经过一个多月紧锣密鼓的调查取证工作，关于梁永案件的最后审理判决时机已经成熟。首先是都察院向刑部对梁永提出公诉。都察院认为，梁永案件的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究犯罪嫌疑人梁永的刑事责任。
根据办案手续，都察院将梁永案件的全部案卷材料移送到了刑部，包括梁永案件的人证、物证和书面证据等所有证据。
刑部对都察院对梁永的起诉进行了认真的审查。审查内容包括一下四个方面：第一是对起诉意见书以及全部案卷材料和证据进行了全面、认真审查。办案人员应阅卷审查，将起诉意见书认定的犯罪事实与证据相对照，审查犯罪事实的每个环节是否都有相应证据予以证明；将犯罪嫌疑人的各次口供相对照，以及口供与其他证据相对照，审查口供与口供之间，口供与其他证据之间是否一致；将犯罪事实与侦查机关认定的犯罪性质、罪名相对照，审查犯罪性质与罪名的认定是否正确；将犯罪嫌疑人的犯罪行为与有关法律规定相对照，审查犯罪嫌疑人的行为应否负刑事责任以及都察院的处理意见是否正确；第二是讯问犯罪嫌疑人；第三是听取犯罪嫌疑人、被害人和其委托人的意见；第四是进行了必要的核实和调查。
刑部为审理梁永案件做好了充分准备。首先，由于梁永案件的特殊背景，刑部请张居正满朝荐两位丞相重点抓这项工作。刑部组织了强大的法官团队，参与会审的有包括六部尚书及都察院都御史、通政司使、大理寺卿的大九卿，有太常寺卿、大仆寺卿、光禄寺卿、詹事、翰林学士、鸿胪寺卿、国子监祭酒、苑马寺卿、尚宝司卿等小九卿，有刑部的主要领导刑部尚书、刑部侍郎、刑部郎中、刑部员外郎、刑部主事等数十位刑部主要领导。
为了使审判过程体现法律的公正，由都察院指派一名官员以公诉人的身份出席法庭，支持对被告人所作的指控，并监督审判活动是否合法。
为了满足广大市民对亲眼目睹刑部审判朝廷重犯的，在刑部大堂门外的小广场一侧建有用于公审大案的审判台，审判台上高悬着“明镜高悬”的巨幅匾额。由数十位朝廷高级官员组成的法官团队坐在高台上的法官席上。高台的两侧站立着数十位手持威风杖的威风凛凛的衙役。
随着一阵咚咚咚咚的鼓声响过，主审法官刑部尚书王之诰把惊堂木用力一拍大声叫唤：“升堂——噢——！”接着就看到由四名彪形大汉押着罪犯推推搡搡向着审判台走来，当到达高台的时候，罪犯几乎是被衙役提着爬上高台的。
罪犯被押到公案右边的被告席上，由于审判程序是先审原告，再审被告，王法官向跪在公案左边原告席上由都察院指定的原告大声喝问：“原告，你有什么冤情，仔细说来！”
原告不慌不忙，拿出由都察院起草的《关于梁永案件调查材料》大声念道：
梁永，原为御马监监丞，隆庆五年，他被作为矿税使派到陕西征收名马货物。本人告梁永十大罪状：
第一，目无国法，随便收买违禁物品。事实如下；税监是不统辖军队的，但梁永却独自养了五百匹战马。
第二，任意打死朝廷命官，并且封锁案情。事实如下：富平县知县王正志告发他的不法行为，被梁永知道，梁永把王正志关进私设的地牢，王正志被折磨而死。渭南县知县徐斗牛为官清廉，梁永却责成他给自己送贿赂，并把吏卒鞭打而死，徐斗牛极其愤恨，气得上吊自杀了。他们还用木棒打死了县丞郑思颜、指挥刘应聘、诸生李洪远等人。梁永还企图下毒毒死朝廷命官，监察御史余懋衡到陕西巡按。巡按御史是钦差，权力很大，梁永害怕了，让乐纲下毒药，差点把余懋衡毒死，于是余懋衡上告到都察院，都察院才对梁永进行了调查。
第三，梁永以兼镇守太监的职衔，率领军队巡花马池、庆阳各个盐池，征收那些地方的盐税。从此便领着那些亡命之徒，打着旌旗伞盖，带着鼓吹的乐队，在陕西各地巡行。
第四，盗窃古墓，严重破坏历史文物。梁永指使下属把各个地方历代帝王的坟墓全部挖开，搜模里面陪葬的金玉。
第五，任意剥夺他人的人身权利，强行阉割了良家子弟数十人收为奴仆……
第六，利用税官的特权，任意敲诈勒索以中饱私囊。除了额定的税额外，又加收几倍的增耗，单是从蓝田等七个关，一年便得到了十万俩银子的非法收入。又接受了无赖胡奉的建议，勒索咸阳县给冰片五十斤，羊毛一万斤，麝香二十斤。
第七，放纵下属拦路抢劫。咸宁县有人在路上遭到抢劫，被官府衙役跟踪追查，结果发现这些强盗是梁永的役吏。
第八，梁永以给朝廷收税为名，放纵下属横行乡里，鱼肉百姓。为中饱私囊，横加勒索，不择手段。培植税棍，抄家破门，抄没财产。对无力缴税者，或拘押，或虐杀，宁州阿大、庆阳煤窑矿工一十八人、花马池盐场灶户大宝等均被其下属残忍虐杀，其惨状不忍睹！
第九，纵容下属任意妇女。在齐明、门山、临戎、临真、安平等地都有妇女被。
第十，纵容手下的乐纲、王九功、石君章、胡奉等流氓无赖任意抢夺百姓钱物，恣无忌惮地**抢掠，
念完梁永十大罪状，原告看看梁永，然后把目光转向主法官王之诰：“尊敬的法官大人，本人发言完了。”
王法官把目光注视着被告大声问：“被告梁永，你对原告对你的控诉服还是不服？如果不服，你可以进行答辩。”
梁永低着头没反应。
“本法官再重复一遍：梁永，你对原告对你的控诉服还是不服？”
梁永终于强打精神说：“要说服，我梁永当然不服。你们只控告我梁永杀人，但是历朝历代的当权者谁不杀人。我梁永为什么要纵容下属杀人，道理很简单，自古以来就一个道理，那里有反抗那里就有镇压。我梁永是税官，对那些抗税的闹事者如果不杀一儆百，还成什么体统。你老老实实缴税我梁永杀你干什么。我……冤枉！”
公诉人当即反驳：“强盗逻辑！你梁永居然发明‘那几有反抗那里就有镇压’的强盗逻辑！百姓们为什么要反抗？活得不耐烦了无端找死？还冤枉？如果你梁永还冤枉，天下也没有公理了……”
“十恶不赦的梁永，该杀！”观众中间有人大声说。
“杀了十恶不赦的梁永！”
“梁永应该剥皮抽筋！”
“梁永应该五马分尸！”……
证人席上一些准备作证的受害者亲人一边大声痛骂一边向梁永甩石块，主事法官大声阻止：“不要乱来！不要乱丢石块，大家不要嚷嚷，既然被告不提出答辩，说明被告对原告的所有指控都心服口服。好了，现在请大家安静，听法官宣判！”
听说要宣判了，审判现场顿时安静下来，大家最关心的最后宣判就要来到了，所有的人都注意力集中到主法官身上，只听到王法官用洪亮的男子嗓音宣布：
“现在我宣布：被告梁永，对原告关于十大罪状的指控供认不讳，根据《大明律》关于侵犯公民生命权利的有关条款，关于侵犯公民人身自由的有关条款，关于政府官员贪污的有关条款，关于直接参与或者纵容下属盗窃古墓和历史文物的有关条款，判处罪犯梁永剥皮凌迟之刑罚。并将此判决交大理寺做最后核准。”
宣判现场沸腾了！广场上沸腾了！人们等待着的一天到来了！人们用狂欢表示他们的高兴，受害者用激动的喜泪表达他们的扬眉吐气。