忙完战事的刘浩然开始把注意力放在了内政上。当初东南战事激烈，粮草军用流水介地运出去，几乎将府库掏空了。为了保障后勤，刘浩然几乎连裤子都要当掉去换粮草。幸好有李善长坐镇，指挥调度，这才勉强应付过来。在此刺激之下，刘浩然决心制定出一个完整的发展计划来，以后的仗会越打越大，没点家底怎么应付。
刘浩然废除元廷原本非常复杂的路、府、州、县等诸多的地方编制，行省以下只设府、县，设知府、知县主理民政，同知、县丞为副，由行中书省管辖，各县还设巡检一名，统领巡检司的巡捕，负责地方缉奸捕盗等治安事务。
在刘浩然的机构体制中，地方是军政分开，府设都司，县设县尉，执掌地方守备防务，由行枢密院直接管辖，都司负责指挥地方守备部队，而县尉负责指挥和训练各县的民兵。刘浩然以行省丞相的身份颂布了《兵役律》，言明行省治下百姓只需要承担一种徭役－兵役，凡十八岁以上，四十五岁以下男丁必须接受一段时间的民兵训练，兵器自备，但是现在为了减轻百姓负担，暂时由行省官府供给，凡服五年以上民兵役的青壮就可以抵冲这笔费用，而守备部队则是从各县的民兵中挑选，虽然没有军饷，但是可以免除一定的赋税。守备和县尉目前都是由伤残退役的定远军老兵充任，他们虽然断了一只手，或者是失去一只眼睛，但是不妨碍他们指挥守备部队和训练民兵。
刘浩然接着颂布了《劝学律》，在这部律法里，刘浩然提出了官办和私办相结合，普及国民教育的庞大设想。教育机构分四级，童学、县学、府学和行省一级的高等学府。前三级学府可官办，也可私办，但是必须按照行省指定的课程和教材学习，参加官府组织的统一考试。
在《劝学律》中，刘浩然要求从童学开始，学子就必须一边学习文化知识，一边接受军事训练。而且父母亲送儿女读书是一种义务，不履行义务就要受到律法的惩戒。因为这个教育计划耗费巨大，而且在现阶段是不可能完全铺开，但是刘浩然却决定要坚持下去，先从应天、东南等富庶的地方试行。
儒生文人虽然对刘浩然兴学重教表示赞赏，但是也有很多人对学子必须接受军事训练提出了异议，他们认为，学子只要认真读书就好了，打仗这种事情自有武夫去做。刘浩然却坚持自己的意见：“遥想汉唐盛世，文人学子能文能武，策马游历天下，一边放着书，一边放着剑，所以才有汉赋唐诗留名千古，雄风远扬域外。而前宋盛文弱武，文人学子们只知道死读书，却鄙视军人武事，结果先有契丹、西夏，后来女真蒙古，累累荼毒。前车之鉴后事之师，行省的学子文人再也不能读得一肚子书，却手无缚鸡之力。”
刘浩然更是谈到：“学子文人乃国家之栋梁，不但要能治国理政，还要能行军打仗，现在正是国家危难之际，学子们不接受军事训练，不知兵事，如何能行？”
在驱逐鞑虏，光复中华以及前宋灭国之痛的大义下，这些儒生文人也只好捏着鼻子接受了，毕竟刘浩然把文人学子当成了国家的主人来看待，否则也不会要求这么高。
龙凤二年七月，刘浩然在原御史行台府第设江宁学堂，请李习为学正，聘各名士文人为教授，广收学子。并随即在应天府、太平府、平江府、湖州府、杭州府开始推行国民普及教育。
同月，刘浩然在原集庆路达鲁花赤府设江宁陆军学堂，自任学正，以冯国用为教务，暂设步兵科，骑兵科。计划所有的将领都必须回来轮流学习，一边当学生，一边当教师，总结自己的前期作战经验，并教给轮流前来学习的军官们。
刘浩然又开始筹备开办江宁水师学堂，准备自任学正，以俞廷玉为教务，暂设海防科、海事科。
在陆军学堂里有一批特殊的学生，他们就是童子营。这些以各地孤儿和军中遗孤组成、视刘浩然为父兄的童子忠诚度是无可置疑的，而且他们绝大部分都选择了从军。刘浩然根据他们的特长和意向，选择了十二岁到十八岁的一批人送入陆军学堂学习，这些人将来是刘浩然控制军队的骨干。
而受此影响，军中各将领们也要求将子弟送入陆军学堂学习，而且很多文官也是闻风而动，要求将家中的老二、老三安排进陆军学堂。他们的算盘都很精，现在这年头正是军兴，而且江南的实力摆在那里，铁了心的官员们留下长子读书继承家业就好了，其他儿子送去从军，虽然危险性很大，可是一旦立下军功，那么家族有文武功勋支撑，想不兴旺都不行。
刘浩然顺势设立了江宁陆军童学，专门接受将领官员十二岁以上的儿子前来就读，然后直升陆军学堂。
刘浩然又设置了江宁工匠学堂，专门学习冶炼、锻造、机造等技术，对于儒生文人的一些非议，刘浩然回答道：“行省大行教育，而读书出来能考入高等学府，并成才做官只有少数。而国家正是用人之际，不能让大部分学子白白浪费，必须给他们也谋个出路。
儒生学子们也不好反驳，他们知道，就算是行省重开科举，那录取的人也太少了，要想让行省一边打仗，一边养着一大堆的读书人，这也不太现实。而且这些儒生学子在心里也认为，让大部分科举无望的学子去学习工匠这样“贱业”，正好与他们这些“高级知识分子”划清了界限，突出了他们的重要性。不过刘浩然就要花费更多的力气去鼓励学子们不要再往独木桥上挤，改为学习工匠技术。
刘浩然接着开始整顿土地政策，经过战乱，有些地方的地主被席卷一空，有些地主却依然拥有大量的土地。为了巩固自己的政权，刘浩然没有打土豪分田地，而只是找了些曾经与蒙古人、色目人狼狈为奸、祸害乡里、民愤极大的地主豪强出来镇压了一番，把他们的良田家产没收，以平民愤，还有元廷赐给江南各地寺庙的大量田地，也被找了借口没收，只留下少量田地让寺庙维持生计。但是这些人数太少，获得的良田也足以分配，刘浩然就大力开耕荒地，丈量无主田地，把治下的大批流民和贫穷百姓安置下来。
对于大部分依然保持现状的地主豪强，刘浩然从几方面入手，首先他确定了最高田租，保证佃农们的生计，而且刘浩然废除了按人丁收税，确定赋税按田地亩数收取，确保了国家能够最大限度从田产获利，所以江南行省虽然赋税定得低，但是收上来的总数却不低。
刘浩然接着又颂布了《赎奴律》，宣布行省出钱从地主豪强手里赎买因为战乱而卖身沦为奴仆的百姓，价钱比市价高三成，不过是分五年付清。而自愿被官府赎买的百姓可以分得田地，用粮食支付一半的赎买费用后就可获得自由，与一般百姓无异。刘浩然明白，经济的发展必须要解放一大批劳动力，让他们直接为自己的政权输送物产粮食。
按照行省陆续颂布的律法，行省境内的矿产、茶叶、瓷器、丝绸、棉等物资暂时必须或有官府开办，或由官府监管，私人不得随意出售。当然了，行省不会让各商户地主吃亏，大家都需要获利。在官府的统一管理下，这些东西获得了垄断地位，避免了恶性竞争，外地商旅或者海商必须付出高价才能购买这些物产，而这些东西在北方、在海外可都是暴利，商旅们为了能拿到货，价高也只好认了。于是行省官府获得了大量赋税，商户、地主们也获得颇丰的盈利。
江南行省在境内实行关税制度，也就是除了购买和出售，商贾不用交以前数目繁多的苛捐杂税，一下子降低了他们的成本，使得他们趋利而至，云集江南。而行省可以利用不同物产的关税不同，控制物产的流入和流出。例如最重要的粮食，“出口税”居然比瓷器、茶叶还要贵上好几倍，运出去几乎没有任何盈利，而“进口税”却极低，甚至还有补贴。只要能从日本、暹罗、越陈收集粮食运到江南，就能收获颇丰，然后再收购瓷器、丝绸回去，又是一笔利润。而在规划中做为刘浩然战略扶植的棉花出口税就定得很高，而成品棉布却定得极低，而且还有越来越低，有退税补贴的趋向，算上赋税，收购棉花还不如直接采购棉布。刘浩然相信，逐利而生的商人会算清楚这笔帐的。
在刘浩然的指导下，江南行省的工匠，加上张士诚送过来的精英工匠，江宁、当涂两地的工场发展得越来越好，钢铁工场开始成型，大批机械被研制出来。尤其是刘浩然关注的纺织机，经过近两年的研发，终于获得了成功。在前宋和现在所用的几十锭水力大纺车的基础上，加上刘浩然对机械的指点，将纱锭由横向改为自立，并立了上百个纱锭，不但效率提高，纺出的棉纱质量又好。而跟进研制出来水力织布机更是把棉布织造提上了一个新的台阶。
刘浩然将松江府确定为棉布织造的重点区域，这个出黄道婆的地区，不但出产大量的棉花，棉纺历史也悠久。行省将民间的织工集中起来，在河边择地修建了巨大的厂房，应用新技术新机器，开始棉纺织业的迅速发展。
随后还有新开设的水力榨油场、水力丝绸纺织场、水力造纸场、水力印刷场等等相继在江南各地开设，看着这些工场源源不断输出的产品，然后换成滚滚的钱财，众多的地主富商把这些工场看成了聚宝盆。
看到把大家的馋劲都勾引起来后，刘浩然宣布这些民用品工场官府准备全部放开，交由民间经营，只要遵守官府的关税制度和监管就好了。听到这个好消息，地主富商们蜂拥而至，纷纷要求分一杯羹。但是入股的条件却让他们有点踌躇，行省官府不要钱财，只接受田地折价入股。
几经犹豫和争论，有些开明的地主富商咬着牙转让了很大一部分田地，入股这些工场，而更多的地主富商却在继续犹豫着，毕竟在中国传统思想里，土地是最重要的。过了几年，随着南北海路的开通，棉布、丝绸、纸张等物品需求大增，入股的地主富商数钱数得手软，而坚守土地的地主富商由于行省慢慢恢复了元气，加上各处荒地大量开耕和军屯，粮食、棉花等农作物连连丰收，粮价、棉花价格持续下降，他们的收入反而降低了。
有了教训和例子，在行省新一轮增设工场的时机，大批地主富商纷纷转让良田，入股工场，就这样，在刘浩然挥动的经济大棒下，江南各地开始向资本社会的雏形转变，数量巨大的工场主、大商家涌现出来，形成了一个新的庞大群体，开始向传统的地主群体发起挑战。
龙凤二年十月，刘浩然颂布《权利律法》，宣布所有为行省交纳赋税的人，包括普通百姓、地主、工场主、商人都是在为国家做奉献，他们用自己的赋税和义务支援着驱逐鞑虏、光复中华的大业，所以也应当享有相应的权利，而这些权利包括享有人身安全和财产的保护权、享有对官府支配赋税的知情权等等。在这部律法中，刘浩然首先明确提出了权利、义务和责任等概念，他指出，如今各地义军纷起，为得就是推翻元廷残暴的统治，如果行省不重视和保护民众的权利，那么与元廷旧有的体制又有什么区别。
这一律法在大江南北掀起巨澜，有说好，有说不好，议论纷纷。而刘浩然利用一批御用文人，在新设的《江南邸报》上撰文，评论前唐宋和元廷的体制不同，指出唐宋朝时政治清明，权利制衡，百姓享有充分的自由和权利，而元廷完全以一种奴隶主和奴隶的关系和思想统治天下，蒙古人以外，无不是其奴隶，谈什么自由和权利。
在国家、民族大义上，坚持旧思想的儒生文人就不好正面反驳了，只好从君臣、父子伦理上进行辩论，这下又被御用文人抓住把柄了，他们撰文指出行省的《权利律法》不是要建立一个无君无父的体制，而是要恢复被元廷废弃的民重思想。他们高举圣人旗号，尤其是孟圣，开口闭口就是“民为贵，社稷次之，君为轻”，说江南行省的《权利律法》正是在执行和贯彻这一思想，而开口闭口君臣伦理，剥夺他人权利和自由的简直就是在为蒙古鞑虏摇旗呐喊，为他们招魂。
这顶大帽子扣下去，把那些保守儒生文人打得晕头转向。现在愿意出山的儒生文人都清楚现在的元廷残暴无德，已经失去天下民心，在这种形势下被扣上元廷走狗的帽子，的确让他们觉得自己有点冤。
做为幕后主使人的刘浩然却以这是学术争论，坚决不表态支持哪一方，其实在心里却暗自偷乐。现在正是风云激荡、改朝换代的年代，必须要抓住这一时机，在大家思想混乱的时候把有利于自己的思想广播开来，他不愿意走上历史上朱元璋的老路，蒙古鞑虏赶跑了，却继承了不少糟粕，结果搞得朱明王朝又被一帮奴隶主给灭了。