巨人在混沌之中创造了世界，作为众神的始祖，他的名字叫盘古。在遥远的神话时代，众神坚守着各自的荣耀与傲慢，频繁进行着斗争。最后的胜利者是自称“昊天上帝”的神明，他统治天界的神国。在地面上，女神女娲用自己的血肉创造了人类。与女娲共生的大神伏羲将自己的智慧赋予了这个新生的种族。
然而这个种族比神明更加好战，炎帝神农氏统治之时，人类部落的战争愈演愈烈。在战争中迅速崛起的华夏族首领公孙氏，人称轩辕的圣者，带领部落战胜了神农，成为了人类的新领袖——黄帝。距今约4600到5000年前的九州大地上，曾发生过一场人、神、魔之间的决战。人皇轩辕黄帝率领着华夏一族，与神明签订了永久的契约。神明们认可了华夏族，赋予他们神奇的力量——轩辕剑。借用神器的力量，华夏族最终战胜了魔神蚩尤为首的九黎一族｀，成为了这个世界新的主人。但轩辕却在思考：人类应该被神明所支配吗？而由盘古元神化成的三位真神——老子、原始、通天，也同样争论着人类的未来，三位真神的讨论持续了千万年。直到由神灵直接参与的封神之战爆发。强者们引起的新斗争的不断扩大，古神鸿钧在世界之外旁观。他趁机将众多神明骗到混沌的结界之外，封印了众神；但是神明的血脉却留在了地球上，成为被称为神器的力量。很自然，不甘失败的神明想借助拥有神器的人们的帮助重新回归世界。转眼间，数千年的时光逝去。人类逐渐遗忘了上古时代所签订的神契，在众神早已离开的现代，发展着自己的科技文明……然而，千年前的契约随着华夏一族的血脉流传了下来，当神器再次在体内觉醒的时候，便是众神回归力量与意志的时刻，也是人类成为“初子”，被烙上神之奴隶的刻印的时刻。破除这奴役锁链的关键钥匙，掌握在一名少年手中，破坏与无序，他是混沌之子——华炼！
九黎——继承蚩尤血统的后代存活了下来，有些异变为妖魔，生生不息地繁衍着，威胁着整个世界。拥有洪荒神器昊天塔的昊天以及拥有“钥匙”的华炼接管了一个名为“影”的初子组织并更名为九州，下设圣尊，五大祭祀，十八神将的等级制度，并自诩为圣主及圣子，目的是集齐十大神器迎接众神的到来，净化这被西方十字教把持的世界。在一次战斗中，圣子华炼无意间发现了被九黎封印的少女夏绫，从此开启了她的第二次生命……一年以后，拥有十大神器之首——盘古斧的夏绫战果累累，并被圣主昊天封为尽次于圣主，圣子之下的圣女，并与圣子华炼在战斗中萌生了情感终于，残酷的战争结束了，九黎被彻底击败！然而视九州为眼中钉的以罗马正教为首的十字教趁九州众人在外征战袭击了九州的老家——九重增城。圣主昊天命众将回援，不了中了十字教的调虎离山之计，数位十字教的圣人与神之右席围攻殿后的圣主，圣子和圣女三人。经过一番残酷的战斗，圣主昊天阵亡，圣女夏绫为保护没有战斗能力的华炼中了前方之风的天罚术式而死。伤心与愤怒集于一身的华炼对自己使用了钥匙，解放了自己灵魂内本不应该有的第二件神器——混沌锁。击退了围攻的十字教众人，怀着对夏绫的执着，华炼为了寻找复活夏绫的方法带着夏绫的遗体离开了九州。失去了三圣的九州人心惶惶，圣尊东皇太一，凭借自己强大的神器东皇钟打退了十字教的进攻，接过乱成一团的九州，此战役三圣尽数失去，十八神将战死六位实力最强的，包括实力不亚于十大神器的十八神将之首善将，东皇太一带领九州开始蛰伏，握有圣主昊天尸体的九州在学园都市的发起下，开始了天魂移植实验的研究，希望借此让昊天塔重回人间，并以成功后将昊天塔的初子作为人质为条件，换取与学园都市的战略结盟，修身养息。