北洋军既然节节胜利，袁世凯系的升官图便在南方出现，段芝贵仍兼第一军军长，升上将，实授江西宣抚使；张勋亦升上将，段芝贵的右司令王占元兼湖南护军使。
上海方面因南京革命军失败，亦功败垂成，袁世凯命第四师师长杨善德为松江镇守使，郑汝成为上海镇守使，海军总长刘冠雄为福建都督。广东和四川两地解决得最快而不吃力，袁世凯派龙济光、觐光兄弟为广东正副镇守使，龙济光升上将继任粤督，陈炯明出走。四川方面熊克武虽宣告独立，但为时只一月就解职下野。
湖南独立的局面，主要受湖北的压迫，以及广东独立失败的影响，遂使湘督谭延闿和湘军师长赵恒惕功亏一篑，不就湖南为环境所迫取消独立，随后袁世凯令汤芗铭率楚有等四艘浅水舰驶入岳州，派第三师曹锟部进驻岳州，又以袁世凯系的卅九混成旅旅长伍祥祯为岳州镇守使。这样一来，湖南便完全落入袁世凯的掌握中。
讨袁军相继失败后，孙中山乃乘德轮约克号离沪，本意拟去广东，不料次日经马尾，日本驻福州领事馆武官多贺京之来告，驻粤将领张义权、苏慎初已与龙济光勾结，接受袁世凯的任命，恐不安全，孙中山乃决定改赴台湾。行前召见随行同志梅光培、李朗如，令梅、李两人先至香港，自己则偕胡汉民去台湾，并把随身所带全部款项600元交梅、李备用。梅、李拒不肯受，胡汉民劝他们接受，大家黯然话别，分道而行。
孙中山偕胡汉民抵台后，张继、马君武亦随后赶至。这时各地的讨袁军都相继失败，孙乃转去日本，不料袁已要求日本拒绝孙上岸，幸孙得船长的掩护，以及国民党在日本的负责同志丁怀瑾（石僧）的布置，日本友人萱野长知的协助，才得在神户秘密登岸。这时随侍孙在神户的是胡汉民和廖仲恺，丁怀瑾则往来东京、神户各地，对外连络。
随后，北京总检察厅秉袁世凯命下令通缉二次革命首要，以黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊五人为宁沪倡乱首魁，其余孙中山、张继、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明亦在通缉之列。不久，黄兴、陈其美、居正、戴传贤、邵元冲、邓铿、田桐等亦先后亡命至日本。
这一次战争的结果使得北洋军源源进入南方各省，除了广西、贵州、云南、四川省外，其他南方各省都成为了北洋军及其附属军的征服地，袁家天下已囊括了全国十分之九。至于桂、黔、滇、川四省为什么没有给北洋军侵入，一来是这四省的都督都不是属于国民党系，二来是这四省地处偏远，袁觉得鞭长莫及。由于地盘扩大，北洋军既要镇摄北方，又要占领新夺到的南方各省，当然感到兵力不敷分配，于是乃大举扩充，从此北洋军的番号便越来越多了。请记住我们的网址)
袁在对南方用兵过程中，在用人问题上充分表露出无制度，无标准，完全是家天下作风，既派刘冠雄为南洋巡阅使（他所指的南洋是江浙一带），又派雷震春为长江查办使；既派冯国璋为江淮宣抚使，又派张勋为江北镇抚使，还有一个江北检讨使蒋雁行；既派段芝贵为江西宣抚使，还有一个连职名也相同的赵惟熙；至于湖南，就派了三个查办使：曹锟、汤芗铭和郭人漳，又派了两个检查使：张学济和朱树藩。这一幅多采多姿的升官图，据说连袁自己也记不清楚总共发表了多少官职。真是五花八门，叠床架屋，在袁来说是羁糜天下英雄，网罗人才的手段。
不要说有官无职的空头衔如此，就是有官有职的情形也是乱得一塌糊涂，有些省既有都督，又有护军使，有些省有护军使或镇守使却无都督，有些省以文人为都督，却以武人为民政长，有些省则以武人兼军民两长。
但是，主要的安排却没有含糊，袁先后任命了倪嗣冲为安徽都督，郑汝成为上海镇守使，龙济光为广东都督，李纯为江西都督，冯国璋为江苏都督，汤芗铭为湖南都督，段祺瑞为湖北都督，刘冠雄为福建都督。此外，又派北洋军第四师师长杨善德驻松江以扼浙江的咽喉，第卅九混成旅旅长伍祯祥驻长沙，第三师师长曹锦驻岳州以扼湖南的咽喉。
另外，袁世凯从内心深处来讲，还是想保一保张勋的，所以他在让冯国璋去劝说张勋的同时，也发电报叫张勋收敛一点，免得自己难做。
袁世凯给张勋发电报说道：“阅路透电，称南京城内住宅商店，茅舍草屋，无不被抢，妇女老小贫富，多被奸！婬，其余均入外人家避难，各军皆然，而张部蓝衣兵实占多数。各官长目睹不理，所谓不伤一人，不惊一户之宣告，完全背弃。日本民居，亦多被害，有自日领署出者，被兵枪毙三人，受伤一人云云。此次大兵南下，伐罪救民，似此强暴行为，如果尽确，则是丧尽名誉，大干军律。查各*人素尚文明，即俘虏亦无凌虐。吾国削平内乱，自残同类，已属可矜，况无辜良民，久困匪中，日望援救，闻者坠泪，见者痛心。若以盗贼之行为，尤而效之，各国传布报纸，目为野蛮，于立国大势，所关非细。且乱党乘间抵隙，执为口实，更足以煽动人心，东南大局，何时可定？各弁目等，谁无身家妻子，入伍为兵，退伍即民，易地以观，忍乎不忍？民纳税以给饷，兵出力以卫民，不能卫之，而反扰之，天良何在？为之官长者，目睹何忍？本大总统治军数十载，素以保民为宗旨，闻此情形，不禁泣下。仰即传集各该官长，剀切诰诫，并明查暗访，得有奸抢实据，立按军法严办，以期湔洗于万一。至保护外人生命财产，更属文明通例，尤应格外留意，勿因细故，败坏大局为要。”
张勋回复袁世凯电报称道：“大总统钧鉴：鱼电谨悉。此次南京城下之日，各军争功，蜂拥而进，与匪军巷战一二昼夜，全城鼎沸，子弹纷驰。嗣后匪军逃窜，乘机抢掠，土匪助虐，益肆凶残，多有假冒官军情事。当此之时，秩序已紊，加以各军号令不一，非以严刑，难期整饬。勋因破除情面，随派干练弁兵，巡行街市，随地正！法者二百余名，截留衣物无算。然后始得渐就平复，此金陵各国旅居洋人之所共见。今路透电，乃以蓝衣兵独占多数为言。查勋军入城，仅占东北一隅，此处荒僻，民户无多，其余各处繁盛之区，均由各军分扎，孰抢孰否，不难按户而稽。且前次我军夺取天保城各要隘时，匪军屡次乔扮勋军装服，希图混进。且蓝衣之说，亦难据为确实证据，亦何所用其回护。应请简派公正大员来宁，亲赴被难之家，确实调查，以昭信谳，而全军誉。”
张勋虽复电给袁，推卸洗劫南京的责任，可是辫子军的暴行，中外目睹，所以袁世凯和北京参谋本部、陆军部都来电彻查，使他也极为伤脑筋，不得不再二再三申复。而张勋也不厌其烦地反复回电推卸责任：
张勋第二份电报称：“大总统钧鉴：拱密。参陆西部阳电，传奉钧令，敬悉。此次南京倡乱独立，城内闾阎，本已重遭糜烂，迨及城下之日，诸军萃集，巷战连朝，土匪溃军，乘机焚掠，于时秩序已紊，诸统将专事杀敌，兼顾难周。一二不法军人，趁各军号令尚未统一之际，继匪军劫掠之余，见物辄取，固所不免，当经派员率队巡行街市，但见有持挟衣物抢掠者，无论军匪，概行立地正！法。计共斩决二百余名，截留衣物无算，均交商会分别给主认领，并将约束不严之该管官弁斥革。中外商民，皆所共见。现仍会同诸军竭力稽查，认真根究，务得实犯，严加惩办。谨此复陈，伏乞垂察。”
第三份电报称：“大总统钧鉴：鱼日电谕敬悉。重承责问，滋切悚皇。此次叛兵占据金陵，反复哄争，闭关自毒，地方秩序，业已破坏不堪。迨海陆各军，会合围攻，全城均当战线，攻者愈力，守者愈坚，居民迁徙避藏，受无妄之灾者亦愈众。既而逆首知势不敌，窜匿无踪，合数万之悍贼骁匪，以及失业游民，麇集一隅，漫无约束，其任意勒索，多方蹂躏，人言凿凿，闻者寒心。勋等逆料及此，迭经通饬营队，晓谕军人，务以恪守纪律，不扰善良为第一要义。复传集各官长剀切告诫，不啻三令五申。惟民匪同困重围，本属断腕求瘳之计。若战斗中而复责以保护，智勇俱难为力。坚城既破，我军如墙而进，肉搏冲锋，贼匪梗顽，尚在竭力抵御，黠者褫装弃械，随处搜括，纷纷溃逃。地痞流氓，争取所遗衣械，遂得假冒兵士，乘机劫夺，快意须臾。与勋前攻天保城时，叛军多草帽蓝衣，希图扰乱伎俩，如出一辙。贼倡其先，匪踵其后，荒衢僻巷，亦几十室九空。其时我军师旅团营，参伍综错，注重占领要隘，警备非常，不能遽尔分兵四出剿捕。营垒粗就，始得派遣游骑周匡侦巡，余孽渐次肃清，而公私已荡然尽矣。勋等驰入宁垣，察视情形，虽不至如路透电所云之甚，然疮痍遍地，目击心伤。一面会同出示招集流亡，并分别严申军令，拿获抢劫之犯，随时立正典刑，兵士间有取携，亦挥涕斩殉不少宽假。连日捕杀约百余人，所有赃物，概发商会招领，市面略定，人心少安。勋与国璋，督师分道南来，既未能不战而屈人，又无从临战而弭祸，彷徨中夜，内疚良多。而路透电竟以贼匪强暴惨虐之行为，独使我军蒙其重谤，不惟勋等难甘默认，即全军官长均受有完全教育，讵肯明知故纵，弃隳身名。事实始终，历历在目，固非一人一时之言所得掩饰，又岂容悠悠诋毁，淆惑听闻。应请大总统派员来宁，切实调查，秉公核办，以息谣诼，而定是非。冒渎钧聪，伏希垂鉴。”
当张勋在南京胡闹时，辫子兵乱烧、乱杀、乱抢，无所不为。有一天杀错了人，杀伤了三个日本人，日本全国为之震动，军人们竟向日本外相牧野请愿出兵中国。日本驻华公使山座向袁政府提出了严重抗议，要求中国！政府向日本谢罪，同时黜免张勋。袁派张勋的同乡李盛铎到南京来调查，李劝张对日本人让步，以免引起两国关系恶化。张乃和日本驻南京领事船津直接谈判，谈判的结果是张勋亲自到日本领事馆道歉，日本放弃了要求撤换张勋的要求。可是日本问题虽告解决，美国和英国也一而再提出了撤换张勋的要求。由于外国人有这样的要求，正好给袁撤换张勋的好借口，何况袁这时在外交上正亲！美英，使他对美国和英国的建议愈加认真。袁世凯又派张勋的老友阮忠枢前来南京，把外交团的意见委婉地告诉张勋，要他自动辞职，以免引起外交上的更大压力。
张勋正兴高采烈做他的“两江总督”，听了阮忠枢的话，直气得一佛出世，二佛升天，跺着脚说：“我的这个印把子，是拿自己的性命拼来的，袁宫保要怎办就怎办，用不着拿洋人来吓唬我，也用不着劳你的大驾来劝我。”阮败兴而归，把张的一切回报了袁。袁对这位张辫帅也有点伤脑筋，又派李盛铎、刘恩源、钱能训、段芝贵陆续前往南京劝张，接受新命——长江巡阅使。段芝贵最长辞令，他说：“总统确有苦衷，不愿意惹起外交上困难。”然后他传达袁的意旨，请张改任长江巡阅使，他描绘巡阅使在官职上是比都督大一级，都督只管一省的军事，而巡阅使却管好几省的军事。
张果然动心了，同时他也没有能力敢于抗命，于是提出了三个调职条件：一是他在江苏都督任内开支的65万元准予报销；二是调职后请再拨开拔费50万元；三是他奉调长江巡阅使必需有实际的权力，要节制湖南、湖北、江西、安徽、江苏五省的水上警察。
段芝贵把张勋的条件回报给袁，袁毫不考虑便全部接受。
张勋是接受了袁世凯的条件，但是如此一来一去，生生地就把时间给耽误了。就在张勋整装待发，准备会徐州的时候，东北军已经做好了讨伐辫子军的准备。