相较于左右两路官军的进展，唯有丁启睿走中路长江逆流而上这支人马，却在出九江之后，进展很不顺利，刑天军水军都统杨昆山此时已经亲自赶到了鄂州坐镇，两个战船营也加强了力量，分别陈驻于黄州和鄂州长江两岸，死死的扼守住了长江，在丁启睿挥师开始逆江而上的时候，大批官府战船刚出九江府，便开始在长江上遭遇到了刑天军水营的阻击。
刑天军水营虽然战船不如官军水师多，也没有官军水师的船只坚固，但是贵在这些水营兵将们都很骁勇，两军在长江上一交手，官军便开始连吃败仗，半个月时间便损失战船数十条，兵将数千人之多，而刑天军这边虽然也损失了不少船只兵力，但是却远比官军那边的要少许多，使得官军水军始终无法突破鄂州和黄州一带的江面直抵武昌府。
丁启睿其实也预料到了这种情况，在三月下旬的时候，亲自调派了数百条战船逆流而上，试图一举荡平长江上面的刑天军水寇，于是杨昆山便立即亲率两个战船营迎战，双方于是便在蕲州一带的江面上展开了一场厮杀。
这一仗两军便打了一整天的时间，双方可以说都使出了浑身解数，撞船、开炮、发火箭……等等战法都拿了出来，江面上更是火光冲天，喊杀声和惨叫声一天都没有停止过，最终官军在付出了惨重代价之后，却还是没有能灭掉刑天军的水营，一些兵将驾船便开始掉头逃窜，引发了官军水军的崩溃，大批官军战船纷纷掉头顺流逃走，结果这一战刑天军获得了大胜。
说是一场大胜，其实也只能说是一场惨胜，这一战下来，杨昆山身先士卒，坐船更是高挂帅旗居中指挥，使得他的坐船成了官军围攻的目标，大战之中，他的坐船负炮不知几何，船上兵卒更是几乎人人带伤，杨昆山一天下来负伤多次，但是还是死战不退，下午的时候杨昆山自知伤重难以支持，于是便将指挥权下令转交给了长江水营副都统刘江代他指挥，而他自己则在不久之后，坐船被官军一条战船用炮集中，之后又中了大批火箭和火油罐的打击，烧成了一团火球，杨昆山于船上的部下全体战亡，无一生还，而杨昆山也成为了刑天军自成军之后，损失的级别最高的将领。
也幸好是杨昆山死之前移交了指挥权，刘江及时的在他的坐船上升起了帅旗，继续指挥船队和官军死战，否则的话这一场仗下来，恐怕是刑天军水营就要以失败告终了。
官军也正是看到刑天军始终都没有失去指挥，而且似乎是越战越勇，一条条刑天军的战船着火之后，船上的水卒们非但不弃船跳水逃生，反倒是奋勇驾船冲向官军船队，用铁钩钩挂住官军船只，与之同焚，如此之下，官军在兵力船只占优的情况下，却始终没有能掌握住江面上的主动权，最终败逃回了九江府。
不过官军水师败退之后，刘江这边也已经没力气再挥兵掩杀了，他们两个战船营一天激战下来，船只受损超过了六成，兵将更是伤亡过半，刑天军的在陆地上的优势，在江面上却无法发挥出来，之所以能打胜这一仗，可以说全是凭借水军的兵将们拿命换来的，除了杨昆山这个水营都统阵亡之外，两个水营还有一正一副两位营将阵亡，损失可谓是极大，故此在官军水师败退之后，刑天军这边也早已无力再战了，刘江只能下令收兵，撤回鄂州赶修船只，以备再战。
而这个时候丁启睿气的是暴跳如雷，请出了尚方宝剑，将几个临阵月兑逃的水师军将给斩了，要继续发兵攻打鄂州，可是在这个时候，从北面传来了肖刑天在阳谷县大败官军的消息，并且生擒督师孙传庭、阵斩辽东总兵吴三桂。
丁启睿闻之顿时便大惊失色，在九江府的大营之中顿足大哭了起来，他没有想到北面官军败的会这么快，在他看来，孙传庭也算是能臣了，现如今朝廷调入关内数万精兵，这么多人马怎么也够孙传庭对付刑天贼了，不敢说孙传庭一定可以在北方击败刑天贼，起码以他的兵力拖住刑天贼是没有问题的，这样一来便可以给他争取相当的时间来克复武昌府了！
可是没成想这才多长时间呀！孙传庭便落得了一个兵败被俘的下场，麾下数万大军瞬间便灰飞湮灭，接下来肖刑天要怎么做，丁启睿便猜不出了。
从丁启睿的角度出发，现如今孙传庭和大批辽东的官军已经被刑天军所灭，那么接下来如果刑天军想要覆灭大明的话，北方官军数量已经不足以扛住刑天军大军的进攻，肖刑天完全可以集结重兵北上，直接打京师，只要京师一克，那么大明也就基本上可以说完结了。
但是肖刑天会这么做吗？他还有一个选择，那就是在解决掉了北方官军的威胁之后，继续按照以前的既定计划攻打南直隶，待取下南直隶之后，再北上攻打京师，如此一来，将会更彻底的将大明给覆灭掉。
丁启睿分析过之后，最终在没有足够的信息支持之下，也无法判定肖刑天接下来会怎么做，于是将心一横，派人告知黄得功，令其务必要尽快攻克黄州，同时令左翼军也尽快攻打鄂州，先打通长江之后，发兵武昌府，不管怎么说，他都要先拿下武昌府之后再说，一旦打下武昌府的话，最起码也能打击一下刑天贼的气势。
于是在三月底的时候，官军便开始对黄州和大冶县发动了猛攻，黄得功率领右翼军的近两万兵马，在三月二十七的时候进至了黄州城外，将黄州城给半包围了起来，开始对黄州城发动了猛攻，而左翼军在总兵方国安的率领下急攻大冶县，至此最为凶险的战事也就在黄州和大冶一带展开了。
在罗汝才的调遣之下，坐镇黄州的乃是老回回，老回回先前受命之后，率领了一个乙种营和两个丙种营入驻黄州，兵力不过四千不到，面对的却是黄得功等两万余官军的围攻，在黄得功率部抵达黄州之后，老回回便立即先是率兵出城对黄得功发动了一次逆袭，黄得功没有想到刑天军居然在兵力不足的情况下还敢出城逆战，所以不防之下，先是大败了一场，在得知镇守黄州的乃是老对手老回回马守应之后，更是气不打一处来，立即便调遣兵马开始攻城。
而老回回则在黄州城临时招募了大批周边民壮助战，把整个黄州城外面提前挖的是沟壑纵横，并且在黄州城内外布置了不少的先前缴获官军的大炮，日夜对攻城的官军轰击不停，并且反复不断的派出麾下的兵将进行逆袭抑或是夜袭，战事打的非常惨烈，老回回手中的三个战兵营装备的火铳数量不多，但是战意却很是盎然，三千多兵将轮番镇守和出击，愣是在黄州城顶住了黄得功所部近十天时间的猛攻，黄得功在黄州城外始终不得寸进，双方伤亡都非常大，到了第十天的时候，老回回手下仅剩下了不到两千可战之兵，其余的则只有数千助战民壮了，于是老回回将黄州城的青壮也武装了起来，据城死守，使得黄得功好不容易攻到城下，却还是不能攻克黄州。
与此同时丁启睿派出了五千援军，走陆路赶至黄州城助战，黄得功在得到援军的增援之后，更是攻城猛烈，老回回则亲自登城指挥防御，几处城墙激战之下数度易手，但是最终都被老回回率部给堵了回去。
在四月初八的时候，罗汝才从武昌府派出了两个营的人马乘船赶至了黄州，这才挡住了官军对于黄州的猛攻，黄得功见黄州城难以取下，这才不得不下令撤兵回到麻城休整，至此黄州之危才得以解除。
但是在大冶县那边的战况同样也十分凶险，镇守大冶县的乃是罗立麾下的部将贺国方，而且贺国方还只是一个普通的营将，麾下率领的也只是一个乙种营，在方国安率兵攻向大冶县的时候，罗汝才又给贺国方增派了两个丙种营，这才堪堪让贺国方有能力守住大冶县。
要知道大冶县肖天健是相当重视的，这里出产铁矿，在年前的时候肖天健便下令调集了大批工匠来大冶县筹建一个大型的匠作营，在这里打造器甲，为下一步攻打南直隶提供装备上的支持，所以年后大冶匠作营便已经开始运作，大批工匠已经在这里初步的开始打造起了器甲，一旦大冶县被破的话，刑天军无疑会损失很大，物资上的损失倒是还可以承受，一旦这么多工匠落在官军手中的话，可是短时间之内无法弥补的。
贺国方别看职位不高，但是却深知大冶县的重要性，在得知宁州被官军所破之后，立即便开始在大冶县一带做起了御敌的准备，他下令周边民壮皆要归他调派，调集了大批民壮在大冶县一带开挖沟壕，布置鹿砦、拒马等物，将整个大冶县都包了起来，刚刚做足了准备之后，方国安便率军抵达了大冶县。
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