落而来到浣熊市。里昂与克莱尔在怪物蔓延的城市里相遇，并共同努力找寻逃离这座死亡之城的方法，在警察署,克莱尔从哥哥克里斯的日记中得知他为了不使自己担心，瞒着她已经只身前往欧洲调查安布雷拉。在警局二楼看见一个小女孩被丧尸追赶。两人决定分头行动，由克莱尔寻找小女孩。在一个停车厂里，里昂遇见了艾达，里昂以为艾达是一个被困普通女子，便和她一起逃离，但他发现艾达有时擅自行动，并要她一定要跟着自己走。又走了一会，里昂看见一个金发女子，金发女子一见转身就跑，里昂和艾达追了上去，不料金发女子却开抢向他们射击，里昂为救艾达受了伤。艾达只好一个人追，在一间阴森森的小屋里，金发女子趁艾达不注意，把她的枪打掉，金发女子告诉艾达，她是威廉.帕肯的妻子安耐特.帕肯，她向艾达讲述了威廉成为怪物的经过，她要救回自己的丈夫，为了不使别人妨碍，安耐特要杀艾达灭口。两人在打斗中，艾达将安耐特推下了楼梯。
克莱尔一路打死了各种的变异生物，发现在一条走廊的尽头的一个秘室，警局局长艾隆斯正躲在里面。令人意想不到的是，在艾恩斯的艺术品收藏室里克莱尔找到了那个小女孩，威廉.帕肯和妻子安耐特.帕肯的女儿——雪利尔，她的母亲告诉她来警察局比较安全。雪利尔告诉克莱尔有一种比丧尸大得多的怪物正朝这里来。她并不知道，大怪物正是自己父亲。“g”基于生物的本能，为了寻找最好的遗传体，也就是威廉.柏金的亲生女儿雪莉，因而不断袭击接近雪莉的人。克莱尔回到局长办公室，发现已经空无一人了。克莱尔在椅子上找到了局长的日记。原来由于他与安布雷拉的交易破裂而气急败坏，他想让镇上所有的人都变成丧尸来满足他杀人的**。为此，他在丧尸进攻警察局之前破坏了通讯系统，分散了武器，使警员的救援行动被极大地延误。之后，他又封锁了可能逃出浣熊市的每个出口。在9月26日，他烧死了几名幸存者，并杀死了秘书安迪。以上的种种都表明艾恩斯已经疯了！在地下垃圾厂，雪莉听见父亲的声音，却并没有找到他。地下室里，一个怪物将一生物塞进了局长的口里！克莱尔冲了进去，想除掉那个怪物，却被局长用枪指住。但是，刚才被塞到口里的那个生物迅速成长起来，穿破了艾隆斯的胸膛。克莱尔与雪利尔爬进通向下水道的路时，那个巨大的怪物也就是威廉.帕肯从她们头顶上的走廊经过，雪莉失足落入了下水道的二层。在那里，威廉.帕肯终于找到雪莉。在她昏迷时给雪莉感染上了“g病毒”，于是离去。
克莱尔在寻找雪利尔途中，巧遇雪利尔的母亲安耐特，当她得知克莱尔在一直帮助雪利尔的时候，向克莱尔讲述了灾难的经过，这时，从远处传来了雪利尔的一声尖叫，两人急忙分头寻找，在隧道里，克莱尔找到昏迷的雪利尔。克莱尔一路保护着雪利尔，达到一个车厢内，雪莉感到不舒服，克莱尔感到事情不妙。就在这时，那只人形怪物——威廉出现了，经过艰苦的打斗，怪物被成功地击倒了。
艾达和里昂早先也与威廉战斗过，艾达受伤，里昂将她安置好，一个人先打探出路。返回时艾达已经不见了。里昂继续前进，不巧又碰见了安耐特，安耐特以为里昂是安布雷拉的间谍，还告诉里昂那个叫艾达的女子以找男朋友为借口，其实她也是间谍！里昂不相信。安耐特为报仇，要杀里昂，突然屋子上方的一阵震动将几个大铁管子震了下来，安耐特被砸昏了。里昂从她身上找到了使全镇人疯狂的“g病毒”。里昂乘坐那里的高速列车准备离开这里，但这时艾达出现，并要里昂交出“g病毒”，原来她果真是间谍！里昂不肯，两人这样僵持着。最后，艾达屈服了，放下了手里的枪。就在他们准备利用地下研究所逃生列车离开浣熊市的时候，安布雷拉空投下来的一个tyrant（暴君·改t－002型）出现在里昂面前，为了掩护里昂，艾达被tyrant杀死，翻身掉下铁桥，研究所自毁装置也因tyrant对艾达的致命一击而启动。里昂消灭了tyrant，伤心之极，拿出那支“g病毒”，将它抛向了空中。不久，“g病毒”被幸存者汉克找到，并成功收回。
过了一段时间，安耐特又在别处遇见克莱尔。她想使用研制成功的疫苗将自己的丈夫变回人类。但是，由于威廉已经失去了人性，安耐特被威廉变异的手指杀死。克莱尔从安耐特的手里拿到了疫苗合成方法，于是决定为雪利尔配一支。在撤离途中，大怪物——威廉不依不饶，一定要干掉与靠近雪利尔的人，他从g1变到g3形态，最终还是被克莱尔轰倒。在同时，里昂找到了逃出基地的火车，在和暴君最终形态单挑时，艾达的身影出现并给他扔下一枚救命火箭筒结束了这场战斗。里昂，克莱尔，雪莉乘上火车，却被变异的威廉困在车上，最终火车爆炸，三人逃出了研究所。克莱尔的下一步是去找哥哥。
前s.t.a.r.s成员布拉德.威克斯在城市里被追踪者所杀。
另一边，吉尔正被追踪者（tyrant－203型化学武器）追杀，并遇到安布雷拉公司的生化危机特别应变部队的卡洛斯（carlosoliveira），幸存人员还有米克鲁（michaelvictor）45岁，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队bb小队队长。过去曾任kgb（俄国某调查局，类似美国的fbi）组织的领导人。尼古拉（nicholaiginovaef）35岁，u.b.c.s士兵，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队b小队b分队的佣兵。尼古拉行踪不明。三人刚将电车开走，追踪者鬼使神差般出现在电车里，米克鲁拿出炸弹与其同归于尽。电车在钟楼外停下来，追踪者复活又出现，吉尔和卡洛斯与追踪者展开殊死搏斗，怪物因受伤过度倒在火海中，而吉尔也负了重伤。卡洛斯上附近大医院取药，凑巧尼古拉也在里面。而且的尼古拉身份在此暴露，实际上他是个监视员。卡罗斯回去医好吉尔，为调查尼古拉，他先行离开。吉尔刚出门和追踪者又是一番激战，追踪者又被打倒。在安布雷拉驻当地的作战室，吉尔与尼古拉相遇，尼古拉说他只是为雇主收集生物兵器的战斗数据。1998年10月1日，美国政府为了杜绝所有的后患，将以核弹对浣熊市进行彻底消毒。卡洛斯找到吉尔告诉她军方将在明天炸毁这个城市。在废品处理厂，吉尔又一次打倒了追踪者。在控制室里，吉尔又干掉了尼古拉。在控制室的地面打开了一条逃生通道，追踪者从通风口里又拦住吉尔，而且变成了个爬行动物，吉尔利用离子炮将它完全轰碎。外边，巴瑞开着直生飞机在等着他们，吉尔和卡洛斯上了飞机，一枚导弹从身旁掠过，接着背后是浣熊市被炸后的一片火海。
进入浣熊市的美军在与生化怪物的战斗中遭受严重损失，最后在实验体销毁工厂消灭五具tyrant之后匆忙撤退，并于10月初投放核弹毁灭整个浣熊市，10万人在此役中死亡。史称浣熊市生化危机事件。
原先已确认死亡的艾达，在投靠至‘f.c.h’的前任s.t.a.r.s.队长威斯克的救助下复活，威斯克从威廉身上得到“g病毒”，艾达在暗中给予里昂和克莱尔协助之后，与威斯卡一起逃出拉昆市。
1998年10月上旬在欧洲传来了有人见到艾达的消息，但随后目击证人去向不明。
1998年10月9日席那岛监狱的年轻囚犯计划集体越狱。
1998年10月10日席那岛监狱发生囚犯企图夺枪集体越狱事件，席那岛司令官宾赛德下令将逃犯全数射杀。
1998年10月11日宾赛德命令席那岛监狱长，命令将囚犯就地全数处决，以‘集体自杀’的方式向保护伞公司高层汇报。
1998年10月中旬美国中央情报局和里昂取得联系，以雪利与里昂的性命作要胁，迫使里昂接受了情报局所交付的秘密任务。里昂暂时待在cia工作并进行调查，但是cia是否有其它目的并不明朗。
1998年11月初接受好友里昂的委托，亚克潜入安布雷拉席那岛监狱进行调查。
1998年11月22日宾赛德将“t病毒”散播到席那岛的街道上，并且伪装成发生意外事故。
1998年11月23日席那岛全岛已经笼罩在“t病毒”所引起的生化危机之下。
1998年11月24日亚克企图从席那岛逃离时，搭乘的直升机被安布雷拉职员击落，因为强烈冲击而丧失记忆。在寻找恢复记忆的线索与逃生方法时，遇到席那岛上的生化灾害幸存者－－年仅十二岁的少年洛特·克莱(lott·klein)与洛特的妹妹－－莉莉·克莱(lilyklein)1998年11月25日宾赛德唤醒‘超级暴君’企图将亚克灭口，却反被‘超级暴君’所杀。亚克成功地将‘超级暴君’打倒，带著洛特与莉莉从席那岛逃出，席那岛上的研究设施也因为宾赛德启动自爆装置而全数毁灭。
事件后里昂加入反保护伞公司地下组织，不久便前往欧洲进行**调查，吉尔和克莱尔也各自前往欧洲寻找克里斯。雪利原为政府有关机构收养，下落不明。
1998年12月12日为了寻找克里斯而侵入安布雷拉巴黎研究所的克莱尔遭到逮捕并送往位于南太平洋的洛克福特岛（rockfortisland）军事训练所监禁
1998年12月22日克莱尔被移送洛克福岛监狱。
1998年12月27日，谜之组织h.c.f得知阿莱西亚与“t－veronica”病毒出现在洛克福岛，派遣威斯克率领特种部队轰炸该岛，以夺取“t－veronica”。特种部队轰炸过程中病毒泄漏，造成‘洛克福岛生化危机事件"。
克莱尔借机逃出监狱，并与年轻犯人史蒂夫（steve）相遇。史蒂夫是一个不太相信人，更不愿与人合作的人，即使救了他，他也显得很冷淡，仍然一个人行动。在大厅里，亚力山大.亚西福特之子阿尔弗雷得.亚西福特扮成妹妹阿莱西亚.亚西福特的模样开枪射击克莱尔，阿尔弗雷得误以为克莱尔是袭击他的基地的人。在另一个地方，史蒂夫突然出现投桃报李，救了克莱尔一回，还和克莱尔开着玩笑，现出他可爱的一面。史蒂夫更为救克莱尔忍痛杀死了因感染病毒而变成丧尸的父亲。克莱尔由此得知，史蒂夫之父原来是一位保护伞公司的小职员，因泄露公司机密而全家被捕，母亲也被当场杀死。在大堂里，克莱尔听见阿莱西亚和哥哥在谈话，其实这是典型的阿尔弗雷得人格分裂，一个人假扮两个人。阿尔弗雷得的寝室里，阿尔弗雷得又扮成妹妹阿莱西亚的模样向克莱尔开枪，这时又是史蒂夫突然出现解了围。而且还查出这是阿尔弗雷得的双重人格在做怪。阿尔弗雷得气急败坏，启动自爆装置，要炸掉基地。同时，他放出汉克早先运送过来的“tyrant”，去杀死克莱尔和史蒂夫。克莱尔和史蒂夫乘坐水上飞机离开洛克福岛，却被随后驾驶鹞式战斗机离岛的阿尔弗雷得遥控操纵水上飞机飞向南极。此时tyrant出现在飞机货舱内。克莱尔将tyrant打下飞机，却因为无法改变航向而与史蒂夫双双来到南极。这里正是亚力山大.亚西福特1970年建造的南极研究所。随后，史蒂夫打伤了阿尔弗雷得，阿尔弗雷得离死也不远了。克莱尔和史蒂夫试图坐雪车逃走，却看见一个紫色的背后长着触手的可怕的怪物，这个怪物就是阿尔弗雷和阿莱西亚的父亲亚历山大。阿尔弗雷得换醒了在容器里沉睡的妹妹阿莱西亚，随后也死去了。克莱尔和史蒂夫消灭了那个亚历山大后，在坐货车时，被一只大触手掀翻，失去知觉。
在收到了里昂的通知后，克里斯则为了救出克莱尔，也前往洛克福特岛。威斯克正在寻找阿莱西亚与“t－veronica”，正碰见克里斯，克里斯惊异于威斯克的复生，也发现他有了超越人的力量和速度。威斯克正要报仇，在监视器里看到阿莱西亚的讲话，丢下克里斯便去找她了。克里斯也跟着来到南极，救了克莱尔。克莱尔得救后去寻找史蒂夫，却想不到史蒂夫被注射了病毒，他变成了怪物，疯狂的攻击克莱尔，在关键时刻，凭着对克莱尔的爱，使自己恢复了理智，变回原形，死在克莱尔的怀里。
威斯克找到阿莱西亚，要她交出她体内的“t病毒”，阿莱西亚冷笑着，变成个美貌与力量并存的人，只一手，就能把威斯克打败。威斯克见无取胜的机会，逃跑了，阿莱西亚接着要取克里斯的性命，但没能成功。克里斯和克莱尔逃到出口处，正要离开，阿莱西亚又拦住去路，这回变成个丑陋的飞行怪物，克里斯用线性炮将她消灭。克里斯引爆了南极研究所，兄妹俩驾机离开，威斯克则带走了感染“t－veronica”病毒的史帝夫的遗体。以h.c.f的实力，让死人复活应该不是问题。
保护伞公司在世界各地的分支机构。可以确认的有，浣熊市分部（已毁），法国巴黎分部，欧洲席那岛分部，南美洲洛克福特岛分部。
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