政治会议之后是军事会议，任务有三：第一，整编东北国防军战斗序列；第二，决定东北国防军采用的武器装备，以利兵工厂生产；第三，拟建东北陆军大学、海军大学、空军大学。主要目的却是针对袁世凯最新下达陆军的整编命令的。
1912年年末，袁世凯以大总统名义发布命令：“惟自客岁军兴以来，各省军队或沿袭旧称，或便宜编制，殊于统一军政之旨不相符合。应即通行各省凡沿用镇、协、标、队名称之军队，查照新有军队名称一律更改，籍免纷歧。”改镇为师的编制及名称如下：前清编制（官称）：镇（统制）、协（统领）、标（统带）、巡防营（管带）、队（队官）分别对应改为新订编制（官称）：师（师长）、旅（旅长）、团（团长）、营（营长）、连（连长）。随后在公布的《陆军平时编制条例》，对陆军部队的基干单位——师一级的编制进行了调整。按此条例，陆军每师步军二旅，骑、炮兵各一团，工、辎各一营编成。其中步兵每旅辖二团，每团以四连编成之三营，并机关枪一连组成；骑兵团分为甲乙两种，甲种四连编成，乙种三连编成，视驻地之情形而定；炮兵团以三连编成之三营组成，各连均为六尊；工兵营及辎重营均由三连编成；机关枪连的士兵不另征集，而由所属团内士兵轮流教练。
其中对骑兵和炮兵的编制也有所革新，清末新军中镇下的马队标是一标三营，一营四队，每队是二排四棚的小编制，全标编制人数１１１７人。民国元年末组织第一骑兵旅，旅长陈文运（日本士官生）参考国外骑兵编制的变化，建议在骑兵团下取消营级，团直辖连，骑兵连改为辖四个排的大连，得到采纳。改制后的师属骑兵团辖三至四个骑兵连，五六百人；骑兵旅下的骑兵团辖五个骑兵连和一个机枪连，九百余人。编制的约化提高了作战效率，同时数目的减少也与当时国内外骑兵作用的减小有密切关系；炮兵和其他兵种的编制也略有变化，虽然定制师属炮兵团是由两营野炮和一营山炮组成，但实际情况并不划一。(请记住)由于部队数目的急剧扩张，重武器采购和装备的速度难以跟上，通常是弄到什么装备什么。
最后，陆军部下令命令各镇－协－标－营－队－排－棚更名师－旅－团－营－连－排－班，从此全队番号统一。在民国初年，中央番号的师的成分大致如下：从清朝军队沿革遗留下来的有北洋六镇和第二十师、二十三师，东北巡防营升编的第二十七、二十八师，此外还有原南京政府保留下来的几个师，如第八师、十四师、十九师等。
照此算来，徐天宝东北一系实际上得到的番号只有二十师、二十三师、二十七师、二十八师四个师的番号，比当初要的十个师的番号少了一半多。袁世凯一看陆军部上报的文件，心里便骂陆军部那帮人不晓事。如今天下除了自己和孙文之外，就数东北的徐天宝势力最大，如今他还是收复蒙疆的功臣，要是只给他四个师的番号，那东北还不炸了锅？不过也不能真的就给徐天宝十个师的番号，老袁看着那一堆堆番号，许久，便计上心来，眼珠一转，做了如下批示：
原来的陆军二十镇改编为陆军第二十师，张绍曾任师长，范国章任参谋长。驻扎黑龙江；原来的陆军二十三镇改编为陆军第二十三师，孟恩远任师长，高士傧任参谋长，驻扎奉天；原来东北军左路巡防营升编为陆军第二十七师，师长张作霖，但张作霖已死，由吴俊升接替，孙烈臣任参谋长，抓扎吉林；原来的东北右路巡防营，升编为陆军第二十八师，师长冯麟阁，汲金纯任参谋长，驻扎新民。另外，袁世凯又给了徐天宝六个混成旅的番号，如此一来，算是给足了徐天宝十个部队番号。
公文一到沈阳，徐天宝顿时火冒三丈，这掺沙子，大换血也太明显了？张绍曾和吴俊升是自己的人，一个被调到吉林，一个被调到黑龙江。孟恩远和自己没什么交情，冯麟阁算是自己的对头，却安排在沈阳和新民，这摆明了把刀架到了自己的脖子上！徐天宝岂能任你老袁宰割？
于是，徐天宝紧急部署，自行拟定了一个番号编制表，绕过陆军部，直接报道老袁那里。由于徐天宝还不打算这么快和老袁翻脸，所以徐天宝也没有坚持再要十个师的番号，而是要了七个师，六个混成旅共十三个番号。
番号编制如下
东北国防军第一师——陆军部20师，师长郭松龄，参谋长范国章，驻扎库伦
东北国防军第二师——陆军部23师，师长孟恩远，参谋长鹿钟麟，驻扎呼伦贝尔
东北国防军第三师——陆军部27师，师长吴俊升，参谋长李鸣钟，驻扎黑龙江
东北国防军第四师——陆军部28师，师长商震，参谋长宋哲元，驻扎吉林
东北国防军第五师——陆军部29师，师长张之江，参谋长刘郁芬，驻扎热河
东北国防军第六师——陆军部30师，师长李景林，参谋长姜登选，驻扎辽宁
东北国防军第七师——陆军部31师，师长陶成章，参谋长李燮和，驻扎上海高昌庙
东北国防军第一独立旅——陆军部第17混成旅，旅长马占山，驻山海关
东北国防军第二独立旅——陆军部第18混成旅，旅长寿庆，驻扎延边
东北国防军第三独立旅——陆军部第19混成旅，旅长伍祥祯，驻扎金州
东北国防军第四独立旅——陆军部第20混成旅，旅长潘矩楹，驻扎齐齐哈尔
东北国防军第五独立旅——陆军部第21混成旅，旅长马龙潭，驻扎新民
东北国防军第六独立旅——陆军部第22混成旅，旅长冯玉祥，驻扎哈尔滨
其中，东北国防军第一、三、五师为齐装满员的整编师，其余二、四、六师军官全部满额，士兵缺额百分之五十；国防军独立旅第一、三、五旅为整编旅，其余二、四、六旅军官满额，士兵缺额百分之五十。
步兵所使用武器步枪为热河兵工厂、沈阳兵工厂制造的1913式步枪（原热河造改进型，仿M1903），配三棱锥型刺刀。
手枪分为两种，士兵任然使用毛瑟手枪（快慢机），少尉以上军官使用勃朗宁M1911（马牌撸子）
重机枪使用哈奇开斯改进型的1913式重机枪，只是在枪身前安装了护板保护机枪手，枪身下安装了两个钢轮便于运输。
轻机枪方面则选用了1913式轻机枪（仿前苏联德普转盘机枪，这款机枪结构简单，全枪只有65个零件，制造工艺要求不高，学徒工都能生产，因此适合大量生产，而且枪的机构动作可靠。虽然重量略重，而且射速也无法和同时期的MG42想比，但是在眼下这个时代，欧洲列强对重机枪和冲锋枪都没有引起足够重视的条件下，以及足够用了，更别提连轻机枪是何物都不知道的中阀军队了。当然，徐天宝还有一个目的，就是利用这些物美价廉又皮实耐用的机枪为军队里培养一批机枪手，等将来他们能够适应更先进的机枪操作。）
冲锋枪方面则放弃了结构略微复杂的MP04，采用了结构更为简单的1913式冲锋枪（仿司登式冲锋枪，不过改进了结构，大大降低了走火的可能）。
火炮方面，最小口径的是新式装备——迫击炮口径，射程最大1400米。每个连装备3门
步兵炮采用1913式70mm口径轻型步兵炮（仿小鬼子的92步兵炮），野炮、山炮的口径则从到75mm不等，主要是仿制德国、法国和美国的。
其中部分武器其实在1912年以前就已经生产列装，只是徐天宝打算在1913年的时候实行大换装，所以全部统一命名为1913型。