夺取青州的的整个战斗只用了不到半个时辰，就结束了。进展之顺利，连周少桓都始料未及，许多事先准备好的应变措秩根本就没有机会用上。等童大勇带领着穆陵关的人马赶到青州的时候，周少桓就靠着这三个连的人马，完全控制了青州城。满清派来招抚山东的户、工二部侍郎，和其他投降满清的原青州官员也都被擒，士兵大多投降，只有少量逃跑。
经过对俘虏的审问之后，两人才知道原来进驻青州的淸军还不到一千人，就是另一路在济南的山东巡抚方大猷手下，也只有一千多人马，而且全是山寨货。
这个结果也让周少桓和童大勇感觉得十分纠结，原来清军就只有这么一点实力，居然就敢来平定山东，而且还一路顺风顺水的平定了那么多的地方，朱帅不是号称聚众数十万吗，怎么根本就没有抵抗一下呢？别说是数十万人人，就是数十万头猪，想要全部宰完，也要花不少功夫呢？这只能说明各地的原明官员和军队，实在是太没用了。
不过收复了青州，也是一件值得庆祝的事情，原来的青州知府肖文军也根着童大勇的队伍，来到青州，四个人也坐在一起商议，下一步怎么办？
现在商家军面临着两个问题，一是商家军基本己经控制了青、莱、登三府的地方，但除了登州府之外，青州府和莱州府的局势都十分混乱，因此都需要安定，二是满清派来的山东巡抚方大猷现在还在济南，虽然他手下的兵力并不多，但对青州府也是一个巨大的危胁。但以商家军目前在山东的兵力，控制住青、莱、登三府的地方，己经是十分免强了，如果再加上济南，兵力也就捉襟见肘了。同时还有抓住的王鳌永等人怎么处置这些小问题。
几个人讨论了一番之后，决定青州的行政事务还是由肖文军来全权负责，但投降清军的官员全都不能再用，和王鳌永一起，全部收监关押，等请示商毅之后，再决定怎么处理他们。
而在青、莱、登三府以內的地方，以商家军的名议，传檄青、莱、登三府的各地方，告诉各地，商家军己经收复了青州，要求其他各地保持稳定，不得投降清军；己经聚众扯旗举事的势力，或者解散武装，停止活动，或者接受商家军的整编，有违令者，商家军将给予清缴，绝不轻饶。
在军事上，由周少桓坐镇莱州，尽快抚平各地的动乱，在青州，也由登州派遣一个营的驻军，保证青州城內的治安和秩序。而由穆陵关独立团抽调兵力，进攻济南府，目前到不是要攻占济南，而是趁着目前清军在济南的兵力不足，尽量扩大战果，一来可以打击清军的气焰，二来也能扩大商家军的威望，同时也震慑各地的官员，不敢轻易的向清军投降。
以后的行动方案决定下来之后，各人也立刻分头行动，童大勇也赶回穆陵关，准备出击。
穆陵关独立团一共有六个营，分别是四个火枪营、一个炮兵营和一个侦察兵营，不过侦察兵营共实只有两个连，共计约四千五百左右兵力，虽然清军在济南的实力并不强，但童大勇还是决定，调动三个火枪营，两个炮兵连和一个侦察连，共计三千多人出战。而穆陵关里则由沈云英代理军务。
这时在济南府里的方大猷也得到了青州失守，王永鳌被抓的消息。他也吓得不轻，万万也没有想到，在登莱地区，还有人敢对抗大清。既然青州发生这样的事情，那么济南同样也会发生，同时青州的反叛人马也有可能来进攻济南，方大猷巡抚山东，虽然带来了一千多人，但现在控制的地方实在太大，不得不分出一些兵力，因此在济南城里，方大猷手下一共也只有不到六百士兵，如果叛军打过来，这可怎么抵抗。
本来在多尔衮派出方大猷和王鳌永招抚山东之后，也考虑到他们人单势孤，兵力不足，因此多尔衮随后派出固山额真觉罗巴哈纳、石廷柱统兵收取山东，并又派固山额真叶臣领兵收取山西。但在方大猷和王鳌永进入山东地区之后，发回来的全部都是好消息，完全就是一帆风顺，抚平了山东的大部份地方。而且两人还信誓旦旦，说一定能够抚平山东。
在这种情况下，多尔衮也认为，山东的局势应该算是基本平定下来了，而这时大顺军己退入了山西境內，正在调集人马，准备和清军决战，而清军在山西的兵力不足，因此多尔衮又赶忙下令，让觉罗巴哈纳和石廷柱停止进军山东，改向山西，与叶臣一共进缴山西的大顺军。
方大猷也沒想到局势会突然发生了这样的变化，只好赶忙向北京发出告急文书，请求多尓衮派遣真满洲官兵一万，星夜南驰来援云云。
告急文书虽然己经发出，但方大猷也知道，想等到援军赶来，至少也是一二十天以后的事情，而在这段时间里，就只能靠自己了，因此他也在济南城调集兵马，把自己带来的所有士兵都招回到济南城来驻守，同时又在自己抚平的山东地区招集兵马，这个时候也不管许多，什么卫乡、乡勇、团兵，只要是人就算一个，并且还许下了重赏：步兵一两八钱，有马给银四两八钱，骡兵给银三两八钱等等。就这样总算是东拼西凑，聚集起了三千多人。而方大猷总算也有了点底。又下令济南城四门紧闭，严加守备。
而就在这时，童大勇也率领着人马，攻入了济南府，并且打出了商家军的旗号。应该说商家军在山东青州一带还是很有威名的，由其是当初清军入关奔袭时，还从清军手里夺回了济南，在济南地区同样也是威名赫赫。同时在名议上，商家军还是属于明朝的人马，因此童大勇的人马所过之处，各县都不敢阻挡，而且还有一些不满清廷统治的明朝的官员和地方乡绅也都纷纷像童大勇表示了归服。童大勇对这些人也加以安抚，并让他们最好迁到登莱一带去定居。
在六月二十二日，童大勇率军到达了济南城下，开始架炮攻城。方大猷当然不敢出城应战，只是在济南城中拒守，同时又悬出重赏：明军攻城，凡斩敌首一级者，赏银二十两，射敌一人者赏银十两，受伤者也赏银十两。
穆陵关是共有中重型火炮四十二门，其中最新的三寸六分口径重型青铜野战炮有八门，这次出兵进攻济南，带来了十二门中重型火炮，包括有四门三寸六分口径重型青铜野战炮，这时也在济南城架起，对着城头上一阵猛轰，同时还有三十名使用线膛狙击步枪的狙击兵，也在远离城头一百五十步远的距离，对城头上的清军展开射击。
商家军的火力虽然并不算强大，但距离却远远超过了清军的还击范围，而且火炮还好些，对城头上的杀伤力并不大，但猎人步枪的精确度却十分恐怖，在一百五十步的范围内，士兵们基本都能达到六七成的命中率，因此只要是在城垛口上露出头来，就会马上被商家军的狙击兵打得爆头而亡。
因此在城墙上经常可以看到这种场面：有一个士兵慢慢的站起身体，想在城垛口处探头向下看去，然后就听见城下枪声一响，这名士兵马上就向后一仰，直挺挺的栽倒在城上。因此到了后来，清兵在城头上行走都只能猫着腰，跟本就不敢站直身体。
童大勇见打得城头上的清军根本就沒有还手之力，立刻就下令架云梯攻城，然后又命所有的狙击手都在掩护云梯攻城。
商家军的云梯并不多，一共也只带来了二十架，而且现在只用出了十架云梯，但清军被打得连头都不敢冒，那里还能在城头上防守呢？因此商家军的士兵也十分顺利的渡过了防城河，架好云梯，然后向城头上攀爬，虽然也有几个不知死的清兵还站出来防守一下，但马上就成为狙击手的靶子，在爆头倒地了几个之后，就再也没有清兵敢露头了。
因此整个攻城的过程，也显得十分的诡异。在城墙外攻城的部队在爬城，而在城墙上，守城的士兵却都龟缩着躲在城垛口下，不敢出头。在古往今来的攻城战中，恐怕还从来没有出现这样的场景。
而商家军的攻城兵在爬到接近城垛口的高度时，都先停一下，然后十架云梯上最高的士兵一起向城头上扔出一个手榴弹。只听在城墙上立刻发出一连爆炸的声音，其在硝烟弥漫中，还夹杂着不少惨叫声，接着商家军的士兵才又重新开始攀蹬，沒有受到一点阻挡就爬上城头，翻过城垛口，登上了城墙。
淸军本来就是七拼八凑起来散兵游勇，根本就没有斗志，在有城墙可守时，还能免强支应一阵，眼看着敌军爬上了城墙，那里还敢应战，而且他们也从来没有见过这样的攻城战术，因此立刻一哄而散，四处奔逃。商家军的士兵们也趁机攻占城头，放下吊桥，打开城门，放城外的大队人马进城。